genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75620310--75620588	27	10.3	27	79	6	172	31	8	19	40	1.82
75620420--75620547	54	2.4	54	89	3	197	28	8	20	42	1.81
75620568--75620696	27	4.8	27	88	0	150	41	7	20	29	1.80
75620566--75620723	54	2.9	54	81	1	147	39	8	22	30	1.83
75622701--75622885	79	2.3	81	86	4	252	26	27	22	23	1.99
75622682--75622885	40	5.1	40	86	5	254	25	27	22	24	2.00
75629243--75629297	21	2.6	21	91	0	92	20	25	38	16	1.92
75630852--75631057	38	4.9	38	72	20	169	28	16	25	29	1.96
75630879--75631017	48	2.9	48	86	1	199	30	16	23	29	1.96
75636578--75636748	46	3.7	46	77	13	197	22	19	27	29	1.98
75636573--75636743	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
75640928--75641100	47	3.7	47	86	4	206	23	14	27	34	1.94
75640927--75641100	94	1.9	94	85	0	240	23	14	27	33	1.94
75643567--75643636	24	2.9	24	78	4	70	18	37	4	40	1.71
75643594--75643644	24	2.1	24	85	7	68	11	39	5	43	1.66
75645620--75645911	139	2.1	140	91	2	473	44	4	9	41	1.57
75645886--75646027	75	1.9	75	91	5	234	31	13	9	45	1.75
75658250--75658352	27	3.5	27	68	21	80	27	11	26	34	1.91
75658232--75658356	63	2.0	63	98	0	241	26	11	28	34	1.90
75658898--75659090	38	5.1	38	91	0	296	17	23	25	33	1.96
75663959--75664053	25	3.8	25	83	1	120	28	14	20	36	1.92
75665674--75665706	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75666124--75666226	27	3.8	26	76	13	75	19	23	21	35	1.96
75666155--75666232	27	2.9	26	79	9	93	15	23	20	41	1.90
75667385--75667433	22	2.2	21	79	10	53	44	2	2	51	1.24
75670099--75670142	21	2.0	22	86	4	63	15	15	31	36	1.90
75672233--75672316	43	2.0	42	90	2	132	28	14	25	32	1.94
75693061--75693283	40	5.6	40	86	5	308	25	26	23	24	2.00
75693061--75693283	82	2.8	80	88	3	315	25	26	23	24	2.00
75701722--75701861	39	3.6	39	94	0	235	37	25	25	11	1.90
75703615--75703708	46	2.0	46	97	0	179	22	28	11	37	1.89
75705329--75705409	4	19.8	4	77	5	63	64	3	25	6	1.34
75712625--75712653	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
75713919--75713979	32	1.9	32	100	0	122	27	0	29	42	1.56
75720317--75720373	30	1.9	30	92	0	96	29	19	15	35	1.93
75721569--75721635	31	2.2	30	83	2	80	20	11	23	43	1.85
75729343--75729392	6	8.3	6	79	0	55	76	6	2	16	1.08
75736951--75737247	47	6.3	47	90	0	450	27	30	9	32	1.88
75736951--75737247	94	3.2	94	95	0	513	27	30	9	32	1.88
75752475--75752575	29	3.5	29	81	6	116	25	26	17	29	1.98
75752808--75752859	8	6.5	8	81	0	59	7	19	25	48	1.75
75752800--75752853	16	3.4	16	86	0	72	7	16	27	48	1.73
75752807--75752859	16	3.3	16	86	0	70	7	18	24	49	1.74
75756064--75756138	15	5.0	15	76	0	69	14	17	14	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75756065--75756138	30	2.5	30	79	0	85	14	16	14	54	1.72
75761270--75761483	75	2.9	74	80	4	250	34	19	16	29	1.94
75767953--75767984	7	4.6	7	100	0	64	56	0	43	0	0.99
75771228--75771288	32	1.9	32	96	0	113	24	8	13	54	1.66
75772289--75772421	35	3.8	35	76	5	126	27	7	20	45	1.78
75781184--75781236	26	2.0	26	100	0	106	26	0	37	35	1.57
75789443--75789667	40	5.6	40	84	4	283	23	27	24	24	2.00
75798512--75798590	27	2.9	27	90	0	122	18	31	26	22	1.97
75799637--75799819	91	2.0	91	97	0	348	28	26	25	19	1.99
75799668--75799856	91	2.1	91	81	5	213	29	26	23	21	1.99
75801698--75801799	49	2.1	49	83	7	127	33	19	24	22	1.97
75805794--75805912	50	2.3	51	87	8	163	34	15	13	36	1.87
75807123--75807148	9	2.9	9	100	0	52	80	0	7	11	0.89
75807674--75807761	21	4.2	21	73	0	68	31	36	12	19	1.89
75832253--75832286	17	2.0	17	88	0	50	17	5	0	76	0.98
75839913--75840090	88	2.0	88	94	0	311	34	12	15	37	1.85
75852334--75852506	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
75852331--75852501	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
75859906--75860078	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
75859903--75860073	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
75867261--75867300	21	1.9	21	85	10	55	22	10	20	47	1.79
75875675--75875871	60	3.3	60	72	9	159	40	20	25	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75877457--75877495	19	2.1	19	95	0	69	20	12	20	46	1.83
75877688--75877780	46	2.0	46	93	0	159	45	22	13	18	1.85
75881220--75881378	44	3.7	43	76	8	117	28	17	25	28	1.98
75883119--75883293	46	3.8	46	79	14	207	20	20	29	29	1.98
75883115--75883285	92	1.8	93	93	1	299	20	21	30	28	1.98
75886227--75886291	15	4.4	15	84	9	89	10	15	12	61	1.56
75888649--75888823	46	3.8	46	78	14	198	20	20	29	29	1.98
75888645--75888815	92	1.8	93	92	1	290	20	21	29	28	1.98
75891393--75891468	37	2.1	36	85	11	102	52	2	2	42	1.29
75897021--75897294	46	6.0	46	90	0	388	22	22	14	40	1.90
75908500--75908686	100	1.9	100	88	2	286	26	19	24	29	1.98
75908505--75908692	49	3.8	49	75	6	182	27	18	24	29	1.98
75912177--75912219	8	5.4	8	82	0	59	44	18	2	34	1.63
75916460--75916635	46	3.8	46	78	14	200	20	20	28	30	1.98
75916457--75916628	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
75918968--75918999	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
75919563--75919779	39	5.6	39	87	0	317	37	13	9	40	1.76
75919633--75919774	18	7.4	18	70	13	95	38	13	6	42	1.70
75919649--75919756	21	5.4	21	68	12	84	37	12	7	42	1.70
75919559--75919787	78	2.9	78	94	0	377	37	13	9	40	1.77
75920908--75920932	9	2.8	9	100	0	50	8	12	0	80	0.92
75924815--75924997	79	2.3	81	83	7	223	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75924816--75924999	40	4.6	39	82	9	203	23	23	28	24	2.00
75924868--75925032	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	24	1.99
75930021--75930508	247	2.0	247	91	1	791	36	11	23	28	1.89
75938266--75938358	45	2.1	45	97	0	177	26	12	16	44	1.84
75940485--75940522	18	2.1	18	85	9	51	63	2	18	15	1.43
75945425--75945532	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
75952477--75952583	26	4.1	26	93	0	187	32	7	24	35	1.83
75959489--75959595	26	4.2	26	91	4	164	33	7	23	35	1.83
75959489--75959595	50	2.1	51	91	3	171	33	7	23	35	1.83
75965567--75965638	24	2.9	24	81	4	81	23	25	19	31	1.98
75965592--75965659	22	3.0	22	78	10	75	23	25	19	32	1.97
75965567--75965656	24	3.8	23	78	8	76	25	25	18	30	1.98
75969756--75969835	40	2.0	40	100	0	160	37	20	10	32	1.85
75973712--75973819	37	2.9	37	91	0	171	25	31	18	24	1.97
75973960--75974249	48	6.0	48	92	0	481	31	25	6	36	1.82
75979039--75979097	28	2.1	28	84	6	75	47	1	23	27	1.61
75979637--75979769	47	2.8	47	82	5	162	25	15	24	34	1.94
75990795--75990927	49	2.7	50	82	3	162	24	32	18	24	1.97
75990794--75990961	49	3.5	49	78	10	161	25	31	18	25	1.97
75996715--75996756	21	2.0	20	86	13	59	28	0	28	42	1.56
75998042--75998273	41	5.6	41	77	5	216	39	15	25	19	1.91
75998214--75998276	21	3.0	21	66	13	58	33	17	30	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75998049--75998273	83	2.7	82	79	8	258	38	16	25	20	1.92
76001891--76002036	38	3.8	38	86	5	190	23	23	24	28	1.99
76002029--76002140	43	2.6	43	97	0	206	11	25	32	31	1.91
76008670--76008716	23	2.0	23	100	0	94	19	8	25	46	1.77
76024359--76024401	21	2.1	21	95	4	79	51	4	9	34	1.55
76024740--76024794	21	2.6	21	100	0	110	40	0	0	60	0.97
76027921--76028012	37	2.5	37	89	0	139	40	20	15	23	1.91
76028179--76028574	198	2.0	198	97	0	747	38	18	9	34	1.82
76029924--76030093	43	4.0	43	79	3	164	28	12	22	35	1.92
76037194--76037231	14	2.8	13	84	15	51	81	10	0	7	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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