genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72927167--72927196	15	2.1	15	93	6	53	26	6	26	40	1.81
72929067--72929199	42	3.1	43	69	12	130	30	16	26	26	1.97
72931218--72931634	224	1.9	224	94	0	735	37	8	24	29	1.84
72938790--72938827	17	2.4	17	91	8	62	55	0	13	31	1.38
72953237--72953491	46	5.6	44	78	11	187	25	18	30	25	1.98
72953237--72953451	94	2.3	93	82	6	251	25	18	30	25	1.98
72953237--72953491	90	2.8	90	78	10	239	25	18	30	25	1.98
72955292--72955342	21	2.3	21	83	12	59	64	3	5	25	1.33
72955285--72955342	22	2.7	24	80	15	65	62	3	8	25	1.40
72960774--72960837	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
72961784--72961823	3	13.7	3	84	5	55	27	2	0	70	1.01
72965157--72965189	12	2.8	12	100	0	66	51	30	0	18	1.46
72965384--72965408	11	2.3	11	100	0	50	36	0	8	56	1.29
72968969--72969237	27	10.2	27	82	6	291	30	21	7	40	1.81
72968969--72969237	54	5.1	54	87	4	338	30	21	7	40	1.81
72969739--72969869	6	21.3	6	67	18	65	20	19	12	48	1.80
72969761--72969848	37	2.4	37	84	7	124	20	21	12	45	1.84
72969740--72969848	31	3.3	31	75	16	94	20	20	11	47	1.81
72969739--72969860	37	3.4	36	75	17	121	20	19	11	48	1.80
72970853--72970914	30	2.1	30	96	0	115	32	4	35	27	1.78
72971993--72972319	27	12.2	27	83	2	309	29	22	7	40	1.81
72971993--72972319	53	6.1	54	83	4	349	29	22	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72971993--72972319	80	4.1	80	81	4	329	29	22	7	40	1.81
72972806--72972927	6	19.8	6	71	14	88	18	19	13	48	1.81
72972828--72972927	37	2.7	37	90	0	146	18	21	14	47	1.83
72972806--72972885	31	2.6	31	87	0	115	20	18	13	47	1.82
72995153--72995304	79	1.9	79	84	7	202	23	20	28	26	1.99
72995150--72995329	39	4.6	40	78	12	180	23	22	27	27	1.99
73001190--73001360	54	3.1	54	86	11	244	43	9	22	23	1.83
73002511--73002652	39	3.6	38	79	13	135	26	21	26	26	1.99
73002546--73002682	39	3.3	41	82	11	149	25	21	27	25	1.99
73015180--73015362	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
73015181--73015364	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
73015233--73015397	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
73021163--73021282	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
73022408--73022630	40	5.7	40	85	7	278	24	21	27	26	2.00
73025318--73025502	40	4.6	39	83	6	212	23	22	28	25	1.99
73025318--73025500	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
73025355--73025535	79	2.3	78	79	12	208	26	20	27	25	1.99
73038873--73038959	20	4.3	20	86	2	122	42	9	17	31	1.80
73039009--73039121	26	4.4	26	93	1	183	27	18	23	30	1.98
73039274--73039365	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
73039389--73039498	31	3.5	31	91	0	166	30	14	26	29	1.95
73042093--73042200	27	4.0	26	84	7	119	22	24	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73042093--73042200	54	2.0	54	85	7	148	22	24	19	34	1.97
73048541--73048708	43	4.0	43	77	9	173	30	27	17	24	1.97
73054270--73054576	38	8.1	38	89	0	429	16	20	24	37	1.93
73059472--73059653	40	4.6	40	90	2	287	27	25	23	23	2.00
73066679--73066703	8	3.1	8	100	0	50	48	0	28	24	1.52
73067574--73067736	43	3.8	43	77	7	145	27	14	23	33	1.94
73069564--73069802	68	3.5	68	80	1	291	32	17	24	24	1.97
73069564--73069814	136	1.8	136	88	0	385	32	18	24	24	1.97
73073194--73073241	22	2.2	22	92	3	80	52	14	10	22	1.72
73074764--73074932	6	27.8	6	75	15	152	48	13	17	20	1.81
73074743--73074932	30	6.1	30	80	12	195	48	13	17	20	1.81
73074787--73074932	67	2.2	67	97	0	274	47	13	17	20	1.81
73075050--73075123	27	2.8	27	84	10	98	36	20	24	18	1.95
73075074--73075131	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
73075288--73075346	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
73075435--73075515	27	3.0	28	87	7	96	38	19	20	20	1.94
73075715--73075902	27	7.0	27	85	0	205	26	19	18	36	1.94
73075742--73075910	81	2.1	81	87	2	241	26	17	18	37	1.93
73075743--73075910	54	3.1	54	87	2	239	26	17	18	38	1.92
73075915--73076342	27	15.9	27	85	4	551	39	9	23	27	1.85
73077222--73077316	27	3.5	27	91	2	138	24	7	22	46	1.77
73077222--73077359	27	5.1	27	83	5	122	26	8	21	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73077222--73077332	54	2.1	54	83	6	136	26	8	21	44	1.80
73077298--73077364	26	2.5	27	85	4	91	29	8	22	38	1.85
73077356--73077429	27	2.7	27	89	0	112	28	18	16	36	1.93
73093365--73093393	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
73102997--73103033	13	2.8	13	91	4	56	35	16	5	43	1.71
73105400--73105432	17	1.9	17	93	0	57	57	9	12	21	1.62
73114995--73115055	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73119489--73119660	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
73119482--73119657	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
73126945--73127119	45	3.8	46	79	13	216	29	29	20	20	1.98
73126952--73127122	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
73129546--73129583	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
73134316--73134363	17	2.8	17	81	6	53	52	0	2	45	1.12
73141971--73142018	10	4.8	10	87	10	62	22	8	2	66	1.29
73148545--73148692	67	2.2	69	78	10	162	33	16	27	22	1.96
73148569--73148752	67	2.8	64	76	8	176	30	16	28	23	1.97
73151940--73151981	6	6.8	6	81	13	50	21	0	0	78	0.75
73151940--73152019	15	4.7	18	78	13	64	23	2	0	73	0.95
73151940--73152020	12	6.8	12	75	10	60	23	2	0	74	0.94
73154596--73154777	96	1.9	97	91	1	303	28	15	24	30	1.96
73155377--73155414	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
73155428--73155477	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73156219--73156298	41	1.9	43	87	5	119	27	11	5	56	1.55
73156773--73156834	30	2.1	30	100	0	124	50	9	12	27	1.72
73160770--73160813	22	2.2	21	84	15	58	43	2	20	34	1.64
73163937--73164001	20	3.2	20	68	8	60	21	30	16	30	1.96
73163910--73164163	76	3.2	79	82	7	266	22	31	15	29	1.95
73163910--73164163	40	6.4	40	79	8	286	22	31	15	29	1.95
73169269--73169629	47	7.6	47	90	4	532	28	29	8	34	1.86
73169269--73169629	93	3.8	93	88	5	528	28	29	8	34	1.86
73169269--73169629	142	2.6	142	90	3	550	28	29	8	34	1.86
73172837--73173220	40	9.6	40	90	1	545	26	26	21	26	1.99
73173594--73173817	40	5.7	40	84	6	253	25	27	22	25	2.00
73173594--73173817	118	1.9	120	82	7	287	25	27	22	25	2.00
73176126--73176247	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
73176098--73176460	47	7.6	47	89	4	516	28	28	8	34	1.87
73176114--73176460	143	2.4	143	88	4	515	28	29	8	33	1.87
73179179--73179354	48	3.7	48	79	8	178	28	21	28	22	1.99
73187068--73187144	33	2.3	33	97	0	145	22	20	28	28	1.98
73190469--73190544	40	1.9	40	83	5	100	27	17	22	32	1.96
73194548--73194586	16	2.4	17	86	4	53	5	10	2	82	0.93
73201750--73202403	47	13.7	47	94	1	1049	32	8	29	29	1.86
73201750--73202403	143	4.6	141	92	2	1049	32	8	29	29	1.86
73203494--73203715	68	3.4	65	74	9	209	23	27	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73203617--73203743	68	1.9	68	83	6	168	23	29	15	31	1.96
73204208--73204268	30	2.0	30	87	0	86	31	22	9	36	1.87
73207165--73207370	40	5.2	40	90	4	285	21	23	26	28	1.99
73215210--73215415	40	5.2	40	94	1	310	21	22	27	28	1.99
73218269--73218425	65	2.4	65	89	0	242	29	27	15	27	1.96
73226574--73226622	20	2.5	20	93	0	80	51	0	24	24	1.49
73226584--73226616	15	2.1	16	88	5	50	51	0	27	21	1.48
73226574--73226630	20	2.8	20	86	5	71	47	0	28	24	1.52
73241969--73242096	28	4.5	28	86	2	166	28	11	26	32	1.92
73241969--73242096	57	2.2	57	87	2	177	28	11	26	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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