genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9634175--9634307	40	3.4	38	71	15	92	27	27	21	22	1.99
9635207--9635251	20	2.2	21	92	4	74	48	4	0	46	1.22
9635738--9635825	34	2.8	33	74	17	80	53	2	0	44	1.13
9644431--9644479	21	2.3	22	80	20	59	20	6	4	69	1.27
9644444--9644485	20	2.0	21	86	4	59	26	4	4	64	1.33
9649547--9649675	66	2.0	66	83	7	165	30	10	23	36	1.88
9649546--9649675	33	4.0	32	85	6	147	30	10	23	36	1.87
9651797--9651846	23	2.1	23	85	3	64	62	4	10	24	1.44
9657356--9657387	17	1.9	17	93	6	57	34	3	0	62	1.11
9661922--9661963	19	2.2	19	100	0	84	19	38	16	26	1.92
9665677--9665721	2	22.5	2	90	0	72	51	2	44	2	1.26
9676710--9676739	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9676859--9676939	27	3.2	26	68	20	71	56	4	7	30	1.48
9676859--9676961	50	2.0	51	92	1	172	54	6	5	33	1.51
9684137--9684176	17	2.2	17	91	8	62	75	0	25	0	0.81
9685017--9685106	7	12.0	7	70	21	58	45	1	1	52	1.15
9686282--9686338	22	2.6	22	77	8	71	15	24	17	42	1.88
9687692--9687718	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
9690392--9690520	65	2.0	65	83	11	167	41	20	0	37	1.58
9693121--9693164	22	2.0	22	82	8	54	59	0	0	40	0.98
9693994--9694047	24	2.2	25	83	3	65	57	0	1	40	1.09
9705823--9705858	16	2.2	16	100	0	72	63	5	13	16	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9706528--9706594	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
9711374--9711477	36	2.9	36	82	2	111	34	15	14	35	1.88
9711387--9711477	18	5.1	18	77	5	103	34	13	15	37	1.86
9724980--9725029	25	2.0	25	92	0	82	36	20	4	40	1.71
9726844--9726904	10	6.0	10	74	11	52	39	0	1	59	1.08
9731166--9731262	33	2.8	35	74	20	98	44	2	1	52	1.19
9731827--9731901	33	2.2	36	79	11	86	44	2	2	50	1.30
9733912--9733991	41	2.0	41	80	9	92	45	1	2	51	1.22
9734452--9734497	24	1.9	24	86	8	67	34	0	4	60	1.16
9737817--9737853	18	1.9	19	89	10	58	24	8	0	67	1.17
9745360--9745658	50	5.8	50	88	3	384	19	30	24	25	1.98
9745752--9745783	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
9745995--9746052	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
9748071--9748099	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
9752102--9752126	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
9752615--9752722	42	2.5	42	79	5	101	23	18	25	32	1.97
9761493--9761517	10	2.5	10	100	0	50	68	12	0	20	1.21
9767515--9767554	16	2.4	17	83	8	55	0	30	10	60	1.30
9769828--9769868	16	2.7	16	92	7	68	29	0	0	70	0.87
9769825--9769863	19	2.1	18	90	4	60	33	0	0	66	0.92
9769834--9769871	9	4.2	9	80	12	51	23	0	0	76	0.79
9771573--9771602	8	3.8	8	90	0	51	43	0	33	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9787011--9787117	45	2.4	45	82	6	128	23	16	17	42	1.89
9793616--9793659	12	3.6	12	87	3	61	75	0	25	0	0.81
9793616--9793659	6	7.2	6	81	2	52	75	0	25	0	0.81
9793620--9793654	18	1.9	18	94	0	61	71	0	28	0	0.86
9794214--9794317	45	2.3	45	89	0	163	22	19	17	41	1.90
9794301--9794335	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
9795067--9795093	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
9815042--9815067	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
9828493--9828535	21	2.0	21	100	0	86	9	13	9	67	1.42
9833367--9833427	29	2.4	23	70	27	59	54	3	14	27	1.56
9833374--9833431	29	2.0	29	100	0	116	48	3	13	34	1.60
9833591--9833653	30	2.1	30	96	0	117	50	7	4	36	1.53
9838904--9839005	43	2.4	43	76	3	98	32	17	20	29	1.96
9845024--9845070	24	2.0	24	82	0	58	44	6	27	21	1.76
9845166--9845275	42	2.6	41	84	2	103	20	21	16	40	1.91
9845200--9845293	42	2.2	42	82	0	107	19	24	17	39	1.92
9851961--9852024	26	2.5	26	80	12	69	10	6	3	79	1.02
9859321--9859387	34	2.0	34	100	0	134	35	11	17	34	1.87
9860940--9860978	19	2.0	20	90	10	62	46	7	0	46	1.31
9865103--9865154	19	2.6	19	82	14	52	50	0	3	46	1.20
9865124--9865161	19	2.0	19	89	0	58	55	2	2	39	1.28
9865408--9865433	11	2.4	11	100	0	52	15	15	0	69	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9865378--9865448	37	1.9	36	86	8	99	23	8	0	67	1.18
9865465--9865502	17	2.2	17	86	9	51	26	0	2	71	1.00
9865508--9865723	88	2.4	87	82	7	238	36	7	15	40	1.76
9869314--9869341	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9870186--9870229	21	2.1	21	91	0	70	31	18	6	43	1.76
9874290--9874442	60	2.6	60	76	9	154	46	15	9	28	1.77
9877932--9877979	12	3.7	13	81	13	55	62	6	0	31	1.20
9878419--9878450	13	2.5	13	94	0	55	21	0	0	78	0.76
9878757--9878843	38	2.3	38	95	0	156	20	11	49	18	1.78
9878890--9878914	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
9879386--9879536	43	3.5	41	71	13	117	23	19	19	37	1.94
9890248--9890298	3	16.0	3	84	11	50	62	5	0	31	1.19
9890373--9890403	12	2.7	12	95	5	55	64	0	0	35	0.94
9893323--9893376	23	2.3	23	81	9	65	40	5	12	40	1.67
9893522--9893567	20	2.3	21	85	14	62	56	4	0	39	1.19
9899980--9900464	209	2.3	210	93	4	821	35	16	11	36	1.85
9906171--9906268	7	13.4	7	70	12	54	47	24	1	26	1.58
9906093--9906228	72	1.9	70	80	8	159	43	27	2	27	1.67
9906176--9906260	21	3.9	21	75	17	91	45	25	1	27	1.61
9906154--9906253	46	2.2	46	94	0	173	46	25	2	27	1.64
9906426--9906510	41	2.1	40	91	2	134	17	22	22	37	1.94
9914873--9914899	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9915051--9915082	6	5.3	6	100	0	64	0	62	0	37	0.95
9916899--9916965	27	2.5	27	87	0	89	29	22	26	20	1.99
9923570--9923686	59	2.0	60	89	1	182	52	12	0	35	1.40
9923850--9923906	21	2.7	22	81	8	73	0	24	0	75	0.80
9923847--9923897	20	2.5	20	84	12	68	0	21	0	78	0.75
9923853--9923906	18	3.0	17	84	10	63	0	25	0	74	0.83
9924430--9924491	30	2.1	30	90	0	97	59	9	1	29	1.38
9929750--9929787	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
9940248--9940291	19	2.2	20	92	4	72	50	9	11	29	1.69
9941352--9941406	13	4.2	13	80	0	65	34	7	23	34	1.83
9941647--9941679	12	2.8	12	100	0	66	15	6	36	42	1.71
9942124--9942240	15	8.1	14	70	17	69	28	7	0	64	1.21
9942109--9942219	29	3.8	29	73	9	100	28	7	0	63	1.27
9942124--9942240	58	2.0	58	80	9	132	28	7	0	64	1.21
9942155--9942276	52	2.4	54	74	18	125	28	7	0	63	1.21
9943556--9943596	21	1.9	21	85	5	55	34	0	0	65	0.93
9944600--9944624	3	8.3	3	100	0	50	36	0	64	0	0.94
9956755--9956793	19	2.1	19	85	0	51	71	0	23	5	1.05
9961303--9961343	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9965637--9965712	31	2.5	31	84	4	91	50	5	13	31	1.63
9968369--9968504	46	3.0	46	89	2	184	22	22	14	41	1.90
9990713--9990753	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9991398--9991474	39	2.0	39	94	0	136	25	23	27	23	2.00
9991399--9991490	39	2.4	39	88	1	132	27	22	27	22	1.99
9993116--9993142	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
9994674--9994711	13	2.9	13	80	11	51	44	5	0	50	1.24
9999668--9999720	20	2.7	19	80	8	54	73	3	1	20	1.08
10000505--10000545	21	1.9	23	85	14	61	34	0	2	63	1.08
10018787--10018862	21	3.6	21	78	0	71	22	21	10	46	1.81
10018826--10018893	21	3.3	21	77	4	59	16	17	17	48	1.81
10018838--10018893	21	2.8	21	75	5	62	17	17	17	46	1.85
10021465--10021490	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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