genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70894045--70894238	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
70894216--70894314	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
70894271--70894304	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
70894276--70894323	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
70894364--70894398	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
70894311--70894544	129	1.8	130	94	0	416	42	2	6	49	1.40
70894493--70894527	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
70894502--70894732	124	1.8	127	92	4	396	47	3	3	45	1.36
70894813--70894907	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
70894888--70894955	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
70902260--70902443	40	4.6	40	87	4	255	23	22	27	27	1.99
70902257--70902478	80	2.8	80	82	6	263	24	21	27	26	1.99
70902257--70902478	40	5.6	39	83	6	234	24	21	27	26	1.99
70910299--70910518	40	5.6	40	88	5	290	24	23	26	25	2.00
70910299--70910518	79	2.8	80	85	8	290	24	23	26	25	2.00
70913559--70913676	49	2.4	49	84	2	157	22	28	20	27	1.99
70916704--70916897	40	4.8	40	88	1	280	26	27	22	23	1.99
70916674--70916898	81	2.8	80	86	4	292	27	27	21	23	1.99
70921571--70921613	20	2.2	20	91	0	68	23	30	27	18	1.98
70922757--70922907	42	3.6	42	84	3	187	29	25	15	29	1.96
70924359--70924424	28	2.4	28	97	2	125	36	21	21	21	1.95
70932120--70932209	28	3.3	28	81	4	103	36	20	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70934984--70935020	18	2.1	18	94	0	65	51	16	13	18	1.76
70935331--70935543	27	8.0	27	83	1	232	42	17	12	27	1.85
70950824--70950929	27	3.9	27	83	9	119	16	24	22	35	1.95
70950824--70950933	54	2.0	54	86	6	152	16	24	21	37	1.93
70955591--70955628	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
70955610--70955664	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
70963493--70963596	27	3.8	26	77	9	93	18	24	20	37	1.94
70966036--70966172	67	2.0	67	100	0	274	30	1	21	45	1.61
70967021--70967057	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
70967698--70967805	42	2.6	42	82	5	130	25	17	25	31	1.97
70970464--70970686	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
70970462--70970686	40	5.7	40	85	6	278	25	28	21	24	1.99
70977179--70977316	40	3.5	40	87	4	183	24	21	26	26	1.99
70985199--70985404	40	5.2	40	92	0	333	23	21	26	27	1.99
70986518--70986608	32	2.8	32	76	12	87	29	6	25	38	1.81
70986745--70986893	27	5.6	26	76	4	147	27	14	27	30	1.95
70986745--70986892	53	2.8	53	92	2	235	27	14	27	31	1.95
70990729--70990896	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
70990752--70990896	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
70998748--70998914	40	4.2	40	80	2	149	25	26	23	23	2.00
71007508--71007640	50	2.7	50	88	1	196	25	16	28	29	1.97
71007689--71009634	972	2.0	972	94	0	3439	36	11	18	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71011362--71011400	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
71013692--71013884	49	3.8	49	80	8	235	27	19	22	30	1.98
71013687--71013889	100	2.0	102	89	5	313	26	20	22	30	1.99
71019010--71019438	47	9.1	47	89	0	660	32	12	29	26	1.92
71019010--71019438	94	4.6	94	97	0	786	32	12	29	26	1.92
71019409--71019592	98	1.9	96	92	4	307	36	7	26	30	1.83
71019408--71019592	48	3.8	48	89	5	300	36	7	25	30	1.83
71019738--71019845	37	2.9	37	91	0	162	24	17	30	27	1.97
71036971--71037022	25	2.1	25	100	0	104	30	7	15	46	1.74
71043545--71043729	40	4.7	40	93	1	291	22	22	28	26	1.99
71043546--71043729	79	2.3	80	91	0	289	22	22	28	26	1.99
71043506--71043752	40	6.2	39	88	5	277	23	22	28	26	1.99
71043546--71043752	79	2.6	79	86	3	283	23	22	28	26	1.99
71051635--71051880	40	6.2	40	81	12	260	23	23	28	25	2.00
71051635--71051857	80	2.8	80	87	3	308	23	23	28	25	2.00
71051674--71051880	79	2.6	79	87	3	292	23	23	27	25	2.00
71056559--71056732	47	3.7	47	70	6	154	25	15	24	34	1.95
71056531--71056713	94	1.9	94	91	2	296	25	14	24	35	1.94
71056997--71057028	16	1.9	17	93	6	57	40	18	9	31	1.83
71057780--71057832	25	2.1	25	85	0	70	22	32	30	15	1.94
71061082--71061197	36	3.2	36	78	7	135	18	16	27	37	1.92
71061066--71061246	73	2.5	73	87	1	238	17	13	30	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71061066--71061174	36	3.0	36	78	8	139	17	15	29	37	1.91
71061544--71061589	24	1.9	24	82	8	58	13	2	10	73	1.17
71061867--71061911	23	2.1	20	84	12	54	24	4	13	57	1.54
71066028--71066136	49	2.2	49	81	3	130	22	29	19	28	1.98
71067610--71067802	38	5.1	38	87	4	275	24	21	18	35	1.96
71067610--71067802	76	2.6	76	90	2	309	24	21	18	35	1.96
71074065--71074251	38	4.9	38	89	1	277	25	24	18	32	1.97
71078638--71078805	41	4.2	40	76	15	166	27	27	22	22	1.99
71083299--71083950	49	13.6	49	93	2	1035	29	29	8	33	1.86
71083299--71083950	194	3.4	194	94	2	1131	29	29	8	33	1.86
71091010--71091110	40	2.5	41	83	4	116	26	27	19	25	1.99
71090965--71091112	41	3.6	41	75	7	140	28	27	20	23	1.99
71096579--71096627	15	3.3	15	80	5	55	59	14	10	16	1.61
71111422--71111561	43	3.3	43	79	10	137	32	24	16	26	1.96
71111422--71111561	44	3.3	43	79	10	137	32	24	16	26	1.96
71113855--71113880	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
71115597--71115769	46	3.8	44	80	8	204	27	30	21	20	1.98
71115605--71115773	91	1.8	92	93	2	295	27	30	21	20	1.98
71118142--71118229	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
71118142--71118220	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
71118153--71118229	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
71121109--71121279	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71121101--71121276	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
71122590--71122641	27	1.9	27	92	0	86	26	21	19	32	1.97
71122687--71122754	16	4.3	15	81	7	82	42	7	23	26	1.80
71122683--71122754	32	2.3	32	85	7	94	43	6	23	26	1.79
71122884--71122948	28	2.4	27	82	10	71	50	0	3	46	1.17
71122907--71122962	26	2.1	27	86	3	78	62	0	0	37	0.95
71122915--71122970	26	2.2	26	80	6	60	64	0	0	35	0.94
71126487--71126743	27	9.7	27	83	5	292	31	10	19	38	1.86
71127060--71127124	28	2.3	28	83	0	85	26	36	16	20	1.93
71129898--71129976	27	2.9	27	84	3	88	29	16	17	36	1.92
71129930--71130045	27	4.3	27	86	2	110	35	11	14	38	1.82
71129943--71130265	27	12.0	27	81	3	312	33	9	18	38	1.84
71129944--71130263	81	4.0	81	81	1	365	33	9	18	38	1.84
71130893--71130991	49	2.0	49	100	0	198	20	26	6	47	1.73
71132190--71132295	44	2.4	45	80	4	117	28	25	18	27	1.98
71133320--71133355	7	5.1	7	100	0	72	27	13	0	58	1.36
71157057--71157097	20	2.1	20	86	4	57	68	12	4	14	1.36
71158750--71159170	27	15.6	27	87	0	574	38	20	9	31	1.85
71159155--71159485	27	12.3	27	82	0	349	35	19	19	25	1.95
71158750--71159227	81	5.9	80	85	2	546	38	20	11	30	1.87
71159155--71159458	81	3.8	81	84	2	396	35	19	19	25	1.95
71159910--71159974	22	3.0	22	77	8	60	21	20	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71160133--71160234	27	3.8	27	87	5	134	18	23	20	37	1.94
71160379--71160438	31	1.9	31	96	0	111	20	18	11	50	1.77
71160371--71160484	6	18.3	6	66	20	56	20	17	13	49	1.80
71160413--71160467	25	2.2	25	90	0	83	20	20	14	45	1.85
71162441--71162889	27	16.6	27	83	0	547	39	19	9	32	1.83
71162441--71162889	54	8.3	54	87	0	619	39	19	9	32	1.83
71162874--71163201	27	12.2	27	87	5	409	34	19	20	25	1.96
71163629--71163693	22	3.0	22	77	8	69	21	23	21	33	1.97
71163852--71163953	27	3.8	26	80	5	87	19	20	21	38	1.94
71163852--71163953	54	1.9	53	81	2	123	19	20	21	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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