genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19745890--19745930	12	2.9	15	75	20	52	26	0	14	58	1.37
19745879--19745930	27	1.9	27	100	0	104	25	0	13	61	1.32
19747656--19747985	128	2.6	127	83	3	421	25	15	19	39	1.91
19752966--19753023	17	3.6	17	73	15	52	60	0	1	37	1.07
19753499--19753542	17	2.5	18	92	3	72	36	13	11	38	1.81
19754147--19754191	5	9.0	5	88	7	65	55	0	2	42	1.12
19762274--19762344	24	3.0	24	87	8	108	39	26	11	22	1.88
19762590--19762628	18	2.1	20	86	13	57	66	0	5	28	1.12
19763092--19763138	22	2.0	24	84	8	62	70	2	17	10	1.26
19764122--19764160	16	2.4	16	83	8	53	15	17	0	66	1.25
19766762--19766837	27	2.7	28	83	4	91	34	25	15	25	1.95
19771122--19771152	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
19785289--19785348	24	2.5	23	76	12	68	41	0	1	56	1.09
19785317--19785381	28	2.3	29	81	10	80	38	0	1	60	1.07
19787078--19787133	21	2.7	21	88	5	78	37	3	21	37	1.71
19787280--19787331	19	2.5	20	81	9	61	40	0	5	53	1.25
19788152--19788267	58	2.0	58	93	0	196	37	13	15	33	1.87
19789062--19789107	9	5.1	9	100	0	92	45	10	10	32	1.74
19790885--19790936	23	2.2	25	83	13	65	15	5	5	73	1.22
19791085--19791150	20	3.3	19	76	6	60	57	1	1	39	1.17
19792387--19792412	10	2.6	10	100	0	52	11	0	0	88	0.52
19793321--19793370	21	2.3	22	93	6	84	34	28	26	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19793296--19793382	21	4.0	23	77	10	83	37	24	21	16	1.93
19801581--19801649	32	2.2	32	78	5	77	52	8	7	31	1.60
19818608--19818635	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
19821123--19821164	20	2.1	20	100	0	84	23	19	14	42	1.87
19826652--19826705	11	4.9	11	76	0	54	24	1	1	72	1.05
19827124--19827154	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
19827209--19827243	10	3.2	11	88	12	54	25	0	0	74	0.82
19827213--19827244	10	3.2	10	95	0	55	28	0	0	71	0.86
19827249--19827304	18	3.0	19	84	10	71	44	0	1	53	1.11
19827253--19827305	19	2.7	19	85	11	72	45	0	1	52	1.11
19833788--19834009	57	3.9	57	79	10	192	31	16	18	33	1.93
19833807--19833954	57	2.7	56	87	6	212	27	17	18	36	1.94
19833921--19834061	54	2.6	55	89	1	221	29	19	23	28	1.98
19836037--19836069	11	2.8	12	95	4	59	15	3	0	81	0.80
19836062--19836142	14	5.5	14	72	22	60	20	9	0	69	1.17
19836037--19836120	23	3.5	25	72	26	74	19	8	0	72	1.09
19836095--19836132	20	1.9	20	94	0	67	18	10	0	71	1.14
19836077--19836158	24	3.6	24	80	14	111	23	9	0	67	1.20
19836045--19836156	44	2.5	44	84	8	147	20	8	0	70	1.14
19836456--19836532	5	14.6	5	78	10	82	19	19	0	61	1.35
19836456--19836532	16	4.8	16	79	10	86	19	19	0	61	1.35
19836525--19836562	17	2.2	18	86	13	53	28	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19836539--19836632	41	2.3	41	83	3	109	24	7	0	68	1.15
19836570--19836636	20	3.3	20	75	4	71	23	7	0	68	1.15
19836765--19836817	27	1.9	28	84	3	72	20	15	1	62	1.42
19836766--19836900	26	5.2	26	64	18	75	22	15	2	60	1.46
19836689--19836838	77	2.0	76	81	6	178	23	15	2	59	1.46
19838687--19838740	20	2.7	20	97	0	99	9	31	38	20	1.84
19840883--19840923	3	14.0	3	80	14	50	63	0	4	31	1.15
19842701--19842882	54	3.3	52	80	11	206	34	19	15	30	1.93
19844385--19844433	25	2.0	25	92	4	82	26	16	0	57	1.40
19847275--19847392	36	3.3	36	93	0	200	19	47	5	27	1.72
19847344--19847531	45	4.2	45	90	0	250	17	50	8	24	1.73
19856534--19856575	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
19860691--19860769	33	2.4	33	79	12	90	26	24	16	32	1.96
19860709--19860906	105	1.9	101	85	6	272	27	22	14	35	1.93
19862056--19862124	34	2.0	34	100	0	138	23	13	17	46	1.83
19864999--19865040	21	2.0	21	85	0	57	47	7	9	35	1.64
19865392--19865515	60	2.1	60	96	0	230	35	17	9	37	1.83
19865837--19865875	3	13.7	3	89	10	64	33	0	0	66	0.92
19867181--19867238	27	2.1	27	83	0	71	22	13	32	31	1.93
19867645--19867749	54	1.9	54	100	0	210	56	19	0	24	1.42
19867805--19867919	60	1.9	60	90	0	185	53	12	0	33	1.44
19868024--19868079	25	2.2	25	78	12	62	62	1	0	35	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19869675--19869731	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
19877269--19877476	53	3.9	52	81	6	193	25	25	15	34	1.95
19884898--19885087	54	3.6	52	80	12	215	25	23	16	34	1.95
19896479--19896518	19	2.2	18	86	4	53	42	0	2	55	1.13
19898680--19898716	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
19901991--19902040	22	2.3	23	86	6	68	56	0	40	4	1.18
19912189--19912224	18	2.0	18	88	0	54	5	22	0	72	1.05
19912252--19912298	14	3.1	15	84	6	51	8	10	2	78	1.04
19912330--19912382	17	3.3	16	82	7	63	41	5	0	52	1.25
19913692--19913719	6	4.7	6	100	0	56	14	0	85	0	0.59
19925245--19925291	25	2.0	23	83	8	58	55	4	6	34	1.45
19925269--19925307	17	2.4	16	84	16	53	56	0	12	30	1.37
19927985--19928111	66	1.9	66	93	3	220	27	19	23	29	1.98
19928965--19928998	18	1.9	18	88	5	52	47	0	20	32	1.51
19933071--19933140	33	2.1	33	83	0	86	25	2	24	47	1.66
19945429--19945467	15	2.9	14	88	11	55	43	7	0	48	1.31
19945937--19946172	118	2.0	118	100	0	472	30	12	20	36	1.90
19963199--19963231	11	3.0	11	90	0	57	78	0	21	0	0.75
19965235--19965423	48	3.9	48	81	9	213	35	28	14	21	1.92
19965974--19966012	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
19966793--19966981	96	2.0	95	89	1	288	42	7	18	31	1.78
19967212--19967266	19	2.9	19	81	2	67	14	23	29	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19968258--19968351	44	2.1	45	86	4	136	32	15	10	40	1.82
19972496--19972528	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
19972809--19973086	46	6.0	46	90	0	396	21	24	14	40	1.90
19975230--19975298	30	2.3	30	85	5	86	27	20	4	47	1.68
19978935--19978988	27	2.0	27	100	0	108	33	7	18	40	1.78
19980128--19980231	27	3.8	27	87	7	131	35	22	24	18	1.95
19980121--19980231	54	2.1	54	86	3	152	36	22	23	17	1.94
19981852--19981961	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
19981957--19981981	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
19982623--19982667	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
19985865--19985921	27	2.1	28	86	3	80	49	10	1	38	1.48
19995261--19995305	24	1.9	23	81	4	54	13	11	13	62	1.55
20004637--20004695	30	2.0	30	96	0	109	38	27	8	25	1.84
20008582--20008700	51	2.3	51	84	7	143	14	14	21	50	1.77
20008582--20008720	51	2.7	51	80	9	133	13	16	21	48	1.81
20015959--20016001	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
20016453--20016492	21	1.9	21	94	0	71	27	15	27	30	1.96
20017947--20018006	10	6.0	10	81	11	70	66	3	8	21	1.33
20018942--20019008	29	2.3	30	82	14	86	49	5	11	32	1.64
20019461--20019606	4	36.5	4	97	0	274	48	24	1	25	1.59
20020130--20020167	16	2.5	16	87	8	53	63	2	0	34	1.09
20020805--20020878	29	2.6	28	83	10	87	41	1	1	55	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20020995--20021037	12	3.5	12	77	3	50	58	0	0	41	0.98
20024285--20024351	20	3.4	20	70	12	66	23	13	11	50	1.75
20024281--20024360	39	2.1	39	97	0	151	21	15	16	47	1.82
20027713--20027821	39	2.8	40	90	2	125	26	26	22	24	2.00
20031210--20031456	118	2.1	118	95	0	440	38	15	7	38	1.76
20037133--20037261	15	8.9	14	73	17	70	25	6	1	65	1.26
20037133--20037240	29	3.8	28	69	18	78	25	7	1	64	1.30
20037173--20037287	21	5.2	24	72	20	83	28	8	0	62	1.25
20039309--20039351	21	2.2	21	84	15	58	44	20	4	30	1.72
20041174--20041207	18	1.9	18	88	5	52	32	8	0	58	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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