genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97196242--97196353	38	3.3	34	84	12	133	39	1	5	53	1.34
97196495--97196557	31	2.1	28	82	8	72	41	0	6	52	1.27
97196685--97196714	15	1.9	16	93	6	53	80	3	13	3	0.97
97196704--97196755	13	3.8	13	81	18	70	69	1	28	0	0.99
97196701--97196761	28	2.3	28	83	10	85	72	1	26	0	0.94
97196706--97196768	28	2.1	29	85	8	83	71	1	26	0	0.95
97197761--97197876	51	2.2	54	80	4	130	18	19	18	42	1.90
97198001--97198119	18	6.6	18	75	7	71	38	10	13	36	1.80
97199050--97199126	9	8.6	9	88	0	109	44	20	9	25	1.81
97199050--97199126	36	2.1	36	92	0	127	44	20	9	25	1.81
97199149--97199192	6	7.0	6	85	10	61	18	0	4	77	0.94
97199217--97199241	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
97199346--97199380	18	1.9	18	94	0	61	22	17	14	45	1.84
97199857--97199899	22	2.0	22	100	0	86	11	27	27	32	1.92
97206299--97206340	19	2.3	19	87	4	59	26	4	0	69	1.08
97206318--97206688	26	14.2	25	74	13	277	29	4	4	61	1.36
97206323--97206684	51	6.9	51	73	15	251	30	4	4	60	1.37
97206329--97206686	104	3.4	102	77	11	336	29	4	4	60	1.37
97210316--97210344	12	2.3	13	94	5	51	0	10	13	75	1.04
97212067--97212100	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
97225814--97225871	27	2.2	26	85	8	82	44	0	3	51	1.18
97227814--97228024	31	6.9	31	66	4	106	34	12	9	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97227813--97228024	91	2.3	91	96	0	388	34	12	8	43	1.74
97227881--97228030	31	4.9	31	69	6	117	35	12	8	43	1.74
97230488--97230562	37	2.0	37	94	0	132	29	52	0	18	1.46
97230504--97230576	18	4.0	18	71	16	69	27	54	0	17	1.43
97230957--97230992	7	4.9	8	83	16	51	36	0	0	63	0.94
97230958--97230992	14	2.4	14	95	4	61	34	0	0	65	0.93
97235069--97235113	21	2.1	21	87	0	63	37	22	22	17	1.94
97237629--97237701	18	4.0	18	73	19	62	82	0	16	1	0.75
97237629--97237701	25	3.1	24	78	16	82	82	0	16	1	0.75
97237629--97237701	29	2.5	29	84	6	94	82	0	16	1	0.75
97239096--97239305	45	4.7	45	67	13	153	29	20	24	25	1.99
97238962--97239395	135	3.2	135	92	1	687	29	21	23	26	1.99
97239277--97239485	90	2.3	90	91	1	330	28	21	22	28	1.99
97239142--97239618	223	2.1	223	90	2	742	28	21	23	27	1.99
97239367--97239804	133	3.3	132	88	1	606	30	19	21	28	1.98
97240056--97240186	47	3.0	46	72	23	147	29	48	0	21	1.50
97240094--97240168	37	2.0	37	94	0	132	29	52	0	18	1.46
97240110--97240182	18	4.0	18	71	16	60	27	54	0	17	1.43
97242477--97242531	19	2.9	18	84	15	67	34	0	1	63	1.05
97242365--97242504	62	2.2	61	78	10	140	26	5	5	62	1.38
97242485--97242515	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
97245555--97245917	47	7.6	47	72	14	266	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97245643--97245866	49	4.6	48	72	13	138	25	19	29	25	1.98
97245555--97245913	96	3.8	95	81	7	333	26	18	30	24	1.98
97247057--97247096	21	2.0	20	90	5	62	12	40	25	22	1.89
97248426--97248512	45	1.9	45	97	0	165	31	13	28	26	1.94
97252566--97252700	41	3.3	41	83	4	164	38	22	18	20	1.93
97254266--97254307	22	1.9	22	85	0	57	64	7	2	26	1.32
97256110--97256282	40	4.3	39	80	5	184	30	22	23	24	1.99
97256110--97256282	81	2.2	80	85	4	231	30	22	23	24	1.99
97256805--97256838	15	2.3	15	89	0	50	20	2	44	32	1.67
97257883--97257913	14	2.2	14	100	0	62	45	38	0	16	1.47
97257981--97258010	14	2.1	14	100	0	60	26	36	0	36	1.57
97259555--97259629	37	2.0	37	94	0	132	14	17	14	53	1.73
97262645--97262786	42	3.4	42	78	1	158	22	15	30	31	1.95
97262854--97262914	31	2.0	31	90	0	95	32	16	18	32	1.93
97293790--97293818	3	9.7	3	100	0	58	34	34	0	31	1.58
97293817--97293841	3	8.3	3	100	0	50	32	36	32	0	1.58
97294111--97294141	5	6.2	5	92	0	53	0	22	0	77	0.77
97294256--97294280	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
97294593--97294636	3	14.7	3	80	0	52	6	65	2	25	1.28
97298597--97298664	22	3.0	22	77	10	75	39	19	23	17	1.92
97299485--97299524	17	2.3	17	86	4	53	30	22	2	45	1.66
97304914--97304947	14	2.3	15	90	5	52	85	0	5	8	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97308275--97308332	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
97308544--97308575	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
97308670--97308911	50	4.7	50	84	4	288	26	24	28	20	1.99
97308670--97308919	100	2.4	103	87	6	355	26	24	28	21	1.99
97310477--97310612	67	2.0	67	100	0	272	22	21	30	25	1.99
97315928--97315985	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
97316197--97316228	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
97316323--97316564	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
97316323--97316572	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
97318120--97318176	24	2.3	24	78	3	60	52	0	0	47	1.00
97322873--97322950	40	2.0	40	84	0	102	20	15	32	32	1.94
97334292--97334324	12	2.8	12	90	0	57	30	51	12	6	1.63
97340442--97340820	135	2.8	135	81	3	390	32	17	19	30	1.95
97342017--97342074	31	1.9	31	82	10	75	63	5	13	17	1.47
97342117--97342876	132	5.8	132	93	0	1254	26	24	18	29	1.98
97342353--97342851	45	11.3	45	67	10	224	25	24	20	30	1.98
97344109--97344143	8	4.4	8	92	0	61	14	0	0	85	0.59
97344105--97344143	16	2.6	14	81	14	51	15	0	0	84	0.62
97346618--97346673	5	11.6	5	78	21	66	41	16	21	21	1.90
97346623--97346679	19	3.0	19	97	0	105	42	14	21	22	1.88
97346623--97346696	38	1.9	38	86	5	105	41	13	22	21	1.88
97346608--97346657	24	2.1	24	100	0	100	44	16	20	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97348494--97348877	136	2.8	136	95	0	671	31	16	19	32	1.94
97350071--97350128	31	1.9	31	82	10	75	63	5	13	17	1.47
97352035--97352181	75	2.0	75	88	0	222	44	12	8	34	1.72
97358778--97358841	29	2.2	30	86	8	87	54	3	0	42	1.16
97359627--97359662	17	2.1	17	90	10	56	38	16	11	33	1.84
97361605--97361641	19	1.9	19	94	0	65	0	43	10	45	1.39
97361681--97361710	12	2.4	13	94	5	53	0	30	10	60	1.30
97364008--97364075	15	4.4	15	75	14	59	44	0	1	54	1.09
97364096--97364286	57	3.1	66	65	22	185	42	1	6	49	1.37
97363991--97364310	119	2.7	120	97	1	610	43	1	5	50	1.32
97364143--97364194	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
97364272--97364313	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
97364263--97364304	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
97364530--97364597	16	4.2	16	94	0	118	38	35	0	26	1.57
97364737--97364783	8	5.6	9	80	12	55	23	0	4	72	1.02
97364737--97364786	16	3.0	16	94	5	82	24	0	4	72	1.02
97369666--97369734	31	2.4	28	75	15	68	46	0	5	47	1.26
97371872--97371922	8	6.4	8	76	14	52	35	0	0	64	0.94
97371869--97371921	17	3.2	18	82	17	78	37	0	0	62	0.96
97371869--97371909	15	2.5	16	88	11	57	36	0	0	63	0.95
97371871--97371918	24	2.0	23	88	8	69	33	0	0	66	0.92
97371982--97372026	23	2.0	23	86	0	63	37	4	8	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97380646--97380700	27	2.0	27	100	0	110	29	18	21	30	1.97
97386238--97386263	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
97396634--97396774	72	2.0	70	87	4	203	35	9	12	42	1.75
97404887--97404944	22	2.7	21	84	5	71	48	3	3	44	1.36
97404912--97404951	17	2.4	17	86	0	53	47	2	0	50	1.14
97407206--97407249	21	2.1	21	82	0	52	27	4	31	36	1.77
97408517--97408821	90	3.4	89	80	5	319	30	5	12	51	1.63
97413078--97413126	17	3.1	17	72	22	61	36	8	6	48	1.58
97413627--97413705	38	2.1	37	83	6	97	30	21	21	26	1.98
97415213--97415242	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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