genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56545785--56545832	21	2.3	21	100	0	96	29	22	37	10	1.88
56547109--56547364	55	4.8	54	80	7	231	36	16	25	21	1.94
56547117--56547317	108	1.8	110	87	4	300	34	17	24	22	1.96
56548283--56548441	27	5.9	27	80	11	175	33	20	25	20	1.97
56548298--56548444	54	2.7	54	91	2	242	34	21	25	19	1.96
56550037--56550144	26	4.2	26	91	2	173	35	23	9	32	1.86
56550037--56550144	52	2.1	52	94	3	191	35	23	9	32	1.86
56553366--56553547	51	3.6	50	80	4	195	29	28	12	29	1.93
56553373--56553538	52	3.3	52	85	9	195	30	28	11	28	1.92
56553516--56553589	34	2.2	34	97	0	139	29	24	16	29	1.96
56560863--56560901	15	2.4	17	83	8	55	66	10	5	17	1.39
56563619--56563690	21	3.4	21	68	0	63	44	18	20	16	1.87
56563603--56563693	42	2.2	42	87	0	128	41	19	23	15	1.89
56563603--56563705	42	2.5	42	82	3	109	42	17	23	16	1.88
56566392--56566445	22	2.5	22	84	0	72	53	7	1	37	1.40
56569706--56569787	38	2.2	38	86	0	110	19	24	34	21	1.97
56593423--56593477	27	2.0	28	82	10	69	56	1	3	38	1.28
56600311--56600417	40	2.6	41	81	8	121	34	7	10	47	1.66
56600316--56600405	20	4.5	20	73	14	78	33	7	12	46	1.70
56603172--56603385	46	4.6	47	88	2	283	19	24	15	41	1.90
56603363--56603394	16	2.0	16	100	0	64	25	31	12	31	1.92
56606519--56606799	44	6.4	43	73	12	221	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56606519--56606768	89	2.8	88	84	4	306	28	22	20	29	1.98
56606530--56606723	86	2.2	87	88	2	291	29	22	20	27	1.98
56606608--56606854	132	1.9	134	85	4	347	27	22	19	30	1.98
56606619--56606897	135	2.1	134	79	8	311	28	22	18	29	1.98
56619509--56619714	27	7.6	27	86	2	263	31	7	20	39	1.81
56619509--56619714	81	2.5	81	87	4	290	31	7	20	39	1.81
56619619--56619730	27	4.2	27	86	1	100	33	6	19	41	1.77
56621295--56621418	46	2.7	46	92	0	203	25	21	11	41	1.87
56623260--56623291	11	2.9	11	100	0	64	71	0	0	28	0.86
56623263--56623320	11	5.1	11	85	8	62	60	0	0	39	0.97
56623262--56623345	11	7.7	11	77	15	52	60	1	0	38	1.04
56628127--56628312	40	4.7	40	88	5	252	23	21	27	26	1.99
56632774--56632802	11	2.6	11	100	0	58	41	0	0	58	0.98
56636333--56636371	19	2.0	20	85	5	53	56	0	0	43	0.99
56639966--56640003	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
56639980--56640004	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
56640029--56640081	6	8.5	6	87	8	70	77	5	0	16	0.96
56651541--56651754	101	2.1	101	90	1	331	30	26	14	29	1.95
56652705--56653316	139	4.4	139	87	1	870	41	21	7	28	1.80
56652630--56652902	91	2.9	92	75	13	297	41	21	6	30	1.79
56652659--56652810	48	3.2	48	92	1	245	40	23	5	29	1.78
56652983--56653084	48	2.1	47	87	1	141	40	26	6	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56653123--56653223	48	2.1	47	85	1	130	42	21	6	28	1.79
56657456--56657488	17	1.9	17	93	0	57	30	9	21	39	1.84
56661148--56661232	13	6.5	13	71	18	52	32	17	2	47	1.61
56661153--56661226	26	2.8	27	78	10	73	35	18	2	43	1.65
56661152--56661278	40	3.2	39	80	6	130	33	17	1	47	1.57
56661393--56661452	13	4.5	13	71	19	52	38	13	3	45	1.60
56661374--56661478	40	2.6	40	89	1	147	33	16	2	47	1.61
56666687--56666718	3	10.7	3	93	0	55	3	0	62	34	1.11
56668046--56668101	8	7.0	8	79	0	67	48	16	26	8	1.75
56668042--56668101	24	2.5	24	91	0	93	50	15	26	8	1.72
56671293--56671677	131	2.9	131	72	7	334	28	18	17	35	1.94
56676294--56676349	26	2.2	26	93	0	94	30	5	25	39	1.78
56677948--56678052	27	3.9	26	87	5	138	19	25	21	33	1.97
56686006--56686039	4	8.2	4	93	6	59	23	26	2	47	1.66
56693368--56693490	40	3.0	41	82	12	130	47	15	21	14	1.81
56694578--56694606	15	1.9	15	100	0	58	20	17	0	62	1.33
56694444--56695380	178	5.2	178	86	7	1138	27	17	18	36	1.93
56694617--56694764	79	1.9	79	94	0	260	29	16	20	33	1.95
56694795--56694944	79	1.9	79	97	0	282	27	18	20	33	1.96
56694853--56695255	99	4.1	98	79	11	418	24	17	17	40	1.91
56695063--56695330	88	2.8	101	77	13	285	25	17	18	38	1.93
56695226--56695256	13	2.4	13	94	0	53	12	9	6	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56695146--56695376	88	2.6	87	88	6	324	26	16	18	39	1.91
56697525--56697566	20	2.0	21	86	4	59	33	0	9	57	1.31
56697616--56697655	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
56697728--56697778	24	2.1	25	88	3	77	33	0	9	56	1.32
56699380--56699485	56	1.9	55	80	7	124	13	31	19	35	1.90
56706827--56706882	28	2.0	28	96	0	103	55	3	0	41	1.17
56706911--56706969	23	2.4	25	86	10	79	54	1	1	42	1.20
56706966--56707021	22	2.6	21	75	5	58	41	1	5	51	1.35
56710390--56710446	28	2.0	28	90	6	89	28	0	3	68	1.06
56710866--56710929	31	2.0	34	87	9	98	57	1	6	34	1.33
56714167--56714285	58	2.1	58	100	0	238	23	19	10	47	1.79
56723591--56723617	11	2.5	11	100	0	54	51	0	0	48	1.00
56723581--56723648	30	2.3	30	76	5	75	60	1	0	38	1.06
56723602--56723650	19	2.6	19	83	6	55	61	0	0	38	0.96
56728797--56728904	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
56737495--56737706	46	4.6	47	78	8	179	30	19	26	23	1.98
56737640--56737858	48	4.6	47	76	10	162	28	16	27	27	1.97
56747351--56747461	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
56747374--56747518	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
56748706--56748781	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
56763063--56763230	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
56763086--56763230	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56764417--56764492	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
56766523--56766596	28	2.6	27	75	14	69	50	1	2	45	1.24
56766705--56766751	23	2.0	23	100	0	94	25	19	4	51	1.65
56767219--56767347	58	2.2	58	83	0	159	21	24	20	33	1.97
56768929--56768960	14	2.3	14	94	0	55	40	9	0	50	1.35
56769408--56769589	67	2.9	59	77	15	188	48	7	9	33	1.65
56770900--56771103	103	2.0	103	82	9	254	26	15	15	42	1.86
56773525--56773568	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
56773588--56773629	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
56773592--56773628	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
56774179--56774217	14	2.8	13	84	7	51	33	17	7	41	1.79
56774453--56774570	59	2.0	59	80	9	134	58	0	1	38	1.14
56782862--56783033	46	3.7	46	76	11	145	29	19	29	21	1.98
56782956--56783083	47	2.7	47	80	8	138	29	17	28	25	1.97
56784213--56784252	21	1.9	21	94	0	71	10	37	30	22	1.87
56787689--56787717	14	2.1	14	100	0	58	41	0	31	27	1.56
56789245--56789283	20	1.9	21	84	5	53	79	5	10	5	1.04
56792540--56792588	24	2.0	24	96	0	89	36	14	4	44	1.64
56800577--56800610	13	2.6	13	90	0	50	23	14	14	47	1.82
56803553--56803607	24	2.4	24	75	6	60	36	0	3	60	1.15
56803666--56803876	114	1.9	114	82	3	273	21	2	16	59	1.48
56803898--56804336	137	3.2	137	88	4	659	28	2	13	54	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56804076--56804282	65	3.1	65	64	24	140	29	1	13	54	1.50
56807555--56807711	42	3.7	42	81	8	158	29	26	14	29	1.95
56807640--56807758	47	2.6	47	85	2	143	29	26	15	28	1.96
56807783--56807962	31	5.8	31	92	2	290	25	27	20	26	1.99
56807938--56808117	51	3.5	51	93	3	283	25	22	16	35	1.95
56814732--56814857	62	2.0	62	98	0	243	41	10	14	34	1.80
56816963--56817074	56	2.0	56	87	3	163	33	26	14	25	1.94
56817990--56818024	18	1.9	18	88	0	52	45	14	0	40	1.45
56821934--56822098	35	4.7	35	84	1	206	32	23	12	32	1.91
56823170--56823211	21	2.0	21	81	9	50	45	21	4	28	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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