genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682371--682424	24	2.2	24	87	6	74	62	9	0	27	1.25
702210--702248	18	2.3	18	86	8	55	28	2	5	64	1.28
703967--704008	18	2.3	19	80	16	52	38	0	4	57	1.20
703918--704202	152	1.9	153	83	5	378	40	6	6	46	1.54
711535--711580	23	2.0	23	100	0	92	13	8	26	52	1.69
713149--713198	25	2.0	25	100	0	100	36	16	8	40	1.77
716499--717519	509	2.0	509	100	0	2042	36	17	14	31	1.90
719757--719879	56	2.2	56	98	1	239	51	3	4	41	1.37
720099--720137	19	2.0	20	85	5	53	61	0	0	38	0.96
724762--724811	8	6.4	8	73	13	50	52	0	2	46	1.12
724757--724801	23	2.0	23	86	4	65	57	0	2	40	1.11
725338--725383	20	2.3	20	96	0	83	36	30	15	17	1.91
730802--730842	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
735825--735861	10	3.8	10	86	13	51	45	0	0	54	1.00
736142--736166	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
738528--738566	19	2.1	18	85	4	51	25	23	2	48	1.63
738745--739013	46	5.8	47	87	2	339	20	24	14	39	1.91
741158--741209	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
745468--745695	46	5.0	46	90	1	314	39	14	24	22	1.91
745956--746001	23	2.0	24	82	4	58	52	4	15	28	1.61
746681--746719	18	2.1	18	85	9	51	38	23	0	38	1.55
747183--747256	5	14.6	5	71	12	53	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
747188--747251	16	3.8	17	74	15	62	56	0	3	40	1.15
747183--747255	18	3.9	18	75	5	65	56	0	2	41	1.14
747184--747257	37	2.0	38	83	2	96	55	0	2	41	1.14
750240--750299	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
750254--750325	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
755066--755176	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
755935--756031	42	2.3	43	87	7	146	7	26	7	58	1.51
761613--761840	46	5.0	46	91	1	332	39	14	24	22	1.91
769452--769497	22	2.0	24	83	8	60	52	0	10	36	1.37
772247--772290	23	1.9	23	100	0	88	45	6	18	29	1.75
777282--777389	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
778904--778959	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
779370--779419	17	2.9	17	84	0	73	56	0	0	44	0.99
782067--782109	21	2.0	21	90	0	68	48	4	4	41	1.44
782649--782700	24	2.2	24	85	0	68	15	26	40	17	1.89
783718--783763	22	2.1	22	84	8	58	45	8	6	39	1.61
784007--784043	14	2.6	15	83	8	51	54	5	0	40	1.24
786775--786838	32	2.0	32	87	0	92	7	15	18	57	1.62
786788--787217	218	2.0	219	93	0	736	23	17	16	42	1.89
799349--799411	23	2.7	23	78	7	65	55	3	0	41	1.16
800778--800815	18	2.1	19	90	5	60	52	0	2	44	1.14
806770--806835	24	2.8	24	77	11	73	56	0	1	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806793--806854	24	2.6	21	75	22	52	58	1	0	40	1.08
806998--807052	20	2.6	22	80	8	69	34	0	1	63	1.05
830733--830777	22	2.0	22	86	0	63	35	2	13	48	1.54
830901--830928	12	2.3	12	100	0	56	25	17	21	35	1.95
832925--832969	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
847072--847108	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
847054--847121	31	2.3	28	78	9	73	54	0	2	42	1.15
847258--847308	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
847297--847330	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
848202--848278	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
848202--848259	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
848422--848517	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
854527--854563	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
854509--854576	31	2.3	28	78	9	73	54	0	2	42	1.15
855660--855736	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
855660--855717	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
855880--855975	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
858301--858835	240	2.2	241	93	1	905	32	12	22	32	1.91
859423--859476	27	2.0	27	100	0	108	44	18	11	25	1.83
860711--860766	26	2.2	26	93	0	94	55	14	16	14	1.70
865453--865484	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
865503--865539	12	3.1	12	84	0	56	37	37	0	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877706--877790	40	2.2	40	97	2	163	51	2	14	31	1.54
892793--892842	22	2.3	22	93	3	84	36	20	12	32	1.89
904015--904046	17	1.9	17	93	6	57	0	21	3	75	0.95
910714--910802	21	4.3	21	80	5	85	12	21	17	48	1.80
923639--923671	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
923785--923863	41	1.9	41	94	0	140	35	30	12	21	1.91
924526--924683	77	2.1	77	96	0	289	44	2	14	38	1.59
925487--925530	20	2.2	20	84	8	54	47	0	2	50	1.13
933135--933181	20	2.3	20	85	0	58	27	25	17	29	1.97
943049--943073	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
943042--943078	17	2.2	17	90	0	56	70	0	0	29	0.88
949368--949408	21	2.0	20	90	9	66	19	7	0	73	1.07
949373--949414	21	2.1	20	91	8	68	19	4	0	76	0.96
950447--950497	21	2.4	21	83	3	57	49	5	0	45	1.26
956339--956399	30	2.0	30	96	0	113	49	11	19	19	1.78
970405--970447	18	2.4	18	85	11	54	62	0	0	37	0.95
970411--970448	15	2.4	17	82	8	53	63	0	0	36	0.95
971825--971880	22	2.5	23	77	16	64	58	0	0	41	0.98
972027--972055	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
976604--976663	31	1.9	31	86	6	86	31	8	13	46	1.72
978475--978546	16	4.5	16	85	0	81	41	2	26	29	1.70
978475--978546	32	2.2	32	92	0	117	41	2	26	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978530--978617	44	2.0	44	84	10	117	34	5	22	37	1.78
978716--978868	58	2.5	60	77	12	150	51	4	1	42	1.30
978784--978823	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
978847--978892	22	2.1	21	88	11	67	65	2	0	32	1.05
978995--979029	13	2.8	12	91	8	61	60	0	8	31	1.27
982843--982879	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
985028--985301	46	6.0	46	89	0	352	39	15	24	21	1.92
985028--985301	92	3.0	92	89	0	395	39	15	24	21	1.92
986029--986079	25	2.0	25	96	0	93	29	13	25	31	1.94
986816--986884	31	2.2	30	82	10	77	46	10	5	37	1.62
990885--990925	18	2.3	18	91	0	64	29	19	31	19	1.96
990893--990934	18	2.3	18	91	0	66	28	14	33	23	1.94
1009450--1009477	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1014892--1014920	14	2.1	14	93	6	51	24	6	31	37	1.82
1028599--1028663	21	3.2	20	79	12	60	63	4	4	27	1.34
1030485--1030523	18	2.2	17	86	4	51	66	7	0	25	1.18
1030823--1030861	6	6.7	6	88	5	62	82	0	17	0	0.68
1041918--1041978	10	6.5	10	77	11	58	36	0	1	62	1.05
1041918--1041974	18	3.2	18	80	9	71	36	0	1	61	1.07
1042097--1042304	89	2.4	90	80	7	216	35	8	17	38	1.80
1071318--1071368	20	2.5	21	81	6	61	31	0	5	62	1.19
1077614--1077669	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1078829--1078924	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
1084052--1084099	13	3.3	13	75	25	51	52	0	0	47	1.00
1084064--1084106	18	2.4	18	88	0	59	46	0	0	53	1.00
1084070--1084112	22	2.0	22	90	0	68	51	0	0	48	1.00
1084045--1084108	31	2.2	29	86	13	87	46	0	1	51	1.10
1088138--1088179	22	1.9	22	85	0	57	54	23	7	14	1.64
1090231--1090260	12	2.4	12	94	5	51	26	6	3	63	1.35
1093908--1093962	23	2.3	25	82	17	64	40	3	3	52	1.36
1094097--1094139	19	2.3	19	80	19	54	23	11	0	65	1.25
1100824--1100849	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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