genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74505292--74505774	47	10.3	47	91	0	768	34	8	28	28	1.86
74505389--74505464	22	3.3	22	67	16	64	32	9	30	27	1.88
74510321--74510352	16	2.0	16	100	0	64	25	18	0	56	1.42
74513426--74513473	15	3.2	15	80	11	62	10	16	16	56	1.67
74515610--74515783	49	3.5	49	88	3	233	24	17	27	30	1.97
74515603--74515797	49	3.9	49	85	2	230	24	18	27	29	1.98
74533088--74533340	39	6.5	39	79	8	232	26	20	28	24	1.99
74533165--74533340	79	2.3	79	82	5	198	25	21	28	24	1.99
74541003--74541185	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
74541004--74541187	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
74541056--74541220	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
74546249--74546320	34	2.2	33	84	2	90	25	27	20	26	1.99
74548565--74548605	18	2.2	20	86	8	59	34	21	14	29	1.93
74549370--74549404	18	1.9	18	88	11	54	22	0	20	57	1.41
74549900--74549941	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
74550111--74550224	41	2.7	43	80	10	128	26	17	25	30	1.97
74557157--74557209	24	2.2	25	96	3	99	45	0	33	20	1.52
74564917--74564957	16	2.6	16	96	0	73	31	0	21	46	1.52
74568277--74568426	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
74568301--74568484	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
74593474--74593520	20	2.3	20	85	0	58	34	23	19	23	1.97
74597005--74597278	49	5.7	49	76	10	219	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74598019--74598069	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
74599407--74599481	24	3.2	24	75	7	82	33	13	22	30	1.92
74599698--74599748	24	2.1	24	88	0	75	33	13	23	29	1.93
74602433--74602577	40	3.6	40	87	1	184	25	21	27	25	1.99
74602433--74602604	80	2.2	80	81	3	195	24	20	27	27	1.99
74607398--74607752	27	13.2	27	84	7	436	27	22	10	40	1.86
74607757--74607925	27	6.3	27	86	0	221	34	18	20	26	1.96
74608124--74608206	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
74608294--74608352	22	2.7	22	78	0	64	22	23	20	33	1.97
74608516--74608589	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
74608707--74608833	6	20.8	6	72	18	102	20	18	13	48	1.81
74608707--74608833	31	4.4	30	81	14	158	20	18	13	48	1.81
74609980--74610233	43	6.0	42	73	12	187	25	13	25	34	1.93
74609982--74610168	86	2.2	86	90	0	284	25	13	25	35	1.92
74609983--74610230	86	2.9	86	83	4	281	26	14	25	33	1.94
74610938--74610963	8	3.2	8	100	0	52	38	0	26	34	1.57
74611322--74611390	30	2.3	30	92	0	111	15	27	36	20	1.93
74616020--74616111	28	3.3	28	89	3	141	20	14	34	30	1.92
74616440--74616796	27	13.3	27	76	6	255	37	19	10	32	1.86
74616428--74616792	81	4.5	80	79	8	305	38	19	10	31	1.86
74616747--74616834	27	3.3	27	82	4	90	37	19	14	28	1.91
74622131--74622342	40	5.3	40	90	1	320	29	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74625278--74625338	28	2.2	28	84	0	77	21	16	36	26	1.94
74625671--74625957	27	10.7	26	78	7	236	36	18	10	33	1.86
74625677--74625957	54	5.2	54	85	2	327	37	18	10	33	1.85
74625921--74626009	27	3.3	27	91	0	142	35	15	16	31	1.91
74625677--74625943	81	3.3	81	84	3	342	37	19	10	33	1.85
74627263--74627338	18	4.2	18	89	0	98	27	10	27	34	1.90
74628269--74628453	98	1.9	97	84	7	250	21	25	20	32	1.97
74628269--74628539	49	5.6	47	74	9	185	21	26	20	31	1.98
74635355--74635526	93	1.8	93	95	2	310	27	30	20	20	1.98
74635348--74635523	46	3.8	46	77	14	200	28	30	20	20	1.98
74635356--74635542	46	4.0	45	73	14	148	28	29	20	21	1.98
74642034--74642205	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
74642027--74642202	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
74656256--74656428	46	3.8	45	74	11	163	21	19	27	31	1.98
74662047--74662092	19	2.3	20	85	14	69	21	10	17	50	1.77
74670388--74670413	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
74671055--74671352	127	2.4	127	89	4	442	25	16	19	37	1.93
74684566--74684622	26	2.2	26	96	0	105	26	28	15	29	1.96
74695227--74695321	25	3.8	25	92	0	154	25	22	26	26	2.00
74695214--74695321	50	2.2	50	83	5	139	25	22	24	28	1.99
74695354--74695384	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
74695571--74695783	27	7.9	26	77	7	158	33	7	19	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74695624--74695800	54	3.3	54	87	1	239	31	9	21	37	1.85
74695625--74695800	27	6.5	27	83	2	210	31	9	21	38	1.84
74715067--74715144	6	13.3	6	73	9	63	3	20	1	74	1.05
74715097--74715139	16	2.6	16	85	14	52	2	20	2	74	1.04
74717564--74717739	46	3.8	46	78	11	189	21	19	28	30	1.98
74717561--74717732	93	1.8	93	90	2	274	21	20	29	29	1.98
74719930--74719964	17	2.1	17	94	0	61	62	5	5	25	1.40
74721999--74722053	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
74728241--74728299	29	2.0	30	83	9	77	28	30	8	32	1.87
74734909--74734966	30	1.9	30	85	0	80	27	31	20	20	1.98
74738211--74738278	29	2.3	29	87	0	91	29	26	14	29	1.95
74739615--74739646	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
74739874--74740102	48	4.9	48	69	17	156	31	6	21	41	1.77
74739874--74740708	139	6.0	139	87	0	1159	29	7	21	41	1.81
74740145--74740388	48	5.2	48	72	11	200	29	7	21	41	1.80
74741606--74741771	33	5.0	31	75	14	136	29	14	24	31	1.94
74741579--74741791	101	2.1	101	92	0	354	29	15	25	29	1.96
74741707--74741880	86	2.0	88	87	4	253	30	14	25	29	1.95
74762977--74763412	52	8.7	49	76	18	352	34	6	26	31	1.82
74763569--74763665	37	2.5	39	82	9	112	26	19	28	24	1.99
74772451--74772550	28	3.5	29	82	8	98	31	29	13	27	1.93
74794299--74794563	47	5.7	49	80	10	256	21	30	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74794299--74794563	139	1.9	141	85	7	371	21	30	19	28	1.98
74794299--74794566	93	2.9	94	81	10	293	22	30	19	27	1.98
74803482--74803522	21	2.0	20	85	4	55	17	19	46	17	1.85
74805066--74805123	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
74805066--74805126	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
74810549--74810628	33	2.4	34	79	6	92	28	18	23	28	1.98
74813063--74813087	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
74815661--74815745	30	2.8	30	80	7	93	14	25	0	60	1.35
74815826--74815882	5	11.0	5	75	20	55	3	21	1	73	1.07
74817677--74817716	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
74818402--74818481	33	2.4	34	77	6	83	28	17	23	30	1.97
74819083--74819112	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
74826290--74826490	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
74834360--74834564	28	7.4	27	83	7	223	30	26	15	27	1.96
74834360--74834564	55	3.7	55	80	6	227	30	26	15	27	1.96
74840775--74840861	30	2.9	30	72	1	86	26	16	27	29	1.96
74843118--74843182	16	4.3	15	70	14	53	3	18	1	76	0.99
74844118--74844155	11	3.2	12	92	7	60	13	2	7	76	1.11
74844118--74844155	13	3.1	13	88	7	53	13	2	7	76	1.11
74845878--74845965	30	2.9	30	77	0	113	29	15	26	28	1.96
74846318--74846383	21	3.0	22	82	4	71	30	3	30	36	1.73
74850518--74850571	17	3.2	17	81	0	63	7	12	3	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74852773--74852829	22	2.5	22	78	18	64	17	8	1	71	1.19
74852786--74852825	21	1.9	21	84	0	53	12	12	2	72	1.22
74853129--74853194	21	3.0	22	82	4	71	30	3	30	36	1.73
74858538--74858599	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
74858538--74858600	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
74859892--74859954	31	2.0	31	93	0	108	42	12	19	25	1.86
74860071--74860186	24	4.4	27	81	15	154	36	13	24	25	1.92
74860071--74860186	52	2.2	52	93	0	205	36	13	24	25	1.92
74860210--74860357	51	2.9	51	91	4	246	32	14	25	28	1.94
74867201--74867592	46	8.4	45	73	11	285	26	20	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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