genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67371702--67371734	17	1.9	17	93	0	57	42	0	15	42	1.46
67372986--67373108	58	2.1	57	88	10	180	44	11	21	22	1.84
67374589--67375050	48	9.6	49	73	19	234	35	10	28	26	1.89
67374589--67374769	50	3.6	50	82	13	232	34	8	28	28	1.86
67374593--67374838	101	2.5	98	80	13	258	34	9	28	27	1.88
67374900--67375008	44	2.4	45	76	18	111	35	12	29	22	1.91
67378430--67378875	46	9.7	47	83	8	512	28	28	8	34	1.87
67378430--67378875	93	4.8	92	84	8	509	28	28	8	34	1.87
67380207--67380244	11	3.2	12	85	14	53	0	13	0	86	0.56
67380309--67380423	52	2.1	55	93	4	200	23	22	8	45	1.80
67387096--67387230	39	3.5	39	81	8	143	25	20	28	25	1.99
67389054--67389116	31	2.0	31	84	6	83	23	20	14	41	1.89
67389450--67389511	19	3.2	19	84	10	90	35	22	8	33	1.84
67391983--67392069	29	3.3	27	84	7	99	25	14	33	26	1.95
67408671--67408778	25	4.4	25	81	5	114	28	20	21	29	1.98
67417234--67417306	37	2.0	37	86	0	101	28	34	15	21	1.94
67417430--67417923	49	10.3	49	95	2	846	29	28	8	32	1.86
67421826--67422257	40	10.8	40	91	0	684	26	27	21	24	1.99
67423475--67423552	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
67423671--67424181	47	10.7	47	95	2	871	29	29	8	32	1.86
67423671--67424181	96	5.4	94	95	2	871	29	29	8	32	1.86
67434777--67434830	27	2.0	28	89	7	85	35	9	16	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67441357--67441540	40	4.6	40	83	6	205	23	20	27	28	1.99
67441357--67441537	80	2.3	81	84	9	230	23	20	27	28	1.99
67441438--67441587	40	3.8	39	80	10	135	25	21	28	25	1.99
67441478--67441600	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	24	1.99
67449253--67449436	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
67449253--67449433	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
67449334--67449483	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
67449374--67449496	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
67455909--67456113	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
67455909--67456112	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
67455963--67456112	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
67458476--67458542	20	3.3	20	91	4	109	35	8	20	34	1.84
67458487--67458542	11	5.5	11	75	16	57	35	8	21	33	1.85
67458478--67458556	40	2.0	39	83	14	99	35	8	20	35	1.84
67458880--67458943	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
67460776--67460959	40	4.7	40	82	7	207	26	28	21	23	1.99
67460776--67460958	79	2.3	78	80	10	201	25	28	21	24	1.99
67472493--67472670	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
67472494--67472649	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
67472490--67472670	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
67474449--67474553	53	2.0	53	81	7	124	20	24	17	38	1.93
67474538--67474587	25	2.0	25	100	0	100	20	16	20	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67476335--67476365	15	2.1	15	100	0	62	38	12	25	22	1.90
67484764--67484844	42	1.9	42	82	5	101	23	34	25	16	1.95
67500445--67500572	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
67500444--67500572	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
67508492--67508619	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
67508491--67508619	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
67514608--67514669	26	2.3	27	89	10	101	40	25	6	27	1.80
67514772--67514860	27	3.3	26	78	7	88	20	21	16	41	1.90
67520719--67520975	47	5.4	47	88	1	352	35	7	29	28	1.85
67523713--67523921	93	2.3	94	91	5	284	33	7	27	31	1.85
67523713--67523921	47	4.5	47	93	5	347	33	7	27	31	1.85
67527058--67527443	40	9.8	40	83	5	351	24	22	27	25	2.00
67528710--67528827	55	2.1	55	96	3	220	44	9	23	22	1.81
67530295--67530844	47	11.6	47	93	2	813	33	9	29	27	1.88
67530695--67530816	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
67533939--67534076	35	3.9	35	76	4	134	35	15	24	24	1.94
67537699--67537841	42	3.4	40	69	13	99	31	22	20	25	1.98
67537689--67537880	85	2.3	85	83	0	240	30	25	20	23	1.99
67544751--67545005	43	6.0	42	70	11	155	29	26	18	25	1.98
67544751--67545005	85	3.0	85	84	3	318	29	26	18	25	1.98
67549048--67549073	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
67552885--67553386	47	10.6	47	91	2	745	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67552885--67553386	96	5.3	96	89	4	770	29	29	8	33	1.86
67552885--67553386	143	3.5	143	93	2	798	29	29	8	33	1.86
67566030--67566165	25	5.5	24	92	2	209	29	16	8	45	1.77
67566994--67567214	45	5.0	45	88	2	297	23	21	28	26	1.99
67573743--67573768	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
67575765--67575825	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
67581834--67581864	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
67581831--67581870	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
67582117--67582311	55	3.6	53	76	8	187	22	25	17	35	1.95
67588546--67588678	46	2.9	46	79	8	128	44	15	19	21	1.86
67588643--67588860	45	4.9	45	90	1	314	34	13	21	30	1.92
67588643--67588889	90	2.8	90	88	3	293	36	12	21	28	1.91
67588594--67588934	45	7.6	45	81	4	172	40	13	20	25	1.89
67588595--67588902	90	3.4	90	82	4	266	38	13	20	26	1.90
67588595--67588936	134	2.5	136	75	4	372	40	13	20	25	1.89
67591997--67592022	5	5.2	5	100	0	52	80	19	0	0	0.71
67593168--67593203	17	2.1	17	90	10	56	36	5	11	47	1.63
67605023--67605122	40	2.5	41	78	6	123	26	17	26	31	1.97
67606222--67606248	12	2.2	12	100	0	54	29	18	44	7	1.77
67606804--67606909	43	2.5	43	89	4	155	25	10	28	35	1.89
67614171--67614302	40	3.3	40	89	3	196	23	21	28	27	1.99
67614171--67614325	79	2.0	79	84	7	208	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67622064--67622244	40	4.6	39	82	9	201	24	22	27	24	2.00
67624001--67624041	6	6.8	6	94	0	64	26	0	2	70	0.99
67634088--67634272	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
67634089--67634272	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
67634141--67634305	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
67636334--67636416	41	2.0	40	86	6	114	30	18	20	31	1.96
67636364--67636440	40	1.9	40	86	0	109	27	16	22	33	1.95
67640909--67640998	34	2.6	34	79	10	87	27	25	20	26	1.99
67641029--67641071	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
67642958--67643123	40	4.2	40	92	0	262	24	28	23	22	1.99
67660856--67660892	18	2.1	18	100	0	74	27	5	21	45	1.73
67663633--67663746	57	2.0	57	98	0	219	41	21	8	28	1.83
67664158--67664521	47	7.8	46	70	15	194	22	29	20	27	1.99
67664158--67664518	94	3.9	93	78	10	353	22	29	20	27	1.98
67665315--67665426	33	3.4	33	81	4	136	28	25	20	25	1.99
67665366--67665448	28	2.8	29	85	9	96	27	26	24	21	1.99
67665813--67665877	27	2.4	27	81	0	76	26	24	15	33	1.95
67665938--67666135	54	3.6	54	78	6	195	32	7	16	42	1.76
67665938--67666122	27	6.8	27	76	7	158	33	7	16	42	1.76
67665938--67666135	81	2.4	83	79	9	210	32	7	16	42	1.76
67665938--67666226	54	5.3	53	77	5	179	30	7	19	42	1.79
67666031--67666226	27	7.3	27	77	6	127	29	7	20	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67666155--67666242	27	3.3	27	86	0	113	26	10	25	38	1.87
67666240--67666314	27	2.8	27	81	0	87	32	25	13	29	1.93
67692280--67692412	53	2.5	54	87	2	187	36	19	19	24	1.95
67692280--67692399	27	4.5	27	88	2	179	35	19	20	25	1.96
67692849--67692910	22	2.8	22	85	7	81	22	25	20	30	1.98
67693069--67693176	27	4.0	26	85	5	135	18	23	21	37	1.95
67693304--67693361	25	2.3	25	84	0	71	20	15	13	50	1.78
67693344--67693393	12	4.2	12	87	5	66	18	12	14	56	1.68
67693344--67693384	6	6.8	6	82	0	55	17	14	12	56	1.68
67694714--67695341	47	13.4	47	90	1	974	28	30	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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