genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72772822--72772974	78	2.0	78	85	5	211	25	20	27	26	1.99
72778399--72778435	18	2.1	18	89	0	56	43	10	10	35	1.75
72778516--72778590	22	3.4	23	76	7	66	36	16	14	33	1.89
72781531--72781604	30	2.4	31	82	8	89	32	22	21	22	1.98
72785335--72785405	33	2.2	33	84	5	90	38	30	7	23	1.82
72785730--72785769	19	2.1	19	100	0	80	37	15	10	37	1.80
72788224--72788381	43	3.7	43	85	5	196	26	17	24	31	1.97
72790567--72790770	97	2.1	97	93	1	347	44	5	15	34	1.70
72794324--72794444	64	1.9	64	89	3	190	39	14	10	35	1.80
72794324--72794464	64	2.2	64	85	2	185	37	17	11	34	1.85
72796404--72796518	43	2.7	43	89	2	169	23	17	25	33	1.96
72799519--72799694	42	4.0	42	81	12	187	30	26	13	28	1.94
72799590--72799771	49	3.8	49	82	9	189	30	26	14	28	1.95
72799604--72799771	47	3.6	47	84	4	180	29	27	15	27	1.96
72799794--72799880	31	2.8	31	82	6	122	25	29	17	27	1.97
72799856--72800032	50	3.5	50	93	3	277	25	24	15	33	1.95
72805703--72805843	64	2.2	64	86	5	187	39	15	9	34	1.81
72808507--72808577	33	2.1	34	84	2	90	26	28	21	23	1.99
72810015--72810095	27	2.9	27	74	7	74	33	22	23	20	1.97
72810203--72810267	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
72817820--72817889	27	2.5	28	88	4	97	34	24	24	17	1.96
72817820--72817909	27	3.2	27	79	7	92	33	24	23	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72818014--72818079	28	2.4	28	92	5	107	30	7	28	33	1.85
72840019--72840076	26	2.2	27	81	3	73	15	22	20	41	1.90
72848478--72848715	48	4.9	48	93	1	368	36	6	26	30	1.81
72848845--72848947	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
72855254--72855640	47	8.1	47	85	4	486	32	10	29	27	1.90
72855254--72855640	98	4.0	97	88	3	534	32	10	29	27	1.90
72855254--72855640	145	2.7	144	83	7	525	32	10	29	27	1.90
72855426--72855501	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
72855614--72855750	46	3.0	46	86	4	195	36	8	29	25	1.85
72863043--72863094	25	2.1	25	96	0	95	50	9	11	28	1.70
72863941--72864066	55	2.3	54	94	4	225	48	14	18	19	1.81
72863918--72864043	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
72864569--72864651	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72864851--72865044	53	3.6	53	81	6	221	26	19	17	36	1.94
72864852--72865037	27	6.9	26	79	11	164	26	19	17	36	1.94
72865056--72865436	27	14.1	27	84	4	439	40	8	22	28	1.83
72865056--72865436	81	4.7	81	86	3	509	40	8	22	28	1.83
72867406--72867461	24	2.3	24	84	6	69	50	12	17	19	1.78
72867427--72867557	30	4.2	30	78	17	149	50	14	16	18	1.78
72867444--72867532	35	2.5	36	87	7	128	51	16	14	16	1.76
72867427--72867557	6	21.8	6	75	18	114	50	14	16	18	1.78
72867675--72867733	27	2.2	26	85	5	82	38	23	23	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72867675--72867748	27	2.8	27	80	10	73	36	21	25	16	1.94
72868059--72868141	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72868340--72868535	27	7.3	27	84	0	248	26	19	18	35	1.95
72868540--72868905	27	13.4	27	82	5	405	40	9	21	28	1.83
72868540--72868922	81	4.7	81	82	4	457	40	9	21	28	1.84
72871279--72871347	30	2.3	30	100	0	138	15	24	36	23	1.94
72871350--72871408	25	2.4	25	80	5	66	20	13	35	30	1.91
72873716--72873745	15	2.1	15	93	6	53	26	6	26	40	1.81
72875619--72875767	43	3.5	43	69	10	126	28	16	28	27	1.97
72877770--72878186	224	1.9	224	95	0	753	37	7	24	29	1.84
72881931--72881994	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
72882935--72882977	3	14.7	3	90	4	70	30	2	0	67	1.03
72887164--72887243	27	3.0	27	71	10	74	31	21	8	38	1.84
72887337--72887423	26	3.2	26	83	4	102	36	16	16	31	1.90
72887345--72887515	28	6.3	26	74	14	91	37	19	16	26	1.93
72887727--72887780	27	2.1	27	89	6	85	18	22	24	35	1.96
72888344--72888470	6	20.8	6	75	18	120	19	17	14	48	1.80
72888323--72888416	29	3.6	25	80	17	109	19	20	14	45	1.85
72888344--72888470	32	4.2	31	82	13	131	19	17	14	48	1.80
72888322--72888446	55	2.3	55	91	6	209	20	18	14	47	1.83
72890455--72890818	27	13.7	27	78	12	328	29	22	8	39	1.84
72890464--72890818	55	6.7	54	78	10	324	29	21	8	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72890471--72890827	159	2.2	158	81	10	408	29	21	8	39	1.83
72890518--72890818	131	2.3	130	81	10	353	30	21	8	39	1.83
72890848--72890998	24	5.9	27	75	14	142	36	18	19	25	1.94
72890849--72891028	27	7.0	26	74	12	115	36	19	18	25	1.95
72891225--72891307	27	3.1	26	86	5	94	19	22	21	36	1.95
72891808--72891947	18	8.6	17	71	25	90	17	18	14	49	1.80
72891827--72891947	6	20.8	6	79	14	130	17	17	14	50	1.78
72891804--72891924	52	2.3	52	87	9	183	17	18	14	49	1.80
72905306--72905357	25	2.1	25	96	0	95	50	9	11	28	1.70
72906205--72906330	55	2.3	54	94	4	225	48	14	18	19	1.81
72906182--72906307	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
72906834--72906916	27	3.1	26	86	5	103	36	21	22	19	1.95
72907117--72907302	81	2.3	81	90	0	282	26	19	17	36	1.94
72907116--72907310	27	7.2	27	84	3	232	26	18	17	36	1.94
72907322--72907702	27	14.1	27	84	4	439	40	8	22	28	1.83
72907322--72907702	81	4.7	81	86	3	500	40	8	22	28	1.83
72909732--72909858	55	2.3	54	94	4	227	48	14	18	19	1.82
72909709--72909834	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
72910355--72910437	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72910637--72910822	81	2.3	81	90	0	282	26	19	17	36	1.94
72910636--72910830	27	7.2	27	84	3	232	26	18	17	36	1.94
72910842--72911219	27	14.1	27	82	7	405	40	8	22	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72910842--72911219	53	7.1	54	83	6	432	40	8	22	28	1.84
72910842--72911219	80	4.7	80	86	3	485	40	8	22	28	1.84
72913221--72913367	24	6.3	24	76	14	155	48	14	18	19	1.81
72913280--72913367	25	3.6	25	90	3	151	46	14	20	18	1.84
72913221--72913367	49	3.3	44	83	13	153	48	14	18	19	1.81
72913268--72913367	49	2.0	49	96	3	184	47	15	20	18	1.83
72913221--72913346	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
72913721--72913779	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
72913867--72913949	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72914144--72914327	26	7.0	26	80	6	183	25	19	17	36	1.94
72914146--72914335	52	3.6	53	82	4	224	26	19	17	36	1.94
72914147--72914327	79	2.3	79	88	2	258	25	19	17	37	1.94
72914173--72914335	26	6.2	26	81	7	186	26	19	16	38	1.92
72914346--72914746	27	15.1	27	83	9	461	40	9	22	27	1.85
72914346--72914746	134	3.0	132	85	8	514	40	9	22	27	1.85
72914346--72914760	107	3.9	106	84	9	521	39	9	22	28	1.85
72916747--72916872	6	20.8	6	78	16	136	49	14	17	19	1.80
72916747--72916872	30	4.2	30	90	5	200	49	14	17	19	1.80
72917374--72917455	27	3.1	26	84	8	103	37	21	20	19	1.94
72917654--72917847	27	7.3	27	86	1	230	26	19	18	36	1.94
72917656--72917847	80	2.4	81	84	4	237	26	19	17	36	1.94
72917653--72917847	54	3.6	54	86	4	261	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72917858--72918254	27	15.0	27	85	8	514	40	9	22	26	1.85
72917858--72918254	107	3.8	107	86	7	562	40	9	22	26	1.85
72920255--72920380	6	20.8	6	76	16	118	50	15	16	18	1.79
72920255--72920380	30	4.2	30	82	12	159	50	15	16	18	1.79
72920498--72920556	27	2.2	26	82	5	73	37	22	23	16	1.94
72920882--72920964	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
72921163--72921358	27	7.3	27	84	0	230	27	18	18	35	1.94
72921368--72921778	27	15.2	27	83	0	480	40	8	22	27	1.83
72921368--72921778	81	5.1	81	85	2	531	40	8	22	27	1.83
72924800--72924858	25	2.4	25	80	5	66	20	13	35	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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