genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78477900--78478124	81	2.8	81	87	2	312	27	27	21	24	1.99
78485508--78485731	40	5.6	40	86	4	272	27	26	22	24	2.00
78485508--78485732	81	2.8	80	86	4	292	27	26	22	24	2.00
78488043--78488246	53	3.8	53	73	5	131	37	17	23	21	1.94
78492821--78492928	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
78499148--78499188	19	2.2	19	90	0	64	36	12	17	34	1.87
78501575--78501630	17	3.3	17	78	9	69	62	3	1	32	1.23
78501840--78501970	69	1.9	67	84	9	176	41	9	9	38	1.72
78501840--78501993	67	2.2	67	78	15	163	43	8	10	37	1.69
78503904--78503944	6	6.7	6	88	5	64	39	14	14	31	1.87
78503904--78503944	19	2.2	18	91	4	64	39	14	14	31	1.87
78503891--78503951	25	2.5	24	86	2	77	37	14	16	31	1.89
78503904--78503951	19	2.5	19	86	6	53	39	14	16	29	1.88
78515113--78515137	10	2.5	10	100	0	50	0	56	0	44	0.99
78515993--78516034	17	2.5	17	92	0	66	21	21	35	21	1.96
78518889--78518949	26	2.2	28	88	8	90	59	0	1	39	1.08
78519052--78519087	18	2.0	18	88	0	54	50	0	5	44	1.25
78521760--78521803	22	1.9	24	86	9	65	38	4	2	54	1.33
78523255--78523344	9	9.9	9	72	17	62	63	2	1	33	1.14
78523284--78523342	21	3.1	19	80	9	68	69	1	1	27	1.07
78523310--78523342	11	3.1	11	82	8	50	72	0	0	27	0.85
78523727--78523925	9	20.7	9	65	19	64	34	2	3	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78523904--78523942	16	2.4	16	95	0	69	35	0	2	61	1.10
78524026--78524109	8	10.0	8	72	25	50	34	0	1	64	1.02
78524025--78524105	9	8.3	10	70	14	62	32	0	1	66	0.99
78524025--78524135	18	5.8	19	71	8	82	31	0	2	64	1.13
78524056--78524141	28	3.1	26	80	11	91	33	1	2	62	1.15
78524024--78524135	37	3.2	35	75	19	110	32	0	2	64	1.14
78526237--78526310	17	4.5	17	68	21	50	40	2	1	55	1.22
78534448--78534494	21	2.1	21	81	14	51	42	0	25	31	1.55
78546664--78546836	93	1.9	93	95	0	310	27	30	21	20	1.98
78546657--78546832	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
78549225--78549310	45	1.9	45	83	9	113	54	12	19	12	1.70
78549225--78549310	15	5.7	15	80	10	95	54	12	19	12	1.70
78552234--78552405	92	1.9	92	92	1	290	27	29	22	21	1.99
78552227--78552407	45	3.9	46	72	13	138	28	29	21	20	1.98
78556356--78556402	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
78560819--78560877	14	4.2	14	86	4	66	54	23	0	22	1.45
78560969--78561009	22	1.9	22	90	5	66	41	29	0	29	1.56
78561400--78561496	49	2.0	46	88	5	140	40	24	4	30	1.74
78561669--78561796	41	3.1	40	84	4	166	20	21	21	36	1.95
78567397--78567504	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
78577084--78577133	20	2.7	19	80	20	61	42	2	2	54	1.23
78583742--78584004	40	6.6	40	87	3	316	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78585642--78585693	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
78585507--78585771	104	2.6	105	92	4	432	31	30	19	18	1.96
78586099--78586162	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
78586106--78586162	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
78592985--78593350	102	3.6	104	94	2	609	30	29	20	19	1.97
78593222--78593274	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
78593679--78593742	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
78593686--78593742	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
78599181--78599438	40	6.5	40	92	1	412	23	23	27	25	2.00
78612518--78612569	17	3.1	17	94	0	86	40	19	5	34	1.75
78615308--78615410	52	2.0	52	94	0	179	35	18	21	24	1.95
78616273--78616340	30	2.3	30	94	0	118	19	25	32	23	1.97
78627860--78628035	39	4.5	39	85	4	203	26	19	28	25	1.99
78627813--78628033	78	2.8	78	82	6	248	25	20	28	25	1.99
78635715--78635936	40	5.7	39	82	8	229	25	20	27	25	1.99
78635715--78635936	117	1.9	117	79	7	254	25	20	27	25	1.99
78635795--78635969	79	2.3	78	81	6	187	25	21	28	24	1.99
78638121--78638153	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
78638639--78638785	41	3.4	42	83	9	156	21	28	23	26	1.99
78638671--78638802	45	3.0	44	84	9	155	23	29	21	25	1.99
78644343--78644453	29	3.8	28	78	13	100	61	4	0	33	1.22
78644394--78644439	14	3.2	14	78	3	56	65	2	0	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78644815--78645011	67	2.9	67	92	0	313	41	14	4	40	1.66
78645373--78645573	67	3.0	63	83	11	233	41	14	5	38	1.69
78644766--78646150	578	2.4	557	87	5	1906	40	15	10	34	1.81
78645949--78646292	67	5.1	66	87	2	465	42	14	4	38	1.65
78646470--78646500	12	2.6	12	94	0	53	29	6	25	38	1.81
78651362--78651494	67	2.0	67	96	0	248	42	15	3	39	1.64
78651551--78651593	21	2.0	21	100	0	86	23	23	9	44	1.82
78662565--78662624	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
78663049--78663179	47	2.8	47	81	12	162	23	17	28	30	1.97
78666988--78667023	17	2.1	17	100	0	72	19	22	16	41	1.90
78668109--78668168	30	2.0	30	83	6	77	36	6	26	30	1.82
78672898--78672971	30	2.4	31	88	4	114	47	20	5	27	1.72
78673954--78674025	31	2.3	32	83	9	96	27	6	20	44	1.77
78673860--78674204	175	2.0	174	83	4	444	26	15	20	36	1.93
78676311--78676360	25	2.0	25	100	0	100	32	12	16	40	1.84
78678155--78678248	21	4.5	21	77	5	100	42	19	22	15	1.89
78678140--78678284	42	3.5	41	80	1	128	44	17	20	16	1.86
78683656--78683707	24	2.2	24	92	0	86	9	19	44	26	1.81
78686806--78686865	29	2.1	29	83	0	75	35	23	23	18	1.96
78693020--78693178	80	2.0	80	97	0	300	37	30	11	21	1.88
78692936--78693292	195	1.8	197	88	3	549	35	28	10	24	1.89
78693886--78693925	21	1.9	21	100	0	80	17	20	7	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78694257--78694299	22	2.0	22	90	0	68	32	0	4	62	1.15
78694279--78694317	19	2.1	18	86	13	53	41	2	2	53	1.28
78694764--78694801	18	2.1	19	85	5	51	36	0	10	52	1.36
78694747--78694805	31	2.0	29	83	12	75	37	0	10	52	1.35
78696044--78696105	19	3.3	19	70	17	56	22	19	24	33	1.97
78697749--78697814	10	6.8	10	72	6	55	43	9	6	40	1.61
78698436--78698516	3	27.7	3	72	14	62	34	1	4	59	1.27
78698753--78698846	33	2.6	37	74	22	92	44	1	4	50	1.28
78698775--78698855	33	2.5	33	82	11	87	48	0	6	45	1.27
78698978--78699042	5	12.4	5	73	20	53	73	3	4	18	1.13
78698989--78699042	22	2.6	20	83	11	72	75	3	5	14	1.12
78700108--78700132	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
78700110--78700222	45	2.5	45	85	2	156	22	21	18	38	1.94
78706558--78706596	17	2.3	17	86	8	53	23	17	43	15	1.87
78713538--78713741	40	5.1	39	79	9	207	24	20	28	26	1.99
78713541--78713720	79	2.3	81	82	9	219	24	20	28	26	1.99
78713572--78713755	79	2.3	77	79	9	199	26	19	27	27	1.99
78717400--78717447	25	1.9	25	91	0	78	31	18	22	27	1.97
78717436--78717493	25	2.3	25	84	0	71	29	29	18	22	1.98
78717647--78717705	31	1.9	31	86	10	86	42	3	18	35	1.67
78723026--78723203	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78723027--78723182	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78723023--78723203	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78726873--78727050	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
78726874--78727029	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
78726870--78727050	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
78732418--78732460	18	2.4	18	84	0	59	25	25	18	30	1.98
78734141--78734245	31	3.4	31	71	10	108	35	2	7	54	1.44
78734132--78734248	61	1.9	61	92	3	200	37	2	6	52	1.42
78738476--78738525	26	1.9	26	84	8	66	42	16	2	40	1.59
78740575--78740632	28	2.0	29	93	3	100	29	13	10	46	1.77
78746809--78746920	43	2.6	42	81	5	145	29	24	16	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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