genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59743722--59743770	20	2.5	20	93	0	80	20	0	2	77	0.87
59744979--59745020	18	2.3	18	91	0	66	21	28	7	42	1.79
59747744--59747998	126	2.0	126	95	0	456	27	19	18	34	1.95
59748541--59748611	19	3.8	19	81	12	94	43	19	0	36	1.51
59748710--59748745	15	2.3	16	90	4	56	47	36	0	16	1.47
59750763--59750985	45	5.0	45	92	0	347	27	26	21	23	1.99
59751790--59751984	47	4.1	47	96	0	345	43	12	13	30	1.81
59758371--59758409	18	2.2	18	100	0	78	33	25	28	12	1.93
59758326--59758454	63	2.0	63	91	2	206	29	26	22	21	1.99
59758389--59758546	45	3.5	45	91	0	244	29	24	21	24	1.99
59759349--59759451	47	2.2	48	89	3	163	42	15	11	30	1.82
59761828--59762121	153	1.9	153	88	0	444	20	31	25	22	1.98
59766433--59766510	25	3.1	25	76	10	88	29	19	25	25	1.98
59768151--59768203	26	2.0	27	85	3	72	41	30	7	20	1.80
59771367--59771612	104	2.4	105	77	4	266	28	22	19	29	1.98
59778454--59778906	225	2.0	225	95	0	816	34	18	16	30	1.94
59781652--59781721	32	2.2	32	97	0	131	30	12	24	32	1.93
59781661--59781731	32	2.2	32	89	5	106	28	14	22	35	1.93
59782401--59782493	46	2.0	46	95	0	168	27	11	26	33	1.92
59786497--59786590	34	2.8	33	80	7	100	24	22	23	29	1.99
59789297--59789504	39	5.3	39	90	1	319	19	23	27	29	1.98
59794847--59794948	47	2.2	47	100	0	204	33	7	19	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59806900--59806939	20	2.0	20	85	14	55	67	2	30	0	1.04
59813302--59813586	152	1.9	151	91	0	462	36	3	11	47	1.59
59819403--59819486	24	3.6	23	79	7	89	21	20	19	39	1.93
59819377--59819492	48	2.4	47	85	5	153	23	22	18	35	1.96
59819377--59819503	24	5.3	24	75	11	82	25	21	18	35	1.95
59825430--59825500	35	2.0	35	100	0	142	49	22	5	22	1.71
59826214--59826267	22	2.5	22	93	0	99	29	18	29	22	1.97
59833913--59833964	25	2.1	25	85	7	70	50	1	9	38	1.46
59843124--59843242	46	2.6	45	82	5	123	25	21	20	33	1.97
59843138--59843242	23	4.6	22	74	10	86	24	19	20	35	1.96
59843173--59843252	24	3.4	24	80	11	94	25	20	18	36	1.95
59843426--59843487	20	3.1	20	79	9	81	38	9	14	37	1.79
59846698--59846745	24	2.0	24	88	8	71	60	0	0	39	0.97
59849345--59849454	44	2.5	44	90	0	184	31	17	26	24	1.97
59860915--59861077	35	4.5	35	81	11	177	31	11	23	33	1.90
59860915--59861081	75	2.3	75	84	8	213	32	11	22	33	1.90
59868190--59868223	17	2.0	17	94	0	59	35	5	14	44	1.70
59873728--59873767	21	2.0	20	85	5	53	55	2	0	42	1.13
59878328--59878553	112	2.0	114	91	6	368	34	12	21	31	1.90
59880580--59880624	15	2.9	15	80	6	54	57	0	26	15	1.38
59891658--59891779	58	2.1	59	92	1	201	33	14	13	38	1.85
59898324--59898385	26	2.4	25	81	10	72	43	16	8	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59914721--59915602	451	1.9	460	85	4	1219	33	13	17	35	1.89
59920494--59920795	130	2.3	130	83	2	365	34	14	19	31	1.92
59920718--59920860	62	2.3	63	81	1	162	32	13	22	31	1.93
59920617--59920963	192	1.8	191	83	0	469	34	13	19	32	1.91
59920791--59921219	128	3.3	129	81	3	513	36	13	17	32	1.89
59927029--59927062	18	2.0	17	88	11	52	20	29	35	14	1.93
59933782--59933840	24	2.5	24	78	15	68	64	6	3	25	1.34
59935024--59935050	14	1.9	14	100	0	54	66	11	0	22	1.22
59935923--59935987	31	2.1	31	88	5	96	43	7	13	35	1.73
59938452--59938497	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
59938741--59938789	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
59940217--59941446	120	10.3	120	98	0	2329	44	1	6	47	1.38
59940570--59940616	15	3.0	16	82	17	55	48	0	4	46	1.21
59940916--59940950	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59940217--59941446	359	3.4	359	98	0	2352	44	1	6	47	1.38
59940217--59941446	479	2.6	478	98	0	2334	44	1	6	47	1.38
59941275--59941309	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59941395--59941429	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
59941665--59941733	16	4.2	16	90	3	111	36	36	1	26	1.66
59941665--59941733	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
59953602--59953638	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
59953671--59953727	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59954456--59954620	63	2.6	63	93	0	287	55	2	3	38	1.28
59958261--59958297	18	2.1	18	100	0	74	29	21	27	21	1.99
59968739--59968768	13	2.4	12	89	10	51	10	0	0	90	0.47
59969109--59969335	116	2.0	116	90	0	355	40	20	10	28	1.86
59972740--59972828	25	3.5	26	72	15	87	20	24	22	32	1.98
59972785--59972903	25	4.8	25	79	5	109	21	28	20	29	1.98
59972862--59972918	25	2.2	25	81	9	62	17	24	22	35	1.95
59974571--59974653	32	2.5	33	88	1	132	36	14	21	27	1.93
59975740--59975795	19	3.3	19	67	27	52	26	26	26	19	1.99
59975739--59975812	32	2.3	32	92	0	121	28	29	25	16	1.97
59976195--59976470	137	2.0	138	99	0	545	33	18	26	22	1.96
59978695--59978740	22	2.1	22	84	4	58	19	6	4	69	1.28
59978811--59978866	25	2.3	23	78	6	58	28	1	5	64	1.26
59985229--59985306	32	2.4	32	97	2	147	35	16	21	25	1.94
59991355--59991531	94	1.9	94	89	0	273	27	19	31	21	1.98
59991407--59991571	44	3.6	44	79	11	163	27	18	29	24	1.98
59992412--59992530	55	2.2	55	86	3	159	21	23	29	25	1.99
59995172--59995305	67	2.0	67	98	0	259	39	3	4	52	1.40
59998504--59998529	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
60015751--60015928	46	3.8	46	78	7	216	28	28	21	21	1.99
60015759--60015929	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
60018471--60018530	30	2.0	30	96	0	111	15	20	11	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60035427--60035602	46	3.8	46	80	7	194	29	28	20	21	1.98
60035434--60035604	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
60042938--60043115	45	3.8	49	78	15	198	28	29	21	20	1.98
60042945--60043115	93	1.8	92	94	1	306	28	29	21	20	1.98
60082964--60083141	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60082985--60083140	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60087188--60087404	45	4.9	45	90	3	318	23	22	27	26	2.00
60091576--60091671	27	3.6	27	81	5	113	34	21	23	19	1.97
60094563--60094618	26	2.2	26	90	6	87	41	21	21	16	1.90
60094693--60094788	24	3.9	25	72	13	92	37	22	21	17	1.94
60096842--60097001	74	2.1	75	86	2	214	51	8	10	29	1.66
60096977--60097254	138	2.1	135	85	4	373	39	8	5	47	1.56
60098463--60098498	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
60101475--60101512	19	2.0	19	100	0	76	36	15	26	21	1.93
60123049--60123096	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
60123994--60124025	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
60137599--60137669	6	11.8	6	95	0	106	29	0	49	21	1.50
60137722--60137877	76	2.1	76	100	0	312	35	22	16	25	1.95
60138408--60138463	27	2.1	27	100	0	112	46	10	0	42	1.38
60141363--60141439	31	2.5	30	75	8	82	31	16	7	44	1.77
60145543--60145581	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
60145543--60145607	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60148877--60148939	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
60148877--60148939	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
60148998--60149048	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
60149120--60149213	46	2.2	44	81	12	108	35	21	5	38	1.76
60149121--60149213	44	2.1	46	84	11	122	35	21	5	37	1.76
60150642--60150670	8	3.6	8	100	0	58	24	10	0	65	1.23
60150751--60150885	3	44.0	3	70	5	83	29	8	2	60	1.38
60150825--60150882	13	4.8	13	78	21	65	29	8	0	62	1.25
60151199--60151229	12	2.7	12	95	5	55	16	0	0	83	0.64
60155655--60155681	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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