genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77002427--77002485	9	6.7	9	77	9	50	55	0	0	44	0.99
77002503--77002562	30	2.0	30	87	9	86	61	1	1	35	1.16
77008654--77008723	31	2.2	30	82	14	79	55	5	1	37	1.32
77012473--77012512	20	2.0	20	95	0	71	57	0	10	32	1.32
77012474--77012520	20	2.3	20	88	3	67	61	0	10	27	1.29
77020446--77020524	39	2.0	39	100	0	158	45	10	16	27	1.79
77023750--77023864	39	3.0	39	93	1	196	21	20	29	27	1.98
77023750--77023901	39	3.9	40	86	5	143	21	21	30	27	1.98
77023750--77023912	78	2.1	77	82	6	188	21	20	29	28	1.98
77025284--77025314	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
77029023--77029162	57	2.5	57	81	6	151	30	23	17	29	1.97
77031776--77031903	58	2.3	58	90	4	199	33	21	10	34	1.88
77031834--77031990	73	2.1	75	91	3	255	33	19	11	35	1.88
77031704--77031984	131	2.1	134	88	3	417	32	19	11	36	1.87
77031961--77032020	18	3.3	18	86	4	86	31	20	11	36	1.88
77032003--77032063	13	4.9	13	73	18	67	31	24	18	26	1.97
77034311--77034365	24	2.3	23	82	14	67	29	34	16	20	1.94
77038177--77038228	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
77054544--77054598	26	2.1	26	96	0	101	32	9	14	43	1.77
77056149--77056190	21	2.0	21	100	0	84	28	28	19	23	1.98
77063001--77063036	17	2.1	18	89	5	56	11	25	41	22	1.86
77065340--77065510	43	4.0	43	84	3	211	22	30	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77065341--77065508	86	2.0	86	86	4	241	22	30	21	26	1.99
77065683--77065736	24	2.5	20	76	21	63	31	14	14	38	1.87
77085073--77085151	40	2.0	40	100	0	158	39	20	2	37	1.66
77088025--77088057	17	1.9	17	88	11	50	66	18	3	12	1.36
77088269--77088304	15	2.5	15	95	4	65	55	0	8	36	1.30
77088374--77088436	25	2.6	24	80	5	72	58	3	4	33	1.35
77090283--77090506	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
77090283--77090506	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
77096666--77096841	46	3.8	46	75	12	164	19	18	30	31	1.96
77096662--77096834	93	1.9	93	90	2	276	20	19	30	30	1.97
77099775--77099845	15	4.7	15	73	5	63	12	19	12	54	1.69
77099766--77099845	30	2.7	30	82	7	99	12	18	15	53	1.72
77104755--77104823	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
77104746--77104833	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
77107199--77107374	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
77107196--77107366	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
77123603--77123629	11	2.5	11	100	0	54	18	25	7	48	1.74
77125693--77125774	27	3.1	26	77	5	92	36	20	8	34	1.83
77126221--77126346	43	2.9	43	85	0	153	20	19	32	26	1.97
77130340--77130426	27	3.2	27	83	3	113	35	26	10	27	1.89
77130685--77130797	43	2.6	43	91	0	172	21	19	33	25	1.97
77141266--77141290	13	1.9	13	100	0	50	24	4	32	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77142766--77144572	909	2.0	911	92	0	3030	26	12	23	36	1.91
77155050--77155462	47	8.7	47	91	1	630	33	8	29	28	1.87
77155582--77155660	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77156873--77157350	40	11.9	40	90	1	609	23	22	28	26	1.99
77161625--77162032	47	8.7	47	93	2	626	31	9	31	27	1.88
77161625--77162032	140	2.9	141	91	2	619	31	9	31	27	1.88
77161625--77162032	187	2.2	186	90	2	631	31	9	31	27	1.88
77162148--77162226	37	2.1	37	85	0	104	24	17	30	27	1.97
77172163--77172193	16	1.9	16	93	0	53	9	6	35	48	1.62
77176655--77176775	57	2.1	59	82	3	147	26	18	7	47	1.74
77181164--77181215	26	2.0	26	100	0	104	42	11	11	34	1.77
77185137--77185189	26	2.0	27	96	3	99	32	18	15	33	1.92
77194328--77194501	45	3.8	45	77	15	194	20	21	29	28	1.98
77199877--77199931	27	2.0	27	100	0	110	40	0	14	45	1.45
77207040--77207184	48	2.7	58	83	12	157	40	4	11	43	1.61
77207089--77207184	48	2.0	48	97	0	183	42	4	12	40	1.62
77212921--77213044	23	5.3	22	71	15	81	28	20	16	33	1.95
77219976--77220107	40	3.3	40	81	6	153	27	25	22	24	2.00
77227925--77228087	40	4.1	40	80	7	188	28	26	20	23	1.99
77227921--77228087	80	2.1	79	84	4	221	28	26	21	23	1.99
77236498--77236613	43	2.7	43	84	1	160	24	17	30	28	1.97
77243654--77243875	79	2.8	78	82	5	259	27	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77243688--77243869	40	4.6	40	88	3	251	28	28	19	23	1.98
77243654--77243869	80	2.7	80	84	4	251	27	27	19	25	1.99
77251683--77251853	38	4.5	38	85	10	219	26	28	18	25	1.98
77251683--77251846	37	4.4	37	87	8	183	27	29	18	25	1.98
77251683--77251848	74	2.2	76	85	10	218	27	29	18	24	1.98
77256843--77257062	39	5.7	39	82	10	227	25	28	21	24	1.99
77256843--77257062	76	2.8	76	82	8	248	25	28	21	24	1.99
77256994--77257071	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77264720--77264941	77	2.8	78	80	6	252	25	27	21	25	1.99
77264720--77264941	39	5.7	40	82	9	233	25	27	21	25	1.99
77264873--77264950	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77274183--77274257	34	2.2	34	80	4	89	28	25	22	24	2.00
77279646--77279736	27	3.4	27	84	0	119	41	18	12	27	1.86
77285360--77285405	20	2.2	20	85	11	58	17	4	4	73	1.15
77291682--77291779	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
77291710--77291792	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
77291682--77291793	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
77299662--77299759	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
77299690--77299772	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
77299662--77299773	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
77304456--77304710	40	6.4	39	88	4	343	25	27	21	25	2.00
77312061--77312216	82	1.9	81	84	3	206	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77312060--77312213	55	2.9	52	81	7	166	27	16	27	27	1.97
77312061--77312216	27	5.7	27	79	6	154	27	16	27	28	1.97
77312060--77312237	27	6.6	27	78	5	144	26	16	28	28	1.97
77312053--77312237	82	2.3	81	77	2	201	27	16	27	29	1.97
77327460--77327614	27	5.7	26	81	6	143	27	16	27	28	1.97
77327460--77327614	81	1.9	80	85	5	213	27	16	27	28	1.97
77327459--77327611	54	2.9	50	80	12	162	27	16	27	28	1.97
77327452--77327633	81	2.2	80	77	3	204	26	15	27	29	1.96
77327541--77327633	26	3.5	26	80	7	89	24	15	29	31	1.95
77329920--77329973	27	2.0	27	96	0	99	38	3	25	31	1.74
77330730--77330904	67	2.6	66	77	0	179	34	15	21	29	1.94
77332539--77332598	26	2.3	26	88	0	84	40	3	23	33	1.71
77332875--77332952	39	2.0	39	92	5	131	26	11	15	46	1.80
77333917--77333985	34	2.0	34	97	0	129	43	5	24	26	1.76
77340294--77340385	28	3.3	28	87	0	130	20	15	38	26	1.92
77340702--77341171	27	17.7	27	76	10	321	39	18	9	32	1.84
77340711--77341171	54	8.7	54	79	6	390	38	19	9	32	1.84
77340702--77341105	134	3.0	133	80	5	445	38	18	9	32	1.84
77341123--77341210	27	3.3	27	84	4	99	37	18	14	29	1.91
77341358--77341460	50	2.1	50	90	0	161	31	19	18	31	1.96
77350489--77350563	38	2.0	38	94	0	132	49	10	20	20	1.78
77357765--77357829	33	2.0	34	82	11	82	30	27	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77358037--77358136	27	3.8	27	80	4	105	34	22	23	21	1.97
77358288--77358774	27	18.2	26	77	8	347	32	10	19	37	1.87
77358316--77358725	187	2.2	188	90	2	628	31	11	19	36	1.88
77358289--77358761	81	5.9	81	80	4	465	31	11	19	37	1.87
77361153--77361182	6	5.0	6	91	0	51	0	46	0	53	1.00
77364482--77364515	14	2.5	13	90	9	59	32	14	8	44	1.76
77367161--77367252	42	2.2	41	86	5	123	28	27	19	25	1.99
77370110--77370160	25	2.0	25	100	0	102	47	9	19	23	1.79
77377065--77377185	45	2.6	45	85	8	156	23	27	19	30	1.98
77377065--77377234	46	3.7	46	79	12	136	24	28	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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