genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73543283--73543427	40	3.6	40	84	0	182	26	25	25	22	2.00
73545799--73546103	40	7.7	40	88	3	363	26	26	20	26	1.99
73545799--73546103	119	2.5	120	84	6	386	26	26	20	26	1.99
73548112--73548207	46	2.1	46	88	3	140	27	16	29	27	1.97
73560281--73560725	50	8.9	50	80	5	425	25	19	24	29	1.99
73560281--73560725	202	2.2	200	90	2	712	25	19	24	29	1.99
73569585--73569747	43	3.8	43	76	5	161	32	25	15	26	1.95
73572988--73573086	38	2.6	37	78	9	101	49	7	5	38	1.52
73574009--73574088	27	3.0	27	96	0	142	31	6	18	43	1.75
73577007--73577182	50	3.6	47	75	11	140	25	28	19	26	1.99
73577194--73577368	94	1.9	94	85	4	248	23	26	18	31	1.98
73583496--73583575	27	3.0	27	96	0	142	31	6	18	43	1.75
73586710--73586771	27	2.3	27	80	0	70	27	27	9	35	1.88
73593238--73593299	31	2.0	31	93	0	106	17	17	24	40	1.91
73609444--73609662	40	5.5	40	90	3	334	26	29	23	20	1.99
73609405--73609662	80	3.2	80	85	5	328	26	28	22	21	1.99
73622913--73622999	35	2.5	35	82	1	102	43	10	21	24	1.83
73627303--73627366	32	2.0	32	90	0	101	31	25	17	26	1.97
73627767--73627825	22	2.7	23	86	7	86	33	20	23	22	1.97
73627966--73628088	41	3.0	41	87	2	176	31	30	17	20	1.96
73628338--73628400	27	2.3	27	80	0	72	36	7	15	39	1.77
73628349--73628524	27	6.5	27	76	11	119	32	7	18	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73633757--73633821	22	3.0	21	76	13	69	33	23	23	20	1.97
73633981--73634080	41	2.4	41	86	0	128	31	25	19	25	1.98
73634345--73634705	54	6.7	54	74	10	183	29	7	21	41	1.81
73634346--73634712	27	13.7	26	74	11	126	29	7	21	41	1.80
73634348--73634666	81	4.0	81	79	7	310	29	6	21	42	1.78
73634399--73634704	27	11.4	26	79	7	206	29	7	21	41	1.80
73637989--73638083	25	3.8	24	87	5	120	25	23	24	27	2.00
73637962--73638083	25	4.9	24	87	2	118	25	22	22	29	1.99
73637989--73638083	50	1.9	50	91	0	154	25	23	24	27	2.00
73638286--73638529	27	9.0	27	80	1	265	25	18	18	36	1.94
73638532--73638724	27	7.2	26	76	5	154	30	10	18	40	1.84
73638577--73638723	53	2.8	53	82	3	152	28	9	19	42	1.83
73638717--73638964	27	9.2	27	90	1	365	39	6	22	30	1.80
73638717--73638965	81	3.1	81	94	1	421	39	6	22	30	1.80
73642238--73642273	18	2.0	18	100	0	72	27	27	16	27	1.97
73643200--73643385	67	2.8	67	80	8	175	31	16	29	22	1.95
73643224--73643395	67	2.7	64	77	6	193	29	16	29	24	1.97
73652367--73652482	46	2.5	46	84	9	148	27	18	30	24	1.98
73652268--73652535	140	1.9	141	79	6	303	29	18	27	24	1.98
73661322--73661348	12	2.2	12	100	0	54	48	22	0	29	1.51
73676432--73676581	41	3.6	41	88	1	210	28	23	19	29	1.98
73676432--73676601	41	4.2	40	85	3	189	26	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73676432--73676612	82	2.2	82	81	5	213	27	23	19	30	1.98
73676884--73676944	14	4.4	14	75	8	52	22	0	29	47	1.52
73676888--73676942	21	2.6	21	75	11	58	23	0	30	45	1.53
73676957--73677014	22	2.6	22	77	0	62	22	0	31	46	1.52
73676977--73677011	15	2.4	14	90	4	52	17	0	37	45	1.48
73677111--73677160	15	3.3	15	74	0	55	26	6	42	26	1.78
73677387--73677446	26	2.3	26	86	8	79	45	3	3	48	1.35
73677393--73677445	26	2.1	26	92	3	90	39	3	3	52	1.37
73681911--73682162	89	2.8	90	90	2	398	35	6	3	53	1.46
73682317--73682674	9	39.4	9	69	16	149	47	13	1	37	1.53
73682312--73682679	74	4.9	74	94	2	639	47	13	1	37	1.54
73684367--73684392	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
73687709--73687737	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
73688130--73688159	15	2.0	15	100	0	60	40	13	46	0	1.43
73688138--73688198	21	3.0	20	87	4	77	31	19	47	1	1.59
73688134--73688207	21	3.5	21	77	14	62	33	17	47	1	1.56
73688593--73688726	41	3.2	42	81	5	164	24	23	20	32	1.98
73690028--73690142	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
73690053--73690142	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
73690248--73690312	28	2.3	28	92	5	105	32	7	26	33	1.85
73690559--73690590	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
73697891--73697980	28	3.2	27	82	4	99	32	21	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73698086--73698150	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
73698396--73698427	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
73711098--73711226	49	2.6	48	84	7	170	24	30	19	26	1.98
73712573--73712633	30	2.1	29	90	3	95	34	21	18	26	1.96
73713665--73713784	46	2.6	46	87	11	158	21	27	19	31	1.97
73715800--73715828	8	3.6	8	100	0	58	37	0	13	48	1.43
73718648--73718835	40	4.7	40	93	0	315	23	22	28	25	1.99
73726721--73726908	40	4.7	40	91	1	306	24	21	27	26	1.99
73726721--73726931	80	2.7	80	85	4	295	25	21	26	26	2.00
73730201--73730261	30	2.0	30	100	0	122	26	6	19	47	1.74
73731421--73731514	6	15.3	6	71	16	68	48	15	18	17	1.81
73731442--73731514	31	2.4	31	90	0	110	47	16	19	16	1.82
73731631--73731682	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
73731989--73732149	27	6.1	26	81	4	171	40	10	20	27	1.85
73731990--73732144	53	2.9	53	88	0	229	41	10	20	28	1.85
73737629--73737813	39	4.7	40	89	3	279	24	21	27	27	1.99
73737629--73737836	39	5.3	39	85	5	260	25	21	26	26	1.99
73737629--73737846	117	1.9	118	84	6	300	25	22	26	26	2.00
73740605--73740793	40	4.7	40	87	0	288	24	23	26	25	2.00
73748649--73748833	79	2.3	80	91	1	302	24	22	27	25	2.00
73748649--73748835	40	4.7	40	91	2	306	24	21	27	26	2.00
73748649--73748858	79	2.7	80	85	5	295	25	21	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73752142--73752202	30	2.0	30	100	0	122	26	6	19	47	1.74
73753369--73753462	6	15.3	6	71	16	68	48	15	18	17	1.81
73753390--73753462	31	2.4	31	90	0	110	47	16	19	16	1.82
73753581--73753632	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
73753936--73754114	54	3.3	54	87	0	259	41	9	20	27	1.83
73753936--73754113	81	2.2	81	87	0	248	42	9	20	27	1.83
73753936--73754113	27	6.6	27	86	0	221	42	9	20	27	1.83
73756653--73756706	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
73759595--73759639	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
73759729--73759779	27	1.9	27	88	4	77	29	21	23	25	1.99
73759660--73759793	60	2.2	60	83	9	157	26	18	26	28	1.98
73765232--73765276	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
73765305--73765410	28	3.7	28	69	23	76	26	18	28	26	1.98
73767947--73768067	43	2.8	43	89	0	179	33	25	11	28	1.91
73769370--73769415	20	2.3	20	81	7	58	50	21	4	23	1.67
73773135--73773190	25	2.2	24	79	17	69	60	1	3	33	1.24
73773836--73773875	10	4.0	10	90	9	64	37	0	0	62	0.95
73773836--73773876	21	2.0	21	90	4	66	36	0	0	63	0.95
73779537--73779575	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
73788919--73789162	49	4.9	48	77	8	238	27	27	19	25	1.99
73788931--73789162	100	2.3	99	82	3	270	27	28	18	25	1.98
73793347--73793458	41	2.7	42	81	5	120	28	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73805835--73805880	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
73807661--73807709	18	2.8	17	78	6	53	44	12	18	24	1.84
73808029--73808209	27	6.7	27	86	3	217	41	20	12	24	1.88
73808054--73808209	53	2.9	54	88	1	233	41	21	12	25	1.87
73808029--73808197	80	2.1	81	88	3	252	42	20	13	23	1.88
73815083--73815135	27	2.0	27	88	0	79	26	15	15	43	1.85
73817768--73817802	17	2.1	17	94	0	61	28	14	8	48	1.73
73817734--73817865	71	1.9	71	90	0	210	24	19	22	33	1.97
73829906--73829938	17	1.9	17	88	11	50	39	12	3	45	1.57
73831295--73831328	17	1.9	17	88	5	50	14	2	2	79	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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