genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.336.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107757593--107757700	14	7.6	14	80	2	99	45	33	0	21	1.52
107757560--107757705	21	6.9	21	74	4	87	46	31	0	21	1.52
107757989--107758037	24	2.0	24	92	0	80	42	4	2	51	1.32
107757996--107758041	12	3.9	12	78	13	51	43	4	2	50	1.34
107762080--107762187	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
107780076--107780261	96	1.9	98	87	4	279	20	29	23	26	1.99
107780076--107780261	48	3.9	48	85	6	252	20	29	23	26	1.99
107780355--107780386	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
107780598--107780655	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
107787568--107787760	50	3.8	50	88	0	278	20	30	23	25	1.99
107787854--107787884	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
107788096--107788153	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
107796624--107796660	13	2.8	13	100	0	74	64	5	24	5	1.36
107819681--107819714	17	2.0	17	88	0	50	26	0	8	64	1.22
107820936--107820985	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
107826369--107826418	26	1.9	26	91	0	82	32	20	0	48	1.50
107827399--107827440	16	2.6	17	82	10	54	38	2	0	59	1.10
107831929--107832079	69	2.2	69	81	0	167	38	26	19	15	1.92
107832105--107832233	69	1.9	69	88	0	195	38	20	23	17	1.93
107832180--107832287	54	2.0	54	83	0	135	37	22	20	20	1.95
107832111--107832358	123	2.0	123	89	0	379	37	20	22	18	1.95
107832280--107833422	129	8.9	128	84	7	1108	39	20	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107832406--107833425	189	5.3	190	80	10	922	40	20	22	16	1.91
107832620--107833422	318	2.5	318	90	2	1209	40	20	22	16	1.91
107833048--107833426	60	6.0	60	75	12	321	40	20	21	17	1.91
107833490--107833586	48	2.0	48	89	0	149	34	19	23	22	1.97
107833419--107833655	117	2.0	117	84	1	305	35	19	24	21	1.96
107833536--107833887	69	5.1	69	80	5	379	34	21	23	21	1.97
107833350--107833724	186	2.0	185	82	4	459	35	20	23	20	1.96
107833551--107833955	69	5.9	68	79	7	345	34	22	22	20	1.97
107835168--107835196	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
107842799--107842840	21	2.0	21	100	0	84	38	28	9	23	1.86
107850682--107850789	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
107852851--107852894	21	2.1	21	87	4	63	54	2	2	40	1.25
107856727--107856897	85	2.0	85	96	0	315	33	16	18	30	1.94
107859522--107859623	23	4.3	24	78	14	104	36	2	4	55	1.36
107860960--107861005	24	2.0	23	83	12	58	58	2	10	28	1.43
107861113--107861179	29	2.5	26	71	17	66	58	2	7	31	1.41
107861227--107861267	19	2.2	19	86	8	57	63	0	2	34	1.08
107863325--107863377	21	2.5	21	81	0	70	33	1	5	58	1.32
107863474--107863525	22	2.4	22	84	12	72	30	1	5	61	1.30
107863474--107863532	20	2.8	21	82	10	75	30	3	5	61	1.34
107863527--107863595	31	2.2	32	80	10	81	30	1	8	59	1.36
107866292--107866331	19	2.1	19	100	0	80	57	5	17	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107871996--107872028	16	2.1	16	100	0	66	36	0	24	39	1.56
107875620--107875652	16	2.1	16	100	0	66	18	18	12	51	1.76
107876285--107876871	219	2.7	216	89	1	874	33	18	21	26	1.97
107876829--107877030	78	2.6	78	85	3	280	33	17	24	24	1.96
107876970--107877198	45	5.1	45	73	10	198	31	16	26	25	1.96
107877548--107877610	17	3.5	17	83	16	83	39	9	14	36	1.78
107877548--107877610	18	3.5	18	89	8	85	39	9	14	36	1.78
107877539--107877618	35	2.2	37	85	12	114	40	7	16	36	1.77
107877539--107877610	19	3.9	19	83	10	105	38	8	15	37	1.77
107877589--107877633	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
107886522--107886562	20	2.0	20	95	0	73	29	12	9	48	1.72
107887645--107887715	37	1.9	37	88	0	106	50	4	7	38	1.49
107889029--107889066	13	3.1	13	88	7	53	71	0	0	28	0.87
107889649--107889735	40	2.1	42	81	8	99	21	9	6	62	1.49
107890711--107890869	27	5.9	27	79	11	166	33	20	25	19	1.96
107890729--107890872	54	2.7	54	90	2	227	34	22	25	18	1.96
107898387--107898500	27	4.2	27	82	10	108	35	21	23	19	1.96
107898387--107898500	54	2.1	54	86	3	158	35	21	23	19	1.96
107898411--107898503	27	3.4	27	82	11	127	34	23	24	17	1.96
107900432--107900485	3	17.7	3	80	3	63	33	5	0	61	1.19
107900881--107900973	11	8.2	12	73	21	60	35	3	4	56	1.35
107900903--107900977	20	3.8	20	77	18	75	34	1	4	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107900892--107900974	11	7.7	11	72	20	68	34	2	4	57	1.33
107901108--107901191	3	28.7	3	72	13	50	32	5	3	58	1.39
107918612--107918644	16	2.1	16	100	0	66	36	15	12	36	1.84
107925741--107925765	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
107927754--107928068	162	2.0	156	86	6	436	35	10	11	42	1.75
107929349--107929414	29	2.2	30	81	7	73	34	10	6	48	1.62
107929888--107929925	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
107930956--107930985	14	2.1	14	100	0	60	40	43	6	10	1.64
107938304--107938343	19	2.1	19	95	0	71	27	0	0	72	0.85
107941038--107941083	10	4.5	10	81	5	56	8	15	0	76	1.02
107955216--107955317	18	5.7	18	78	0	114	32	33	12	21	1.91
107955216--107955317	36	2.8	36	80	0	132	32	33	12	21	1.91
107955475--107955522	24	2.0	25	87	4	71	56	10	10	22	1.63
107957811--107957849	19	2.1	19	100	0	78	53	5	15	25	1.62
107958592--107958978	114	3.4	114	80	5	453	25	27	28	18	1.98
107965539--107965578	19	2.0	20	85	4	55	27	2	10	60	1.42
107965951--107966009	31	1.9	31	82	6	75	15	5	6	72	1.23
107970271--107970307	19	1.9	19	88	0	56	51	5	13	29	1.63
107971700--107971811	47	2.4	47	83	5	147	35	22	16	25	1.94
107972574--107972606	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
107976201--107976242	21	2.0	22	86	13	63	45	9	7	38	1.64
107976786--107976824	16	2.4	16	80	12	53	41	0	5	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107982150--107982198	24	2.0	24	100	0	98	55	8	0	36	1.30
107986237--107986266	6	4.8	6	92	8	51	83	0	0	16	0.65
107986237--107986265	13	2.2	13	100	0	58	86	0	0	13	0.58
107987615--107987642	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
107987639--107987709	5	13.2	6	81	14	59	33	2	14	49	1.58
107987640--107987713	11	7.5	11	70	23	58	33	2	14	48	1.58
107987631--107987686	27	2.1	27	96	0	103	30	7	8	53	1.59
107987673--107987712	20	2.0	20	100	0	80	35	0	20	45	1.51
107988675--107988726	12	4.2	12	70	4	50	36	19	9	34	1.84
107988616--107988726	33	3.2	33	84	7	125	38	18	10	32	1.85
107997080--107997114	18	1.9	18	100	0	70	48	22	11	17	1.79
108001732--108001779	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
108001750--108001808	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
108002943--108002981	8	4.9	8	81	12	53	35	0	0	64	0.94
108002947--108002980	15	2.2	16	89	5	52	35	0	0	64	0.94
108010407--108010443	15	2.5	15	90	0	56	27	35	13	24	1.93
108010416--108010445	15	2.0	15	100	0	60	20	40	13	26	1.89
108010598--108010626	9	3.2	9	100	0	58	10	44	0	44	1.38
108011280--108011335	6	9.5	6	84	3	78	32	0	1	66	1.03
108011273--108011345	12	6.2	11	81	10	74	31	2	1	64	1.16
108013676--108013704	15	1.9	15	100	0	58	41	20	13	24	1.89
108015264--108015340	29	2.6	29	82	10	86	33	19	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108019860--108019894	17	2.1	17	100	0	70	0	17	11	71	1.14
108019860--108019903	17	2.6	17	89	7	54	2	15	11	70	1.26
108020587--108020636	6	8.3	6	82	12	50	80	20	0	0	0.72
108023383--108023434	22	2.4	21	81	9	52	48	0	0	51	1.00
108023614--108023644	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67
108025196--108025227	12	2.4	14	90	10	50	75	0	0	25	0.81
108030704--108030811	46	2.3	46	83	0	126	39	14	24	21	1.91
108032725--108032787	17	3.7	17	74	4	56	63	0	3	33	1.10
108032738--108032793	24	2.4	23	82	5	69	62	0	1	35	1.06
108039875--108039911	18	2.1	18	100	0	74	29	16	21	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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