genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81674476--81674558	6	13.7	6	71	18	57	75	0	6	18	0.99
81674473--81674546	16	4.7	15	75	17	69	78	0	5	16	0.93
81674473--81674544	9	7.3	9	72	21	56	79	0	5	15	0.91
81678707--81679073	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
81678707--81679073	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
81678721--81679073	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
81679037--81679182	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
81678707--81679062	150	2.4	149	89	4	467	34	14	21	28	1.93
81680439--81680631	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
81683722--81684088	46	7.6	49	87	8	440	34	14	22	28	1.93
81683722--81684088	98	3.7	97	85	9	501	34	14	22	28	1.93
81683736--81684088	196	1.8	196	92	0	607	34	14	22	28	1.93
81684052--81684197	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
81683722--81684077	150	2.4	149	89	4	467	34	14	21	28	1.93
81685982--81686073	21	4.2	22	70	22	59	70	1	6	21	1.16
81686016--81686073	13	4.6	13	77	12	50	72	0	5	22	1.04
81685985--81686074	18	4.8	18	68	22	51	68	1	6	23	1.19
81686795--81686853	29	2.0	31	90	6	95	42	6	5	45	1.52
81686795--81686864	31	2.3	29	85	4	77	44	7	4	44	1.51
81696513--81696574	32	1.9	32	87	6	90	66	0	1	32	1.02
81696513--81696578	17	3.9	18	74	20	63	66	0	1	31	1.01
81699059--81699099	18	2.3	18	87	8	57	70	4	0	24	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81702287--81702392	23	4.6	23	70	12	74	25	18	16	38	1.92
81702556--81702614	20	3.0	20	89	0	91	37	3	22	37	1.71
81708640--81708679	21	1.9	21	90	10	64	65	0	5	30	1.14
81708627--81708686	26	2.3	26	83	13	70	65	0	3	31	1.09
81708637--81708690	21	2.6	21	75	16	58	62	0	3	33	1.12
81720860--81720905	23	2.0	23	100	0	92	17	21	30	30	1.96
81734115--81734150	18	2.0	18	100	0	72	16	27	27	27	1.97
81737809--81738023	46	4.6	46	78	7	193	24	28	18	28	1.98
81741322--81741368	5	8.8	5	78	21	51	19	0	4	76	0.95
81741325--81741368	11	4.0	11	82	8	54	18	0	4	77	0.94
81743738--81743908	93	1.8	93	91	0	279	28	29	21	20	1.98
81743733--81743905	46	3.7	46	77	13	183	29	28	20	20	1.98
81743831--81743916	46	1.9	45	85	4	120	31	29	18	20	1.97
81744328--81744387	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
81746111--81746146	18	2.0	18	88	0	54	30	8	22	38	1.83
81746122--81746154	14	2.4	14	94	0	57	33	6	24	36	1.80
81747519--81747685	46	3.6	45	81	9	162	26	16	32	24	1.96
81747607--81747732	48	2.6	48	81	7	139	27	16	31	23	1.96
81752867--81753054	48	3.9	48	80	0	187	25	28	19	27	1.98
81752869--81753046	96	1.9	96	84	0	239	24	28	19	28	1.98
81760309--81760641	48	6.9	48	77	4	296	23	30	20	26	1.98
81760326--81760638	144	2.2	144	85	1	403	23	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81772008--81772032	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
81772723--81772755	16	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
81772725--81772768	23	2.0	21	86	8	61	22	0	6	70	1.11
81778462--81778697	46	5.0	48	81	7	229	23	28	20	27	1.99
81778537--81778710	94	1.9	92	83	7	226	22	29	21	25	1.99
81780449--81780481	12	2.8	12	90	0	57	24	48	18	9	1.76
81783484--81783737	135	1.9	135	88	3	386	56	11	6	25	1.58
81783808--81783836	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
81784193--81784684	167	2.9	167	79	6	478	48	16	10	25	1.77
81787957--81787985	15	1.9	15	100	0	58	62	3	0	34	1.12
81789640--81789672	16	2.1	16	100	0	66	51	12	0	36	1.39
81792398--81792583	67	2.8	66	77	10	193	29	16	31	23	1.96
81798656--81798868	46	4.6	46	84	5	216	28	19	28	23	1.98
81798656--81798961	46	6.6	47	74	14	158	27	19	28	24	1.98
81798792--81798961	93	1.8	92	87	6	254	26	19	27	26	1.99
81798746--81798962	49	4.6	49	79	9	188	27	18	28	25	1.98
81800226--81800264	20	2.0	20	85	10	53	12	35	30	20	1.90
81801612--81801662	24	2.1	24	100	0	102	33	3	21	41	1.72
81805862--81806098	91	2.6	92	83	4	277	24	23	15	35	1.94
81812449--81812473	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
81812992--81813036	17	2.6	18	83	13	58	26	2	6	64	1.30
81813069--81813150	9	9.1	9	70	12	53	21	4	3	69	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81813159--81813201	20	2.2	20	86	0	59	25	9	0	65	1.22
81823357--81823405	25	2.0	25	87	0	71	42	22	8	26	1.81
81827098--81827269	46	3.7	46	82	7	172	28	16	28	26	1.97
81827285--81827415	50	2.7	49	81	10	151	28	19	27	24	1.99
81831321--81831359	19	2.1	19	90	0	60	12	17	30	38	1.88
81847070--81847118	21	2.3	21	82	3	53	48	4	4	42	1.40
81856049--81856087	21	1.9	20	84	5	51	25	2	64	7	1.33
81856043--81856090	20	2.5	19	77	12	53	25	2	66	6	1.26
81857450--81857514	28	2.3	28	77	15	71	23	6	6	64	1.39
81857593--81857656	10	6.0	10	76	18	58	42	1	3	53	1.26
81859531--81859570	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
81860868--81861037	92	1.8	94	84	5	238	24	31	16	27	1.96
81867294--81867349	21	2.7	21	82	0	67	28	30	28	12	1.93
81868630--81868753	47	2.7	45	84	12	153	23	30	17	28	1.97
81868481--81868753	94	2.9	95	77	8	286	26	29	17	26	1.98
81869783--81869834	26	2.0	26	100	0	104	46	23	0	30	1.53
81869785--81869829	14	3.4	14	75	12	58	51	22	0	26	1.49
81875149--81875600	47	9.6	47	91	3	703	29	30	7	32	1.86
81875149--81875600	96	4.8	94	93	3	703	29	30	7	32	1.86
81879024--81879504	40	12.1	40	90	0	730	26	28	21	23	1.99
81879558--81879632	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
81881764--81882267	47	10.6	49	92	2	784	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81896149--81896194	23	2.0	23	95	0	83	39	10	19	30	1.86
81897059--81897443	50	7.7	50	76	9	336	30	24	17	27	1.97
81897051--81897443	151	2.6	151	94	0	669	30	24	17	27	1.97
81897059--81897441	101	3.8	100	76	6	339	31	24	17	27	1.97
81897606--81897668	30	2.1	30	96	0	117	53	9	6	30	1.58
81897821--81897865	18	2.3	20	78	17	51	48	15	0	35	1.45
81901558--81901607	25	2.0	25	100	0	100	32	12	20	36	1.89
81903756--81903930	46	3.8	45	70	11	131	27	18	28	25	1.98
81907765--81907812	22	2.2	22	84	0	60	14	18	25	41	1.88
81917679--81917716	16	2.4	16	95	0	67	42	0	21	36	1.53
81921809--81921860	26	2.0	25	85	3	68	44	0	3	51	1.19
81921823--81921968	59	2.5	57	83	4	168	50	2	1	45	1.24
81930200--81930239	20	2.0	20	90	0	62	37	0	5	57	1.21
81933025--81933066	17	2.5	17	92	0	66	40	16	4	38	1.70
81933432--81933767	170	2.0	169	88	2	496	31	20	12	34	1.90
81938298--81938334	17	2.1	19	85	10	51	43	2	0	54	1.14
81939661--81939943	144	2.0	145	81	4	340	40	10	14	34	1.80
81943741--81943769	15	1.9	15	100	0	58	51	20	6	20	1.70
81953911--81953954	21	2.1	21	100	0	88	34	18	4	43	1.70
81954703--81954845	72	2.0	72	92	0	241	36	13	23	26	1.92
81955909--81955988	40	2.0	40	95	0	142	41	12	7	38	1.71
81958622--81958663	21	2.0	21	100	0	84	19	14	28	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81964336--81964390	21	2.6	21	97	0	101	21	32	27	18	1.96
81964526--81964562	19	1.9	19	88	0	56	27	35	21	16	1.94
81964667--81964701	17	2.1	17	100	0	70	28	11	22	37	1.89
81966927--81966972	20	2.4	19	82	10	58	43	2	2	52	1.25
81966933--81966972	20	2.0	20	95	0	71	47	0	2	50	1.14
81967361--81967408	24	2.0	24	95	0	87	41	18	0	39	1.51
81968300--81968365	25	3.0	21	75	16	78	54	15	1	28	1.50
81968339--81968399	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
81968569--81968593	12	2.1	12	100	0	50	0	32	0	68	0.90
81971860--81971895	17	2.1	17	89	0	54	55	22	11	11	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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