genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11469898--11470045	31	4.8	31	92	0	242	25	27	19	27	1.99
11470021--11470197	50	3.5	50	88	0	273	26	23	14	35	1.93
11474706--11474751	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
11476427--11476506	25	3.2	25	78	7	99	23	25	18	32	1.97
11476427--11476519	25	3.7	25	78	5	98	23	23	20	32	1.98
11481971--11482097	65	2.0	65	85	0	173	35	22	8	33	1.85
11481967--11482097	33	4.0	33	83	5	140	35	22	9	32	1.87
11482090--11482158	29	2.4	29	97	0	129	24	31	10	33	1.89
11484193--11484232	15	2.7	15	80	0	53	55	12	17	15	1.70
11485081--11485179	6	16.5	6	100	0	198	49	17	0	33	1.47
11486666--11486836	93	1.8	93	91	0	279	28	29	20	21	1.98
11486658--11486827	46	3.7	46	77	13	195	29	29	20	21	1.98
11490577--11490606	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
11490598--11490783	33	5.7	33	87	3	191	34	20	10	34	1.87
11490776--11490841	29	2.3	29	91	0	105	24	28	10	36	1.89
11496660--11496717	6	9.0	6	75	20	55	77	0	18	3	0.91
11496660--11496719	20	3.0	20	78	9	70	76	0	20	3	0.92
11496663--11496713	26	2.0	26	84	7	68	76	0	19	3	0.94
11497970--11498018	18	2.5	20	78	18	59	42	0	0	57	0.99
11507205--11507263	25	2.6	21	80	17	64	32	0	0	67	0.91
11507245--11507314	25	2.9	25	75	14	67	35	4	0	60	1.17
11507205--11507319	22	4.9	22	69	23	76	36	2	0	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11510850--11510907	24	2.4	24	91	5	91	56	3	8	31	1.46
11513603--11513866	46	5.7	46	91	0	384	41	15	24	18	1.89
11515438--11515560	34	3.6	35	88	3	187	26	8	22	41	1.83
11520965--11521115	40	3.8	40	84	4	187	26	22	19	31	1.98
11521163--11521252	40	2.2	40	84	0	126	26	21	18	33	1.96
11526841--11526893	27	2.1	26	86	10	74	43	7	9	39	1.65
11529259--11529291	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
11536874--11537233	46	8.0	46	86	9	481	22	24	15	38	1.92
11536874--11537233	91	4.0	91	87	7	477	22	24	15	38	1.92
11537151--11537222	37	1.9	37	100	0	144	23	26	16	33	1.96
11542327--11542636	46	7.0	46	86	8	426	22	24	14	38	1.92
11542462--11542534	25	3.1	25	60	25	59	21	21	19	36	1.95
11542327--11542636	91	3.5	91	88	5	424	22	24	14	38	1.92
11542551--11542625	37	2.0	38	97	2	143	24	26	17	32	1.97
11551689--11551750	30	2.1	30	90	0	97	58	11	3	27	1.48
11555692--11555738	23	2.0	23	95	0	85	23	29	25	21	1.99
11556484--11556636	76	2.0	76	98	0	297	24	30	10	34	1.89
11568948--11569030	42	2.0	42	97	0	157	27	26	24	21	1.99
11571470--11571542	21	3.9	19	69	24	57	38	1	5	54	1.32
11576947--11576971	12	2.1	12	100	0	50	56	16	8	20	1.65
11577873--11577916	21	2.1	21	83	8	54	13	11	0	75	1.06
11577908--11577968	13	4.5	13	76	13	61	37	1	1	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11577997--11578034	20	1.9	20	84	10	51	36	10	5	47	1.61
11579751--11579986	131	1.8	131	80	5	289	31	17	19	31	1.95
11581239--11581465	44	5.2	44	89	0	328	26	29	15	27	1.96
11598642--11598717	28	2.7	27	76	20	68	38	0	0	61	0.96
11603201--11603226	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
11613071--11613110	21	1.9	21	89	0	62	22	12	12	52	1.72
11613475--11613510	19	1.9	19	88	5	56	36	2	8	52	1.46
11614046--11614102	24	2.3	24	85	8	71	57	1	3	36	1.26
11622517--11622574	22	2.5	25	78	18	63	32	0	5	62	1.18
11622725--11622801	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
11622741--11622780	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
11622729--11622795	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
11622764--11622803	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
11625456--11625560	49	2.3	46	84	11	128	29	26	14	29	1.95
11625467--11625656	49	4.0	48	80	9	165	32	26	14	26	1.94
11625531--11625656	47	2.7	46	81	2	144	31	26	16	24	1.96
11625680--11625789	31	3.5	31	92	2	177	25	25	19	30	1.98
11651988--11652026	20	1.9	21	84	5	53	25	15	25	33	1.95
11655921--11655946	12	2.2	12	100	0	52	42	7	23	26	1.81
11656032--11656075	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
11656074--11656120	3	15.7	3	95	0	85	36	0	31	31	1.58
11656173--11656204	9	3.6	9	95	0	55	28	21	40	9	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11656164--11656188	12	2.1	12	100	0	50	32	24	36	8	1.84
11656250--11656279	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
11656347--11656640	51	6.2	47	68	17	151	46	15	20	18	1.84
11656253--11656640	186	2.1	187	92	4	667	46	15	19	17	1.84
11656347--11656505	51	3.1	51	80	0	174	47	14	20	17	1.82
11658805--11658856	20	2.7	19	79	5	59	55	5	3	34	1.42
11658906--11658967	16	4.0	16	72	8	65	59	3	0	37	1.13
11658888--11658969	16	4.9	18	70	20	54	58	2	0	39	1.11
11668013--11668057	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
11670895--11670924	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
11672073--11672106	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
11678710--11679759	138	7.6	138	91	1	1617	32	16	21	29	1.95
11678710--11679686	412	2.4	413	93	0	1634	32	16	21	29	1.95
11678710--11680162	276	5.3	277	84	7	1482	31	16	21	30	1.95
11679358--11680028	321	2.1	320	91	1	1076	31	16	21	29	1.96
11679222--11680159	459	2.1	456	90	2	1497	31	16	21	30	1.95
11678715--11680257	45	33.6	47	72	12	625	31	16	21	30	1.95
11679678--11680284	138	4.4	138	92	1	973	31	15	21	31	1.95
11688687--11688745	29	2.0	30	80	9	68	45	3	0	50	1.18
11690119--11690191	27	2.7	26	79	16	76	39	36	2	20	1.67
11690119--11690191	29	2.6	28	83	12	96	39	36	2	20	1.67
11690635--11690681	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11697604--11697666	30	2.0	32	87	6	94	31	12	7	47	1.70
11709995--11710023	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
11710209--11710268	29	2.1	29	83	0	75	65	10	3	21	1.38
11715501--11715564	30	2.1	30	100	0	128	35	6	15	42	1.72
11716584--11716645	27	2.3	27	82	0	79	19	22	24	33	1.97
11719809--11719961	81	1.9	82	86	4	220	55	9	5	29	1.55
11721444--11721518	37	2.0	37	97	0	141	42	13	1	42	1.52
11722159--11722218	18	3.3	18	75	9	59	31	15	10	43	1.79
11722344--11722382	6	6.5	6	93	0	60	46	12	20	20	1.83
11722779--11722808	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
11723484--11723508	13	1.9	13	100	0	50	12	16	0	72	1.13
11728186--11728245	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
11731039--11731164	50	2.5	51	88	5	184	36	15	23	24	1.94
11731143--11731252	31	3.5	31	91	3	177	27	16	30	26	1.97
11731279--11731401	47	2.6	47	89	1	176	29	14	26	30	1.95
11732404--11732462	17	3.7	15	76	15	57	23	5	1	69	1.18
11732407--11732466	31	1.9	31	93	0	102	25	5	1	68	1.19
11735010--11735051	20	2.1	20	86	8	59	28	0	4	66	1.12
11735540--11735565	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11736024--11736077	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
11736039--11736075	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
11736142--11736197	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11737260--11737314	3	18.7	3	96	3	103	65	0	34	0	0.93
11755067--11755102	7	5.1	7	89	0	54	41	11	47	0	1.39
11759156--11759243	44	2.0	44	100	0	176	9	20	6	63	1.46
11762181--11762217	16	2.2	17	90	9	58	56	0	0	43	0.99
11765075--11765121	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
11765382--11765593	46	4.6	46	91	1	282	20	24	15	39	1.91
11765568--11765619	16	3.4	16	74	15	65	21	25	15	38	1.92
11765565--11765622	29	2.0	29	96	0	107	18	24	15	41	1.89
11765519--11765722	75	2.6	75	88	9	284	24	24	15	36	1.94
11765637--11765711	38	2.0	38	97	0	141	24	22	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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