genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79755029--79755340	94	3.3	94	89	0	473	31	10	29	28	1.91
79755077--79755150	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
79755242--79755317	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
79755029--79755354	141	2.3	141	82	7	435	31	11	30	27	1.91
79755334--79755424	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
79772627--79772700	37	2.0	37	100	0	148	35	18	10	35	1.86
79779160--79779239	42	1.9	42	89	0	124	31	21	20	27	1.98
79797647--79797906	27	9.7	26	85	4	268	40	23	8	27	1.83
79797647--79797933	81	3.5	81	79	7	296	40	22	9	27	1.84
79797888--79798111	27	8.3	27	83	3	238	37	20	17	24	1.94
79797859--79798081	54	4.1	55	80	4	154	38	20	16	24	1.92
79797647--79797960	134	2.3	133	81	5	312	40	22	9	27	1.85
79797647--79797988	161	2.1	161	80	5	370	40	21	10	27	1.86
79797888--79798081	107	1.8	107	88	0	298	38	19	17	24	1.92
79797893--79798093	80	2.5	81	81	1	251	36	21	17	23	1.94
79797890--79798111	54	4.1	54	85	2	286	36	21	17	24	1.94
79803901--79804175	27	10.2	27	86	2	286	41	22	7	28	1.81
79807100--79807147	21	2.3	21	85	7	62	31	0	14	54	1.41
79813882--79814045	79	2.1	80	90	1	258	26	27	23	23	2.00
79813882--79814045	40	4.1	40	90	1	258	26	27	23	23	2.00
79823082--79823155	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
79825201--79825365	40	4.1	40	89	4	244	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79835058--79835107	20	2.5	20	96	0	91	30	20	18	32	1.96
79837675--79837771	48	2.0	48	93	0	167	31	25	12	29	1.92
79846300--79846387	42	2.1	42	86	2	122	31	23	13	30	1.93
79854360--79854412	25	2.1	25	82	6	63	39	0	0	60	0.97
79855290--79855320	13	2.4	13	100	0	62	22	0	0	77	0.77
79855345--79855403	25	2.4	25	83	10	79	42	0	1	55	1.09
79855345--79855405	24	2.6	22	80	12	68	40	0	1	57	1.08
79855358--79855415	12	4.5	13	71	16	50	39	0	0	60	0.97
79855406--79855441	17	2.1	17	89	0	54	41	0	0	58	0.98
79855399--79855454	19	3.0	18	79	12	60	41	0	0	58	0.98
79855346--79855548	37	5.2	38	70	14	135	40	2	2	54	1.27
79855507--79855555	16	3.2	16	72	19	50	36	0	2	61	1.08
79855493--79855568	29	2.7	29	78	15	86	36	0	2	60	1.11
79855536--79855597	20	2.8	22	77	22	67	35	0	1	62	1.05
79855507--79855574	30	2.3	30	82	14	79	36	0	1	61	1.05
79855537--79855598	10	5.6	11	71	25	51	35	0	1	62	1.05
79856930--79857013	44	1.9	44	87	0	123	25	17	25	32	1.97
79868081--79868213	56	2.3	60	75	11	136	50	5	2	42	1.37
79868695--79868726	9	3.4	9	91	8	55	34	0	0	65	0.93
79871204--79871241	14	2.6	15	83	8	51	13	15	0	71	1.16
79872564--79872619	26	2.1	28	90	6	89	57	12	10	19	1.64
79874617--79874887	47	5.8	46	81	11	275	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79874617--79874887	94	2.9	92	84	8	345	28	18	28	24	1.98
79874619--79874887	141	1.9	139	82	10	341	28	18	28	24	1.98
79875636--79875761	55	2.3	55	84	2	164	22	17	29	30	1.96
79876467--79876540	35	2.1	35	94	0	130	21	9	25	43	1.83
79877368--79877410	23	1.9	23	85	4	61	27	16	16	39	1.90
79877713--79877816	54	1.9	53	84	5	138	36	12	21	29	1.90
79879510--79879577	31	2.2	31	83	0	91	32	16	11	39	1.84
79883612--79883642	8	3.8	8	95	4	53	90	0	0	9	0.46
79883612--79883643	9	3.7	9	91	8	57	90	0	0	9	0.45
79883796--79883835	19	2.1	19	86	9	55	72	7	2	17	1.19
79883796--79883842	19	2.6	19	83	6	53	72	6	2	19	1.17
79886342--79887723	282	4.9	282	86	3	1790	26	22	17	33	1.96
79886391--79887708	555	2.4	557	86	2	1824	26	22	17	33	1.96
79892345--79892427	32	2.5	33	90	7	134	36	10	13	39	1.79
79892347--79892414	32	2.1	32	100	0	136	38	11	14	35	1.83
79901083--79901221	46	3.0	47	83	4	156	34	15	25	25	1.94
79901083--79901202	48	2.6	46	86	2	150	35	15	23	25	1.94
79905952--79906036	45	1.9	44	87	2	125	45	9	12	31	1.74
79918086--79918149	32	2.0	31	85	8	85	60	1	1	35	1.15
79918090--79918201	9	12.8	9	66	21	51	58	3	1	35	1.26
79923465--79923609	71	2.0	72	95	1	265	40	10	13	36	1.78
79927041--79927163	48	2.6	48	92	0	201	34	25	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79928668--79928885	46	4.8	45	78	13	239	26	19	30	22	1.98
79928671--79928885	94	2.3	90	89	4	324	26	19	30	23	1.98
79928673--79928922	46	5.5	44	77	11	148	27	18	29	24	1.98
79932233--79932340	48	2.2	48	91	6	175	34	20	22	23	1.97
79936367--79936416	16	3.1	16	94	0	82	50	30	4	16	1.63
79937062--79937172	29	3.9	28	85	2	132	27	13	29	28	1.94
79941510--79941579	32	2.2	31	84	2	95	50	20	18	11	1.77
79941510--79941578	16	4.4	15	74	13	59	50	20	18	10	1.75
79941684--79941730	19	2.5	19	85	0	67	31	14	36	17	1.90
79941820--79941926	29	3.7	29	74	6	101	26	15	33	24	1.95
79944749--79944779	16	1.9	16	93	0	53	54	19	6	19	1.65
79945887--79945942	9	6.0	9	81	8	67	30	17	35	16	1.92
79945888--79945943	19	3.0	19	94	2	96	30	16	35	17	1.92
79952211--79952236	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
79966953--79966978	13	2.0	13	100	0	52	7	30	30	30	1.85
79967385--79967454	36	1.9	36	100	0	140	35	14	22	27	1.93
79971872--79971943	28	2.6	28	91	2	92	40	25	5	29	1.78
79972046--79972160	27	4.3	26	88	7	149	18	23	22	35	1.95
79975102--79975321	78	2.8	74	83	9	242	35	19	16	27	1.94
79984892--79984946	28	2.0	28	88	0	83	23	16	32	27	1.96
79984893--79984962	28	2.5	28	80	2	77	28	15	32	22	1.95
79985263--79985766	27	18.7	27	77	7	305	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79985263--79985737	54	8.8	54	80	3	429	38	20	10	30	1.86
79985263--79985738	81	5.9	80	80	3	474	38	20	10	30	1.86
79985690--79985781	27	3.4	27	87	0	112	39	17	15	28	1.90
79987643--79987705	32	2.0	32	100	0	126	33	22	15	28	1.95
79990778--79990932	44	3.6	42	75	11	145	32	26	16	25	1.96
79995673--79995749	37	2.1	37	97	0	145	37	19	23	19	1.94
79995737--79995799	22	2.9	22	81	9	65	34	14	28	22	1.93
79997120--79997209	29	3.1	29	83	1	101	27	24	17	30	1.97
79997420--79997462	8	5.4	8	82	0	59	6	23	20	48	1.73
79997420--79997462	16	2.7	16	92	0	77	6	23	20	48	1.73
80001576--80001685	29	3.9	29	81	3	134	29	30	14	25	1.95
80001914--80001966	16	3.3	16	79	10	63	11	22	16	49	1.78
80006944--80007007	26	2.5	25	87	5	83	35	15	9	39	1.80
80007148--80007183	18	2.0	18	88	0	54	19	22	0	58	1.40
80010888--80010966	10	7.7	10	71	19	56	67	2	1	29	1.12
80010996--80011031	17	2.1	17	90	10	56	61	0	5	33	1.19
80011229--80011301	27	2.8	24	73	16	67	34	1	2	61	1.19
80012352--80012427	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
80013352--80013390	19	2.1	19	85	9	53	41	0	2	56	1.13
80020107--80020182	11	6.8	11	70	24	52	42	1	2	53	1.23
80020125--80020251	68	1.9	68	83	6	168	44	3	3	48	1.34
80021382--80021453	22	3.3	22	88	0	108	30	27	30	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80023526--80023553	14	2.0	14	100	0	56	14	21	14	50	1.78
80027216--80027265	6	8.2	6	93	2	55	16	26	0	58	1.38
80027216--80027265	12	4.1	12	86	2	64	16	26	0	58	1.38
80027216--80027264	18	2.7	18	90	3	71	16	26	0	57	1.40
80029094--80029189	45	2.1	46	86	7	133	38	7	2	52	1.41
80029597--80029657	31	2.0	31	96	0	113	31	24	6	37	1.81
80030500--80030533	16	2.1	16	88	0	50	70	2	0	26	1.01
80039192--80039229	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80044337--80044396	20	3.0	20	80	0	75	66	1	8	23	1.28
80044337--80044396	10	6.0	10	84	5	68	66	1	8	23	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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