genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.316.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103086271--103086370	30	3.3	30	77	10	71	31	4	1	64	1.19
103086304--103086408	3	35.0	3	70	24	71	32	0	0	65	1.05
103086291--103086360	10	6.9	10	72	27	51	32	2	0	64	1.08
103086285--103086385	48	2.1	48	84	14	129	32	2	0	63	1.16
103086274--103086411	49	3.0	48	74	23	125	31	2	0	65	1.13
103090179--103090243	27	2.4	27	75	12	71	41	0	0	58	0.98
103090190--103090232	15	2.9	15	80	16	54	37	0	0	62	0.95
103090191--103090239	13	3.5	13	77	22	55	34	0	0	65	0.93
103090331--103090364	18	1.9	17	93	0	50	61	5	0	32	1.20
103094708--103094761	27	2.0	27	96	0	99	37	9	7	46	1.64
103096825--103096904	39	2.1	39	97	0	151	30	21	15	33	1.94
103097985--103098041	28	2.1	27	90	9	89	56	3	0	40	1.17
103101381--103101419	7	5.3	7	90	9	60	66	2	0	30	1.05
103101381--103101419	15	2.6	14	88	11	60	66	2	0	30	1.05
103101377--103101426	8	6.5	8	88	4	59	66	2	2	30	1.14
103101381--103101426	16	3.1	15	90	6	67	65	2	2	30	1.16
103101540--103101595	20	2.8	21	73	13	64	55	5	7	32	1.50
103101574--103101638	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
103101570--103101782	22	9.0	24	68	21	87	56	4	5	33	1.42
103103016--103103267	77	3.3	77	89	3	359	34	21	18	25	1.96
103103404--103103594	76	2.6	75	88	4	271	30	23	14	30	1.94
103103598--103103623	13	2.0	13	100	0	52	61	7	23	7	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103103751--103103800	14	3.6	14	81	7	57	64	4	12	20	1.43
103103477--103103952	160	2.8	167	82	11	535	36	19	16	26	1.93
103103780--103104019	70	3.2	74	85	8	303	36	19	16	27	1.93
103103599--103103952	181	2.0	173	88	7	516	39	18	16	24	1.92
103103901--103104253	160	2.2	154	81	11	423	34	17	16	31	1.93
103104024--103104162	72	1.9	72	89	4	219	30	17	17	34	1.93
103104320--103104578	73	3.6	72	82	12	293	30	21	16	32	1.95
103104438--103104731	163	1.8	160	85	8	418	33	21	15	28	1.95
103104857--103105202	73	4.8	73	87	6	470	32	20	16	30	1.95
103104857--103105220	144	2.5	144	82	7	463	34	20	15	29	1.94
103105220--103105394	71	2.5	68	84	6	208	34	22	14	28	1.94
103105024--103105393	191	1.9	195	85	3	507	34	20	15	28	1.93
103113681--103113716	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
103115285--103115340	24	2.3	24	84	6	78	66	0	1	32	1.03
103115285--103115336	8	6.5	8	86	8	70	65	0	1	32	1.04
103115452--103115508	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
103115481--103115700	25	9.0	25	71	13	120	56	4	5	33	1.42
103115481--103115700	52	4.5	49	73	15	163	56	4	5	33	1.42
103116173--103116347	30	5.8	30	93	0	296	22	3	49	25	1.65
103116173--103116347	60	2.9	60	98	0	332	22	3	49	25	1.65
103119576--103119659	42	2.0	41	86	2	114	65	8	9	16	1.45
103123587--103123632	21	2.2	20	85	14	58	30	4	4	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103135763--103136659	44	20.6	44	69	14	391	31	14	26	27	1.95
103135870--103136000	37	3.3	37	68	22	113	36	13	21	28	1.92
103135795--103136061	82	3.3	82	88	2	383	32	13	22	30	1.93
103136334--103136585	45	5.6	44	73	11	154	28	15	28	26	1.96
103136335--103136659	134	2.4	134	90	2	519	29	15	28	26	1.96
103136042--103136727	89	7.7	87	77	8	426	30	14	26	27	1.95
103138278--103138336	21	2.8	20	78	21	59	32	3	3	61	1.29
103146087--103146123	5	7.0	5	93	6	56	24	0	0	75	0.80
103146924--103147159	118	2.0	118	87	0	337	25	17	28	28	1.97
103147267--103147346	10	8.1	10	81	5	56	85	0	8	6	0.76
103147281--103147346	1	66.0	1	78	0	69	89	0	10	0	0.49
103147282--103147346	9	6.9	9	91	8	103	89	0	10	0	0.49
103147281--103147346	10	6.8	10	92	3	109	89	0	10	0	0.49
103147282--103147346	28	2.3	29	94	2	114	89	0	10	0	0.49
103147918--103147979	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
103152606--103152630	12	2.1	12	100	0	50	68	24	0	8	1.16
103156011--103156051	21	2.0	21	90	0	64	24	9	29	36	1.87
103160172--103160215	20	2.0	23	87	12	67	59	11	4	25	1.51
103161716--103161761	24	1.9	24	90	0	74	67	2	2	28	1.14
103164297--103164329	17	1.9	17	93	0	57	69	6	6	18	1.30
103165672--103165788	33	3.7	30	77	19	105	29	3	5	62	1.33
103165687--103165804	32	3.7	32	79	14	109	27	4	4	64	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103167015--103167057	16	2.7	15	86	10	59	2	30	0	67	1.03
103169199--103169249	25	2.0	25	100	0	102	35	15	15	33	1.90
103169678--103169778	43	2.3	43	86	3	132	28	13	22	34	1.93
103172935--103173079	72	2.0	72	94	0	254	26	15	33	24	1.95
103175837--103175876	15	2.5	15	88	8	53	2	30	0	67	1.04
103179196--103179228	17	1.9	17	93	0	57	33	0	9	57	1.30
103180575--103180610	17	2.1	17	94	0	63	36	19	8	36	1.82
103181351--103181390	11	3.5	11	83	6	53	35	0	0	65	0.93
103183004--103183036	17	1.9	17	88	11	50	63	3	6	27	1.32
103183084--103183144	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
103183478--103183529	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
103185447--103185498	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
103185657--103185781	3	41.7	3	70	15	53	54	1	8	35	1.41
103185724--103185782	24	2.3	26	80	8	68	55	1	10	32	1.43
103185847--103185884	16	2.4	16	86	8	51	63	0	7	28	1.23
103186863--103186887	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
103188463--103188504	17	2.3	19	84	8	52	59	2	4	33	1.31
103189624--103189690	31	2.1	33	83	10	86	34	11	14	38	1.84
103203037--103203074	15	2.5	16	83	12	53	39	0	7	52	1.31
103207278--103207644	46	7.6	49	86	9	440	34	14	22	29	1.93
103207278--103207644	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	29	1.93
103207608--103207753	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103216000--103216051	21	2.5	21	76	14	54	21	3	9	65	1.38
103218884--103219202	127	2.5	128	87	1	469	37	20	17	24	1.93
103221197--103221268	7	11.5	6	72	24	51	65	0	1	33	1.02
103221199--103221283	9	9.3	9	69	20	52	63	0	1	35	1.02
103221212--103221340	5	25.4	5	70	22	67	59	0	4	35	1.18
103221199--103221313	32	3.4	34	78	18	116	61	0	2	35	1.10
103221188--103221270	33	2.4	33	80	10	76	63	1	1	33	1.10
103221199--103221336	22	6.0	22	72	18	70	60	0	4	34	1.16
103221199--103221296	20	5.2	20	72	20	70	63	0	2	34	1.06
103221203--103221313	50	2.2	50	77	18	113	61	0	2	36	1.10
103221368--103221433	34	2.0	33	82	14	82	56	7	4	31	1.48
103221444--103221487	12	3.6	12	96	3	79	65	0	0	34	0.93
103226109--103226144	8	4.4	8	89	3	54	61	0	2	36	1.11
103226060--103226192	68	1.9	70	82	14	170	50	0	1	47	1.15
103230169--103230212	13	3.3	13	78	15	54	34	4	0	61	1.16
103230169--103230213	14	3.3	14	81	6	65	33	4	0	62	1.15
103230163--103230215	27	2.0	27	100	0	106	37	3	0	58	1.16
103230751--103230788	19	2.0	19	94	0	67	13	21	18	47	1.82
103233595--103233635	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
103237391--103237420	16	1.9	16	93	6	53	60	3	10	26	1.45
103239040--103239228	96	2.0	96	88	2	283	41	9	30	18	1.82
103255418--103255537	61	2.0	61	98	1	233	54	19	6	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103257959--103257989	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
103261230--103261267	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
103262466--103262516	20	2.5	20	83	0	57	19	27	11	41	1.86
103265837--103265897	25	2.4	25	80	0	68	8	14	14	62	1.54
103267066--103267117	23	2.3	23	96	0	95	38	1	13	46	1.54
103267956--103268019	18	3.6	18	77	8	58	20	6	3	70	1.23
103273119--103273197	19	4.2	19	88	9	117	34	16	10	39	1.82
103273141--103273197	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
103273119--103273197	36	2.1	39	90	9	128	34	16	10	39	1.82
103273610--103274089	87	5.5	85	66	18	245	29	20	18	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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