genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  269  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88362622--88362694	21	3.4	21	72	10	67	17	31	26	24	1.97
88365839--88365883	22	2.0	22	82	4	54	15	42	20	22	1.89
88367487--88367558	36	2.0	36	100	0	144	33	16	16	33	1.92
88369965--88370016	25	2.3	24	84	15	67	61	5	1	30	1.30
88371588--88371735	74	2.0	74	91	0	242	39	17	16	26	1.91
88372172--88372215	20	2.3	19	81	14	54	40	2	2	54	1.25
88372210--88372253	20	2.2	21	80	12	56	40	0	2	56	1.11
88372199--88372337	58	2.4	59	83	6	194	43	0	2	53	1.17
88386319--88386383	29	2.2	28	80	17	71	47	1	3	47	1.27
88386504--88386551	8	6.5	8	81	18	68	41	0	0	58	0.98
88386516--88386557	20	2.1	20	95	0	75	47	0	0	52	1.00
88386565--88386620	23	2.6	22	76	15	55	67	1	19	10	1.29
88388962--88389155	67	2.9	67	91	2	302	20	29	15	34	1.94
88389588--88389983	213	1.9	211	90	3	643	55	20	5	18	1.61
88392367--88392433	30	2.2	30	97	0	125	55	4	5	34	1.45
88394525--88394554	9	3.3	9	95	0	51	33	16	10	40	1.82
88400227--88400279	18	2.8	19	94	5	99	47	0	0	52	1.00
88400808--88400915	55	2.0	55	92	0	180	25	5	24	44	1.75
88403740--88403821	39	2.1	39	88	9	121	37	0	7	54	1.28
88404766--88404805	20	2.1	19	85	4	53	42	2	0	55	1.13
88407520--88407544	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
88411233--88411396	35	4.7	35	78	4	145	33	23	10	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88411233--88411396	69	2.4	70	80	1	168	33	23	10	32	1.88
88417777--88417833	29	1.9	30	85	3	80	49	22	3	24	1.66
88424167--88424215	4	12.2	4	83	16	66	75	4	0	20	0.96
88424170--88424215	12	3.8	12	88	11	76	76	4	0	19	0.96
88424167--88424215	24	2.0	24	100	0	98	75	4	0	20	0.96
88425129--88425167	14	2.7	16	77	22	50	0	17	15	66	1.25
88425732--88426708	94	10.4	95	78	6	872	28	19	18	32	1.96
88425732--88426708	188	5.2	188	80	4	987	28	19	18	32	1.96
88425749--88426717	282	3.5	277	80	4	1007	28	19	19	32	1.96
88426286--88426699	43	8.8	49	64	20	170	28	20	19	31	1.97
88427823--88428556	44	16.4	43	73	7	482	29	21	17	32	1.96
88427823--88428555	133	5.5	133	75	6	530	29	21	17	32	1.96
88427861--88428558	89	7.8	89	76	5	575	29	21	17	32	1.96
88434811--88434880	4	17.8	4	75	8	54	67	1	7	24	1.24
88434815--88434880	12	5.5	12	74	5	62	66	1	7	24	1.26
88434812--88434889	23	3.3	23	76	7	75	65	1	8	24	1.29
88434812--88434880	27	2.5	26	79	11	75	66	1	7	24	1.25
88437808--88437839	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
88439442--88439468	8	3.4	8	100	0	54	14	0	11	74	1.08
88440525--88440577	17	3.4	17	67	20	51	28	1	9	60	1.38
88440518--88440577	30	2.0	30	96	0	111	31	3	8	56	1.45
88440595--88440635	12	3.1	14	76	16	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88443288--88443336	22	2.2	22	92	0	80	26	24	8	40	1.83
88452040--88452213	87	2.0	85	82	4	206	42	5	21	31	1.74
88452790--88452931	27	5.3	27	77	5	108	38	20	23	18	1.94
88452822--88452926	54	1.9	54	82	0	129	40	20	20	20	1.92
88475530--88475567	20	1.9	20	88	0	58	71	2	5	21	1.19
88476184--88476363	96	1.9	97	88	1	272	31	25	15	27	1.96
88477502--88477584	12	7.5	11	75	23	61	72	0	6	21	1.06
88477502--88477568	16	4.1	16	86	9	91	70	0	5	23	1.09
88477534--88477587	16	3.2	18	87	10	62	74	0	5	20	1.02
88480697--88480733	18	2.1	18	100	0	74	27	5	29	37	1.79
88486170--88486216	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
88495020--88495062	21	2.0	21	90	0	68	27	6	16	48	1.71
88495597--88495786	99	1.9	99	97	0	362	37	12	5	44	1.66
88504989--88505017	14	2.1	14	100	0	58	27	6	27	37	1.82
88505825--88506143	107	3.0	106	86	5	421	26	13	13	46	1.81
88511116--88511159	18	2.4	18	88	0	61	45	0	29	25	1.54
88519355--88519396	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
88521691--88522050	179	2.0	179	96	0	666	26	20	17	36	1.94
88523305--88523339	13	2.7	13	86	0	52	25	28	20	25	1.99
88523408--88523514	43	2.4	44	84	4	128	23	16	28	31	1.96
88523424--88523513	43	2.1	43	93	0	153	24	17	27	30	1.97
88524027--88524681	132	4.9	133	75	5	434	34	18	19	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88527471--88527633	43	3.8	43	85	0	200	30	26	17	25	1.98
88527901--88527945	21	2.1	21	91	0	72	4	44	13	37	1.64
88528322--88528350	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
88531711--88531763	24	2.2	24	96	0	97	49	3	3	43	1.38
88533954--88534164	115	1.9	114	82	6	266	34	21	13	30	1.92
88534221--88534253	16	2.1	15	94	5	57	72	0	0	27	0.85
88534369--88534422	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
88534608--88534656	14	3.4	15	77	8	57	38	40	0	20	1.53
88534651--88534721	7	9.9	7	72	6	61	50	23	0	25	1.49
88534663--88534720	22	2.6	22	78	5	64	50	22	0	27	1.50
88534716--88534767	22	2.3	23	80	6	79	25	48	1	25	1.62
88534754--88534822	22	3.1	22	77	8	77	40	36	0	23	1.55
88534758--88534817	15	4.1	15	78	4	68	38	40	0	21	1.54
88535551--88535619	7	9.3	7	78	9	57	31	47	0	20	1.50
88535615--88535655	20	2.0	20	86	9	57	43	39	0	17	1.49
88535641--88535758	7	16.4	7	71	5	83	48	27	0	24	1.52
88535629--88535720	22	4.3	21	73	10	71	46	32	0	20	1.51
88535875--88535941	30	2.3	28	80	19	75	31	2	2	62	1.25
88536542--88536598	30	1.9	30	96	0	105	38	10	21	29	1.87
88536638--88537028	86	4.6	86	78	7	356	43	9	14	31	1.78
88536788--88537057	86	3.1	86	80	4	303	44	8	13	32	1.74
88541351--88541419	35	2.0	35	83	11	88	42	5	5	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88544226--88544251	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
88548493--88548542	24	2.1	24	100	0	100	18	30	16	36	1.92
88550846--88550928	33	2.5	33	82	3	105	26	28	28	15	1.96
88551445--88551514	33	2.1	34	91	2	115	20	24	24	31	1.98
88551462--88551546	33	2.4	33	80	9	89	23	25	24	25	2.00
88564927--88564968	22	2.0	22	90	4	68	33	19	30	16	1.94
88567206--88567268	32	2.0	32	96	3	119	31	6	20	41	1.77
88569542--88569686	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
88577576--88577720	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
88584508--88584563	28	2.0	28	92	0	94	35	0	23	41	1.55
88585850--88585892	22	2.0	22	100	0	86	27	13	11	46	1.78
88598512--88598575	32	2.0	32	100	0	128	34	18	18	28	1.95
88600810--88600981	45	3.8	45	92	1	265	23	23	26	26	2.00
88605992--88606055	32	2.0	32	96	0	119	34	17	18	29	1.94
88608289--88608463	45	3.9	45	88	1	244	24	22	25	28	1.99
88611829--88612890	544	2.0	541	89	1	1626	30	18	15	35	1.92
88638622--88638666	22	2.0	22	100	0	90	42	0	8	48	1.34
88639924--88639983	30	2.0	30	100	0	120	50	6	3	40	1.45
88641181--88641250	36	1.9	36	100	0	140	50	2	11	35	1.53
88641626--88641704	38	2.1	38	97	0	149	24	3	18	53	1.61
88642894--88642943	26	1.9	26	91	0	82	44	2	8	46	1.44
88647723--88647772	21	2.2	21	82	10	55	48	14	2	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88660131--88660319	50	3.8	50	79	6	186	27	17	23	30	1.97
88660131--88660313	101	1.8	100	85	7	262	27	18	24	30	1.97
88665973--88666000	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
88667612--88667786	50	3.5	48	82	5	206	26	17	25	30	1.97
88667608--88667798	100	1.9	100	86	1	276	27	17	25	29	1.98
88670828--88670880	27	2.0	26	85	3	70	33	15	13	37	1.86
88672326--88672365	8	4.8	8	82	11	53	87	0	2	10	0.63
88672323--88672368	15	3.0	16	87	12	62	84	0	4	10	0.75
88672323--88672364	18	2.5	18	88	11	63	85	0	2	11	0.68
88677595--88677657	27	2.3	27	78	10	74	31	14	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352