genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  187  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61461944--61462230	81	3.5	78	79	7	268	28	19	8	42	1.81
61462710--61462774	25	2.6	25	92	0	103	16	18	16	47	1.83
61462707--61462788	6	13.3	6	71	19	62	18	17	15	48	1.81
61466962--61467014	24	2.2	24	80	3	63	20	22	24	32	1.98
61476080--61476333	40	6.5	40	89	5	351	25	27	23	23	2.00
61476080--61476333	78	3.2	79	89	5	347	25	27	23	23	2.00
61484196--61484378	40	4.6	40	91	1	278	26	29	22	20	1.99
61494136--61494434	47	6.3	47	91	1	436	27	30	8	33	1.87
61517981--61518075	40	2.4	40	87	5	131	22	28	23	26	1.99
61518058--61518093	18	2.0	18	100	0	72	11	33	27	27	1.91
61518018--61518133	58	2.0	58	96	0	214	20	29	25	25	1.99
61518076--61518176	40	2.5	40	88	3	150	22	28	25	22	1.99
61517981--61518173	98	2.0	97	85	5	264	22	28	23	24	1.99
61530005--61530047	22	2.0	22	86	9	61	39	13	0	46	1.44
61530005--61530047	23	2.0	21	82	17	52	39	13	0	46	1.44
61537754--61537933	48	3.9	48	75	10	183	28	25	19	27	1.99
61548700--61548975	48	5.9	48	81	5	260	27	23	22	26	1.99
61550330--61550357	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
61555056--61555088	15	2.2	15	100	0	66	69	0	15	15	1.19
61558784--61558810	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
61570958--61571003	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
61576631--61576730	48	2.0	50	84	7	134	22	25	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61576604--61576807	55	3.9	53	73	14	143	23	26	17	32	1.96
61584287--61584503	55	4.0	54	79	6	233	22	25	16	35	1.95
61584249--61584503	55	4.8	53	78	6	232	21	24	17	36	1.95
61586357--61586419	27	2.4	26	84	7	74	41	23	22	12	1.88
61587876--61587956	24	3.4	24	84	1	110	22	37	3	37	1.72
61594175--61594285	27	4.2	26	80	7	107	38	19	22	18	1.93
61595680--61595756	24	3.2	24	90	0	127	20	40	3	35	1.71
61601119--61601234	27	4.3	27	86	5	155	36	19	18	25	1.95
61601119--61601264	53	2.7	53	82	7	161	35	20	18	25	1.95
61601119--61601263	27	5.4	27	83	5	152	35	20	18	25	1.95
61601982--61602045	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
61602007--61602066	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
61608799--61608835	18	2.0	19	89	5	58	43	0	16	40	1.48
61609238--61609403	64	2.6	63	77	7	174	30	16	28	23	1.96
61615945--61616057	46	2.4	47	85	8	142	25	32	15	25	1.96
61624704--61624750	24	2.0	24	83	8	60	21	51	4	23	1.65
61625020--61625280	27	9.7	27	87	0	351	42	17	15	24	1.88
61625020--61625276	81	3.2	81	93	1	444	42	17	15	24	1.88
61628851--61628911	26	2.3	27	88	2	88	34	16	11	37	1.85
61628902--61629255	27	13.2	27	86	3	401	31	8	19	40	1.82
61628892--61629256	53	6.8	53	85	3	419	31	8	19	40	1.82
61629554--61629634	28	2.9	28	77	1	81	27	30	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61631772--61631951	27	6.7	27	83	0	207	43	17	11	27	1.83
61631772--61631951	54	3.3	54	86	0	243	43	17	11	27	1.83
61631772--61631947	81	2.2	81	86	0	253	43	18	11	26	1.83
61639733--61639845	31	3.7	31	89	3	160	28	24	17	29	1.97
61639869--61640002	42	3.2	42	91	0	223	32	19	15	32	1.93
61640150--61640219	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
61641024--61641101	27	2.9	27	79	11	88	20	19	21	38	1.94
61641132--61641185	27	2.0	27	81	0	63	37	16	14	31	1.89
61641146--61641249	27	3.8	27	77	9	102	32	8	17	41	1.80
61641232--61641301	27	2.6	27	97	0	131	27	7	24	41	1.81
61641333--61641518	27	6.9	27	85	2	239	39	7	23	30	1.82
61641333--61641529	81	2.4	81	88	3	281	39	7	23	29	1.82
61645761--61646123	47	7.6	47	91	3	532	27	29	9	33	1.88
61645761--61646123	143	2.6	143	88	3	536	27	29	9	33	1.88
61651685--61651778	27	3.4	27	82	7	100	37	23	23	15	1.93
61657022--61657251	40	5.8	40	92	1	336	25	21	28	24	1.99
61663271--61663382	27	4.2	26	85	7	143	38	22	24	15	1.92
61663271--61663382	54	2.1	54	88	3	163	38	22	24	15	1.92
61672396--61672691	40	7.5	39	90	3	425	26	27	23	23	2.00
61672396--61672691	118	2.5	118	90	3	443	26	27	23	23	2.00
61672396--61672691	79	3.7	80	88	5	424	26	27	23	23	2.00
61685331--61685409	28	2.8	28	88	0	113	34	12	25	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61691724--61691904	40	4.5	40	92	1	274	21	28	25	24	1.99
61695741--61695767	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
61696213--61696310	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
61696241--61696323	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
61704897--61705088	40	4.8	40	93	1	296	21	29	25	23	1.99
61723904--61723955	21	2.4	21	90	3	77	7	19	23	50	1.73
61746066--61746290	49	4.5	49	88	2	315	29	28	17	24	1.97
61746053--61746290	99	2.4	98	87	2	332	29	27	17	25	1.98
61757622--61757953	171	1.9	177	81	6	410	40	9	8	41	1.68
61761892--61761955	29	2.2	29	91	0	101	26	3	7	62	1.38
61768082--61768144	14	4.4	14	78	9	65	79	1	7	11	1.00
61770836--61770951	39	3.0	39	76	0	115	43	18	4	32	1.70
61771811--61771865	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
61771936--61771989	26	2.1	26	89	6	83	51	9	5	33	1.57
61772011--61772143	23	5.6	24	72	14	89	56	3	6	33	1.42
61771974--61772051	28	2.8	28	72	7	77	62	2	5	29	1.30
61772007--61772075	25	2.8	25	80	8	72	56	2	7	33	1.42
61772629--61772726	30	3.3	30	97	0	178	18	6	51	24	1.69
61772663--61772716	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
61774021--61774149	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
61776130--61776481	91	3.8	92	82	7	373	38	18	16	27	1.92
61776389--61776421	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61776130--61776481	182	1.9	183	83	6	455	38	18	16	27	1.92
61776488--61776521	12	2.7	13	90	4	52	55	11	14	17	1.68
61776504--61777106	73	8.2	75	84	5	737	33	18	15	31	1.93
61776501--61777098	148	4.0	147	86	4	733	33	18	16	31	1.93
61777278--61777323	13	3.6	14	80	13	55	67	4	10	17	1.37
61777110--61777467	98	3.7	100	83	7	415	37	20	18	24	1.94
61777294--61777467	90	2.0	88	87	5	255	36	20	18	23	1.95
61778327--61778360	18	1.9	18	94	5	61	0	14	0	85	0.60
61784184--61784231	24	2.0	24	100	0	96	25	20	25	29	1.99
61789183--61789261	40	2.0	39	85	2	104	27	31	22	17	1.97
61789338--61789493	47	3.4	45	82	9	165	28	28	8	34	1.87
61790574--61790607	18	1.9	17	88	5	50	73	5	2	17	1.16
61790714--61790746	11	2.9	12	91	8	52	0	48	0	51	1.00
61791209--61791272	3	21.3	3	75	12	60	31	1	6	60	1.30
61791215--61791275	22	2.8	22	87	7	81	32	1	8	57	1.38
61791215--61791283	22	3.0	23	79	12	63	31	2	10	55	1.48
61797152--61797335	40	4.6	40	85	7	178	26	27	22	23	2.00
61797155--61797335	80	2.3	80	82	9	201	25	27	22	23	2.00
61807011--61807123	56	2.0	56	87	3	165	28	17	25	28	1.98
61807067--61808211	74	15.4	74	85	6	1340	29	16	21	32	1.95
61807067--61808211	146	7.7	146	85	6	1426	29	16	21	32	1.95
61807141--61808201	451	2.4	450	96	0	1921	30	17	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61807874--61808167	159	1.9	159	89	2	466	29	17	21	31	1.96
61808314--61808411	50	2.0	50	82	8	119	27	21	28	22	1.99
61809636--61809668	11	2.9	12	91	8	52	0	48	0	51	1.00
61810132--61810197	3	21.3	3	75	6	60	30	1	6	62	1.29
61810139--61810200	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
61810139--61810208	23	3.0	23	79	10	63	31	2	10	55	1.47
61810297--61810332	3	12.0	3	93	0	63	33	2	0	63	1.08
61813654--61813694	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
61815965--61816019	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
61816060--61816125	26	2.5	26	80	4	62	59	4	7	28	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352