genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54351372--54351529	80	2.0	80	85	9	216	18	24	22	34	1.96
54356628--54356719	46	2.0	45	93	2	157	35	8	32	22	1.85
54357589--54357681	46	2.0	46	95	0	168	36	8	32	22	1.85
54356366--54358291	968	2.0	960	98	1	3746	30	15	22	32	1.95
54363738--54363935	55	3.7	53	75	8	175	34	17	25	22	1.96
54370251--54370505	55	4.8	53	77	8	218	36	16	25	22	1.94
54386095--54386318	79	2.8	79	84	7	285	25	22	26	25	2.00
54386102--54386316	119	1.8	119	83	8	285	26	21	26	26	2.00
54386095--54386318	40	5.7	40	84	5	269	25	22	26	25	2.00
54386102--54386351	119	2.1	118	80	8	267	26	21	26	26	1.99
54386102--54386351	40	6.3	39	80	9	240	26	21	26	26	1.99
54391808--54392072	41	6.8	40	74	13	196	33	23	17	24	1.96
54391890--54392030	72	2.0	71	84	4	185	32	24	16	26	1.96
54391849--54392052	112	1.8	112	85	1	291	32	23	18	26	1.97
54393119--54393197	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
54393316--54393621	47	6.4	47	92	3	495	28	30	8	32	1.87
54393383--54393616	49	5.0	42	94	4	234	29	29	8	32	1.87
54393593--54393673	29	2.8	29	98	0	153	29	27	7	35	1.84
54398154--54398183	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
54400674--54400723	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
54404169--54404282	43	2.7	43	95	0	192	22	30	22	23	1.99
54404345--54404416	24	3.1	24	90	4	76	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54404356--54404416	24	2.5	24	100	0	122	22	26	27	22	1.99
54410906--54410999	26	3.6	26	79	2	89	27	5	8	58	1.49
54413035--54413086	2	27.0	2	80	7	63	46	0	3	50	1.20
54413292--54413334	22	2.0	22	81	9	52	60	11	9	18	1.57
54420656--54420697	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
54443342--54443491	76	2.0	76	94	0	264	43	25	8	22	1.82
54454520--54454547	11	2.5	11	100	0	56	42	0	28	28	1.56
54460838--54460873	17	2.1	17	94	0	63	41	11	19	27	1.85
54467698--54467754	18	3.3	18	63	22	50	45	8	17	28	1.78
54470073--54470185	25	4.6	24	71	10	86	35	18	24	21	1.96
54470190--54470328	26	5.6	25	68	9	70	36	23	20	18	1.95
54470269--54470328	26	2.3	26	88	0	93	41	21	18	18	1.90
54471656--54471825	93	1.8	92	96	1	313	27	28	21	22	1.99
54471651--54471827	46	3.8	46	78	12	211	27	28	20	23	1.99
54472245--54472304	30	2.0	30	90	0	93	33	26	3	36	1.73
54484012--54484245	130	1.8	130	86	0	342	24	12	20	41	1.87
54486880--54486917	6	6.5	6	93	6	69	0	0	15	84	0.63
54506313--54506373	32	1.9	32	96	3	115	6	21	13	59	1.57
54512844--54512882	17	2.3	17	86	0	51	30	12	20	35	1.90
54515387--54515558	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
54515380--54515555	46	3.8	46	78	10	196	28	30	20	20	1.98
54515388--54515574	46	4.0	46	71	19	129	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54517928--54518016	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
54517928--54518007	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
54517939--54518016	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
54520743--54520914	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
54520736--54520911	46	3.8	46	79	10	196	28	30	20	20	1.98
54525334--54525384	25	2.1	24	92	3	84	39	0	13	47	1.43
54525339--54525392	24	2.2	25	80	3	65	42	3	11	42	1.58
54525402--54525426	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
54533935--54533980	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
54536418--54536544	49	2.6	48	81	7	139	23	26	22	27	1.99
54543657--54543825	46	3.6	46	77	6	169	31	18	26	23	1.97
54547540--54547576	15	2.4	16	86	13	60	45	24	5	24	1.74
54556376--54556416	21	1.9	22	85	14	59	46	2	9	41	1.50
54565064--54565413	47	7.4	47	96	1	619	32	8	29	30	1.86
54565064--54565413	143	2.5	141	95	1	637	32	8	29	30	1.86
54565064--54565676	190	3.1	190	82	11	764	32	8	29	29	1.86
54565335--54565485	72	2.1	72	94	0	275	33	5	28	32	1.80
54565289--54565525	119	2.0	119	97	0	447	33	6	28	31	1.83
54565382--54565485	25	4.3	25	71	11	108	34	3	27	33	1.75
54565241--54565579	166	2.0	166	94	0	606	33	6	28	31	1.83
54565408--54565676	47	5.7	47	92	0	412	33	8	29	28	1.86
54565192--54565625	213	2.0	214	94	0	762	33	7	28	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54565795--54565873	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
54571485--54571657	38	4.5	38	90	2	240	33	26	20	19	1.96
54571485--54571668	76	2.4	78	87	5	266	33	26	19	20	1.97
54580858--54581890	345	3.0	349	85	3	1328	31	14	22	32	1.93
54580861--54581890	354	3.0	345	85	3	1287	31	14	22	32	1.93
54582337--54582375	12	3.2	12	96	3	69	61	15	7	15	1.55
54585060--54585125	16	4.2	16	82	3	89	36	4	31	27	1.77
54599334--54599391	16	3.5	16	71	17	55	22	32	27	17	1.96
54599336--54599412	34	2.3	34	90	0	118	20	33	27	18	1.96
54611162--54611193	16	2.0	16	93	0	55	37	28	18	15	1.92
54611479--54611508	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
54615334--54615380	20	2.3	20	88	0	76	27	36	25	10	1.89
54623837--54623868	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
54627965--54628105	50	2.8	49	85	2	183	31	26	16	26	1.96
54635365--54635655	50	5.8	49	82	7	336	30	26	17	25	1.97
54635368--54635654	101	2.9	99	81	6	337	31	26	17	25	1.97
54635371--54635655	151	1.9	150	94	0	498	30	26	17	25	1.97
54640816--54640847	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
54647589--54647628	15	2.7	15	88	0	53	60	5	2	32	1.32
54648527--54648616	29	3.1	29	88	1	128	28	25	16	28	1.97
54648502--54648616	29	4.0	28	83	4	122	28	26	16	28	1.97
54648827--54648869	16	2.7	16	81	0	50	11	18	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54650580--54650674	25	3.8	25	92	0	163	27	22	25	25	2.00
54650879--54651096	27	8.1	27	83	1	249	25	20	18	35	1.95
54650877--54651092	81	2.7	81	84	0	279	25	20	18	35	1.95
54651096--54651249	27	5.7	27	78	6	132	31	6	18	42	1.76
54651096--54651249	54	2.8	53	79	3	164	31	6	18	42	1.76
54651081--54651236	81	1.9	80	84	1	204	30	7	19	43	1.77
54651228--54651381	27	5.7	27	89	0	227	40	9	21	29	1.84
54652766--54652797	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
54655726--54655802	29	2.7	29	91	0	118	27	28	18	25	1.98
54656031--54656068	16	2.4	16	95	0	67	2	18	26	52	1.58
54668745--54668904	46	3.5	46	75	14	148	31	28	18	21	1.97
54677220--54677327	31	3.5	31	83	5	123	28	25	19	25	1.99
54677351--54677442	42	2.2	42	94	0	157	40	20	11	27	1.88
54677587--54677709	26	4.8	26	87	1	169	27	24	21	26	1.99
54677587--54677709	52	2.4	51	93	5	205	27	24	21	26	1.99
54677759--54677815	20	2.8	20	91	0	96	31	19	12	36	1.89
54677759--54677814	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
54677758--54677825	20	3.4	20	77	18	70	29	22	11	36	1.89
54678581--54678913	27	12.3	27	79	5	226	31	9	20	38	1.84
54678692--54678899	80	2.6	81	86	2	276	29	9	20	39	1.84
54678865--54678944	27	3.0	27	83	0	88	40	7	20	32	1.80
54680477--54680660	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54680477--54680657	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
54680558--54680707	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
54688234--54688276	20	2.1	21	87	12	63	60	9	11	18	1.57
54691607--54691904	47	6.4	47	90	1	465	32	7	30	28	1.85
54691723--54691904	93	1.9	94	89	1	276	34	7	30	28	1.84
54691607--54691904	140	2.1	140	90	1	463	32	7	30	28	1.85
54693752--54694025	40	6.9	40	91	0	451	21	23	29	25	1.99
54697957--54698256	47	6.4	47	90	0	447	33	8	31	28	1.86
54699536--54699598	17	3.6	17	76	18	51	60	1	3	34	1.22
54707372--54707406	15	2.2	16	95	5	63	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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