genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.347.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110998103--110998127	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
111011783--111011842	30	2.0	30	96	0	111	41	13	25	20	1.88
111019340--111019393	27	2.0	27	82	7	65	16	22	44	16	1.86
111019557--111019662	17	5.8	17	76	22	83	19	5	0	73	1.09
111019598--111019660	17	3.8	16	89	8	99	17	6	1	74	1.10
111019597--111019670	34	2.2	34	83	13	100	18	5	1	74	1.08
111019563--111019658	11	8.5	11	70	13	54	18	6	1	73	1.09
111019967--111019998	11	2.9	11	95	0	55	59	0	0	40	0.97
111019967--111019998	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
111020147--111020187	8	5.4	8	85	8	59	0	31	0	68	0.90
111020146--111020196	16	3.4	15	86	13	70	1	31	0	66	1.03
111020368--111020425	14	3.6	16	75	17	57	13	20	8	56	1.63
111025324--111025479	39	4.0	40	90	1	237	30	19	3	46	1.66
111026588--111026612	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
111026595--111027164	44	13.0	44	77	9	549	25	24	18	30	1.98
111026594--111027164	133	4.3	133	94	1	956	25	24	18	30	1.98
111027262--111028019	205	3.7	205	92	1	1191	29	22	17	30	1.97
111033288--111033325	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
111035228--111035500	46	5.9	46	93	0	422	38	13	24	23	1.91
111039518--111039548	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
111039592--111039641	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
111041116--111041144	13	2.2	13	100	0	58	6	37	0	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111041188--111041237	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
111045627--111045767	40	3.5	40	88	6	200	31	14	3	51	1.59
111047608--111047653	22	2.0	23	87	4	67	30	4	32	32	1.77
111048179--111048320	40	3.6	40	91	0	207	50	3	14	30	1.60
111052135--111052183	19	2.4	21	80	13	57	40	4	0	55	1.19
111053990--111054026	17	2.1	18	95	5	67	48	5	10	35	1.61
111055556--111055623	30	2.1	32	84	10	86	50	8	0	41	1.34
111069981--111070021	10	4.0	10	90	3	64	65	0	12	21	1.25
111070804--111070833	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
111084184--111084238	26	2.1	26	96	0	101	34	21	0	43	1.53
111085472--111085508	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
111098176--111098224	19	2.4	21	80	13	57	40	4	0	55	1.19
111100065--111100114	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
111102428--111102477	20	2.5	20	90	6	75	34	0	4	62	1.14
111119053--111119093	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
111122429--111122464	9	3.9	9	89	7	54	19	0	5	75	1.00
111122429--111122464	19	1.9	19	88	5	56	19	0	5	75	1.00
111124349--111124391	21	2.0	21	82	8	52	53	2	2	41	1.26
111126117--111126158	22	1.9	22	85	9	59	33	16	30	19	1.94
111130105--111130173	28	2.3	30	87	7	97	14	5	36	43	1.70
111130485--111130531	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
111134307--111134341	18	1.9	18	88	0	52	62	0	22	14	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111135634--111135682	25	2.0	25	84	8	64	38	2	0	59	1.09
111141615--111141666	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
111143585--111143636	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
111145460--111145484	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
111149028--111149077	25	1.9	25	84	8	64	62	16	12	10	1.55
111157554--111157607	27	2.0	27	100	0	108	37	11	14	37	1.82
111185387--111185420	13	2.8	12	91	8	59	0	8	0	91	0.43
111185390--111185419	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
111192459--111193093	301	2.1	298	91	1	1002	43	20	9	26	1.83
111194186--111194252	31	2.1	32	86	2	91	35	11	11	40	1.79
111195715--111195756	18	2.2	19	83	8	50	57	16	9	16	1.65
111201767--111201831	33	2.0	32	88	8	96	33	7	20	38	1.81
111202266--111202298	17	1.9	17	100	0	66	57	0	18	24	1.40
111211876--111211944	35	2.0	33	86	5	93	47	2	5	43	1.42
111216835--111216867	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
111225139--111225196	31	1.9	30	82	10	73	63	10	1	24	1.35
111241202--111241255	20	2.7	21	78	18	62	40	14	1	42	1.57
111241212--111241262	19	2.8	18	85	8	68	41	11	1	45	1.52
111244962--111245004	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
111248074--111248156	40	2.1	40	88	0	121	40	4	13	40	1.65
111251671--111251705	15	2.4	14	90	4	52	40	5	2	51	1.40
111254864--111254925	28	2.2	28	82	8	72	33	1	1	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111259527--111259565	20	2.0	20	94	0	69	43	23	5	28	1.75
111259610--111259660	22	2.3	23	82	3	59	47	3	11	37	1.59
111266011--111266335	102	3.2	99	80	12	352	54	16	0	28	1.46
111266995--111267019	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
111269119--111269148	15	1.9	16	93	6	53	56	13	13	16	1.67
111285219--111285249	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
111285935--111285984	22	2.3	21	83	13	57	38	6	2	54	1.37
111291344--111291769	230	1.9	230	89	1	665	35	20	15	27	1.94
111291865--111292221	187	1.9	187	93	0	615	44	13	15	26	1.84
111292863--111292894	3	10.7	3	100	0	64	34	65	0	0	0.93
111293163--111293203	11	3.8	11	75	18	50	58	29	0	12	1.34
111297045--111297117	36	2.0	36	100	0	146	45	13	5	35	1.67
111304955--111305005	13	3.9	13	84	0	75	33	7	23	35	1.84
111305143--111305199	26	2.2	26	81	15	64	52	0	1	45	1.11
111307495--111307521	10	2.7	10	100	0	54	0	11	0	88	0.50
111308366--111308392	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
111320741--111321120	177	2.2	170	85	6	514	32	20	20	26	1.97
111324119--111324176	19	3.1	19	92	0	80	37	18	32	10	1.85
111327768--111327838	29	2.4	29	82	13	83	36	4	2	56	1.34
111340745--111340769	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
111341402--111341438	15	2.2	17	86	13	51	62	2	8	27	1.37
111341609--111341656	25	1.9	25	83	8	62	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111342445--111342473	4	7.2	4	100	0	58	24	0	27	48	1.51
111351921--111351963	17	2.4	18	80	11	52	18	0	11	69	1.17
111352849--111352926	19	3.7	19	72	21	75	38	14	21	25	1.91
111352849--111352942	19	6.0	16	71	25	60	37	15	20	26	1.93
111352847--111352945	45	2.2	45	100	0	198	37	16	20	26	1.93
111354722--111354887	52	3.1	52	83	6	190	30	27	14	27	1.95
111361660--111361724	30	2.2	29	81	10	69	43	9	4	43	1.57
111361667--111361726	30	1.9	32	86	6	88	41	8	6	43	1.61
111363307--111363550	131	1.9	131	90	0	389	32	21	20	25	1.98
111365657--111365708	21	2.4	21	78	9	61	25	34	21	19	1.96
111370506--111370591	43	2.0	43	97	0	163	51	10	11	26	1.71
111373443--111373505	31	2.0	31	90	0	99	50	9	23	15	1.73
111389888--111389945	26	2.2	27	90	9	93	15	5	12	67	1.39
111405928--111406116	90	2.1	89	77	5	191	32	23	15	28	1.95
111408651--111408714	27	2.4	27	89	2	94	60	3	1	34	1.22
111408654--111408703	15	3.5	15	76	15	52	58	4	2	36	1.29
111411205--111411251	22	2.1	22	84	7	60	53	0	2	44	1.12
111412246--111412290	22	2.0	22	83	8	56	62	4	13	20	1.48
111413006--111413030	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
111416163--111416202	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
111416622--111416676	21	2.7	21	83	11	69	58	5	1	34	1.32
111421177--111421218	21	1.9	23	85	9	61	57	9	2	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111444288--111444342	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
111444480--111444574	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
111444555--111444606	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
111445338--111445363	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
111452626--111452731	35	3.2	35	65	22	91	47	1	2	48	1.27
111453170--111453216	19	2.5	18	83	10	58	44	0	2	53	1.12
111456846--111456910	21	3.2	21	70	12	73	13	26	21	38	1.91
111456828--111456913	39	2.2	39	97	0	163	15	25	23	36	1.94
111458540--111458774	78	3.0	78	97	0	434	28	13	8	48	1.73
111459584--111459617	11	2.8	12	86	13	52	55	0	26	17	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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