genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29792813--29792893	29	2.9	28	79	15	96	34	7	16	41	1.76
29792805--29792998	27	7.1	27	78	8	146	32	9	17	40	1.81
29792805--29792996	54	3.5	54	82	3	224	32	8	17	41	1.81
29792896--29793027	27	4.9	27	78	2	122	30	10	19	39	1.86
29793026--29793090	27	2.4	27	81	0	76	38	9	23	29	1.85
29795269--29795336	31	2.2	31	86	2	102	32	25	11	30	1.91
29795279--29795351	31	2.4	31	86	2	103	30	24	13	31	1.94
29795562--29795640	25	3.2	24	78	10	79	24	18	22	34	1.97
29796449--29796505	27	2.1	27	83	6	71	21	22	22	33	1.97
29796567--29796652	27	3.1	27	74	14	77	34	6	15	43	1.73
29796630--29796753	27	4.6	27	80	0	131	28	6	20	45	1.75
29796631--29796786	81	1.9	81	83	5	199	28	9	19	42	1.82
29799617--29799718	44	2.4	43	80	9	111	27	17	24	30	1.97
29802095--29802143	21	2.3	21	100	0	98	36	10	28	24	1.88
29810176--29810353	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29810197--29810352	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29819653--29819730	33	2.4	32	82	6	93	34	16	20	28	1.94
29834203--29834239	18	2.1	18	89	0	56	29	2	16	51	1.58
29836444--29836564	44	2.7	43	83	6	136	19	18	30	32	1.95
29839424--29839483	29	2.1	29	93	0	102	11	21	15	51	1.74
29841275--29841315	20	2.0	20	95	0	73	31	9	21	36	1.86
29845605--29845781	27	6.6	27	77	7	137	30	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29845605--29845781	54	3.3	54	78	8	173	30	27	15	25	1.96
29861228--29861259	16	2.0	16	100	0	64	25	12	18	43	1.85
29863583--29863845	93	2.8	93	92	0	427	29	26	20	23	1.98
29863628--29863794	47	3.6	47	72	13	173	30	26	19	23	1.98
29863577--29863840	46	5.7	46	72	15	202	29	26	20	23	1.98
29865612--29865699	27	3.3	27	83	3	106	28	23	6	40	1.80
29865708--29865858	27	5.6	27	81	7	148	42	21	9	26	1.83
29865735--29865914	54	3.3	54	82	6	195	42	20	7	28	1.80
29865870--29865921	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
29865975--29866035	27	2.3	26	78	13	70	37	19	22	19	1.94
29866849--29866918	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
29866848--29866931	25	3.4	24	80	8	89	29	21	22	26	1.99
29870821--29870923	22	4.6	23	80	11	106	23	22	19	34	1.96
29870814--29870923	45	2.4	45	88	5	152	23	22	19	34	1.96
29875220--29875397	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
29875220--29875397	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
29883220--29883396	27	6.6	27	78	5	144	29	27	15	27	1.96
29883220--29883396	54	3.3	52	78	8	160	29	27	15	27	1.96
29888978--29889006	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
29891092--29891184	26	3.5	26	86	1	114	47	8	11	32	1.71
29893367--29893425	30	1.9	29	83	10	73	38	1	11	47	1.50
29896782--29896907	27	4.7	27	88	0	171	29	18	8	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29896766--29896950	54	3.4	54	80	0	145	34	19	8	38	1.81
29896887--29897167	27	10.4	27	78	7	232	39	21	8	30	1.83
29896887--29897190	54	5.7	55	80	5	275	39	21	8	29	1.84
29896887--29897170	81	3.5	81	81	5	333	39	21	8	30	1.83
29898088--29898184	25	3.8	26	91	1	153	25	23	23	26	2.00
29898088--29898184	51	1.9	51	93	4	169	25	23	23	26	2.00
29898329--29898420	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
29898444--29898520	31	2.5	31	89	0	118	33	19	22	24	1.97
29908267--29908291	13	1.9	13	100	0	50	4	24	0	72	1.02
29910277--29910350	34	2.2	34	97	2	141	48	18	5	27	1.70
29922992--29923219	46	5.0	46	90	1	296	40	14	23	22	1.90
29931832--29931956	29	4.3	29	79	1	144	28	28	15	28	1.96
29932167--29932202	16	2.2	16	95	0	63	13	25	13	47	1.80
29933515--29933556	18	2.4	17	84	4	57	14	16	47	21	1.82
29933679--29933757	5	15.8	5	100	0	158	40	0	0	59	0.97
29933806--29933857	26	2.0	26	82	14	63	71	0	25	3	1.03
29939984--29940017	16	2.1	16	88	5	50	32	0	11	55	1.36
29940398--29940442	16	3.0	16	81	15	60	53	2	0	44	1.13
29941983--29942020	14	2.7	14	91	0	58	39	5	18	36	1.73
29945107--29945366	133	2.0	133	99	0	511	35	16	20	27	1.94
29948478--29948559	40	2.2	38	89	8	123	21	6	12	59	1.54
29948731--29949006	66	4.6	58	66	20	151	42	2	5	49	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29948598--29949006	120	3.4	120	94	1	705	43	2	5	49	1.38
29948842--29948893	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
29948790--29948977	61	3.1	60	69	19	183	42	2	6	49	1.40
29948958--29949008	18	3.0	18	78	18	56	47	0	0	52	1.00
29949140--29949244	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
29949138--29949247	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
29949228--29949279	16	3.2	16	91	0	77	34	34	0	30	1.58
29950107--29950166	31	1.9	31	86	6	86	41	6	13	38	1.70
29956365--29956473	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
29956635--29956818	47	4.0	47	92	1	282	25	29	13	32	1.93
29956718--29956793	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
29961610--29961663	25	2.2	25	83	6	65	48	16	22	12	1.80
29961654--29961703	20	2.5	20	83	0	64	44	16	22	18	1.87
29963415--29963479	16	4.4	16	71	26	63	24	4	3	67	1.24
29963426--29963481	27	2.2	25	87	6	76	23	3	3	69	1.20
29968239--29968423	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
29968220--29968423	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
29976532--29976749	79	2.7	79	81	6	219	25	27	22	25	2.00
29976546--29976749	40	5.1	40	81	8	229	25	27	23	24	2.00
29983093--29983132	21	2.0	21	95	5	73	25	30	35	10	1.88
29984401--29984524	50	2.5	49	80	2	140	26	25	16	30	1.97
29987267--29987291	11	2.3	11	100	0	50	36	40	0	24	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29988270--29988294	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
29989828--29989885	26	2.2	26	78	0	62	48	0	12	39	1.40
29996124--29996198	31	2.4	31	84	2	87	30	12	6	50	1.65
30005408--30005432	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
30017782--30017865	43	2.0	43	83	4	107	26	14	25	34	1.94
30021942--30022117	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
30021939--30022109	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
30043772--30044715	475	2.0	474	94	0	1638	29	18	16	35	1.93
30053840--30053945	44	2.4	43	83	6	142	27	16	23	33	1.95
30054500--30054624	62	2.0	62	98	0	241	40	10	10	39	1.74
30056003--30056134	28	4.8	28	82	1	167	24	21	12	42	1.86
30056004--30056134	55	2.4	57	84	5	169	24	21	11	42	1.85
30057118--30057470	179	2.0	179	89	2	539	35	23	10	30	1.88
30069237--30069351	43	2.7	43	90	5	171	24	15	26	33	1.95
30069226--30069392	43	3.9	44	76	13	161	28	14	25	32	1.94
30071882--30072042	44	3.8	42	76	10	137	31	25	16	26	1.97
30074908--30075060	42	3.6	42	85	0	198	26	26	17	29	1.98
30074908--30075086	84	2.1	84	85	3	234	27	25	17	29	1.98
30089756--30089930	44	3.9	44	78	12	201	21	20	29	29	1.98
30092851--30092919	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
30092842--30092929	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
30095311--30095486	46	3.8	46	78	12	207	20	21	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30095308--30095479	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
30106071--30106095	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
30110249--30110329	42	1.9	42	89	0	126	44	17	22	16	1.86
30110233--30110315	21	4.0	21	73	9	80	43	19	21	15	1.88
30111708--30111866	45	3.7	43	73	8	135	25	16	27	30	1.97
30114775--30114814	21	1.9	21	90	10	64	32	12	0	55	1.38
30117810--30117863	23	2.2	25	87	6	76	29	5	9	55	1.54
30120618--30120795	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30120639--30120794	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30123465--30123514	26	1.9	26	83	0	64	30	16	22	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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