genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54707372--54707406	8	4.5	8	92	7	63	40	0	0	60	0.97
54712098--54712133	19	1.9	19	88	5	56	80	0	11	8	0.90
54713096--54713138	21	2.0	21	82	8	52	48	2	9	39	1.48
54713519--54713673	38	4.1	38	89	1	222	14	18	30	36	1.91
54715912--54716202	48	6.1	48	84	4	345	35	27	17	18	1.94
54715900--54716202	96	3.2	95	85	2	383	35	28	17	18	1.94
54715912--54716202	144	2.0	144	86	1	404	35	27	17	18	1.94
54718905--54719174	96	2.9	96	85	3	363	25	26	18	28	1.98
54718857--54719181	48	6.9	47	72	12	211	25	26	18	29	1.98
54722563--54722728	47	3.6	46	80	8	169	24	30	16	28	1.97
54728818--54728856	17	2.3	17	95	0	69	61	10	7	20	1.52
54739657--54739773	59	2.0	59	98	0	225	13	36	11	37	1.82
54743311--54743344	17	2.1	17	88	5	52	20	14	5	58	1.57
54744754--54744832	40	2.0	40	82	5	97	34	31	17	16	1.93
54756983--54757184	72	2.8	72	82	6	216	27	27	19	26	1.99
54759284--54759308	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
54765906--54766224	96	3.3	96	87	1	442	26	27	17	27	1.98
54765898--54766227	144	2.3	145	79	4	362	26	27	18	27	1.98
54765902--54766236	48	6.9	48	75	4	298	26	27	18	27	1.98
54774098--54774195	27	3.6	27	74	0	88	37	21	8	32	1.83
54774188--54774321	27	5.0	27	87	0	187	35	17	22	25	1.95
54774301--54774364	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54774626--54774845	96	2.3	98	84	3	293	20	17	25	36	1.94
54775042--54775135	6	15.3	6	72	16	77	17	19	14	48	1.81
54775042--54775114	31	2.4	31	92	0	119	16	20	15	47	1.82
54777190--54777328	27	5.2	27	86	5	192	35	15	20	28	1.93
54777190--54777326	53	2.6	53	88	4	197	35	15	21	27	1.93
54777635--54777852	98	2.2	98	90	0	328	20	18	25	35	1.95
54778053--54778146	6	15.3	6	68	16	59	18	21	13	46	1.83
54778053--54778125	31	2.4	31	90	0	110	17	23	13	45	1.84
54779107--54779484	48	7.9	48	84	0	452	33	26	18	21	1.96
54781610--54781657	21	2.3	21	77	0	51	20	27	18	33	1.96
54785896--54785965	31	2.3	31	85	5	88	45	10	20	24	1.81
54785896--54785975	31	2.6	31	76	7	81	45	12	21	21	1.84
54788380--54788550	93	1.8	93	94	2	308	29	28	21	21	1.98
54788375--54788547	46	3.7	46	78	17	205	30	27	20	21	1.98
54788968--54789027	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
54796484--54796543	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
54801478--54801608	47	2.7	49	78	5	142	25	29	16	29	1.96
54801581--54801789	46	4.5	46	77	7	167	21	28	21	29	1.98
54801622--54801792	94	1.8	92	86	7	247	21	28	21	28	1.99
54805394--54805439	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
54805819--54805940	46	2.7	46	92	0	190	41	24	9	24	1.83
54806891--54806951	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54806927--54806978	27	1.9	27	84	7	70	48	17	7	26	1.74
54808487--54808526	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
54812132--54812170	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
54812198--54812260	31	2.0	31	93	0	108	55	4	23	15	1.59
54818155--54818180	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
54822406--54822512	55	1.9	55	100	0	214	39	30	1	28	1.67
54822461--54822631	73	2.3	73	98	0	333	40	26	5	27	1.77
54829471--54829654	72	2.6	72	85	3	228	23	20	26	29	1.99
54838129--54838189	30	2.0	30	83	0	77	42	4	22	29	1.75
54838924--54839107	67	2.8	64	80	7	219	29	16	30	23	1.96
54844414--54844442	15	1.9	15	100	0	58	48	6	17	27	1.72
54852931--54853012	26	3.2	26	92	0	128	36	21	7	34	1.82
54854437--54854475	21	1.9	20	84	5	51	20	28	12	38	1.89
54855945--54856184	43	5.6	43	93	0	408	30	32	25	12	1.92
54856182--54856284	38	2.7	38	89	0	143	30	25	23	21	1.99
54859487--54859589	48	2.1	48	82	7	120	18	29	22	30	1.97
54861122--54861362	43	5.6	43	88	0	365	30	30	26	12	1.93
54861355--54861439	38	2.2	38	89	0	125	30	27	21	21	1.98
54862248--54862286	20	2.0	20	85	10	53	41	12	23	23	1.88
54864187--54864506	46	7.0	46	94	0	507	38	14	24	22	1.92
54868038--54868223	54	3.5	53	80	7	207	43	8	22	25	1.81
54868022--54868232	80	2.6	79	76	12	216	43	9	21	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54868038--54868228	27	7.1	27	81	5	181	43	8	21	25	1.81
54869632--54869786	42	3.7	42	81	5	170	27	23	17	30	1.97
54880267--54880379	42	2.7	41	81	2	127	32	23	13	30	1.93
54881004--54881074	27	2.7	27	80	2	81	42	14	22	21	1.88
54884404--54884490	27	3.2	27	88	0	102	26	22	9	41	1.84
54884547--54884624	29	2.8	28	75	19	81	43	16	7	32	1.76
54884535--54884632	27	3.6	27	74	15	92	41	18	7	32	1.77
54884673--54884746	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
54885560--54885629	25	2.8	25	86	0	95	28	24	21	25	1.99
54885559--54885656	25	4.0	23	80	7	79	29	22	21	26	1.99
54885884--54885938	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
54892768--54892921	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
54892743--54892921	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
54896650--54896741	27	3.4	27	86	0	130	27	21	8	42	1.82
54896773--54896878	27	3.9	27	80	9	106	41	17	9	31	1.82
54897799--54897868	25	2.8	25	88	0	104	28	25	21	24	1.99
54897798--54897881	25	3.4	23	77	11	78	30	22	21	25	1.98
54898123--54898177	29	1.9	28	88	3	83	21	23	27	27	1.99
54898115--54898208	33	2.9	33	72	18	90	24	21	25	28	1.99
54900108--54900133	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
54917827--54917857	9	3.3	9	95	4	53	70	0	0	29	0.87
54919340--54919368	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54921074--54921128	23	2.3	24	84	3	67	49	0	1	49	1.11
54925362--54925393	17	1.9	17	93	6	57	43	0	37	18	1.51
54927266--54927320	20	2.8	21	88	5	71	43	18	29	9	1.80
54937030--54937075	18	2.6	18	93	3	76	34	13	23	28	1.92
54941876--54941974	28	3.5	28	88	0	144	26	34	15	24	1.94
54942197--54942227	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
54942486--54942525	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
54960761--54960790	14	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
54968974--54969072	48	2.1	48	84	3	128	29	18	28	24	1.98
54969132--54969285	42	3.6	42	92	0	245	28	14	25	30	1.95
54969132--54969371	90	2.8	85	82	6	279	28	17	26	27	1.97
54969127--54969371	42	5.7	41	77	11	204	28	17	26	28	1.97
54974131--54974313	40	4.6	40	86	4	264	24	23	27	25	2.00
54974134--54974313	78	2.3	79	87	4	256	24	22	27	25	2.00
54975962--54976040	37	2.1	37	88	0	113	25	31	18	24	1.98
54976159--54976467	47	6.6	47	93	0	512	28	30	8	32	1.87
54976672--54976782	39	2.8	40	85	6	138	24	27	22	25	2.00
54986942--54987131	40	4.8	40	86	3	260	23	23	28	24	2.00
54986945--54987096	78	1.9	79	93	1	261	23	23	27	25	2.00
54994241--54994285	21	2.1	21	100	0	90	42	4	17	35	1.70
55003741--55003839	48	2.1	48	94	0	171	34	17	10	38	1.83
55020922--55021031	19	5.9	18	68	19	66	50	3	2	43	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55025810--55025835	9	2.9	9	100	0	52	34	0	34	30	1.58
55034745--55034793	17	3.1	17	75	19	52	40	0	22	36	1.54
55037993--55038084	48	1.9	48	88	0	139	14	21	14	50	1.78
55048874--55048946	24	3.0	25	84	5	80	38	0	1	60	1.06
55057442--55057589	74	2.0	74	100	0	296	27	39	10	22	1.87
55057573--55057609	7	5.3	7	100	0	74	13	59	0	27	1.35
55058644--55058673	15	2.0	15	93	0	51	30	3	6	60	1.39
55062812--55062854	19	2.1	21	87	8	63	62	4	4	27	1.35
55064773--55064889	45	2.6	45	71	9	105	17	19	20	42	1.89
55064731--55065021	88	3.3	86	80	4	289	19	22	20	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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