genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68609175--68609400	40	5.7	40	84	8	248	26	26	21	26	1.99
68614089--68614130	21	2.0	21	100	0	84	28	33	14	23	1.94
68617269--68617494	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	25	2.00
68620173--68620275	24	4.1	25	83	10	138	37	16	21	24	1.93
68620174--68620287	52	2.2	52	93	0	192	35	15	22	25	1.94
68620317--68620557	51	4.7	51	86	2	333	29	13	26	30	1.94
68623328--68623392	22	3.0	21	76	13	60	33	21	23	21	1.97
68623532--68623654	41	3.0	41	89	0	192	26	33	21	17	1.96
68626036--68626073	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68633062--68633164	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
68633311--68633673	48	7.6	48	95	0	627	31	26	6	35	1.82
68637174--68637346	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
68637171--68637341	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
68639781--68639997	39	5.6	39	93	2	375	23	25	29	21	1.99
68643276--68643360	23	3.2	26	76	20	79	35	23	22	18	1.96
68643297--68643342	23	2.0	24	95	4	85	39	26	23	10	1.88
68643466--68643530	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
68650973--68651039	26	2.5	27	90	4	100	37	22	22	17	1.94
68651165--68651226	28	2.2	28	94	0	106	30	8	27	33	1.86
68656158--68656348	39	4.9	39	92	0	301	23	25	27	23	2.00
68658128--68658277	40	3.8	40	90	1	212	24	21	28	26	1.99
68658128--68658299	80	2.2	80	82	3	204	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68663216--68663246	14	2.2	14	94	0	53	32	16	16	35	1.91
68663309--68663407	27	3.6	28	76	4	76	33	9	20	37	1.84
68663406--68663673	27	9.9	27	83	2	234	29	8	19	42	1.80
68663411--68663673	54	4.9	54	79	3	269	29	8	20	42	1.81
68663406--68663691	81	3.5	80	78	3	295	30	9	19	40	1.83
68663680--68663750	26	2.7	27	77	14	85	30	16	16	35	1.92
68663680--68663761	27	3.1	25	74	13	76	31	19	15	32	1.93
68668925--68669004	39	2.1	38	90	0	106	26	26	23	23	2.00
68671701--68671844	24	6.0	24	90	2	209	27	20	21	31	1.98
68671902--68671954	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
68671894--68671960	20	3.3	20	95	0	116	34	22	10	32	1.88
68671894--68671949	11	5.5	11	75	16	57	33	21	10	33	1.88
68676715--68676827	27	4.0	28	82	6	104	30	13	23	33	1.92
68676715--68676809	27	3.4	28	85	5	113	26	13	26	33	1.94
68690792--68690892	28	3.6	28	90	4	159	32	24	11	30	1.91
68692246--68693560	659	2.0	653	96	3	2444	33	23	10	32	1.89
68693181--68694817	817	2.0	818	98	1	3203	34	26	8	31	1.86
68708566--68709067	47	10.6	49	92	3	775	29	29	8	32	1.86
68708566--68709067	142	3.5	143	92	3	800	29	29	8	32	1.86
68713351--68713452	28	3.6	28	90	2	159	33	23	11	31	1.91
68713353--68713478	57	2.2	57	85	2	164	34	24	11	30	1.90
68724372--68724412	22	1.9	22	85	5	57	9	34	29	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68730342--68730524	79	2.3	82	84	7	234	24	21	27	26	1.99
68730344--68730526	40	4.6	39	83	8	219	24	20	28	26	1.99
68730395--68730549	79	2.0	79	84	5	206	24	20	27	27	1.99
68732500--68732547	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68732584--68732650	20	3.3	20	89	0	98	32	10	23	32	1.89
68732700--68732818	24	5.0	24	91	2	195	31	21	21	26	1.98
68732700--68732818	47	2.5	48	91	2	195	31	21	21	26	1.98
68740739--68740786	25	1.9	25	91	0	78	31	25	16	27	1.97
68740824--68740884	20	3.0	20	87	0	95	32	13	21	32	1.91
68740940--68741066	24	5.3	24	95	0	200	32	18	22	25	1.97
68744016--68744397	50	7.6	50	75	4	329	27	17	25	29	1.97
68744018--68744402	151	2.5	151	83	3	508	27	17	25	30	1.97
68744977--68745332	180	2.0	179	85	1	464	40	8	18	32	1.81
68749100--68749272	93	1.9	93	88	2	267	28	29	20	21	1.98
68749093--68749268	46	3.8	46	77	8	178	29	28	19	21	1.98
68755443--68755483	9	4.8	9	88	11	68	36	0	12	51	1.40
68755439--68755476	16	2.4	16	100	0	76	39	0	10	50	1.37
68760416--68760458	22	1.9	23	90	4	70	20	6	53	18	1.67
68775658--68775828	93	1.8	93	93	0	297	28	27	22	21	1.99
68775654--68775825	46	3.7	46	77	13	190	29	26	22	21	1.99
68778352--68778507	43	3.6	43	80	4	154	25	18	25	30	1.98
68778689--68778726	19	2.0	19	85	10	51	44	0	18	36	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68790566--68790615	24	2.1	24	100	0	100	24	24	12	40	1.88
68797578--68797676	42	2.3	42	77	5	101	31	19	20	29	1.97
68800239--68800351	43	2.7	42	83	5	147	28	24	17	29	1.97
68800396--68800441	16	2.9	16	90	0	74	36	6	30	26	1.82
68805579--68805618	18	2.2	18	95	0	71	47	15	17	20	1.83
68805976--68806132	27	5.9	27	82	2	174	38	20	15	26	1.92
68805976--68806132	53	2.9	54	83	2	201	38	20	15	26	1.92
68806798--68806837	17	2.3	17	91	4	62	30	12	7	50	1.68
68812842--68812980	26	5.3	26	75	10	95	44	19	9	26	1.81
68812842--68812990	53	2.8	52	81	7	142	44	20	8	26	1.80
68812985--68813067	27	3.1	26	83	8	78	37	15	19	27	1.92
68812999--68813081	27	3.1	26	85	3	103	36	16	19	27	1.93
68818085--68818120	1	36.0	1	88	0	54	0	0	5	94	0.31
68818080--68818120	16	2.6	16	88	7	57	0	2	7	90	0.54
68818085--68818120	18	2.0	18	100	0	72	0	0	5	94	0.31
68824294--68824516	40	5.6	39	87	4	272	24	22	27	25	2.00
68824294--68824549	79	3.3	78	83	7	234	25	21	27	24	1.99
68826179--68826383	27	7.6	27	72	7	139	40	20	12	25	1.88
68826167--68826330	54	3.1	53	80	6	163	39	22	12	25	1.89
68826179--68826383	80	2.5	79	81	4	214	40	20	12	25	1.88
68827189--68827264	38	2.0	38	97	0	143	30	13	25	31	1.93
68828453--68828597	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68832691--68832869	78	2.3	79	85	1	220	26	29	22	21	1.99
68832723--68832871	39	3.8	39	90	0	235	28	29	20	20	1.98
68839831--68839992	78	2.1	78	82	5	195	28	30	20	20	1.98
68839879--68839992	39	2.9	39	94	0	201	27	30	21	21	1.98
68848676--68848750	37	2.0	37	92	0	123	45	17	5	32	1.71
68848694--68848757	21	3.3	21	72	24	68	46	20	3	29	1.66
68866459--68866494	17	2.0	19	89	10	58	47	0	16	36	1.47
68868107--68868158	27	1.9	27	92	0	86	36	17	15	30	1.91
68876501--68876572	25	2.9	25	87	0	108	26	25	22	26	2.00
68876503--68876585	25	3.4	25	80	11	84	28	21	22	26	1.99
68880018--68880095	38	2.1	38	97	0	147	17	8	17	55	1.68
68886383--68886605	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
68886458--68886640	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
68894592--68894744	54	2.8	54	85	3	175	44	20	7	26	1.79
68894592--68894744	27	5.7	26	82	3	144	44	20	7	26	1.79
68894589--68894744	81	1.9	81	83	7	201	43	20	8	27	1.80
68894748--68894822	27	2.8	27	83	0	96	37	16	20	26	1.93
68894765--68894842	27	2.9	27	84	0	84	34	17	19	28	1.95
68903688--68903894	27	7.7	26	74	11	116	41	20	10	27	1.84
68903737--68903904	53	3.1	52	76	10	160	41	20	10	26	1.85
68903764--68903904	27	5.3	27	80	1	140	41	21	11	25	1.87
68903754--68903904	54	2.8	54	80	1	169	42	20	10	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68903735--68903905	27	6.4	27	77	9	127	41	21	10	26	1.85
68907571--68907780	39	5.4	38	84	5	158	28	28	21	20	1.99
68907616--68907788	78	2.2	79	86	2	235	27	29	21	21	1.98
68907634--68907796	39	4.2	39	91	0	263	28	29	20	21	1.98
68914796--68914908	39	2.9	39	86	0	163	27	28	20	23	1.99
68920369--68920545	40	4.4	40	89	2	268	23	22	29	25	1.99
68920772--68920815	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
68927643--68927714	35	2.1	35	100	0	144	23	27	23	25	2.00
68936613--68936652	20	2.0	22	85	14	59	32	5	15	47	1.66
68938043--68938091	24	2.0	25	96	4	91	38	20	4	36	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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