genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76714504--76715048	80	6.8	82	84	5	668	28	22	8	40	1.83
76715057--76715250	27	7.3	27	84	2	230	36	19	19	25	1.95
76715057--76715250	53	3.6	54	83	2	248	36	19	19	25	1.95
76715065--76715232	80	2.1	80	85	4	223	36	20	19	24	1.95
76715449--76715531	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
76715618--76715676	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
76715841--76715909	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
76716032--76716091	6	9.8	6	76	16	61	18	18	15	48	1.81
76716032--76716091	25	2.5	24	91	2	93	18	18	15	48	1.81
76718103--76718540	27	16.2	27	84	5	490	27	21	9	40	1.84
76718103--76718540	81	5.4	81	85	5	571	27	21	9	40	1.84
76718545--76718740	27	7.3	27	86	0	221	37	19	17	26	1.93
76718545--76718741	54	3.6	54	86	0	250	37	19	17	25	1.93
76718939--76719021	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
76719330--76719396	27	2.5	27	85	4	82	19	25	19	35	1.95
76719520--76719573	6	8.8	6	80	11	65	18	18	14	48	1.82
76737373--76737421	23	2.1	23	100	0	98	40	8	8	42	1.64
76738017--76738059	18	2.4	18	100	0	86	67	11	0	20	1.22
76742557--76742682	40	3.2	39	87	3	180	27	25	22	24	2.00
76743239--76743272	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
76749771--76749893	40	3.1	40	89	1	185	28	26	21	24	1.99
76750453--76750486	13	2.5	13	90	9	50	47	14	2	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76750792--76750849	30	1.9	30	92	0	98	37	29	10	22	1.87
76751390--76751509	43	2.8	41	77	7	114	30	26	14	28	1.95
76766427--76766478	27	1.9	27	84	7	70	15	11	3	69	1.32
76767284--76767334	14	3.6	13	80	19	50	19	3	0	76	0.94
76768017--76768091	29	2.6	29	81	8	73	37	6	2	53	1.41
76768154--76768206	25	2.0	25	85	7	70	30	9	1	58	1.40
76768167--76768265	24	4.1	24	72	16	80	30	8	4	57	1.46
76768136--76768265	24	5.2	25	68	19	69	30	6	3	58	1.42
76768500--76768552	26	2.0	26	82	7	63	22	11	3	62	1.45
76780407--76780581	96	1.8	95	87	3	262	28	16	25	30	1.96
76780556--76780710	45	3.3	45	69	19	120	27	14	27	30	1.95
76780565--76780775	97	2.2	97	93	1	361	28	14	27	29	1.95
76780790--76780937	41	3.5	40	69	12	125	34	18	17	29	1.94
76780786--76780983	86	2.3	86	93	0	342	33	18	20	28	1.96
76780831--76780982	45	3.5	45	69	12	129	32	18	20	28	1.96
76783042--76783328	137	2.1	137	96	0	529	32	24	18	24	1.97
76783576--76783628	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
76785110--76785219	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
76790281--76790566	137	2.1	136	96	0	518	32	24	18	24	1.97
76790814--76790866	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
76792345--76792454	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
76793851--76793915	29	2.3	29	83	2	78	33	6	1	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76793977--76794029	25	2.0	27	85	7	74	28	9	1	60	1.38
76794047--76794093	24	2.0	22	88	8	67	31	2	4	61	1.27
76794323--76794375	26	2.0	26	82	7	63	22	9	3	64	1.40
76801232--76801262	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
76802498--76802540	16	2.7	16	96	0	77	53	20	18	6	1.67
76802764--76802825	29	2.1	29	87	0	88	30	12	24	32	1.93
76807200--76807306	29	3.7	29	75	7	85	27	14	31	27	1.94
76815369--76815427	30	2.0	30	82	0	73	13	25	0	61	1.33
76815506--76815559	18	3.1	17	78	21	58	3	14	1	79	0.95
76815522--76815558	12	2.9	13	81	18	51	0	16	2	81	0.81
76820793--76820819	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
76821538--76821761	46	4.8	46	77	11	233	28	25	21	24	1.99
76823219--76823296	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
76823688--76823762	23	3.1	25	62	30	63	28	29	10	32	1.90
76823197--76823762	47	12.1	47	88	2	825	25	28	11	33	1.91
76827596--76827912	40	7.9	40	92	2	505	25	28	21	23	1.99
76829371--76829872	94	5.3	94	96	0	898	25	29	10	33	1.90
76829815--76829889	23	3.1	25	62	30	63	28	29	10	32	1.90
76829417--76829889	47	10.1	47	85	3	648	26	29	10	33	1.90
76832824--76832941	46	2.6	46	90	0	191	30	27	18	23	1.98
76838361--76838582	46	4.8	46	75	11	202	29	25	21	23	1.99
76850403--76850450	23	2.1	23	92	0	78	58	12	12	16	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76855617--76855677	32	1.9	32	90	6	97	27	6	18	47	1.73
76857085--76857126	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
76874075--76874246	59	2.9	58	94	1	299	19	15	34	30	1.93
76874429--76874475	24	2.0	24	83	8	60	21	4	27	46	1.69
76884213--76884370	29	5.5	29	91	2	230	33	25	12	28	1.92
76894400--76894447	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
76898184--76898272	44	2.0	44	95	0	160	29	19	26	24	1.98
76900308--76900406	41	2.4	41	86	1	128	18	30	17	34	1.94
76902533--76902628	45	2.1	45	84	0	120	37	12	20	29	1.90
76902953--76903003	23	2.1	25	82	7	61	52	5	5	35	1.50
76906721--76906871	43	3.5	44	75	9	134	29	18	23	28	1.98
76906766--76906858	42	2.2	43	81	9	111	33	19	20	26	1.96
76913281--76913334	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
76923964--76924141	48	3.7	47	77	1	160	35	24	19	20	1.96
76924088--76924198	58	1.9	58	88	0	168	32	29	19	18	1.96
76924146--76924239	48	2.0	48	86	0	134	36	30	15	17	1.91
76925261--76925291	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
76925869--76926024	43	3.7	42	84	5	199	26	16	25	31	1.97
76926617--76926707	39	2.3	39	96	0	164	41	20	15	21	1.89
76927088--76927217	38	3.4	38	93	1	206	30	25	22	21	1.99
76929554--76929584	16	1.9	16	93	0	53	41	6	16	35	1.74
76929570--76929613	19	2.3	18	84	7	52	47	2	15	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76931558--76931596	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
76932758--76932846	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
76932758--76932846	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
76932770--76932825	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
76933197--76933464	45	5.9	45	79	6	283	25	28	15	30	1.96
76933205--76933464	89	2.9	90	84	4	301	26	28	15	29	1.96
76933548--76934268	207	3.5	207	93	0	1185	28	23	17	30	1.97
76934394--76934760	87	4.3	86	82	8	434	23	21	23	31	1.98
76935691--76935780	1	90.0	1	70	0	63	3	11	0	85	0.71
76935691--76935777	8	10.6	8	78	14	81	3	11	0	85	0.72
76935691--76935778	9	9.6	9	78	10	81	3	11	0	85	0.72
76935691--76935780	23	3.9	22	78	12	92	3	11	0	85	0.71
76935729--76935778	21	2.4	21	90	6	75	2	12	0	86	0.67
76941515--76941621	18	5.8	19	88	8	168	37	14	11	36	1.83
76941515--76941621	35	2.9	36	91	6	171	37	14	11	36	1.83
76949950--76950002	16	3.4	15	84	7	61	20	0	3	75	0.96
76958371--76958458	27	3.3	27	93	0	140	28	25	6	39	1.81
76958452--76958616	27	6.2	26	79	7	161	41	21	7	28	1.81
76958326--76958616	54	5.4	54	72	7	164	38	21	7	32	1.81
76958725--76958776	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
76959607--76959676	25	2.8	25	91	4	106	25	25	22	25	2.00
76959824--76959915	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76962454--76962485	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
76978043--76978200	76	2.1	76	100	0	316	40	13	15	29	1.87
76980321--76980815	255	1.9	255	97	0	945	36	18	15	29	1.92
76991631--76991719	31	2.9	30	80	11	108	38	2	4	55	1.33
76995376--76995507	27	4.9	27	85	9	155	34	21	25	18	1.96
76995402--76995510	54	2.0	53	92	5	184	33	22	25	17	1.96
76996731--76996763	16	2.1	16	94	0	57	39	12	9	39	1.74
76998368--76998447	18	4.6	18	90	4	112	30	8	25	36	1.86
76998381--76998452	9	8.0	9	73	0	54	30	8	26	34	1.86
77001725--77001758	16	2.1	16	88	0	50	52	0	23	23	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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