genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66775293--66775404	29	3.9	29	86	6	140	27	14	28	29	1.95
66776268--66776320	18	2.8	18	74	5	52	32	5	1	60	1.31
66784567--66784597	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
66796555--66796776	46	4.8	46	89	2	313	20	26	14	38	1.91
66796555--66796776	93	2.4	92	88	3	313	20	26	14	38	1.91
66796751--66796797	20	2.3	20	96	3	85	25	29	8	36	1.86
66796705--66796843	66	2.1	66	98	1	269	23	27	12	36	1.91
66796659--66796883	112	2.0	112	98	0	432	22	26	14	36	1.92
66796614--66796935	158	2.0	160	92	1	531	22	27	14	36	1.93
66796555--66797021	250	1.9	250	89	2	731	21	25	15	37	1.93
66796771--66797025	46	5.5	46	95	0	456	23	25	14	36	1.93
66802406--66802537	54	2.4	54	90	5	196	27	26	13	32	1.94
66803236--66803281	24	1.9	24	81	0	56	10	41	15	32	1.82
66809952--66810014	27	2.3	27	83	5	83	19	20	33	26	1.96
66810589--66810686	41	2.4	41	85	0	133	27	18	22	31	1.97
66810615--66810722	38	2.8	38	84	7	119	28	14	25	31	1.95
66818660--66818698	19	2.1	19	100	0	78	43	30	10	15	1.80
66822222--66822273	24	2.2	24	82	6	61	21	26	19	32	1.97
66825980--66826163	40	4.7	40	84	9	218	24	22	27	25	2.00
66825980--66826163	79	2.3	80	84	8	234	24	22	27	25	2.00
66825981--66826196	79	2.7	79	81	8	201	25	21	27	24	1.99
66833736--66833957	40	5.7	40	85	8	264	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66833788--66833980	77	2.5	77	83	8	187	26	21	27	24	1.99
66833826--66833982	79	2.0	78	80	8	176	26	21	27	24	1.99
66849606--66849656	20	2.5	20	84	6	59	62	11	0	25	1.29
66857607--66857660	25	2.2	24	81	12	65	62	1	3	31	1.23
66859106--66859151	20	2.2	20	80	3	56	21	8	13	56	1.63
66859107--66859144	20	1.9	20	88	0	58	23	7	15	52	1.69
66861578--66861760	27	6.8	27	83	6	183	32	24	7	36	1.82
66861589--66861760	54	3.2	54	88	2	249	30	24	6	37	1.82
66861589--66861760	81	2.1	80	92	3	283	30	24	6	37	1.82
66861759--66861887	27	4.8	27	77	7	120	39	19	11	29	1.87
66861811--66861980	27	6.3	27	77	6	112	40	14	10	35	1.80
66862018--66862095	27	2.9	26	76	14	86	38	21	16	23	1.93
66862904--66862973	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
66862903--66862998	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
66874233--66874338	37	2.9	37	92	0	176	26	31	17	24	1.97
66874548--66874694	47	3.1	47	87	0	195	27	29	10	31	1.90
66877754--66877805	24	2.2	24	89	0	77	34	17	5	42	1.73
66877763--66877810	24	2.0	24	100	0	96	37	16	4	41	1.68
66878937--66879328	40	9.8	40	93	1	624	26	28	21	24	1.99
66880595--66880703	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
66880910--66881056	47	3.1	47	88	0	204	27	29	10	33	1.89
66888372--66888407	13	2.6	15	79	20	51	63	5	8	22	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66890195--66890267	36	2.0	36	97	0	137	38	12	10	38	1.78
66895470--66895515	23	2.0	23	87	8	67	45	19	15	19	1.85
66896137--66896188	27	1.9	27	88	0	77	26	11	25	36	1.90
66901418--66901529	43	2.6	42	81	5	136	28	17	25	28	1.98
66902492--66902526	13	2.7	13	100	0	70	0	25	51	22	1.48
66910938--66910975	14	2.7	14	95	0	67	34	26	21	18	1.96
66912696--66912847	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
66912696--66912867	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
66920768--66921079	40	7.8	40	89	0	446	24	21	28	25	1.99
66920768--66921079	80	3.9	80	93	0	500	24	21	28	25	1.99
66923724--66923769	24	1.9	24	86	0	65	32	13	30	23	1.93
66925791--66925955	42	3.9	42	83	1	177	31	16	23	27	1.96
66934653--66934704	12	4.3	12	85	0	68	19	46	30	3	1.68
66934653--66934704	24	2.2	24	100	0	104	19	46	30	3	1.68
66939687--66939823	60	2.3	59	80	8	143	26	24	21	27	1.99
66939816--66939861	20	2.3	20	82	14	60	30	28	15	26	1.96
66939828--66939871	19	2.2	20	84	4	54	36	25	15	22	1.94
66956073--66956107	18	1.9	18	100	0	70	45	11	20	22	1.82
66956420--66956688	27	10.0	27	87	1	324	40	21	14	23	1.90
66960481--66960637	27	5.9	27	80	4	147	41	15	14	28	1.87
66960478--66960625	53	2.8	53	83	3	163	41	18	14	25	1.88
66975296--66975341	23	2.0	23	95	0	83	26	17	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66985093--66985342	40	6.3	40	86	1	267	26	27	22	23	1.99
66993207--66993431	40	5.7	40	86	3	251	28	26	21	23	1.99
66993207--66993431	80	2.8	80	84	3	285	28	26	21	23	1.99
66996247--66996433	40	4.7	40	91	0	284	21	19	26	32	1.97
66999361--66999529	46	3.7	46	77	10	182	23	19	27	30	1.98
66999354--66999524	93	1.8	93	89	0	270	22	20	27	29	1.99
67000024--67000205	40	4.6	40	92	0	283	20	20	27	30	1.98
67002907--67002952	19	2.4	19	81	0	56	39	23	21	15	1.92
67013779--67013838	30	2.0	30	83	0	75	48	5	10	36	1.59
67013942--67014127	59	3.1	56	69	19	144	43	2	3	51	1.32
67013988--67014175	61	3.1	61	68	17	165	43	2	5	48	1.41
67013935--67014225	120	2.4	122	88	4	453	44	2	4	49	1.34
67014169--67014205	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
67014370--67014460	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
67014441--67014509	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
67014441--67014509	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
67015815--67015948	48	2.8	49	77	4	130	32	29	12	25	1.93
67015815--67015948	24	5.6	24	73	8	103	32	29	12	25	1.93
67025199--67025268	30	2.3	30	85	0	86	18	32	21	27	1.97
67030211--67030302	24	3.8	24	95	0	148	36	31	11	19	1.88
67030196--67030296	48	2.1	48	86	0	139	36	30	10	21	1.88
67031475--67031508	17	2.0	17	88	0	50	35	5	2	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67036136--67036358	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
67036216--67036393	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
67044082--67044304	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
67044162--67044339	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
67051185--67051340	41	3.6	44	76	14	146	28	28	17	25	1.97
67051264--67051354	44	2.1	44	89	4	139	34	27	15	23	1.94
67058823--67058919	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
67065010--67065073	31	2.1	31	87	0	92	25	23	14	37	1.92
67065267--67065436	25	7.0	24	84	9	211	26	24	21	28	1.99
67065494--67065550	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
67065482--67065552	20	3.5	20	92	0	115	33	21	9	35	1.86
67066786--67066869	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
67066909--67067160	27	9.3	27	76	5	152	32	9	19	38	1.84
67066948--67067160	81	2.6	81	73	8	200	31	8	19	40	1.82
67067138--67067319	27	6.8	27	89	0	249	41	8	22	27	1.83
67067112--67067279	54	3.1	54	84	0	147	40	9	20	29	1.84
67067112--67067322	81	2.6	81	82	0	206	40	9	21	28	1.84
67067138--67067373	81	2.9	81	80	1	213	39	9	21	29	1.85
67067329--67067417	27	3.3	27	81	9	92	34	10	14	40	1.80
67067328--67067432	27	3.9	27	75	9	81	36	9	15	39	1.80
67072700--67072814	55	2.1	56	82	8	137	34	20	24	20	1.96
67072725--67072814	27	3.2	28	82	7	103	32	22	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67072920--67073011	28	3.3	28	95	3	159	30	7	28	33	1.85
67077946--67078094	9	16.9	9	72	10	103	34	0	17	47	1.53
67077973--67078069	34	2.8	36	86	10	130	35	1	15	48	1.52
67079258--67080964	853	2.0	853	95	0	3054	35	16	15	32	1.91
67085057--67085081	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
67105572--67105766	49	3.9	49	85	2	237	28	27	18	25	1.98
67107890--67107953	15	4.4	15	74	16	55	62	14	12	10	1.55
67110946--67111190	99	2.5	100	85	2	323	28	27	17	26	1.98
67110946--67111183	49	4.8	49	86	2	305	28	27	17	26	1.98
67113495--67113596	7	14.6	7	70	0	60	40	35	1	22	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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