genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29474887--29474962	37	2.1	37	97	0	143	38	6	22	32	1.80
29475019--29475193	45	4.0	45	88	3	223	25	21	27	25	1.99
29494185--29494242	25	2.3	26	82	14	68	37	8	5	48	1.56
29494185--29494242	24	2.3	25	80	13	66	37	8	5	48	1.56
29495356--29495501	17	8.9	16	67	17	61	61	2	3	32	1.24
29497261--29497770	205	2.5	205	90	1	774	27	22	19	30	1.98
29497847--29498052	44	4.6	45	73	11	167	26	23	18	31	1.98
29497780--29498060	132	2.1	132	92	2	458	28	23	17	29	1.97
29502147--29502224	37	2.1	36	97	2	147	35	26	16	20	1.94
29506110--29506142	14	2.2	16	89	10	52	54	6	18	21	1.64
29506162--29506191	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
29509979--29510016	15	2.6	15	87	4	51	68	2	0	28	1.03
29510140--29510197	25	2.2	27	85	11	77	63	0	8	27	1.23
29513004--29513043	19	2.1	19	100	0	80	27	25	27	20	1.99
29515600--29515627	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
29517395--29517426	11	2.8	12	90	9	50	90	0	9	0	0.45
29517881--29517917	18	2.1	18	89	0	56	40	2	56	0	1.13
29518775--29518856	43	1.9	43	94	0	146	51	1	20	26	1.55
29521664--29521841	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29521685--29521840	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29529717--29529894	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29529738--29529893	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29536330--29536551	47	4.6	47	78	9	187	27	16	24	31	1.96
29536329--29536522	100	1.9	100	84	4	257	26	16	24	32	1.96
29536436--29536565	47	2.8	47	85	1	163	26	16	26	30	1.96
29541945--29541978	12	2.8	12	81	0	50	26	41	0	32	1.56
29545705--29545817	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
29545963--29546101	52	2.8	49	86	8	201	30	25	7	35	1.83
29546071--29546264	47	4.1	47	90	0	289	26	29	10	32	1.90
29546164--29546235	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
29546024--29546264	94	2.5	93	85	4	297	27	29	10	33	1.90
29551069--29551232	46	3.6	45	79	6	147	28	18	28	24	1.98
29560258--29560456	47	4.0	49	77	9	174	26	15	25	32	1.95
29560267--29560446	100	1.8	100	80	2	218	25	17	25	32	1.97
29563743--29563919	33	5.4	33	88	2	257	40	30	9	19	1.83
29565826--29565918	24	3.8	24	78	7	82	33	16	23	26	1.95
29573264--29573321	29	2.0	29	96	0	107	32	13	18	34	1.91
29575739--29575832	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
29575725--29575842	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29579061--29579170	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29581125--29581218	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
29581111--29581228	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29584448--29584557	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29586512--29586605	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29586498--29586615	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29589834--29589943	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29591898--29591991	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
29591884--29592001	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29595220--29595329	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29597284--29597377	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
29597270--29597387	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29600605--29600714	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29602668--29602761	24	3.8	24	80	9	84	35	17	24	23	1.95
29602654--29602771	26	4.8	24	76	12	89	33	18	23	24	1.97
29605989--29606098	51	2.1	51	94	1	193	29	22	13	34	1.93
29607946--29607999	28	1.9	28	92	0	90	42	14	12	29	1.83
29608175--29608297	33	3.7	33	84	2	158	39	31	10	18	1.85
29610813--29610851	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
29612960--29613003	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
29615322--29615399	26	2.9	26	75	7	66	38	16	15	29	1.90
29629215--29629248	5	6.6	5	96	3	59	79	0	0	20	0.73
29630306--29630363	30	1.9	30	85	0	80	22	25	27	24	2.00
29633047--29633161	55	2.1	56	80	8	128	35	22	23	18	1.95
29633072--29633161	28	3.2	27	81	7	101	33	24	23	18	1.97
29633268--29633358	28	3.2	28	95	1	155	31	7	27	32	1.85
29639279--29639334	27	2.0	28	96	3	105	14	14	42	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29645437--29645484	25	1.9	25	86	0	69	31	25	18	25	1.98
29645523--29645599	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
29645521--29645603	20	4.2	20	95	0	148	36	10	20	32	1.87
29645660--29645754	47	2.0	47	93	6	165	28	21	21	29	1.98
29645660--29645775	23	4.8	24	87	11	166	27	21	22	28	1.99
29645968--29646031	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
29650091--29650225	55	2.5	55	79	4	157	30	29	25	14	1.95
29654832--29654982	42	3.5	42	82	7	178	35	25	15	23	1.94
29654865--29654977	44	2.6	43	84	6	149	34	27	16	21	1.95
29660355--29660419	33	2.0	33	87	0	94	36	27	6	29	1.81
29661210--29661291	41	2.0	41	97	0	155	34	20	12	32	1.90
29662545--29662629	42	2.0	44	86	9	122	37	23	16	22	1.93
29662956--29662995	14	2.5	17	80	15	50	35	25	2	37	1.69
29664669--29664713	22	2.0	22	87	8	65	44	4	0	51	1.21
29665070--29665109	20	2.0	20	85	0	53	20	7	2	70	1.24
29676676--29676722	3	15.7	3	95	0	85	68	0	31	0	0.90
29678896--29678928	16	2.1	16	88	11	50	42	9	0	48	1.35
29689756--29689933	51	3.5	52	84	7	224	27	15	29	27	1.96
29695404--29695461	16	4.1	14	75	20	59	70	6	0	22	1.10
29719996--29720043	25	1.9	25	91	0	78	56	12	10	20	1.65
29722369--29722411	19	2.2	19	87	4	59	46	20	16	16	1.84
29722797--29722927	58	2.2	59	81	10	144	42	5	3	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29728420--29728481	25	2.5	25	92	5	99	32	22	19	25	1.97
29731251--29731299	22	2.2	20	77	19	53	46	28	6	18	1.72
29733206--29733251	3	15.3	3	100	0	92	32	32	0	34	1.58
29736381--29736551	40	4.3	40	92	2	265	25	28	21	24	1.99
29736381--29736605	80	2.8	80	84	4	249	25	28	21	24	1.99
29736383--29736605	119	1.9	120	82	4	281	25	27	21	25	1.99
29744413--29744635	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
29744411--29744635	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
29746806--29746920	27	4.3	26	78	8	81	40	16	11	32	1.84
29746964--29747083	27	4.4	27	87	0	141	30	18	9	42	1.81
29746949--29747084	54	2.5	54	81	1	157	28	20	8	41	1.82
29746951--29747085	27	5.0	27	86	0	137	29	19	8	42	1.81
29747035--29747347	27	11.6	27	75	9	165	38	19	9	32	1.84
29747076--29747254	54	3.3	53	83	7	209	41	20	8	29	1.82
29747076--29747256	81	2.2	81	91	2	285	40	20	8	29	1.83
29747076--29747309	81	2.9	81	83	9	282	41	19	8	29	1.82
29747385--29747462	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
29748708--29748764	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
29748706--29748776	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
29748717--29748771	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
29748823--29749016	25	8.0	24	88	5	243	28	20	22	28	1.98
29749225--29749254	7	4.3	7	100	0	60	60	0	13	26	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29751452--29751606	42	3.7	41	86	3	211	29	24	15	30	1.96
29751846--29751924	39	2.0	39	95	0	140	27	20	15	36	1.92
29762010--29762120	43	2.6	42	72	16	118	27	17	24	30	1.97
29777503--29777540	20	1.9	20	89	10	60	47	15	2	34	1.60
29778116--29778212	40	2.4	41	84	6	119	26	27	16	28	1.97
29778429--29778466	18	2.1	18	100	0	76	34	39	0	26	1.57
29779682--29779746	32	2.0	32	88	5	96	26	26	21	26	2.00
29791514--29791597	31	2.7	31	92	1	134	26	26	16	30	1.97
29791817--29791886	25	2.8	25	91	0	104	24	22	24	28	1.99
29792695--29792751	27	2.1	27	83	6	71	21	22	22	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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