genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61123419--61123683	47	5.6	47	90	0	379	27	28	10	33	1.91
61123489--61123563	22	3.3	22	64	29	57	25	29	14	30	1.95
61126016--61126061	14	3.4	14	72	22	53	26	15	0	58	1.37
61126016--61126070	26	2.1	26	96	0	101	23	14	0	61	1.33
61127010--61127062	21	2.6	20	79	8	54	35	3	18	41	1.69
61137870--61138028	76	2.1	76	84	2	203	27	19	21	31	1.97
61142944--61142978	15	2.3	15	90	0	52	57	17	0	25	1.40
61150340--61150607	40	6.7	40	93	2	459	25	27	22	24	2.00
61153490--61153599	46	2.4	46	90	0	166	29	27	20	22	1.99
61162579--61162628	24	2.1	24	96	0	91	50	18	4	28	1.65
61165417--61165463	20	2.3	21	81	7	60	21	10	0	68	1.20
61166563--61166587	8	3.1	8	100	0	50	48	28	0	24	1.52
61171840--61171951	24	4.6	24	76	2	89	26	28	15	29	1.96
61173003--61173041	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
61177726--61177762	19	2.0	18	89	5	56	35	2	18	43	1.65
61177726--61177773	19	2.6	19	80	9	55	35	2	16	45	1.59
61177787--61177879	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
61182445--61182492	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
61182506--61182598	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
61184654--61184739	3	28.7	3	83	9	113	30	0	36	33	1.58
61195170--61195373	40	5.1	40	91	2	304	21	24	28	25	1.99
61201420--61201460	19	2.2	19	100	0	82	36	19	9	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61203049--61203078	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
61205867--61205936	27	2.6	27	100	0	140	35	35	15	12	1.86
61208585--61208990	47	8.6	47	92	3	636	29	30	8	32	1.86
61208585--61208990	96	4.3	94	92	3	636	29	30	8	32	1.86
61208585--61208990	143	2.9	144	92	3	673	29	30	8	32	1.86
61211493--61211716	40	5.7	40	84	6	269	24	21	27	26	1.99
61211546--61211716	78	2.2	79	87	4	247	23	21	28	26	1.99
61211546--61211749	79	2.6	79	83	6	211	25	21	27	25	1.99
61212910--61212938	15	1.9	15	100	0	58	89	3	6	0	0.57
61213937--61214117	40	4.6	39	79	8	163	24	19	25	29	1.99
61213937--61214113	79	2.2	79	83	9	218	24	19	26	28	1.99
61251422--61251666	38	6.5	38	78	12	199	25	28	20	25	1.99
61251457--61251594	75	1.9	74	86	7	199	26	28	20	23	1.99
61251459--61251666	38	5.6	38	80	11	207	25	29	20	24	1.99
61251483--61251666	75	2.4	74	82	9	196	27	29	19	24	1.98
61259317--61259540	79	2.8	79	81	5	238	26	28	20	24	1.99
61259319--61259540	40	5.6	40	83	5	229	26	28	20	24	1.99
61262909--61262940	13	2.5	13	94	0	55	40	18	25	15	1.90
61266168--61266339	49	3.5	49	75	11	167	25	29	19	26	1.98
61266259--61266530	46	5.7	46	74	12	171	22	27	21	29	1.99
61266218--61266485	48	5.6	48	75	11	219	23	25	20	30	1.98
61266218--61266539	94	3.4	94	78	8	289	23	26	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61275387--61275533	40	3.6	39	86	7	179	33	24	17	25	1.96
61276939--61277025	45	1.9	45	92	0	147	26	13	24	35	1.93
61283804--61284169	48	7.6	48	81	4	290	25	30	18	26	1.98
61283849--61284169	48	6.7	48	85	0	399	24	31	18	25	1.98
61291188--61291255	33	2.1	33	100	0	136	30	11	10	47	1.74
61294931--61295042	58	1.9	58	87	1	163	27	28	16	27	1.97
61294934--61295042	29	3.8	29	84	6	132	27	27	16	28	1.97
61296566--61296597	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
61299238--61299337	29	3.5	29	79	1	103	28	27	17	28	1.97
61303066--61303283	40	5.5	40	85	3	246	23	23	27	25	2.00
61307376--61307409	9	3.7	9	88	4	50	14	0	23	61	1.33
61316037--61317702	332	5.0	332	98	0	3183	37	11	18	32	1.87
61316037--61317702	663	2.5	663	98	0	3233	37	11	18	32	1.87
61318185--61318301	58	2.0	58	96	0	216	27	11	29	30	1.92
61322479--61322526	25	1.9	25	100	0	96	50	4	22	22	1.67
61322483--61322538	25	2.2	25	87	6	78	48	5	26	19	1.70
61324541--61324638	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
61324569--61324651	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
61324541--61324652	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
61330200--61330286	28	3.2	27	90	4	131	35	21	24	18	1.95
61332266--61332488	40	5.6	40	90	1	313	26	27	23	22	2.00
61348279--61348393	54	2.1	54	85	6	153	37	21	22	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61348282--61348393	27	4.1	27	86	4	138	37	21	22	18	1.94
61353258--61353353	24	3.9	24	81	2	111	34	19	22	22	1.97
61357095--61357134	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
61358769--61358812	18	2.4	19	84	3	54	45	2	6	45	1.42
61359017--61359043	11	2.5	11	100	0	54	40	0	14	44	1.46
61366949--61366993	18	2.4	19	85	3	56	48	2	6	42	1.41
61367198--61367224	11	2.5	11	100	0	54	40	0	14	44	1.46
61367958--61367986	7	4.3	7	95	4	51	31	27	0	41	1.56
61368631--61368658	8	3.5	8	100	0	56	25	10	0	64	1.26
61375928--61375956	15	1.9	15	100	0	58	34	20	0	44	1.52
61382958--61383007	21	2.4	22	75	21	54	56	18	0	26	1.42
61385300--61385457	49	3.2	49	96	2	284	31	7	30	30	1.85
61385572--61385650	37	2.1	37	88	0	113	24	20	30	25	1.98
61387511--61387612	42	2.4	43	98	1	197	22	15	35	26	1.94
61387594--61387667	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
61388056--61388323	40	6.9	40	83	7	302	25	22	27	25	2.00
61388015--61388323	80	4.0	80	76	10	275	25	21	27	25	1.99
61388102--61388163	31	2.0	31	100	0	124	29	22	25	22	1.99
61388062--61388203	71	2.0	71	94	0	248	26	21	27	24	1.99
61390991--61391048	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
61391319--61391476	49	3.2	49	96	2	284	31	7	30	30	1.85
61391594--61391672	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61396866--61397106	40	6.2	39	86	7	296	25	21	25	27	1.99
61396862--61397083	79	2.9	79	87	5	303	25	21	25	27	1.99
61405215--61405364	40	3.8	41	86	5	200	22	22	31	24	1.98
61405216--61405364	79	1.9	80	84	4	203	22	22	30	24	1.99
61408432--61408655	40	5.6	40	91	2	335	24	21	26	26	2.00
61411467--61411652	55	3.4	53	79	7	169	23	25	16	35	1.94
61421827--61421906	38	2.1	38	100	0	160	36	11	12	40	1.79
61428828--61428882	16	3.2	18	73	19	55	50	0	3	45	1.19
61432744--61432895	27	5.7	26	79	10	155	43	19	9	27	1.81
61432744--61432933	27	7.0	27	78	5	154	40	16	11	31	1.84
61432744--61432912	54	3.1	54	83	3	205	42	17	10	29	1.82
61433182--61433300	41	2.9	41	92	0	193	21	22	30	26	1.99
61436381--61436479	27	3.7	27	86	0	135	34	15	21	29	1.94
61436494--61436771	27	10.3	26	78	10	188	40	17	9	32	1.82
61437049--61437172	41	3.0	41	84	4	178	20	22	29	27	1.98
61437312--61437376	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
61439049--61439081	16	2.1	16	100	0	66	36	6	27	30	1.81
61440909--61440961	26	2.0	26	100	0	106	26	18	22	32	1.97
61450886--61450969	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
61450732--61451167	101	4.3	102	80	5	429	26	17	25	30	1.97
61450736--61451166	151	2.8	151	87	1	594	26	17	25	31	1.97
61450732--61451176	50	8.8	50	79	4	405	26	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61455381--61455459	41	1.9	41	86	0	113	20	13	18	46	1.83
61460663--61460758	39	2.3	40	80	10	104	30	16	26	27	1.97
61461700--61461849	81	1.9	81	89	0	237	41	19	8	31	1.80
61461700--61461878	81	2.2	81	85	2	234	39	19	8	31	1.83
61461700--61461950	27	9.3	28	79	6	207	38	20	9	31	1.85
61461931--61462200	27	10.0	27	83	0	290	29	20	7	42	1.79
61461901--61462194	54	5.4	54	82	2	198	30	21	7	40	1.81
61461901--61462166	81	3.3	81	82	4	243	30	21	7	40	1.82
61461944--61462192	81	3.1	80	84	2	336	30	20	7	42	1.79
61461936--61462200	54	4.9	54	84	0	341	30	19	7	43	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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