genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35613636--35613958	146	2.3	140	80	7	350	26	18	30	24	1.98
35616340--35616405	29	2.3	27	80	17	71	40	6	6	46	1.53
35625241--35625294	21	2.5	21	82	8	65	22	31	3	42	1.71
35625231--35625289	18	3.1	18	78	9	55	22	28	5	44	1.74
35632196--35632458	40	6.6	40	92	1	370	23	22	26	28	1.99
35632198--35632263	22	3.2	22	60	24	52	22	21	27	28	1.99
35645749--35645851	43	2.4	43	86	3	145	33	23	15	27	1.95
35652622--35652681	28	2.1	28	87	0	84	26	21	21	30	1.99
35653705--35653734	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
35654905--35654985	40	2.0	40	97	0	153	37	16	4	41	1.69
35658682--35658763	29	2.8	29	83	10	89	24	20	10	43	1.84
35658916--35658996	29	2.8	30	83	9	96	24	20	9	44	1.82
35658953--35659032	28	2.8	28	79	3	79	27	21	6	45	1.76
35663603--35663708	48	2.2	48	80	9	128	31	20	14	33	1.92
35665722--35665815	12	8.2	11	70	20	52	60	3	4	31	1.32
35665723--35665840	26	4.1	28	71	26	81	60	3	4	32	1.33
35666733--35666786	22	2.4	23	81	3	65	16	20	5	57	1.59
35667499--35668045	205	2.7	205	88	2	765	29	20	17	31	1.96
35676158--35676207	15	3.5	15	82	15	61	42	12	24	22	1.87
35682485--35682527	22	2.0	21	81	4	50	55	9	2	32	1.44
35683290--35683368	38	2.1	38	97	0	149	56	16	8	17	1.64
35685292--35685357	29	2.3	27	80	17	71	39	3	7	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35688669--35688702	14	2.4	14	90	0	50	61	5	20	11	1.50
35691714--35691742	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
35692525--35692583	29	2.0	29	100	0	118	40	0	16	42	1.49
35692898--35693145	43	6.0	43	73	14	209	25	17	25	31	1.97
35692888--35693044	77	2.0	77	92	0	260	26	17	24	32	1.96
35692988--35693146	84	1.9	84	86	0	228	25	17	26	30	1.97
35695144--35695176	10	3.3	10	100	0	66	48	9	12	30	1.71
35695295--35695360	29	2.3	27	80	17	71	40	7	6	45	1.57
35697251--35697304	24	2.2	25	77	6	67	16	16	27	38	1.90
35697802--35697871	34	2.1	34	94	0	122	20	18	8	52	1.71
35701063--35701116	21	2.5	21	84	3	72	20	33	7	38	1.80
35701056--35701124	18	3.6	19	77	11	61	24	31	7	36	1.83
35711890--35711939	22	2.3	22	96	0	91	24	22	22	32	1.98
35721794--35721966	46	3.7	46	79	13	219	30	27	20	21	1.98
35721799--35721969	93	1.8	93	97	0	324	29	28	20	21	1.98
35727742--35727792	21	2.5	21	87	9	70	13	3	5	76	1.11
35727829--35727941	21	5.1	22	79	13	108	42	0	2	54	1.14
35727855--35727941	21	4.0	21	85	11	113	42	0	0	57	0.98
35728007--35728032	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
35730310--35730483	46	3.8	46	78	14	205	20	20	28	30	1.98
35730306--35730476	93	1.8	93	93	2	299	20	19	30	29	1.97
35746028--35746077	26	1.9	26	84	15	68	32	10	16	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35751323--35751348	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
35761772--35761819	25	1.9	25	82	0	60	43	4	2	50	1.33
35762996--35763034	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
35763047--35763095	21	2.7	18	80	20	57	51	2	0	46	1.12
35763780--35763823	7	6.3	7	100	0	88	45	27	0	27	1.54
35766394--35766474	40	2.0	40	95	0	144	35	23	8	32	1.85
35770556--35770683	47	2.7	47	86	0	166	32	26	15	25	1.96
35773384--35773508	6	20.3	6	68	22	73	48	15	17	18	1.81
35773413--35773478	19	3.6	18	74	13	62	48	16	16	18	1.82
35773398--35773508	31	3.6	30	72	13	91	48	15	18	18	1.81
35773407--35773478	37	1.9	37	85	0	99	48	16	16	18	1.81
35773444--35773508	25	2.6	26	80	7	80	47	15	16	20	1.82
35773626--35773726	27	3.8	26	84	6	103	37	17	22	21	1.94
35773660--35773734	27	2.8	26	84	6	87	36	16	25	22	1.94
35774388--35774494	27	4.0	27	88	0	151	23	19	19	37	1.94
35774542--35774709	27	6.2	27	84	5	164	27	8	22	41	1.83
35774542--35774693	81	1.9	81	80	5	182	27	8	21	42	1.82
35774708--35774761	27	2.0	26	89	3	81	37	9	14	38	1.79
35782478--35782537	23	2.7	23	89	2	77	11	11	0	76	1.02
35782499--35782555	23	2.6	23	83	5	64	8	17	0	73	1.07
35790167--35790325	42	3.8	42	80	6	153	31	24	13	30	1.93
35792950--35793051	36	2.8	37	89	3	161	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35793192--35793327	47	2.9	48	94	2	247	31	27	5	35	1.81
35796070--35796101	11	2.9	11	95	0	55	9	25	25	40	1.85
35798470--35798503	14	2.4	14	90	0	50	50	38	5	5	1.51
35803139--35803307	48	3.6	48	80	3	198	24	27	19	28	1.99
35803643--35803699	30	1.9	30	88	0	87	33	26	8	31	1.87
35814108--35814154	23	2.0	24	83	4	60	29	17	0	53	1.44
35814857--35815015	46	3.4	46	73	8	160	30	26	19	23	1.98
35816926--35816983	20	2.9	20	70	7	55	70	5	3	20	1.21
35817184--35817228	22	2.0	22	86	8	63	71	2	6	20	1.20
35818825--35818950	52	2.4	52	89	0	180	26	19	19	34	1.95
35818967--35819339	44	8.4	44	74	5	284	32	20	14	32	1.93
35818949--35819343	89	4.5	88	75	5	321	31	20	14	33	1.92
35818948--35819339	133	2.9	133	84	2	509	31	20	14	33	1.93
35822600--35822646	24	2.0	24	87	8	69	59	2	4	34	1.29
35822980--35823046	28	2.3	30	78	17	79	55	1	5	37	1.34
35823144--35823185	16	2.5	17	88	7	59	64	0	2	33	1.07
35823058--35823208	56	2.6	61	75	22	153	59	0	5	34	1.25
35823143--35823206	13	4.6	14	75	17	53	64	0	3	32	1.10
35823326--35823367	20	2.2	19	83	12	50	61	0	7	30	1.22
35836354--35836399	22	2.0	23	87	8	67	69	2	6	21	1.22
35840460--35841226	44	16.8	45	73	9	219	29	19	16	34	1.94
35840510--35840717	52	4.0	52	86	1	274	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35840514--35840717	104	2.0	104	89	1	311	26	20	18	35	1.95
35840729--35841196	89	5.3	87	75	7	368	32	19	15	32	1.93
35840804--35841239	133	3.3	133	84	3	94	31	20	15	32	1.94
35840753--35841239	266	1.8	266	85	0	688	31	19	15	33	1.93
35843400--35843504	40	2.6	41	80	6	106	20	23	29	25	1.99
35851443--35851592	41	3.7	41	78	4	169	22	23	26	28	1.99
35855137--35855259	42	2.9	42	85	0	156	31	26	15	26	1.96
35855221--35855337	48	2.4	48	81	2	128	32	27	14	25	1.95
35868154--35868309	6	25.3	6	72	19	108	50	13	17	19	1.78
35868171--35868309	25	5.6	25	77	13	119	49	12	17	19	1.79
35868163--35868287	37	3.4	37	85	4	162	49	13	18	18	1.79
35868177--35868281	19	5.6	19	78	13	119	48	13	20	18	1.80
35868428--35868487	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
35868455--35868586	69	1.9	69	86	3	187	31	20	28	19	1.97
35868455--35868594	67	2.1	69	84	2	185	31	21	27	19	1.97
35868811--35868899	27	3.3	27	88	0	124	39	5	23	31	1.78
35868903--35869092	27	7.0	27	82	4	179	29	9	21	39	1.85
35868912--35869070	81	2.0	81	83	5	205	29	9	22	38	1.85
35871047--35871202	6	25.3	6	74	17	124	48	14	17	18	1.81
35871056--35871139	25	3.4	25	83	4	109	50	13	17	19	1.78
35871061--35871202	62	2.3	62	92	0	248	48	14	18	18	1.81
35871061--35871202	37	3.8	37	79	10	91	48	14	18	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35871135--35871203	25	2.8	25	86	0	102	47	15	20	15	1.82
35871070--35871202	31	4.5	31	72	21	122	48	14	18	18	1.82
35871104--35871174	19	3.8	19	83	10	101	46	16	21	15	1.84
35872621--35872803	40	4.6	40	92	1	278	22	27	25	24	2.00
35874995--35875100	27	3.9	27	86	0	140	39	6	21	32	1.79
35874995--35875134	54	2.6	53	80	8	140	37	7	22	32	1.82
35875104--35875281	27	6.6	27	82	5	155	29	7	21	41	1.81
35875087--35875281	81	2.4	81	79	3	214	30	7	20	41	1.80
35875157--35875281	27	4.6	27	90	0	178	29	6	21	42	1.78
35875240--35875297	27	2.2	27	87	3	82	31	5	20	43	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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