genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  299  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98044735--98044798	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
98044992--98045135	25	6.0	24	89	8	197	28	22	19	29	1.98
98045184--98045250	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
98045184--98045239	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
98048943--98049169	40	5.7	40	88	0	310	33	29	19	17	1.95
98051354--98051403	24	2.1	24	96	0	91	42	24	4	30	1.73
98052543--98052587	23	2.0	23	82	8	56	17	4	6	71	1.25
98058023--98058109	25	3.5	25	78	20	110	24	28	14	32	1.95
98058022--98058182	49	3.3	49	89	6	222	24	29	15	31	1.96
98058048--98058183	24	5.6	24	80	12	154	24	30	16	29	1.96
98058048--98058183	73	1.9	73	87	3	202	24	30	16	29	1.96
98058048--98058206	49	3.3	48	84	8	173	25	30	16	28	1.97
98058046--98058206	73	2.2	73	83	2	198	24	29	16	29	1.96
98059258--98059296	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
98061185--98061224	21	1.9	21	85	10	55	50	22	2	25	1.62
98062984--98063064	42	1.9	42	85	5	110	35	22	11	30	1.89
98064603--98064652	24	2.1	24	92	0	82	42	26	4	28	1.73
98067016--98067144	50	2.5	51	88	5	190	35	17	22	24	1.95
98067133--98067181	24	2.0	24	92	0	80	30	24	18	26	1.98
98067122--98067273	62	2.6	56	83	9	189	28	19	25	26	1.99
98067157--98067292	31	4.4	31	91	0	218	25	20	26	27	1.99
98067411--98067508	42	2.3	42	87	3	135	33	13	25	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98069171--98069205	14	2.6	13	95	4	61	5	17	0	77	0.96
98071759--98071829	22	3.1	22	71	18	65	40	5	0	53	1.24
98073032--98073091	27	2.1	30	87	12	90	70	5	0	25	1.08
98074235--98074276	21	2.0	21	86	4	59	28	2	30	38	1.70
98083888--98083981	46	2.0	46	91	4	154	55	7	0	37	1.28
98088331--98088357	14	1.9	14	100	0	54	44	7	22	25	1.79
98093641--98093684	6	7.5	6	94	2	72	13	0	36	50	1.42
98108877--98109101	122	1.9	120	89	3	353	40	11	19	28	1.85
98113128--98113425	40	7.5	40	93	1	458	22	23	27	25	2.00
98121315--98121532	40	5.5	40	90	2	298	22	23	28	25	1.99
98129654--98129878	122	1.9	122	85	3	321	40	11	19	28	1.86
98131764--98131800	18	2.1	18	100	0	74	37	5	16	40	1.71
98134420--98134461	13	3.2	12	84	15	57	0	19	2	78	0.86
98134419--98134460	9	4.7	9	79	8	50	0	16	2	80	0.81
98138804--98138867	34	1.9	33	81	15	78	29	23	20	26	1.99
98151067--98151112	15	2.9	16	80	6	58	71	2	4	21	1.14
98159208--98159345	33	4.2	32	76	5	116	35	21	10	31	1.88
98159215--98159342	65	2.0	66	90	1	204	36	21	11	29	1.89
98159224--98159340	33	3.6	33	81	2	146	39	20	11	29	1.87
98159345--98159443	29	3.4	29	95	0	180	23	29	12	35	1.91
98162854--98162896	22	2.0	21	81	4	50	58	4	2	34	1.32
98164866--98164891	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98165425--98165454	15	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
98165494--98165535	22	2.1	19	86	13	57	52	2	0	45	1.13
98167102--98167128	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
98174275--98174332	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
98180511--98180575	18	3.6	18	72	4	58	47	12	9	30	1.72
98180521--98180572	18	2.8	19	82	5	70	51	11	5	30	1.61
98180643--98180744	52	1.9	52	82	6	123	39	25	20	14	1.91
98181824--98181864	20	2.2	18	91	8	64	0	29	0	70	0.87
98182068--98182102	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
98184440--98184497	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
98184842--98185053	47	4.6	46	76	10	150	27	20	27	24	1.99
98199533--98199607	30	2.5	28	76	19	89	33	1	0	65	1.01
98199548--98199610	28	2.2	29	88	5	92	33	1	0	65	1.03
98199572--98199600	12	2.5	12	94	5	51	34	0	0	65	0.93
98199535--98199631	21	4.8	21	72	16	62	32	2	1	63	1.12
98199735--98199767	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
98199723--98199839	12	9.2	12	70	25	64	29	5	0	63	1.24
98199818--98199878	21	2.9	21	73	22	65	29	3	4	62	1.32
98211927--98212161	45	5.3	45	73	10	162	29	16	25	28	1.97
98211927--98212229	44	6.8	45	75	9	230	30	15	26	28	1.96
98211962--98212204	132	1.8	135	87	4	368	31	15	25	27	1.95
98234633--98234664	13	2.5	13	94	0	55	18	43	25	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98247172--98247196	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
98250189--98250222	16	2.1	16	100	0	68	11	0	0	88	0.52
98250190--98250223	11	3.0	11	91	4	50	14	0	0	85	0.60
98251743--98251771	15	1.9	15	100	0	58	41	20	13	24	1.89
98262503--98262537	10	3.4	10	88	4	52	0	20	0	80	0.72
98269362--98269510	70	2.1	70	88	4	221	30	28	16	23	1.96
98269431--98269652	104	2.2	102	91	3	356	31	31	18	18	1.95
98269981--98270044	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
98269988--98270044	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
98277964--98278000	5	7.4	5	93	0	65	78	2	0	18	0.87
98286339--98286429	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
98286446--98286521	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
98286541--98286615	22	3.3	22	66	29	57	25	30	12	32	1.92
98286754--98286827	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
98286443--98286840	47	8.5	47	92	0	607	25	28	12	33	1.92
98286409--98286875	141	3.3	141	88	0	628	26	28	11	32	1.91
98292676--98292825	67	2.3	64	81	11	155	21	28	19	31	1.97
98295216--98295254	6	6.5	6	90	0	60	48	10	17	23	1.78
98295216--98295254	12	3.2	12	92	0	69	48	10	17	23	1.78
98296194--98296247	16	3.4	17	72	12	51	40	3	0	55	1.17
98298370--98298417	4	12.0	4	100	0	96	25	0	25	50	1.50
98302941--98303118	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98302942--98303097	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98302938--98303118	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98310987--98311164	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
98310988--98311143	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98310984--98311164	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98312537--98312563	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
98322327--98322426	49	2.0	49	88	3	148	59	10	10	21	1.59
98325088--98325136	21	2.3	21	79	6	55	28	4	2	65	1.22
98325782--98325826	7	6.4	7	85	10	65	31	37	2	28	1.69
98326457--98326502	17	2.7	17	87	12	60	43	0	2	54	1.12
98326469--98326511	17	2.7	16	85	7	52	46	0	0	53	1.00
98329218--98329270	25	2.2	23	83	12	63	28	11	1	58	1.43
98329279--98329319	21	1.9	22	90	5	66	21	12	7	58	1.58
98331641--98331759	46	2.6	46	89	2	177	20	24	13	42	1.88
98348072--98348222	42	3.6	42	78	8	162	29	15	25	29	1.96
98350465--98350594	47	2.8	47	88	4	183	33	27	14	23	1.94
98366704--98366855	42	3.6	42	79	5	171	28	15	26	29	1.96
98380442--98380487	23	2.0	23	82	0	56	23	32	8	34	1.86
98393819--98393870	27	1.9	27	88	0	77	34	21	17	26	1.95
98407410--98407481	19	3.8	18	76	12	56	62	2	4	30	1.28
98407794--98407847	16	3.2	16	78	14	56	29	1	0	68	1.00
98411218--98411251	8	4.0	8	88	11	50	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98411232--98411301	23	2.9	23	75	14	70	48	1	4	45	1.30
98411603--98411655	15	3.9	14	81	13	58	39	0	0	60	0.97
98411604--98411657	6	8.0	7	78	19	53	40	0	0	59	0.98
98411603--98411647	15	3.2	14	87	9	65	35	0	0	64	0.94
98411595--98411670	19	3.9	19	71	21	68	40	0	0	59	0.98
98417407--98417470	32	2.0	32	93	0	110	34	35	7	21	1.83
98426792--98426834	21	2.0	23	81	9	54	46	34	4	13	1.65
98430863--98431164	70	4.3	70	84	2	374	32	23	12	32	1.92
98430863--98431164	105	2.9	105	86	1	408	32	23	12	32	1.92
98430863--98431164	35	8.6	35	85	0	336	32	23	12	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352