genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78135649--78135678	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
78137712--78137753	23	1.9	22	81	18	52	66	4	7	21	1.35
78141793--78141899	33	3.2	33	85	0	142	31	25	18	24	1.98
78142044--78142095	26	2.0	26	88	0	77	46	21	17	15	1.84
78142073--78142173	27	3.8	26	78	10	96	36	20	20	21	1.95
78155370--78155757	98	3.9	98	94	2	645	36	6	26	30	1.82
78155354--78155757	50	8.2	50	89	7	612	36	6	26	31	1.81
78155909--78156017	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
78163446--78163586	69	2.0	69	98	0	273	23	32	9	34	1.88
78165058--78165195	33	4.2	33	85	0	168	29	27	19	23	1.98
78168956--78169084	67	1.9	66	80	9	145	34	19	26	20	1.96
78169849--78169978	42	3.1	42	86	5	185	29	26	16	28	1.97
78172328--78172429	29	3.6	29	82	4	118	26	29	17	26	1.98
78172319--78172427	58	1.9	58	88	1	166	26	29	16	27	1.97
78179762--78179793	6	5.3	6	100	0	64	18	15	0	65	1.27
78179759--78179800	18	2.4	17	88	11	66	16	14	0	69	1.20
78181050--78181127	38	2.1	38	95	0	138	19	28	10	42	1.83
78182770--78182794	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
78185181--78185229	24	2.0	24	100	0	98	34	8	28	28	1.86
78188337--78188457	47	2.6	47	90	7	201	32	28	15	23	1.95
78190689--78190888	55	3.7	55	78	2	172	37	18	24	20	1.94
78201121--78201252	47	2.8	48	85	5	187	34	27	17	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78202148--78202216	32	2.2	32	97	0	129	23	18	26	31	1.97
78203316--78203552	46	5.1	46	90	3	325	20	23	14	41	1.89
78203534--78203570	18	2.1	18	94	0	65	18	27	18	35	1.95
78203488--78203616	64	2.0	64	95	0	231	22	24	15	37	1.93
78203557--78203647	46	2.0	46	93	0	155	25	24	14	36	1.93
78210419--78210483	32	2.0	33	96	3	123	40	12	12	35	1.80
78213851--78213887	14	2.6	15	83	12	51	56	5	5	32	1.45
78215704--78215750	24	1.9	25	83	12	62	31	2	14	51	1.55
78217578--78217612	17	2.0	17	88	5	52	20	5	2	71	1.19
78217937--78217986	25	2.0	25	96	3	93	64	8	8	20	1.46
78218928--78219030	28	3.7	28	77	8	102	26	31	15	27	1.96
78219255--78219298	16	2.8	16	79	10	54	9	20	18	52	1.72
78223490--78223564	28	2.7	28	87	4	107	22	29	17	30	1.97
78225831--78225913	17	4.4	19	73	16	66	69	6	20	3	1.25
78225831--78225889	21	3.0	21	80	11	63	69	8	16	5	1.32
78225833--78225925	29	3.2	29	74	16	84	67	5	23	3	1.26
78227226--78227304	18	4.4	18	74	6	61	40	13	13	31	1.85
78233575--78233616	21	2.1	20	86	8	59	76	2	0	21	0.90
78233953--78234003	10	5.1	10	79	9	59	41	0	0	58	0.98
78234079--78234141	10	6.7	10	75	13	55	30	3	0	66	1.07
78234064--78234111	18	2.6	19	83	6	62	25	4	0	70	1.04
78234106--78234146	8	4.7	9	85	8	50	29	2	0	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78234119--78234163	23	1.9	24	90	4	74	26	0	2	71	0.98
78235239--78235344	40	2.7	38	81	7	122	47	2	0	50	1.16
78235271--78235351	41	2.0	40	85	9	110	46	2	0	50	1.14
78241106--78241261	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
78253541--78253623	40	2.1	40	86	0	112	40	9	18	31	1.82
78257490--78257592	47	2.2	47	84	3	145	37	22	15	24	1.93
78265680--78265782	40	2.5	41	81	10	131	26	27	22	24	2.00
78266973--78267048	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
78269583--78269661	34	2.3	34	91	2	122	25	18	24	31	1.98
78272961--78273124	80	2.1	79	85	5	215	26	21	26	26	1.99
78272961--78273101	40	3.5	40	93	1	221	25	21	26	26	1.99
78274418--78274447	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
78281729--78281944	50	4.3	50	78	4	238	29	10	20	39	1.86
78281729--78281944	100	2.2	100	83	4	265	29	10	20	39	1.86
78285016--78285199	67	2.9	63	79	7	208	29	17	29	22	1.97
78301207--78301377	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
78301202--78301374	46	3.7	46	77	13	192	30	27	20	21	1.98
78301797--78301855	30	2.0	30	89	0	91	28	25	8	37	1.85
78307527--78307578	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78313549--78313630	42	1.9	42	82	7	103	35	28	14	21	1.93
78313513--78313630	43	2.8	42	74	7	112	32	27	17	22	1.97
78317096--78317139	22	2.0	21	86	8	61	34	4	22	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78323119--78323396	38	7.3	38	87	1	376	22	21	25	30	1.98
78323119--78323396	116	2.4	114	88	2	396	22	21	25	30	1.98
78323389--78323470	43	1.9	43	87	0	119	14	25	31	28	1.95
78329186--78330076	445	2.0	445	95	0	1595	32	24	14	28	1.95
78332722--78332818	33	2.9	33	92	0	158	30	20	8	40	1.82
78332812--78332882	32	2.2	32	97	0	133	33	22	11	32	1.90
78332909--78332976	29	2.3	29	94	0	118	26	30	8	33	1.87
78335295--78335327	12	2.8	12	100	0	66	9	54	18	18	1.69
78340626--78341093	47	9.9	47	95	1	780	30	8	30	29	1.87
78341212--78341290	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78358797--78358867	27	2.6	27	81	0	79	33	12	14	39	1.83
78358858--78359067	27	7.9	27	80	4	221	30	10	20	38	1.87
78358819--78359067	81	3.1	79	77	8	245	31	10	20	37	1.87
78366922--78366967	8	5.9	8	80	19	53	63	0	2	34	1.07
78366918--78366982	34	2.0	31	88	8	94	64	0	3	32	1.09
78368459--78368651	27	7.2	28	80	9	192	32	10	18	37	1.86
78368453--78368651	80	2.5	80	82	6	226	32	10	18	38	1.85
78372600--78372888	48	6.0	48	97	0	524	30	27	6	34	1.83
78380117--78380268	40	3.8	40	86	2	189	26	28	20	24	1.99
78388181--78388332	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
78396763--78396799	20	1.9	18	89	10	56	37	2	5	54	1.38
78406237--78406412	46	3.8	46	76	12	198	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78406234--78406405	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
78408995--78409119	63	2.0	63	98	0	241	39	17	21	21	1.93
78420175--78420225	25	2.1	23	80	16	59	37	1	1	58	1.20
78421108--78421147	21	1.9	21	85	10	55	50	17	27	5	1.67
78423247--78423295	22	2.2	22	85	0	62	8	14	46	30	1.73
78424947--78425112	83	2.0	83	94	2	289	48	9	19	22	1.78
78425223--78425430	55	3.8	54	76	2	202	20	24	16	38	1.93
78435198--78435369	80	2.2	79	81	7	188	26	20	26	26	1.99
78435194--78435336	40	3.6	40	82	9	175	24	21	27	25	1.99
78435561--78435967	47	8.6	47	94	1	670	32	8	30	29	1.86
78439416--78439504	43	2.0	44	93	2	153	34	26	19	19	1.95
78440936--78441108	46	3.7	47	84	7	196	29	19	28	23	1.98
78440938--78441196	46	5.5	46	79	14	189	30	18	28	23	1.97
78443810--78443980	80	2.1	80	95	0	306	40	9	18	31	1.83
78450685--78450743	29	2.0	29	86	0	82	42	5	27	25	1.76
78452218--78452320	27	3.8	27	88	0	107	32	26	4	36	1.78
78452245--78452484	27	8.8	27	78	4	124	35	21	5	37	1.78
78452200--78452484	54	5.2	54	71	5	133	35	22	6	36	1.79
78452409--78452500	27	3.4	27	89	0	112	28	21	7	42	1.80
78452492--78452630	27	5.2	26	73	8	100	37	23	11	28	1.89
78452499--78452631	54	2.5	53	78	6	133	39	21	11	28	1.87
78452532--78452683	27	5.6	27	78	4	144	41	22	7	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78452552--78452683	55	2.4	54	84	1	156	40	20	8	30	1.82
78453480--78453554	20	3.8	20	82	6	93	41	8	17	33	1.78
78453604--78453791	26	7.3	26	88	2	249	27	21	22	27	1.99
78453604--78453778	78	2.3	77	90	2	280	26	22	22	28	1.99
78453924--78454015	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
78454039--78454147	31	3.6	30	87	8	150	32	20	23	23	1.98
78457140--78457192	26	2.0	26	100	0	106	35	11	11	41	1.77
78463107--78463145	20	2.0	20	94	0	69	28	7	17	46	1.76
78469770--78469870	50	2.0	50	88	0	148	33	18	27	19	1.96
78477930--78478123	40	4.8	40	89	1	289	26	27	22	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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