Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  87  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27413066--27413111
23
2.0
23
87
8
67
41
4
0
54
1.20
27416858--27416883
6
4.3
6
100
0
52
0
65
0
34
0.93
27417516--27417550
6
5.8
6
100
0
70
51
0
48
0
1.00
27418747--27418792
20
2.2
21
80
3
58
0
43
15
41
1.46
27420513--27420537
8
3.1
8
100
0
50
64
0
0
36
0.94
27421691--27421718
12
2.3
12
100
0
56
50
7
7
35
1.57
27424290--27424344
25
2.3
23
78
12
58
43
3
16
36
1.65
27424406--27424473
25
2.9
24
82
6
77
58
5
5
29
1.45
27424489--27424618
23
5.5
24
74
9
106
55
3
6
35
1.40
27424370--27424550
77
2.3
81
79
6
192
57
4
6
31
1.44
27424410--27424618
23
8.6
25
69
15
98
56
4
6
32
1.45
27424567--27424618
24
2.2
23
83
10
61
59
0
3
36
1.16
27424891--27424929
16
2.4
16
86
0
51
43
28
5
23
1.75
27426742--27426947
47
4.3
47
81
7
193
25
15
28
30
1.96
27434924--27435146
111
2.0
111
99
0
437
31
13
20
33
1.92
27435775--27435799
3
8.3
3
100
0
50
0
32
0
68
0.90
27438810--27438835
9
2.9
9
100
0
52
65
0
0
34
0.93
27438839--27438881
16
2.6
16
79
17
52
37
0
2
60
1.10
27439890--27439923
17
2.0
17
94
0
59
50
0
0
50
1.00
27445325--27445369
22
2.0
22
100
0
90
13
22
8
55
1.65
27446716--27446802
40
2.2
40
97
0
165
55
2
10
32
1.46
27455395--27455424
14
2.1
14
93
6
51
83
0
0
16
0.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27457255--27457314
25
2.5
24
83
2
75
41
1
0
56
1.09
27458133--27458188
20
2.8
20
76
15
62
55
0
1
42
1.10
27469452--27469481
6
5.0
6
95
0
51
16
3
33
46
1.64
27485010--27485058
25
2.0
25
100
0
98
32
6
16
44
1.72
27491352--27491407
23
2.5
22
81
16
62
39
7
14
39
1.73
27492878--27492921
17
2.3
18
81
18
54
54
0
6
38
1.27
27493415--27493444
12
2.5
12
88
0
51
40
0
10
50
1.36
27497641--27497709
36
1.9
36
81
0
84
26
2
4
66
1.24
27499803--27499841
20
2.0
20
90
10
62
28
17
28
25
1.98
27504164--27504222
9
6.6
9
86
0
82
47
23
5
23
1.71
27504164--27504222
27
2.2
27
93
0
100
47
23
5
23
1.71
27504164--27504231
27
2.5
27
87
0
91
47
22
4
26
1.70
27507145--27507350
103
2.0
103
96
1
378
34
10
22
32
1.88
27512641--27512673
16
2.0
17
94
5
59
72
3
12
12
1.23
27512807--27512859
19
2.7
20
82
11
65
66
0
33
0
0.92
27512960--27513009
26
1.9
26
100
0
100
40
8
8
44
1.63
27512960--27513017
26
2.2
26
93
0
98
39
6
6
46
1.57
27512968--27513025
26
2.2
26
87
0
80
37
6
12
43
1.69
27512989--27513069
39
2.2
37
86
6
110
34
3
13
48
1.60
27512986--27513078
39
2.4
39
78
15
102
33
4
12
49
1.61
27518902--27518983
39
2.0
40
95
4
148
31
9
7
51
1.62
27519505--27520789
152
8.5
152
90
1
1974
28
6
7
57
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27520299--27520335
13
2.8
13
87
0
56
21
2
0
75
0.92
27519505--27520789
305
4.2
303
91
2
2019
28
6
7
57
1.50
27520753--27520788
13
2.8
13
87
4
56
22
0
2
75
0.94
27520827--27520907
16
4.9
16
77
4
72
20
3
2
72
1.11
27520826--27520907
17
4.9
17
75
8
62
20
3
2
73
1.11
27520977--27521013
3
12.3
3
100
0
74
67
0
0
32
0.91
27532287--27532356
23
3.0
23
72
15
72
40
17
17
25
1.90
27535277--27535315
20
2.0
20
90
10
62
30
5
15
48
1.66
27536968--27537340
183
2.0
185
83
2
464
39
14
26
19
1.90
27541532--27541585
16
3.5
15
80
9
65
79
0
1
18
0.82
27541532--27541585
7
7.1
7
77
22
56
79
0
1
18
0.82
27542725--27542932
91
2.3
91
81
1
231
36
16
20
26
1.94
27549792--27549839
3
17.0
3
76
20
50
35
0
2
62
1.07
27551172--27551234
31
2.0
31
87
0
90
25
23
15
34
1.95
27551428--27551524
48
2.0
49
86
9
137
27
22
20
28
1.99
27551428--27551524
25
4.0
24
86
9
135
27
22
20
28
1.99
27551573--27551619
20
2.3
20
96
0
85
34
21
10
34
1.88
27554488--27554537
20
2.6
19
84
9
57
42
0
22
36
1.54
27555151--27555269
47
2.5
48
89
4
179
31
19
24
25
1.98
27555147--27555461
49
6.6
49
72
9
183
27
20
26
25
1.99
27559116--27559332
40
5.5
40
86
3
271
25
21
27
25
1.99
27566656--27566843
40
4.7
40
89
3
281
25
21
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27571075--27571155
40
2.0
40
97
0
153
54
12
4
28
1.58
27575883--27575948
19
3.5
19
87
4
98
68
4
1
25
1.18
27575883--27575963
10
8.4
9
76
16
74
66
4
1
27
1.19
27576093--27576174
21
4.0
21
82
9
64
62
0
6
31
1.20
27576177--27576250
19
3.7
19
78
16
69
63
2
4
29
1.26
27576102--27576225
19
6.4
19
75
12
92
61
0
7
30
1.29
27576620--27576716
8
11.6
8
69
18
56
31
3
1
63
1.16
27576704--27576751
25
2.0
25
87
4
71
29
2
2
66
1.14
27576766--27576826
30
2.0
31
84
15
83
26
4
0
68
1.09
27576775--27576819
21
2.1
21
88
8
65
24
2
0
73
0.95
27576618--27576826
9
23.3
9
68
19
93
31
3
1
63
1.19
27577469--27577529
32
1.9
32
96
0
113
31
21
21
26
1.98
27577773--27577813
20
2.0
20
85
4
55
41
0
0
58
0.98
27588139--27588208
24
2.9
24
85
6
88
37
15
27
20
1.93
27589111--27589140
14
2.2
14
94
5
53
20
13
0
66
1.24
27598622--27598659
14
2.9
13
81
11
51
21
13
7
57
1.60
27599645--27599686
21
2.0
21
81
9
50
45
21
9
23
1.81
27607295--27607336
20
2.0
22
86
9
61
52
19
4
23
1.65
27608767--27608888
43
2.9
42
80
4
147
31
24
17
27
1.97
27612220--27612261
17
2.5
17
80
7
50
14
16
38
30
1.89
27623512--27623547
17
2.1
17
94
0
63
11
8
22
58
1.59
27626644--27626709
25
3.0
21
75
16
78
28
1
15
54
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27627950--27628008
28
2.1
28
93
0
100
57
0
1
40
1.09
27628094--27628131
19
2.0
19
94
0
67
50
15
7
26
1.72
27628935--27629540
43
14.1
43
72
2
383
21
17
21
39
1.92
27628943--27629559
86
7.2
86
80
2
637
22
17
21
39
1.92
27632997--27633034
18
2.1
18
90
0
58
7
39
5
47
1.55
27634143--27634265
59
2.1
60
81
4
142
37
6
15
40
1.73
27639918--27639975
21
2.8
21
79
7
57
22
1
6
68
1.22
27642526--27642652
38
3.4
38
83
1
166
37
16
14
31
1.90
27647498--27647541
19
2.3
20
84
7
56
0
25
0
75
0.81
27658956--27659003
25
2.0
24
88
12
71
58
4
2
35
1.29
27665592--27665652
27
2.3
27
82
5
70
63
3
1
31
1.20
27666796--27666864
31
2.2
31
85
7
95
30
5
11
52
1.61
27673012--27673104
39
2.4
39
92
1
150
36
25
4
33
1.76
27683615--27683691
39
2.0
39
94
0
136
29
28
6
35
1.82
27684092--27684140
24
2.0
24
84
0
62
32
22
6
38
1.79
27684444--27684521
34
2.3
34
80
2
95
46
12
7
33
1.71
27684982--27685147
58
2.8
58
80
7
192
25
17
13
42
1.86
27684982--27685144
59
2.8
58
80
10
179
26
17
13
42
1.87
27685235--27685378
59
2.4
59
80
13
163
27
17
13
42
1.86
27687507--27687653
42
3.4
42
77
9
136
34
27
17
21
1.95
27696221--27696266
24
1.9
24
90
0
74
36
8
10
43
1.71
27701198--27701498
46
6.4
45
86
9
372
34
13
21
29
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27701139--27701487
143
2.4
144
95
0
637
34
14
21
30
1.93
27701462--27701570
37
3.0
37
90
2
177
35
16
22
24
1.95
27708037--27708078
19
2.1
21
86
8
61
78
2
0
19
0.86
27715632--27715663
7
4.6
7
100
0
64
31
28
0
40
1.57
27716383--27716478
48
2.0
48
95
0
174
26
13
17
42
1.86
27716975--27717369
198
2.0
198
99
0
781
31
12
16
40
1.85
27720906--27720936
6
5.0
6
96
4
53
64
3
0
32
1.09
27721824--27721917
41
2.3
41
85
7
120
20
20
24
35
1.96
27726058--27726230
44
4.0
43
80
8
165
25
15
26
32
1.95
27726074--27726221
43
3.5
42
81
4
145
26
15
25
32
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352