genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77710201--77710279	27	2.9	28	84	3	90	43	20	16	20	1.89
77710269--77710511	27	9.0	27	79	4	240	26	15	19	38	1.92
77712742--77712780	18	2.2	18	86	9	53	10	20	7	61	1.52
77713658--77713685	10	2.8	10	100	0	56	10	32	32	25	1.90
77715155--77715375	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
77723244--77723464	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
77731482--77731584	36	2.8	38	75	15	99	26	31	23	19	1.98
77778076--77778158	43	1.9	44	87	7	125	19	22	32	25	1.97
77787811--77787862	22	2.4	22	96	0	95	23	23	21	32	1.98
77787813--77787879	22	3.0	22	89	4	82	26	20	19	32	1.97
77788129--77788181	21	2.5	22	87	9	83	30	9	0	60	1.28
77788206--77788258	26	1.9	28	82	17	67	26	3	3	66	1.26
77788247--77788290	21	2.2	20	88	12	63	18	4	11	65	1.40
77789180--77789212	11	3.1	11	91	4	50	54	0	0	45	0.99
77789178--77789219	17	2.4	18	80	7	52	57	0	0	42	0.99
77789702--77789747	24	1.9	24	82	8	58	47	2	10	39	1.51
77789858--77789915	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
77796528--77796641	43	2.7	42	77	10	124	28	24	17	29	1.97
77797890--77798016	42	3.0	42	85	6	152	28	18	13	40	1.88
77797901--77798045	42	3.5	42	81	5	132	29	19	13	37	1.90
77798010--77798102	42	2.2	43	78	5	100	25	20	16	37	1.93
77799920--77799987	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77800089--77800167	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
77806180--77806347	42	3.9	42	76	6	167	30	24	16	28	1.97
77806890--77806930	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
77816029--77816352	46	6.9	47	70	13	220	24	30	18	27	1.98
77816032--77816396	46	7.8	48	71	14	192	24	29	18	27	1.98
77816029--77816393	94	3.9	95	71	14	249	24	29	18	27	1.98
77823888--77824051	46	3.6	46	85	5	167	26	29	18	26	1.98
77823932--77824099	46	3.6	46	81	9	139	26	29	17	26	1.98
77825814--77825928	27	4.3	26	81	7	90	36	20	23	19	1.95
77825838--77825927	28	3.3	28	81	7	105	36	21	23	18	1.95
77828562--77828605	18	2.4	18	88	0	61	29	4	31	34	1.78
77832030--77832111	26	3.2	26	94	0	146	31	6	25	36	1.81
77840634--77840785	67	2.2	68	79	10	168	31	15	30	22	1.95
77845068--77845119	10	4.9	10	84	11	50	59	5	0	34	1.21
77850922--77851003	24	3.4	24	85	8	103	35	19	21	23	1.96
77854525--77854721	102	1.9	103	86	3	281	47	11	8	32	1.70
77869038--77869090	23	2.3	24	77	9	65	18	9	1	69	1.25
77874339--77874381	13	3.5	13	78	18	56	48	11	0	39	1.40
77874339--77874390	23	2.3	23	93	0	86	50	11	0	38	1.39
77878833--77878875	22	2.0	21	83	16	54	18	2	2	76	1.00
77892097--77892135	19	2.1	19	85	9	53	30	12	15	41	1.85
77892944--77893012	31	2.2	31	76	0	75	10	34	31	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77894459--77894624	35	4.6	35	79	8	163	32	10	24	33	1.89
77894470--77894586	40	3.0	40	80	10	113	31	9	25	33	1.88
77894459--77894629	75	2.4	75	82	7	194	32	10	23	33	1.89
77899766--77899811	23	2.0	23	91	0	74	47	8	0	43	1.34
77900765--77900801	19	2.0	18	89	5	56	35	2	5	56	1.36
77915024--77915106	25	3.4	25	65	24	68	55	13	4	26	1.58
77915018--77915114	48	2.0	48	100	0	194	52	14	6	26	1.65
77915343--77915585	46	5.2	46	74	11	158	25	28	17	27	1.97
77915422--77915599	94	1.9	93	81	7	218	26	30	16	25	1.96
77923473--77923498	7	3.7	7	100	0	52	38	46	0	15	1.46
77924253--77924374	46	2.7	46	93	2	201	29	27	21	22	1.99
77925838--77926062	47	4.8	47	80	6	210	24	31	17	26	1.97
77925837--77926062	93	2.4	92	79	10	235	24	30	17	26	1.97
77934674--77934708	3	11.7	3	93	0	61	68	2	0	28	1.04
77936700--77936756	25	2.3	25	79	11	64	47	15	14	22	1.82
77937360--77937431	25	2.8	27	83	10	96	16	25	20	37	1.93
77937360--77937438	26	3.1	26	85	7	99	18	25	18	36	1.94
77937912--77937968	25	2.3	25	79	11	64	45	14	15	24	1.83
77942535--77942570	16	2.2	16	90	0	54	72	5	22	0	1.05
77947078--77947124	22	2.1	22	84	0	58	53	8	17	21	1.70
77950228--77950253	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
77959867--77959959	13	6.9	13	71	20	59	78	2	4	15	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77959872--77959959	5	16.6	5	71	17	54	79	2	3	14	0.96
77959858--77959959	23	4.3	23	76	15	77	77	1	4	15	1.03
77959868--77959959	46	2.0	46	81	8	107	79	2	4	14	0.98
77960032--77960079	15	3.1	16	82	11	55	70	0	0	29	0.87
77960035--77960079	17	2.6	19	80	16	53	68	0	0	31	0.89
77960045--77960130	25	3.5	23	76	17	68	63	0	3	32	1.11
77960109--77960156	5	9.2	5	80	13	53	70	2	0	27	0.98
77964168--77964194	13	2.1	13	100	0	54	29	0	29	40	1.57
77967249--77967316	34	2.0	34	100	0	136	38	0	20	41	1.53
77971404--77971469	33	2.0	32	85	2	87	16	21	24	37	1.93
77985740--77985791	25	2.1	25	88	0	77	40	15	7	36	1.76
77999784--77999827	22	1.9	24	86	9	65	38	11	2	47	1.52
78006548--78006584	16	2.3	16	100	0	74	37	5	35	21	1.77
78006564--78006654	46	2.0	46	93	4	159	26	4	30	38	1.76
78006564--78006671	46	2.5	44	85	11	145	28	3	31	36	1.75
78006813--78006851	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
78006818--78006851	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
78006884--78006923	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
78006775--78006970	54	3.4	54	71	17	144	54	3	1	41	1.23
78008416--78008519	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
78011753--78011797	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
78013648--78013701	21	2.5	22	77	22	69	59	1	5	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78013875--78013910	14	2.6	14	90	0	54	30	16	5	47	1.70
78020047--78020409	50	7.5	49	80	8	354	28	17	27	26	1.98
78020032--78020366	145	2.3	143	83	9	392	28	17	27	26	1.98
78022833--78022870	19	2.0	19	100	0	58	26	0	15	57	1.38
78023493--78023539	23	2.0	23	84	8	60	8	17	8	65	1.44
78023676--78023716	21	2.0	21	85	9	57	17	14	9	58	1.62
78027057--78027082	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
78028780--78028825	19	2.5	18	82	3	56	36	0	4	58	1.18
78028940--78028999	21	2.9	21	87	0	93	30	25	10	35	1.88
78029687--78029975	142	2.0	142	100	0	578	53	11	9	25	1.66
78038577--78038746	79	2.1	79	98	1	331	28	18	14	38	1.90
78052954--78052985	13	2.5	13	100	0	64	6	21	40	31	1.78
78059744--78059793	26	1.9	26	87	0	73	42	20	16	22	1.89
78063322--78063409	44	2.0	44	100	0	176	34	13	18	34	1.90
78064824--78064911	42	2.1	42	95	0	158	21	30	28	19	1.97
78066376--78066429	26	2.1	26	86	3	74	40	24	12	22	1.89
78069943--78070231	48	6.0	48	93	0	470	35	5	27	31	1.81
78070373--78070475	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
78073613--78073675	22	2.9	22	80	0	72	42	14	26	15	1.86
78078231--78078374	38	3.8	38	82	5	184	21	21	24	32	1.98
78082186--78082267	34	2.4	34	100	0	164	24	21	8	45	1.80
78085597--78085672	22	3.3	22	66	28	59	31	11	30	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78085462--78085709	94	2.6	95	85	5	335	31	11	30	26	1.92
78085431--78085675	47	5.2	47	88	0	328	31	11	29	28	1.91
78085689--78085779	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
78095124--78095221	40	2.5	40	86	5	137	22	29	23	24	1.99
78097775--78097834	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
78101855--78102019	40	4.1	40	86	5	226	26	28	22	23	1.99
78106899--78106934	17	2.1	17	100	0	72	36	30	22	11	1.89
78107777--78107804	8	3.5	8	100	0	56	21	28	39	10	1.87
78108155--78108210	27	2.1	26	83	3	67	19	25	21	33	1.97
78110548--78110577	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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