genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  88  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27728585--27728662	33	2.4	33	77	12	88	25	25	16	32	1.96
27729505--27729541	19	1.9	19	100	0	74	62	5	21	10	1.48
27738940--27738976	14	2.9	14	80	19	53	0	51	10	37	1.37
27741594--27741874	39	7.2	39	93	0	445	23	23	29	23	1.99
27745465--27745562	21	4.7	21	81	0	97	18	29	27	24	1.98
27745482--27745562	42	1.9	42	87	0	117	17	29	27	25	1.97
27759018--27759052	17	2.1	17	94	0	61	31	5	17	45	1.71
27766407--27766456	18	2.7	18	90	3	73	76	8	4	12	1.15
27766413--27766456	6	7.3	6	81	0	52	77	6	2	13	1.07
27771022--27771096	33	2.3	33	97	0	141	32	9	22	36	1.86
27772002--27772027	13	2.0	13	100	0	52	0	30	15	53	1.42
27777323--27777784	47	9.7	47	96	1	800	33	8	29	29	1.86
27777344--27777784	239	1.9	237	97	0	828	33	8	28	29	1.86
27777903--27777981	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
27795830--27795927	33	2.9	34	81	3	110	33	16	24	25	1.96
27797606--27797646	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
27803420--27803460	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
27809548--27809744	46	4.2	47	71	15	158	24	27	18	28	1.98
27830657--27830798	73	1.9	75	81	2	171	28	17	8	45	1.77
27831340--27831702	181	2.0	181	97	0	690	33	19	18	28	1.95
27835656--27836043	44	8.5	44	73	12	203	31	19	21	27	1.97
27835697--27835954	143	1.8	143	79	5	306	32	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27835975--27836140	45	3.7	45	79	4	174	31	18	19	30	1.96
27835975--27836135	46	3.6	46	81	2	157	31	19	19	30	1.96
27835929--27836135	45	4.6	44	77	9	168	31	17	19	30	1.96
27846854--27847024	42	4.0	42	73	14	152	24	16	25	33	1.96
27852060--27852207	40	3.7	40	88	0	206	33	26	18	22	1.97
27858884--27858917	17	2.0	17	88	11	52	17	29	5	47	1.71
27865270--27865314	21	2.1	21	87	0	63	44	13	8	33	1.75
27867684--27867811	62	2.1	62	100	0	256	48	9	18	23	1.77
27868875--27868902	12	2.3	12	100	0	56	25	14	0	60	1.34
27884181--27884323	43	3.4	43	79	3	139	25	17	25	32	1.97
27891570--27891599	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
27891846--27891904	24	2.5	24	86	5	86	42	20	11	25	1.86
27899334--27899416	22	3.7	22	77	16	89	33	19	20	26	1.96
27899312--27899425	23	4.9	23	72	13	90	30	21	21	25	1.99
27905592--27905748	43	3.6	43	80	4	147	30	14	21	33	1.93
27905946--27906002	28	2.0	28	96	0	105	24	10	12	52	1.70
27913767--27913811	24	1.9	23	82	13	56	31	28	6	33	1.83
27920803--27920904	44	2.4	44	81	6	120	35	26	16	21	1.95
27927398--27927422	13	1.9	13	100	0	50	20	40	16	24	1.91
27931209--27931367	43	3.7	44	79	7	173	27	15	26	30	1.96
27935154--27935265	27	4.2	26	80	7	107	39	21	24	15	1.91
27935154--27935265	54	2.1	54	83	6	138	39	21	24	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27936506--27936547	22	1.9	22	85	0	57	69	2	21	7	1.25
27937122--27937241	56	2.1	56	95	0	213	45	8	24	21	1.79
27938370--27938552	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
27938371--27938554	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
27938423--27938587	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
27945081--27945122	22	1.9	22	85	0	57	69	2	21	7	1.25
27945690--27945809	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27946927--27947105	40	4.5	39	75	10	125	26	21	27	25	1.99
27954660--27954769	27	4.1	27	82	13	129	39	21	22	16	1.92
27954660--27954769	54	2.0	54	84	6	143	39	21	22	16	1.92
27959651--27959764	43	2.7	43	82	6	133	28	16	24	30	1.97
27969997--27970072	34	2.1	36	86	11	104	75	0	3	21	0.97
27970013--27970073	6	9.5	6	77	13	59	78	0	3	18	0.88
27973885--27973917	13	2.6	13	90	4	50	48	15	0	36	1.45
27977411--27977499	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
27977411--27977490	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27977422--27977499	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27980422--27980592	93	1.8	93	89	2	272	28	28	21	21	1.98
27980414--27980589	46	3.8	47	74	12	184	29	28	21	21	1.98
27984760--27984868	53	2.1	53	94	0	191	43	7	21	28	1.79
27989895--27990061	43	3.9	43	74	6	142	29	14	24	31	1.94
27992656--27992722	29	2.3	29	89	0	107	22	23	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27994384--27994418	16	2.2	16	89	0	52	82	5	2	8	0.91
27997155--27997204	20	2.5	20	96	0	91	40	40	4	16	1.67
28000112--28000238	50	2.5	50	86	7	161	22	28	18	30	1.97
28000960--28000984	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
28002001--28002033	15	2.1	17	88	11	52	12	9	15	63	1.51
28011373--28011403	13	2.4	13	94	0	53	22	29	29	19	1.98
28017930--28018155	40	5.7	40	94	1	400	22	28	19	29	1.98
28026703--28026929	40	5.7	40	95	0	409	22	28	20	29	1.98
28040803--28041119	50	6.7	46	72	11	151	22	28	19	29	1.98
28041834--28041859	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
28047097--28047249	41	3.8	41	77	5	157	27	16	24	32	1.96
28057170--28057298	46	2.8	46	85	4	161	27	18	31	23	1.98
28062346--28062436	44	2.1	44	100	0	182	38	4	10	46	1.59
28070243--28070326	36	2.3	36	81	4	89	36	8	15	39	1.78
28070260--28070327	18	3.8	18	71	7	57	38	5	13	42	1.68
28071704--28071875	46	3.7	45	79	11	197	27	26	22	23	1.99
28071709--28071879	93	1.8	93	94	0	306	27	27	22	22	1.99
28073720--28073776	17	3.4	17	77	0	60	33	8	12	45	1.72
28073720--28073787	34	2.0	34	82	0	82	30	8	14	45	1.76
28075216--28075355	43	3.3	43	75	7	117	29	20	22	28	1.98
28075216--28075375	85	1.9	85	80	5	189	27	20	23	28	1.99
28075259--28075375	43	2.8	41	76	8	110	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28085861--28086027	81	2.0	81	83	4	208	32	10	20	35	1.87
28087011--28087041	16	1.9	16	93	0	53	29	0	16	54	1.42
28094449--28094500	25	2.1	25	82	7	61	50	17	1	30	1.57
28101837--28101879	16	2.6	17	85	10	54	48	16	0	34	1.46
28103581--28103663	42	2.0	43	87	2	123	15	38	25	20	1.92
28104780--28104918	37	3.8	37	97	0	242	25	30	18	24	1.98
28105088--28105165	25	3.2	25	65	23	67	30	30	5	33	1.79
28105034--28105498	49	9.7	49	92	3	716	29	29	8	33	1.87
28105034--28105498	96	4.8	97	91	3	694	29	29	8	33	1.87
28108623--28108669	23	2.0	23	83	8	58	57	2	6	34	1.36
28110122--28110232	19	5.9	19	71	18	63	62	2	4	30	1.29
28111832--28112656	44	18.7	44	75	11	634	28	26	15	29	1.96
28111847--28112818	222	4.4	221	86	4	1162	28	25	15	29	1.96
28124918--28125100	21	9.1	21	68	17	77	61	1	4	32	1.27
28124918--28125008	40	2.2	40	81	12	98	65	1	3	29	1.15
28124923--28125063	57	2.5	59	84	9	177	63	2	4	29	1.26
28131246--28131281	11	3.3	11	88	0	54	38	19	0	41	1.52
28140208--28140353	24	6.2	24	72	9	86	26	14	16	42	1.86
28140188--28140340	47	3.2	48	82	4	141	26	16	16	40	1.90
28140221--28140350	24	5.5	24	80	3	140	26	16	16	40	1.89
28140214--28140350	71	2.0	69	83	2	175	26	15	16	42	1.87
28140234--28140353	47	2.5	47	78	6	143	25	15	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28140336--28140423	28	3.2	26	73	12	70	29	19	18	32	1.95
28143016--28143076	32	1.9	31	90	6	95	37	8	0	54	1.31
28143332--28143369	19	2.1	18	85	9	51	63	0	0	36	0.95
28146145--28146190	17	2.7	17	80	12	51	6	15	0	78	0.95
28152366--28152395	12	2.4	13	88	11	53	23	0	0	76	0.78
28156112--28156139	13	2.2	13	100	0	56	25	7	7	60	1.48
28157149--28157333	68	2.7	68	88	0	280	39	16	20	23	1.92
28159543--28159581	17	2.3	17	86	0	51	33	2	17	46	1.62
28163019--28163073	18	3.1	18	97	2	103	45	12	5	36	1.66
28163909--28163949	20	2.1	19	86	13	57	46	0	2	51	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352