genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28164097--28164140	22	2.0	22	82	8	54	31	2	2	63	1.19
28166843--28166888	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
28172517--28172588	28	2.4	29	77	17	76	37	4	0	58	1.18
28178340--28178423	26	3.2	26	89	0	132	35	23	5	34	1.80
28183242--28183271	12	2.5	12	100	0	60	13	50	26	10	1.73
28186447--28186530	26	3.2	26	93	0	141	36	23	4	34	1.76
28186821--28186995	45	3.8	45	89	2	251	24	19	33	22	1.97
28190484--28190528	14	3.0	15	90	6	65	15	15	13	55	1.69
28192486--28192543	30	1.9	30	83	13	75	34	22	0	43	1.54
28194927--28195237	45	6.8	46	88	4	183	25	18	30	25	1.98
28194979--28195338	45	7.8	45	88	3	425	26	18	31	23	1.98
28197468--28197518	21	2.4	21	87	6	68	29	7	17	45	1.77
28200109--28200142	17	2.0	17	88	0	50	41	11	5	41	1.66
28208990--28209144	43	3.7	43	72	8	156	25	18	27	28	1.98
28229060--28229100	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
28229233--28229344	38	2.8	40	76	8	113	29	25	20	24	1.99
28230298--28230344	25	1.9	25	86	4	69	10	14	4	70	1.31
28231083--28231252	46	3.7	46	76	14	170	21	18	28	31	1.96
28231073--28231244	93	1.8	93	90	2	274	20	18	29	30	1.97
28234238--28234387	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
28234210--28234387	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
28234211--28234366	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28242233--28242301	27	2.6	27	83	0	84	30	17	28	23	1.97
28242207--28242362	82	1.9	81	81	6	190	26	16	27	28	1.97
28242314--28242383	27	2.6	27	81	0	86	25	14	28	31	1.95
28243950--28243980	9	3.4	9	95	0	53	29	9	25	35	1.88
28243965--28244007	18	2.5	17	81	7	50	20	4	25	48	1.69
28246547--28246811	40	6.6	40	88	5	374	24	27	23	23	2.00
28254485--28254748	40	6.6	40	87	6	356	24	27	23	24	2.00
28254485--28254748	79	3.3	80	86	5	372	24	27	23	24	2.00
28262366--28262413	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
28262437--28262516	42	1.9	42	97	0	151	31	6	16	46	1.71
28266299--28266342	19	2.3	19	88	0	70	40	2	9	47	1.48
28266352--28266445	42	2.3	42	88	1	136	30	6	14	47	1.69
28266365--28266448	42	2.0	42	95	0	150	29	10	14	45	1.78
28268434--28268538	52	2.0	52	94	0	183	44	12	16	26	1.83
28272385--28272435	20	2.5	21	84	12	70	58	0	5	35	1.22
28272764--28272824	31	2.0	31	87	6	88	21	14	14	49	1.79
28277196--28277241	3	15.3	3	90	0	74	30	2	0	67	1.03
28279139--28279180	22	1.9	22	85	0	57	26	9	33	30	1.88
28288874--28288963	42	2.1	42	87	4	128	24	21	32	22	1.98
28296411--28296446	17	2.1	17	100	0	72	0	22	30	47	1.52
28301693--28301859	43	3.9	44	76	7	155	29	14	22	32	1.94
28306869--28306908	11	3.7	11	90	3	55	0	27	60	12	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28306873--28306910	16	2.4	16	86	8	51	0	31	55	13	1.38
28307025--28307073	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
28307037--28307101	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
28307063--28307101	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
28307300--28307339	7	5.6	7	86	13	55	77	0	0	22	0.77
28307300--28307364	16	4.1	16	79	15	71	70	0	0	29	0.87
28307300--28307349	22	2.2	22	92	3	82	74	0	0	26	0.83
28309489--28309580	45	2.0	45	100	0	184	40	10	17	31	1.84
28312871--28312914	18	2.5	17	78	7	52	75	6	9	9	1.20
28313086--28313133	3	16.3	3	79	12	55	62	0	37	0	0.95
28313086--28313133	16	3.1	16	85	14	73	62	0	37	0	0.95
28313087--28313127	22	1.9	21	90	5	64	65	0	34	0	0.93
28313086--28313132	25	1.9	24	86	4	67	63	0	36	0	0.94
28313637--28313670	17	2.0	17	88	0	50	73	2	2	20	1.09
28313776--28314225	149	3.0	151	91	2	739	58	7	5	28	1.49
28315275--28315333	31	1.9	31	92	0	100	55	11	5	27	1.56
28315376--28315437	22	2.8	23	75	4	56	58	4	16	20	1.56
28316951--28317004	18	3.0	18	77	0	63	22	33	31	12	1.92
28316975--28317028	24	2.3	23	81	15	65	22	33	33	11	1.89
28321669--28321708	19	2.1	19	86	9	55	27	5	7	60	1.45
28323231--28323270	20	2.1	19	85	4	53	35	5	5	55	1.44
28330033--28330089	26	2.2	26	100	0	114	31	7	26	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28331576--28331628	26	2.0	27	85	7	74	41	22	11	24	1.86
28333233--28333271	12	3.2	12	88	0	60	7	28	46	17	1.76
28339458--28339554	48	2.0	48	88	6	142	56	2	5	36	1.33
28339457--28339555	24	4.0	24	76	12	103	56	2	6	35	1.35
28345142--28345245	19	5.2	21	69	17	78	13	25	21	40	1.89
28345124--28345263	39	3.6	39	88	0	208	13	26	22	37	1.92
28349623--28349670	18	2.8	17	84	9	62	79	2	10	8	1.02
28362758--28362807	20	2.6	20	71	6	50	46	0	6	48	1.27
28374117--28374224	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
28379559--28379640	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
28381225--28381365	27	5.2	26	80	13	153	18	24	22	34	1.96
28381222--28381355	54	2.5	54	93	1	225	18	25	21	34	1.96
28381225--28381382	81	2.0	80	81	13	191	19	24	20	34	1.96
28382618--28382648	15	2.1	15	93	0	53	25	16	12	45	1.83
28384954--28385061	43	2.5	43	89	4	164	27	14	26	30	1.95
28388374--28388401	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
28390834--28390886	3	17.3	3	84	3	70	28	0	1	69	0.99
28393663--28393793	47	2.8	47	94	0	217	20	16	28	34	1.95
28398275--28398398	26	4.8	26	77	7	83	20	10	29	40	1.85
28409846--28409928	43	1.9	43	95	0	148	25	31	20	22	1.98
28416822--28416938	26	4.5	26	80	1	137	19	17	28	35	1.94
28416822--28416957	52	2.6	52	85	1	184	19	16	28	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28416822--28416969	26	5.7	26	76	4	129	20	16	28	34	1.95
28416825--28416970	78	1.9	77	82	4	186	19	16	28	35	1.94
28419237--28419265	12	2.3	13	94	5	51	0	0	13	86	0.58
28423802--28423828	13	2.1	13	100	0	54	37	25	7	29	1.83
28426118--28426430	47	6.7	47	70	14	170	25	28	17	28	1.98
28427886--28427929	23	1.9	23	90	9	72	31	22	25	20	1.98
28430567--28430801	40	5.9	40	78	5	172	20	26	14	37	1.92
28437015--28437101	42	2.1	42	100	0	174	34	26	9	29	1.87
28438213--28438333	43	2.8	42	80	7	127	28	28	17	25	1.97
28438592--28438659	34	2.0	34	91	0	109	14	29	7	48	1.71
28444501--28444540	21	1.9	21	94	0	71	42	20	20	17	1.89
28447636--28447669	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
28453965--28454008	22	2.0	23	86	4	63	65	0	0	34	0.93
28453965--28454016	14	3.9	14	77	7	63	65	0	0	34	0.93
28461363--28461583	40	5.6	40	91	2	349	22	23	26	28	1.99
28475974--28476187	38	5.6	39	83	12	266	23	22	25	28	1.99
28475974--28476187	77	2.8	76	86	9	276	23	22	25	28	1.99
28475974--28476187	114	1.9	114	90	3	342	23	22	25	28	1.99
28484166--28484227	31	2.0	31	100	0	124	41	22	25	9	1.84
28484557--28484709	40	3.8	40	93	0	261	21	21	26	30	1.99
28484682--28484737	29	1.9	29	92	0	94	17	25	32	25	1.97
28490386--28490510	40	3.2	40	91	3	200	25	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28497779--28497814	17	2.1	17	100	0	72	16	22	5	55	1.62
28505735--28505765	15	2.1	15	93	0	53	45	12	3	38	1.59
28509652--28509699	25	2.0	24	83	4	60	14	20	20	43	1.87
28509856--28509941	24	3.6	24	74	12	77	18	25	20	34	1.96
28509905--28510001	25	3.9	25	76	6	90	23	26	17	31	1.97
28512953--28513115	89	1.8	89	98	0	317	40	21	1	36	1.64
28513958--28513995	13	3.0	13	88	7	60	31	0	0	68	0.90
28513962--28513995	12	2.8	12	86	4	50	29	0	0	70	0.87
28525074--28525183	43	2.6	43	92	0	175	41	16	15	26	1.88
28535702--28535757	28	2.0	29	82	3	69	17	19	41	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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