genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51208476--51208523	24	2.0	24	100	0	96	33	16	20	29	1.95
51211875--51212035	45	3.6	45	83	3	191	41	11	21	25	1.86
51215189--51215232	20	2.2	20	83	0	52	31	9	6	52	1.59
51215680--51215729	22	2.3	23	82	10	68	32	0	0	68	0.90
51215671--51215728	14	4.4	14	71	20	54	32	0	0	67	0.91
51215671--51215729	26	2.3	27	77	11	70	32	0	0	67	0.91
51215801--51216218	138	3.0	140	83	3	502	37	7	20	34	1.82
51217541--51217589	21	2.3	22	85	3	73	53	2	0	44	1.12
51222727--51222755	12	2.4	12	100	0	58	24	17	17	41	1.90
51226575--51226610	13	2.8	13	100	0	72	5	30	47	16	1.70
51228019--51228190	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
51228012--51228187	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
51228610--51228666	30	1.9	30	88	0	87	29	22	3	43	1.70
51236861--51236909	23	2.1	23	85	7	64	65	8	2	24	1.31
51237148--51237244	38	2.6	37	75	6	97	65	3	1	29	1.14
51237221--51237264	19	2.3	19	88	7	63	75	4	0	20	0.98
51237222--51237272	10	5.2	10	78	17	54	76	3	0	19	0.94
51237222--51237272	21	2.6	19	80	17	59	76	3	0	19	0.94
51237181--51237297	28	4.2	26	75	14	81	64	4	0	30	1.12
51237488--51237569	38	2.2	38	82	8	96	25	12	2	59	1.45
51237488--51237550	20	3.3	19	70	20	51	23	14	3	58	1.50
51237548--51237618	20	3.7	18	79	11	61	26	4	1	67	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51237548--51237618	9	7.3	9	73	17	54	26	4	1	67	1.17
51237490--51237619	19	6.7	19	70	11	68	25	8	2	63	1.34
51242616--51242700	42	2.0	42	100	0	170	40	9	16	34	1.81
51243105--51243159	27	2.0	28	82	10	69	54	0	5	40	1.23
51246323--51246598	148	1.9	148	89	0	426	36	11	13	38	1.80
51249666--51250553	445	2.0	443	95	1	1600	33	18	15	32	1.92
51253636--51253763	63	2.0	63	87	0	184	36	13	14	35	1.86
51260689--51260746	18	3.2	18	65	0	53	31	8	12	48	1.70
51263036--51263519	241	2.0	241	93	0	826	34	24	15	26	1.95
51268745--51268797	26	2.0	26	96	0	97	58	13	7	20	1.59
51269153--51269209	21	2.9	19	82	10	69	57	0	3	38	1.16
51269323--51269387	17	3.5	18	75	24	64	29	0	4	66	1.12
51269330--51269387	18	3.1	18	74	16	64	27	0	5	67	1.12
51270223--51270257	14	2.5	14	90	0	61	28	11	22	37	1.89
51270546--51270581	5	7.0	5	87	6	54	58	0	0	41	0.98
51275278--51275320	23	1.9	23	85	4	61	32	0	6	60	1.23
51276234--51276287	28	1.9	28	82	14	67	70	1	3	24	1.13
51304224--51304257	13	2.7	13	95	4	61	0	11	0	88	0.52
51304224--51304259	6	5.8	6	87	6	54	0	13	0	86	0.58
51304216--51304259	19	2.2	20	92	4	72	0	15	0	84	0.63
51305458--51305525	21	3.2	22	83	8	79	29	14	20	35	1.93
51306750--51306792	12	3.8	11	82	11	52	48	6	0	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51312174--51312324	53	2.8	53	87	4	205	30	27	16	25	1.97
51315786--51315896	58	1.9	57	85	1	150	40	0	4	54	1.27
51315973--51316076	44	2.5	41	73	19	97	37	25	4	32	1.77
51316058--51316127	16	4.4	16	89	3	97	31	28	2	37	1.72
51316399--51316437	20	2.0	19	85	5	51	38	10	10	41	1.73
51316499--51317114	247	2.5	246	84	5	757	32	10	11	45	1.74
51316497--51317142	243	2.6	239	80	7	724	32	10	11	45	1.75
51318742--51318848	53	2.0	53	94	0	187	28	14	14	42	1.85
51319451--51319498	20	2.3	21	82	13	64	52	6	12	29	1.63
51321020--51321052	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
51321099--51321157	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
51321128--51321176	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
51325191--51326194	252	4.0	251	89	2	1408	37	15	28	18	1.91
51325217--51326194	501	1.9	505	87	2	1432	38	15	28	18	1.91
51332452--51332516	33	2.0	32	90	3	103	18	40	3	38	1.66
51336779--51336827	21	2.4	21	80	13	57	22	0	6	71	1.08
51347267--51347325	23	2.6	23	83	0	82	15	30	32	22	1.94
51349689--51349947	129	2.0	129	97	0	491	37	18	16	27	1.92
51350161--51350249	44	2.0	44	93	0	151	33	19	8	38	1.83
51353517--51353624	44	2.5	44	83	1	128	26	14	23	35	1.94
51358815--51358864	22	2.3	23	79	10	59	12	28	44	16	1.83
51367659--51367790	53	2.4	53	81	10	140	31	25	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51370184--51370215	16	1.9	17	93	6	57	9	6	3	81	0.97
51370476--51370571	26	3.6	26	77	6	102	59	3	5	32	1.35
51370473--51370532	26	2.3	27	94	2	104	61	3	3	31	1.28
51370844--51370869	5	5.2	5	100	0	52	0	0	80	19	0.71
51371418--51371466	21	2.4	20	80	12	55	36	2	2	59	1.21
51371418--51371465	19	2.5	20	83	6	55	37	2	2	58	1.22
51371413--51371466	20	2.6	19	77	13	54	33	3	1	61	1.25
51371531--51371607	18	4.3	18	71	15	61	32	0	3	63	1.12
51373401--51373457	9	6.7	9	75	17	50	36	1	0	61	1.07
51373401--51373454	24	2.4	22	84	9	72	38	1	0	59	1.08
51373401--51373496	11	8.1	12	71	18	76	35	3	1	60	1.19
51373421--51373499	25	3.2	24	77	10	72	34	2	1	62	1.17
51373415--51373493	14	5.2	14	76	15	52	36	3	1	58	1.24
51373423--51373499	14	6.1	13	73	21	56	35	2	1	61	1.18
51373439--51373541	44	2.2	44	80	14	111	33	4	2	58	1.34
51376480--51376553	8	9.6	7	73	21	51	13	6	2	77	1.08
51376471--51376553	15	5.3	15	75	16	62	14	6	2	77	1.07
51376471--51376566	15	5.9	16	73	19	56	16	5	3	75	1.12
51377502--51377553	25	2.1	25	92	7	88	38	1	19	40	1.63
51380892--51380935	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
51381026--51381140	43	2.7	43	78	6	126	28	23	15	32	1.95
51385627--51385776	43	3.5	44	79	12	161	32	22	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51389517--51389554	12	3.2	12	82	17	53	55	2	5	36	1.37
51389526--51389621	22	4.1	22	78	15	79	56	2	1	40	1.18
51389522--51389567	13	3.6	13	80	13	51	54	2	2	41	1.25
51389545--51389622	22	3.5	22	77	6	86	55	1	0	43	1.08
51389517--51389623	23	4.7	23	75	11	78	55	1	1	41	1.22
51389701--51389774	38	1.9	38	86	5	105	56	0	0	43	0.99
51389674--51389806	23	6.2	21	71	19	80	54	0	0	45	1.05
51389707--51389786	38	2.1	39	84	9	103	57	0	0	42	0.98
51389740--51389818	23	3.3	24	79	15	92	55	2	0	41	1.13
51389677--51389795	60	2.0	60	86	6	168	56	0	0	43	0.99
51389813--51389866	24	2.2	24	81	12	58	72	9	1	16	1.19
51393095--51393141	11	4.4	11	78	5	51	85	2	6	6	0.82
51393086--51393141	21	2.8	20	78	13	60	83	3	5	7	0.88
51393063--51393141	41	1.9	43	85	10	112	81	5	7	6	1.00
51393774--51393841	33	2.1	33	88	0	100	42	0	4	52	1.21
51394715--51394771	25	2.3	24	79	8	62	29	1	7	61	1.32
51401854--51401893	13	2.9	13	82	13	53	52	0	0	47	1.00
51401926--51401982	15	3.5	15	71	17	51	49	0	1	49	1.11
51401928--51401964	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
51410370--51410693	101	3.2	101	80	3	368	26	14	18	40	1.89
51410528--51410878	181	1.9	182	85	2	483	25	14	19	40	1.90
51410617--51410774	81	2.0	80	86	3	219	25	14	20	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51410697--51411035	101	3.3	101	81	3	414	25	14	18	41	1.88
51410415--51410975	282	2.0	284	83	3	711	25	14	19	40	1.90
51411066--51416242	101	53.3	100	75	10	3698	26	15	17	40	1.89
51411048--51415952	389	12.6	390	76	10	3458	26	15	17	39	1.90
51411976--51412330	88	4.1	88	80	5	416	26	16	16	40	1.89
51411774--51416054	289	14.7	290	73	12	2719	26	15	17	40	1.90
51412517--51412548	13	2.5	13	94	0	55	6	6	43	43	1.54
51413440--51413605	87	1.9	87	86	0	233	28	16	13	40	1.87
51413823--51413997	88	2.0	88	82	6	212	28	16	13	42	1.85
51414219--51414386	87	1.9	87	85	2	230	26	16	14	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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