genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71512712--71512806	20	4.8	20	91	5	142	35	18	8	36	1.82
71512712--71512789	11	7.6	11	73	16	78	34	19	8	37	1.83
71512729--71512805	9	7.8	10	75	16	63	36	19	7	36	1.81
71512834--71512881	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
71522794--71522969	56	3.1	56	98	0	334	46	9	22	22	1.80
71524091--71524315	40	5.7	40	83	7	271	24	21	27	26	1.99
71524091--71524315	79	2.8	79	84	6	251	24	21	27	26	1.99
71524091--71524348	119	2.2	119	82	8	294	25	20	27	25	1.99
71529906--71530024	55	2.1	56	96	1	222	44	9	23	22	1.81
71531153--71531417	119	2.2	122	86	6	364	24	21	27	26	1.99
71531154--71531450	80	3.7	79	84	7	345	25	21	27	25	1.99
71531206--71531450	120	2.1	118	86	6	334	26	20	27	26	1.99
71531153--71531417	40	6.7	40	89	5	351	24	21	27	26	1.99
71537069--71537134	25	2.6	25	92	2	105	21	19	25	33	1.97
71537569--71537610	16	2.6	17	77	11	52	54	7	0	38	1.28
71543877--71543988	27	4.2	26	80	12	118	37	23	22	16	1.94
71543877--71543988	54	2.1	54	84	3	145	37	23	22	16	1.94
71551724--71551836	27	4.2	26	85	7	136	38	23	22	15	1.92
71553267--71553316	24	2.1	24	88	0	73	24	42	2	32	1.66
71555921--71556515	50	11.9	50	75	6	479	27	18	25	29	1.98
71555967--71556454	101	4.9	100	76	6	425	27	18	25	28	1.98
71555925--71556509	151	3.9	151	89	2	845	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71556713--71556742	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
71560142--71560261	43	2.8	41	75	15	102	27	25	20	25	1.99
71571067--71571156	29	3.2	29	82	3	121	27	31	14	26	1.95
71575874--71576009	50	2.7	51	87	2	175	25	16	26	30	1.97
71576303--71576332	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
71577972--71578033	25	2.5	24	84	5	70	25	24	16	33	1.95
71580533--71580589	28	2.0	29	83	10	73	10	22	43	22	1.84
71581003--71581068	28	2.4	27	73	12	64	16	18	22	42	1.89
71583107--71583241	55	2.5	55	90	7	204	22	31	25	20	1.98
71584840--71585063	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
71584840--71585063	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
71584920--71585096	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
71592407--71592662	40	6.5	40	79	6	238	26	21	28	24	1.99
71592407--71592627	79	2.8	78	82	5	248	25	21	28	25	1.99
71592486--71592662	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
71600837--71601003	40	4.3	40	85	7	186	26	28	20	24	1.99
71600839--71601056	40	5.6	39	79	10	180	26	27	20	25	1.99
71600837--71601004	78	2.2	77	79	7	189	27	27	20	24	1.99
71608625--71608845	39	5.6	39	83	4	230	26	28	20	24	1.99
71608628--71608845	79	2.8	78	82	4	224	25	28	21	24	1.99
71616504--71616726	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
71625126--71625267	43	3.3	41	80	11	135	26	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71625131--71625287	43	3.7	43	73	10	133	26	18	22	31	1.97
71631932--71631984	21	2.6	20	79	5	61	49	16	18	15	1.80
71636400--71636479	42	1.9	42	86	0	115	27	18	16	37	1.92
71642987--71643025	19	2.1	19	100	0	78	30	15	20	33	1.94
71644263--71644310	13	3.7	13	100	0	96	0	31	37	31	1.58
71649611--71650581	208	4.6	208	81	7	968	36	15	17	30	1.91
71649611--71650151	104	5.2	104	82	1	627	36	14	18	30	1.90
71650134--71650169	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
71650030--71650274	123	2.0	122	85	2	330	36	16	17	30	1.92
71650152--71650636	105	4.6	105	84	2	609	35	16	17	30	1.93
71650549--71650701	68	2.3	68	82	3	186	35	18	15	30	1.92
71656923--71656955	16	2.0	16	94	5	57	0	30	0	69	0.88
71661447--71661482	18	1.9	19	88	5	56	50	2	0	47	1.15
71661475--71661509	10	3.6	10	84	7	54	68	2	0	28	1.04
71661470--71661509	19	2.2	18	95	4	71	67	2	0	30	1.04
71675184--71675401	45	4.8	45	79	5	194	42	14	21	22	1.88
71675194--71675402	90	2.3	90	82	4	253	41	14	20	22	1.89
71675239--71675447	90	2.3	89	81	4	224	38	16	21	23	1.92
71680516--71680583	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
71682705--71682967	46	5.7	46	91	1	377	41	13	23	21	1.88
71683263--71683295	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
71689486--71689521	5	7.8	5	93	6	51	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71693589--71693634	20	2.3	21	82	17	62	32	0	10	56	1.34
71693584--71693640	19	3.1	19	85	12	66	33	0	8	57	1.29
71695469--71695807	171	2.0	171	95	0	615	30	17	24	27	1.97
71697970--71698312	40	8.6	40	94	0	578	26	20	28	23	1.99
71704293--71704736	222	2.0	222	95	0	798	31	15	16	36	1.90
71710923--71711144	40	5.6	40	93	0	365	27	21	28	22	1.99
71710923--71711171	120	2.1	119	89	1	374	26	20	28	24	1.99
71719324--71719546	40	5.6	40	92	0	365	27	21	28	22	1.99
71719324--71719573	120	2.1	120	89	0	376	26	20	28	24	1.99
71721942--71722164	119	1.9	120	83	6	292	25	26	22	25	2.00
71721921--71722164	40	6.1	40	83	8	275	25	27	22	25	2.00
71723292--71723411	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
71730009--71730161	33	4.6	33	89	0	243	32	20	8	38	1.83
71730147--71730211	32	2.0	33	81	3	78	36	23	12	27	1.90
71737581--71737804	99	2.3	99	89	3	353	32	21	8	36	1.85
71737581--71737778	33	6.0	33	95	1	344	31	21	8	38	1.83
71737583--71737820	66	3.6	65	89	2	325	32	22	9	36	1.86
71737731--71737828	32	3.0	33	79	5	92	34	22	11	31	1.89
71738028--71738071	23	1.9	23	100	0	88	43	13	4	38	1.65
71740049--71740261	49	4.5	49	75	9	199	24	29	20	25	1.99
71752337--71752730	33	12.0	33	82	1	470	34	9	20	35	1.84
71752338--71752729	66	6.0	66	89	1	583	34	9	20	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71765160--71765882	47	15.4	47	93	0	1187	33	8	30	27	1.87
71765160--71765882	188	3.8	188	97	0	1329	33	8	30	27	1.87
71771381--71771427	20	2.3	21	85	7	62	48	14	0	36	1.44
71779192--71779301	42	2.6	43	82	8	136	27	23	20	28	1.99
71780961--71781088	49	2.6	50	87	6	174	23	29	19	27	1.98
71781614--71781670	30	1.9	30	100	0	114	33	22	8	35	1.85
71791045--71791122	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
71791022--71791154	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
71796245--71796322	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
71796222--71796354	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
71797359--71797384	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
71799570--71799622	15	3.1	15	72	27	52	69	0	1	28	0.99
71815006--71815060	3	18.7	3	78	10	60	30	5	1	61	1.29
71815094--71815142	24	2.1	23	82	14	57	38	8	2	51	1.43
71815189--71815268	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
71826553--71826578	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
71827819--71828073	86	2.9	88	84	4	313	30	23	22	23	1.99
71827828--71828127	86	3.5	84	81	7	300	30	23	22	23	1.99
71828068--71828373	44	7.1	43	71	13	195	30	20	23	25	1.99
71829808--71829860	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
71829894--71829942	24	2.1	23	82	14	57	38	8	2	51	1.43
71829989--71830068	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71833003--71833083	41	2.0	41	97	0	153	29	7	14	48	1.71
71837208--71837241	14	2.4	14	90	0	59	38	2	0	58	1.13
71841898--71841962	31	2.1	30	83	11	78	41	1	4	52	1.31
71854740--71854883	60	2.3	61	89	3	209	51	0	1	46	1.14
71861592--71861649	4	14.8	4	81	3	55	72	5	5	17	1.22
71865368--71865408	15	2.8	15	85	3	57	56	9	4	29	1.53
71866710--71867039	96	3.4	95	82	3	367	26	16	29	27	1.97
71866771--71867031	144	1.8	144	82	3	337	26	16	30	26	1.96
71866710--71867043	48	7.0	48	74	3	260	26	17	29	26	1.97
71868530--71868713	78	2.3	82	82	9	229	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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