genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73247264--73247446	78	2.3	81	83	6	232	24	22	27	25	2.00
73247263--73247446	40	4.7	40	83	8	225	24	22	27	25	2.00
73247316--73247479	79	2.1	77	84	5	204	26	20	27	25	1.99
73255202--73255379	40	4.5	40	81	6	202	25	20	28	26	1.99
73255202--73255378	79	2.2	80	81	7	200	24	20	28	26	1.99
73255254--73255416	79	2.1	79	80	6	179	26	19	27	26	1.99
73261454--73261493	17	2.4	17	91	8	64	25	20	27	27	1.99
73262461--73262536	37	2.1	37	97	0	143	27	10	18	43	1.83
73262813--73262879	17	4.0	17	79	11	84	59	13	7	19	1.57
73262813--73262877	9	7.7	9	76	10	66	60	13	7	18	1.57
73263537--73263597	29	2.0	31	87	6	90	40	4	8	45	1.55
73263884--73263951	34	2.0	34	97	0	127	32	13	5	48	1.66
73263895--73263947	17	3.1	17	70	20	56	30	15	5	49	1.67
73267924--73267952	13	2.2	13	100	0	58	13	20	34	31	1.92
73279711--73279796	29	3.0	29	87	1	120	29	30	13	26	1.95
73280009--73280051	16	2.7	16	89	7	61	6	16	18	58	1.60
73280805--73280834	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
73284473--73284650	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
73284473--73284650	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
73284494--73284649	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
73292485--73292661	27	6.6	27	84	2	203	29	28	14	26	1.95
73292485--73292661	54	3.3	54	86	2	239	29	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73292506--73292660	81	1.9	81	89	2	240	29	29	14	26	1.95
73295987--73296131	40	3.6	40	87	1	220	23	28	22	26	1.99
73295984--73296131	80	1.9	80	91	2	244	25	27	21	25	1.99
73298187--73298275	28	3.1	28	80	1	106	29	25	15	29	1.96
73298494--73298530	16	2.3	16	95	0	65	8	13	18	59	1.58
73304819--73304844	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
73318224--73318323	39	2.6	39	82	4	123	37	6	9	48	1.60
73319871--73320077	54	3.8	54	77	5	222	20	24	17	36	1.94
73327294--73327496	53	3.8	54	77	6	205	20	22	18	37	1.94
73327837--73327895	29	2.0	29	83	0	73	28	16	8	45	1.77
73328897--73328955	31	1.9	31	96	0	109	25	30	15	28	1.96
73331379--73331431	22	2.4	22	96	0	97	30	5	26	37	1.79
73332568--73332617	21	2.4	21	80	9	59	28	12	24	36	1.91
73337962--73338078	27	4.3	27	88	0	153	28	24	8	38	1.85
73337962--73338078	54	2.2	54	88	0	171	28	24	8	38	1.85
73338082--73338234	27	5.8	24	72	18	83	41	21	8	28	1.82
73338109--73338233	27	4.7	26	80	6	151	41	22	7	28	1.80
73338134--73338337	54	3.7	55	73	8	166	41	18	8	31	1.81
73338109--73338248	27	5.2	27	77	8	142	42	20	7	30	1.79
73338189--73338318	27	4.7	27	76	12	113	42	18	7	31	1.78
73338160--73338318	54	2.9	54	83	5	178	42	18	8	31	1.79
73338334--73338440	27	3.9	27	75	12	94	38	20	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73339247--73339340	25	3.8	25	94	1	154	25	26	22	25	2.00
73339247--73339353	25	4.4	24	91	3	135	28	24	22	25	2.00
73339559--73339766	31	6.7	31	92	0	319	29	14	24	31	1.95
73341916--73342120	78	2.6	77	82	5	189	28	28	20	23	1.99
73341954--73342120	39	4.3	39	89	0	235	29	28	18	23	1.98
73344494--73344569	15	5.0	15	75	7	55	55	18	14	11	1.69
73351401--73351573	43	4.0	43	89	0	274	30	31	26	12	1.92
73351538--73351596	27	2.2	27	93	0	100	32	37	23	6	1.81
73351618--73351700	38	2.2	38	86	2	114	31	25	21	21	1.98
73356055--73356176	45	2.7	45	83	2	165	22	14	29	32	1.94
73356154--73356239	44	1.9	45	90	2	138	19	17	30	32	1.95
73362220--73362371	71	2.1	72	91	2	245	30	29	17	23	1.97
73362384--73362434	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
73362291--73362511	103	2.2	102	93	2	372	31	31	18	18	1.95
73362841--73362904	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
73362848--73362904	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
73369849--73370072	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
73370401--73370464	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
73370408--73370464	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
73383755--73383819	34	1.9	34	84	9	89	24	24	26	24	2.00
73387436--73387480	20	2.2	20	100	0	90	37	4	28	28	1.77
73391290--73391357	28	2.4	29	90	7	104	27	32	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73391290--73391375	29	3.0	28	86	6	104	26	33	15	24	1.95
73393083--73393270	40	4.7	40	93	0	324	24	22	28	25	1.99
73399439--73399590	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
73399439--73399610	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
73401340--73401374	18	2.0	18	88	5	54	11	22	40	25	1.88
73412653--73412713	18	3.4	18	76	15	63	47	0	29	22	1.52
73414095--73414128	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
73416393--73416451	3	19.7	3	92	0	100	35	0	32	32	1.58
73422003--73422174	86	2.0	86	96	0	317	32	14	27	25	1.95
73422524--73422563	20	2.0	20	100	0	80	30	20	25	25	1.99
73426072--73426297	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	25	2.00
73426072--73426297	120	1.9	120	84	7	307	26	26	21	25	2.00
73431274--73431352	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
73431227--73431547	47	6.7	47	95	2	527	33	8	29	29	1.87
73431227--73431547	96	3.4	94	92	4	527	33	8	29	29	1.87
73436017--73436289	48	5.6	48	86	7	379	25	21	27	25	1.99
73436033--73436285	102	2.5	101	88	7	367	25	21	28	25	1.99
73436141--73436369	48	5.1	42	73	19	162	25	19	28	26	1.99
73436017--73436289	150	1.8	150	91	1	458	25	21	27	25	1.99
73436500--73436533	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
73448441--73448477	19	1.9	19	100	0	74	37	10	13	37	1.80
73451971--73452038	24	2.8	24	84	8	84	35	23	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73452159--73452225	28	2.4	28	92	2	109	32	7	25	34	1.84
73459699--73459787	27	3.2	27	87	6	126	32	23	24	19	1.97
73459896--73459958	27	2.3	27	94	0	108	33	7	23	34	1.84
73467545--73467636	29	3.2	28	84	7	123	32	22	23	20	1.98
73467742--73467809	28	2.4	28	90	0	100	35	7	23	33	1.83
73469235--73469688	47	9.6	47	95	1	800	29	28	8	33	1.86
73469235--73469688	96	4.8	94	95	1	800	29	28	8	33	1.86
73469235--73469688	143	3.2	143	92	3	738	29	28	8	33	1.86
73473350--73473741	40	9.8	40	94	0	676	24	28	22	24	2.00
73475169--73475805	47	13.5	47	93	1	1049	29	29	8	32	1.87
73480709--73480982	46	5.8	48	78	10	262	22	30	20	27	1.98
73480713--73481027	94	3.3	95	79	12	305	23	30	19	26	1.98
73488338--73488652	46	6.7	47	77	14	253	23	30	19	26	1.98
73488338--73488652	94	3.3	96	78	12	318	23	30	19	26	1.98
73489383--73489409	14	1.9	14	100	0	54	25	22	14	37	1.93
73495373--73495418	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
73496570--73496641	34	2.1	35	82	7	85	43	11	25	20	1.85
73500640--73500822	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
73500641--73500824	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
73500693--73500857	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
73508391--73508474	32	2.6	32	96	0	150	25	2	29	42	1.67
73511824--73511877	20	2.8	19	75	10	56	59	0	3	37	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73515079--73515105	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
73516602--73516652	9	6.0	8	78	17	50	66	0	0	33	0.92
73516595--73516651	17	3.3	18	80	14	66	64	0	0	35	0.93
73516602--73516652	17	2.9	18	85	8	70	66	0	0	33	0.92
73517882--73517930	24	2.0	24	88	4	71	63	6	0	30	1.19
73522547--73522732	50	3.8	49	86	2	239	27	19	24	28	1.98
73522547--73522735	99	1.9	100	87	3	283	26	19	24	29	1.98
73526065--73526102	20	1.9	20	88	0	58	15	23	44	15	1.85
73528179--73528448	48	5.5	48	81	3	173	24	26	20	28	1.99
73528135--73528461	50	6.7	48	82	3	343	25	25	20	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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