genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42979707--42979782	21	3.6	21	73	7	64	19	10	36	32	1.86
42980303--42980392	11	8.6	11	74	19	70	7	13	3	75	1.14
42980343--42980403	30	2.0	30	87	6	88	16	9	6	67	1.40
42981510--42981655	77	1.9	77	81	5	179	48	11	11	28	1.74
42989955--42990159	55	3.8	54	81	5	227	21	24	17	36	1.95
42991722--42991784	29	2.2	29	82	2	74	30	33	14	22	1.93
42994991--42995021	16	1.9	16	93	0	53	35	16	6	41	1.74
42995183--42995429	43	5.8	43	86	3	320	29	27	15	26	1.96
42995173--42996262	86	12.5	86	75	12	665	30	26	16	26	1.96
42995577--42996262	43	16.0	43	84	6	858	29	27	17	25	1.97
42996867--42996916	25	2.0	25	100	0	100	36	20	0	44	1.52
42999964--43000001	20	1.9	20	88	0	58	28	18	21	31	1.97
43006238--43006324	43	2.0	43	82	12	108	27	29	19	22	1.98
43018665--43018709	23	2.0	22	83	12	56	31	4	17	46	1.68
43024624--43024686	20	3.2	20	65	0	54	15	28	17	38	1.91
43024568--43024691	40	3.1	39	82	4	140	20	28	16	34	1.94
43029920--43029956	19	1.9	19	88	0	56	24	24	10	40	1.87
43037147--43037330	66	2.9	64	75	13	164	28	17	30	23	1.97
43038455--43038867	227	1.8	227	97	0	781	38	6	19	36	1.78
43041335--43041363	11	2.6	11	100	0	58	41	27	13	17	1.87
43041575--43041751	48	3.7	48	80	6	180	21	26	21	30	1.98
43042149--43042520	70	5.3	70	91	0	602	37	17	12	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43044357--43044391	16	2.1	17	89	5	54	42	8	2	45	1.49
43044711--43044786	38	2.0	38	97	0	143	53	22	10	13	1.69
43051017--43051774	47	16.1	47	78	9	631	32	10	28	29	1.89
43051381--43051434	25	2.2	25	100	0	108	35	16	27	20	1.94
43051646--43051723	25	3.2	25	63	17	65	34	3	28	33	1.75
43053685--43053756	29	2.5	29	86	4	92	27	16	30	25	1.97
43059545--43059651	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
43066828--43066876	14	3.4	14	80	2	53	67	2	28	2	1.13
43068028--43068213	44	4.2	45	81	4	193	23	21	20	34	1.97
43070230--43070454	40	5.6	40	82	2	272	25	24	27	22	2.00
43078361--43078581	40	5.5	40	81	2	246	25	23	27	23	2.00
43078361--43078621	80	3.3	80	80	3	267	25	23	26	24	2.00
43078361--43078581	120	1.8	121	81	4	277	25	23	27	23	2.00
43084000--43084113	57	2.0	56	81	5	131	28	21	19	29	1.98
43086147--43086361	46	4.6	45	73	15	138	28	19	28	23	1.98
43087326--43087392	28	2.4	28	97	0	125	19	20	43	16	1.88
43108062--43108144	29	2.9	29	96	0	148	27	15	28	27	1.96
43108058--43108176	29	4.2	29	85	2	143	29	13	26	30	1.94
43109572--43109610	19	2.1	19	95	0	69	51	12	10	25	1.71
43117092--43117124	14	2.4	14	90	5	50	21	9	0	69	1.15
43124977--43125024	21	2.3	21	82	13	55	39	0	2	58	1.10
43125298--43125342	21	2.1	21	100	0	90	35	0	4	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43129531--43129577	15	3.2	15	72	6	51	59	6	2	31	1.34
43130748--43130793	19	2.4	19	92	3	74	28	8	13	50	1.70
43133898--43133931	17	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
43138460--43138546	29	3.0	29	96	0	165	31	19	17	32	1.95
43138656--43138713	22	2.7	21	86	5	71	63	3	0	32	1.11
43138864--43139198	167	2.0	167	100	0	670	39	18	17	24	1.92
43144291--43144353	30	2.2	29	78	15	69	57	0	7	34	1.28
43145976--43146395	177	2.4	171	80	8	446	27	21	19	31	1.97
43146231--43146526	132	2.2	132	89	0	457	28	21	19	31	1.97
43146079--43146703	309	2.0	310	87	0	903	28	21	19	31	1.97
43146364--43146927	177	3.2	177	94	0	975	28	22	20	28	1.98
43146849--43146937	45	2.0	45	93	4	153	28	25	19	26	1.99
43146996--43147123	64	2.0	64	95	0	229	36	14	17	31	1.90
43154778--43154949	93	1.8	93	91	2	283	27	28	21	22	1.99
43154770--43154945	46	3.8	45	77	8	194	28	27	21	22	1.99
43164837--43164891	28	2.0	28	81	0	65	47	3	1	47	1.30
43168715--43168740	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
43174367--43174425	13	4.5	13	75	25	52	77	6	3	11	1.07
43174368--43174428	20	3.1	19	79	6	68	77	6	4	11	1.12
43174382--43174437	26	2.2	26	84	12	71	78	5	7	8	1.08
43174376--43174437	20	3.2	19	77	8	54	79	4	6	9	1.06
43176277--43177157	178	4.9	182	80	7	870	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43176466--43177157	368	1.9	369	85	2	978	28	23	18	29	1.98
43180907--43180957	18	2.8	18	90	3	75	49	0	3	47	1.20
43181228--43181524	162	1.8	161	97	0	558	38	7	22	31	1.82
43184399--43184459	28	2.2	28	96	0	113	47	13	11	27	1.77
43188659--43188701	19	2.3	19	91	0	68	46	11	2	39	1.53
43188838--43188882	21	2.0	23	83	8	58	48	6	2	42	1.41
43188898--43188976	29	2.7	29	92	2	131	58	5	11	25	1.53
43192438--43192486	19	2.4	22	77	16	61	65	2	2	30	1.15
43207827--43207873	19	2.2	22	78	17	55	48	0	21	29	1.50
43207828--43207872	21	2.2	22	84	11	60	46	0	22	31	1.52
43211757--43211782	11	2.4	11	100	0	52	69	0	0	30	0.89
43213520--43213729	47	4.4	47	88	3	287	28	30	8	32	1.87
43215727--43215902	47	3.7	47	94	1	291	33	8	29	28	1.87
43215774--43215852	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
43216021--43216099	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
43217521--43217808	47	6.0	47	92	2	477	29	29	8	32	1.87
43217521--43217821	96	3.1	95	93	1	487	29	29	7	32	1.86
43217521--43217808	143	2.0	143	97	0	549	29	29	8	32	1.87
43220586--43220667	35	2.3	35	81	4	85	40	26	2	30	1.69
43226050--43226312	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
43226089--43226347	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
43234003--43234265	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43234042--43234300	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
43244175--43244232	26	2.3	26	85	11	77	20	13	1	63	1.38
43245853--43245911	28	2.1	28	96	0	109	33	0	16	49	1.47
43255840--43255890	16	3.2	16	100	0	102	49	19	5	25	1.71
43270671--43270888	46	4.7	46	72	14	146	27	18	29	23	1.98
43272920--43273011	42	2.2	42	82	0	112	27	29	18	25	1.98
43272833--43273039	90	2.3	90	78	3	211	28	26	19	26	1.99
43279644--43279697	12	4.3	12	73	17	56	44	0	1	53	1.11
43296271--43296409	54	2.5	58	83	8	182	36	0	9	53	1.39
43296271--43296414	56	2.6	53	85	6	182	36	0	9	54	1.37
43298695--43298799	34	3.1	34	77	1	122	30	14	14	40	1.85
43298851--43298985	48	2.8	48	89	0	207	28	22	15	32	1.95
43299625--43299660	19	1.9	19	88	5	56	52	2	8	36	1.46
43300976--43301009	17	2.0	17	88	11	52	41	11	5	41	1.66
43303838--43303883	18	2.6	18	86	3	67	13	36	34	15	1.86
43319156--43319211	27	2.0	29	82	6	71	60	12	10	16	1.58
43323683--43323935	49	5.4	48	76	13	197	24	29	18	26	1.98
43323730--43324045	46	6.7	48	75	11	246	24	28	18	28	1.98
43323875--43324045	94	1.8	92	83	7	229	22	26	20	29	1.98
43323730--43324042	140	2.2	143	83	6	379	23	28	18	28	1.98
43328410--43328456	23	2.0	23	84	8	60	19	2	19	59	1.48
43333419--43333461	13	3.3	13	83	9	52	72	0	11	16	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43333415--43333461	17	2.7	18	86	6	69	72	0	10	17	1.12
43333427--43333461	9	4.0	9	88	7	54	71	0	11	17	1.14
43333504--43333538	4	8.5	4	93	6	61	71	0	28	0	0.86
43333499--43333545	12	3.8	12	83	5	58	65	0	34	0	0.93
43334842--43334883	5	8.2	5	91	2	57	38	0	23	38	1.55
43335292--43335435	45	3.2	45	90	0	207	20	19	22	38	1.94
43335609--43335854	18	13.3	18	68	13	106	36	10	14	37	1.82
43338615--43338754	23	5.9	23	71	15	81	26	23	16	33	1.96
43338615--43338746	45	2.8	45	80	10	133	26	22	16	34	1.95
43338709--43338786	25	3.2	25	84	8	90	28	23	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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