genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62749774--62749850	19	4.1	19	78	5	84	37	18	10	33	1.85
62754683--62754714	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
62765014--62765043	13	2.4	13	94	5	53	30	30	0	40	1.57
62766551--62766808	40	6.5	40	89	4	362	25	28	21	24	1.99
62774655--62774868	39	5.5	40	89	8	300	25	28	22	23	2.00
62784863--62785040	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
62784884--62785039	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62791737--62791994	40	6.5	40	88	2	360	25	27	23	24	2.00
62806343--62806448	54	2.0	54	86	0	149	37	20	7	33	1.81
62807634--62807674	20	2.0	20	100	0	82	24	41	14	19	1.89
62808177--62808330	44	3.6	43	75	9	127	32	25	15	25	1.96
62810155--62810221	34	2.0	33	85	8	91	23	23	20	31	1.98
62819848--62819887	20	2.0	20	85	0	53	37	12	12	37	1.81
62820181--62820210	16	1.9	15	93	6	51	93	0	6	0	0.35
62820179--62820213	17	2.1	16	94	5	61	88	0	11	0	0.51
62822195--62822233	18	2.1	19	90	4	62	43	17	7	30	1.77
62822597--62822680	11	7.6	11	76	0	87	25	36	0	38	1.56
62822609--62822680	22	3.3	22	94	3	119	23	37	0	38	1.55
62822689--62822744	24	2.4	23	81	3	67	26	1	8	62	1.35
62826384--62826520	43	3.2	43	75	10	118	27	24	18	29	1.98
62827690--62827741	26	2.0	26	100	0	104	38	3	3	53	1.37
62853724--62853951	80	2.8	80	91	0	357	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62853728--62853961	40	5.8	40	73	9	208	23	22	28	25	1.99
62861787--62862011	77	2.8	78	91	4	353	25	23	26	24	2.00
62861791--62862031	40	6.1	40	76	6	249	23	22	27	25	2.00
62864492--62864598	41	2.5	42	80	7	110	32	28	15	23	1.95
62866372--62866518	41	3.6	41	84	1	206	27	27	24	19	1.99
62866372--62866520	81	1.8	81	86	2	219	27	27	24	20	1.99
62874587--62874733	41	3.6	41	84	1	206	27	29	23	19	1.98
62874587--62874735	81	1.8	81	86	2	219	27	28	22	20	1.99
62882230--62882272	16	2.7	16	85	0	59	53	13	18	13	1.73
62882488--62882600	29	3.9	29	89	3	158	28	15	28	28	1.96
62885819--62885868	25	2.0	25	84	0	64	50	16	4	30	1.63
62887827--62887868	15	2.7	15	79	17	50	59	0	14	26	1.35
62890049--62890211	43	3.8	43	80	7	154	27	14	23	33	1.94
62905643--62905707	26	2.3	29	82	15	75	20	12	1	66	1.32
62909533--62909644	27	4.1	27	78	10	104	39	24	20	16	1.92
62909533--62909644	54	2.1	54	81	3	127	39	24	20	16	1.92
62909750--62909812	26	2.3	26	83	5	72	30	7	26	34	1.85
62917412--62917523	27	4.2	26	86	7	152	37	22	24	16	1.93
62922501--62922584	43	2.0	43	83	4	107	28	15	22	33	1.95
62922514--62922598	43	2.0	43	81	9	102	27	15	21	36	1.93
62930168--62930338	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.98
62930172--62930343	46	3.7	46	77	13	190	21	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62936086--62936327	47	5.1	47	87	4	322	33	9	29	27	1.88
62936160--62936235	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
62936301--62936391	46	2.0	46	84	0	119	34	6	30	28	1.83
62937894--62938164	40	6.8	40	91	0	443	22	23	28	25	1.99
62937894--62938161	120	2.2	120	95	0	491	22	23	27	25	1.99
62938333--62938387	25	2.2	25	87	6	76	29	10	30	29	1.91
62942302--62942590	47	6.1	47	90	3	407	32	10	29	26	1.90
62942564--62942654	46	2.0	46	86	0	128	32	8	31	26	1.87
62942331--62942639	141	2.2	140	83	7	356	32	11	30	25	1.91
62947690--62947860	93	1.8	93	93	0	297	21	22	28	28	1.99
62947694--62947865	46	3.7	46	78	13	199	21	22	27	28	1.99
62953500--62953724	40	5.6	40	81	2	263	24	26	23	25	2.00
62953464--62953724	80	3.3	80	81	3	285	24	26	23	26	2.00
62953500--62953724	120	1.9	121	83	4	294	24	26	23	25	2.00
62959288--62959324	19	2.0	19	89	5	58	18	24	37	18	1.94
62959538--62959721	54	3.4	52	83	8	217	35	16	22	26	1.95
62959534--62959748	81	2.7	80	82	6	247	33	16	22	26	1.95
62959534--62959752	54	4.1	54	81	5	203	33	16	22	26	1.96
62959540--62959762	27	8.3	27	76	6	177	33	17	22	26	1.96
62959888--62959971	27	3.2	26	81	6	80	21	22	19	36	1.95
62959915--62959971	27	2.1	27	90	0	87	21	22	21	35	1.96
62959956--62960015	26	2.3	27	79	2	68	21	23	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62959971--62960023	26	2.0	26	81	0	61	24	18	15	41	1.89
62964862--62965032	46	3.7	46	79	12	181	19	21	30	27	1.98
62964866--62965040	45	3.8	46	79	13	207	19	21	30	28	1.97
62967961--62968039	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
62967952--62968038	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
62970415--62970590	46	3.8	46	80	11	207	19	21	30	28	1.97
62970411--62970583	93	1.9	93	93	2	303	19	21	31	27	1.97
62983381--62983418	19	2.0	19	85	10	51	15	23	42	18	1.89
62983639--62983798	27	5.9	27	78	5	180	34	18	21	25	1.96
62983646--62983798	81	1.9	81	83	2	200	34	17	22	25	1.96
62983889--62983958	27	2.6	27	81	4	70	27	24	14	34	1.94
62994580--62994784	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
62994581--62994784	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
63002698--63002901	27	7.6	27	83	4	223	25	15	29	29	1.96
63002699--63002847	80	1.9	80	88	0	226	26	16	28	27	1.97
63002699--63002901	55	3.8	54	84	4	257	25	15	29	29	1.96
63004807--63005030	40	5.6	39	82	5	234	25	21	25	27	2.00
63004811--63005030	83	2.7	80	84	6	250	25	22	25	26	2.00
63008136--63008202	33	2.0	33	91	0	107	32	11	13	41	1.81
63014984--63015040	30	1.9	30	85	0	78	33	19	7	40	1.78
63023068--63023121	21	2.6	21	90	0	81	24	27	29	18	1.98
63023061--63023121	21	2.8	22	85	5	72	22	26	31	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63024849--63024950	28	3.7	28	81	1	116	22	15	34	27	1.95
63029508--63029569	31	2.0	31	100	0	124	29	9	35	25	1.88
63032689--63032775	28	3.1	28	88	0	129	21	18	34	25	1.96
63038219--63038248	11	2.7	11	100	0	60	0	6	20	73	1.05
63044554--63044627	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
63053917--63053990	29	2.6	29	82	4	87	28	14	31	25	1.95
63056589--63056644	25	2.2	25	81	6	69	33	17	28	19	1.95
63059011--63059057	19	2.5	19	77	16	53	59	0	8	31	1.27
63065227--63065350	29	4.3	30	78	8	125	29	28	12	30	1.92
63065234--63065346	58	2.0	58	82	5	140	27	30	12	30	1.93
63065418--63065465	19	2.6	19	86	3	62	18	35	16	29	1.93
63066826--63066858	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
63080233--63080376	39	3.7	39	88	0	216	23	21	25	29	1.99
63086123--63086152	14	2.1	14	93	0	51	33	16	20	30	1.94
63088224--63088374	39	3.9	39	85	5	184	22	19	27	30	1.98
63098607--63098671	17	3.9	17	69	15	55	24	3	4	67	1.24
63107137--63107195	27	2.2	27	81	6	66	27	18	27	27	1.98
63107148--63107210	27	2.3	27	91	0	99	23	15	20	39	1.91
63107193--63107278	27	3.2	27	77	0	100	26	8	25	39	1.84
63107166--63107278	54	2.1	53	85	6	147	25	10	24	38	1.88
63107255--63107488	27	8.7	27	87	3	310	39	8	23	29	1.83
63107255--63107519	81	3.3	81	85	4	329	37	8	24	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63113312--63113342	16	1.9	16	100	0	62	45	12	25	16	1.83
63113313--63113349	16	2.3	16	90	0	56	51	13	21	13	1.75
63113570--63113626	29	2.0	29	92	0	96	29	14	28	28	1.95
63122715--63122864	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
63122739--63122922	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
63147737--63147801	26	2.3	29	82	15	75	20	12	1	66	1.32
63151612--63151720	27	4.0	26	81	8	119	36	22	22	18	1.95
63158525--63158771	40	6.2	40	79	12	244	23	23	28	25	1.99
63158566--63158748	79	2.3	80	91	0	287	22	23	28	25	1.99
63158566--63158771	79	2.6	79	86	3	281	23	23	28	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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