genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3358847--3358905	22	2.7	22	89	0	82	18	27	28	25	1.98
3363151--3363184	17	2.0	17	88	0	50	50	23	0	26	1.50
3372120--3372177	26	2.4	24	83	11	73	67	3	0	29	1.07
3372120--3372198	26	3.3	24	80	15	65	68	5	0	26	1.10
3375533--3375614	16	5.1	16	69	16	53	57	0	1	41	1.06
3376609--3376761	60	2.6	59	83	3	191	33	15	11	39	1.82
3379233--3379290	29	2.0	29	82	0	71	43	5	13	37	1.67
3379562--3379646	43	2.0	43	100	0	170	18	9	14	57	1.63
3382572--3382634	30	2.1	31	82	14	78	44	12	9	33	1.75
3383833--3383880	25	2.0	24	84	12	62	52	4	2	41	1.32
3388020--3388047	13	2.2	13	100	0	56	42	21	0	35	1.53
3389201--3389225	9	2.8	9	100	0	50	32	0	12	56	1.36
3390711--3390799	42	2.1	42	82	0	106	28	29	20	22	1.98
3392971--3393023	26	2.0	26	100	0	106	60	7	0	32	1.25
3393926--3393973	24	2.0	24	100	0	96	29	20	12	37	1.90
3398606--3398639	16	2.1	16	94	0	59	35	29	11	23	1.90
3410757--3410844	44	2.0	44	95	0	158	43	10	9	37	1.70
3411073--3411118	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
3411080--3411129	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
3412945--3412990	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
3412952--3413001	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
3424267--3424311	19	2.3	20	81	11	58	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3424275--3424315	18	2.3	18	87	8	57	39	0	2	58	1.11
3425943--3425991	16	2.9	16	75	6	53	67	8	0	24	1.18
3429742--3429782	11	3.6	11	83	3	55	7	9	0	82	0.83
3432285--3432337	27	2.0	27	84	0	70	49	5	13	32	1.65
3433381--3433464	31	2.7	31	92	1	134	47	4	9	38	1.57
3434269--3434307	17	2.3	17	86	0	60	48	0	0	51	1.00
3434255--3434329	38	2.0	36	84	5	96	50	0	0	49	1.00
3434234--3434336	21	5.0	21	70	25	76	53	0	0	45	1.06
3434864--3434888	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
3435111--3435144	16	2.1	16	94	0	59	47	0	20	32	1.51
3436557--3436584	13	2.2	13	100	0	56	32	0	17	50	1.47
3438032--3438117	42	2.0	42	100	0	172	33	18	9	38	1.83
3438204--3438253	24	2.0	26	84	11	68	60	0	4	36	1.16
3441211--3441294	43	1.9	44	90	2	134	22	21	32	23	1.98
3441575--3441791	78	2.8	78	91	1	357	21	24	26	28	1.99
3441575--3441791	38	5.6	38	90	3	335	21	24	26	28	1.99
3441814--3441937	45	2.8	45	84	7	141	24	19	29	27	1.98
3446242--3446299	31	1.9	29	82	6	71	48	1	1	48	1.22
3473034--3473080	19	2.5	19	80	10	60	68	2	0	29	1.02
3477651--3477753	32	2.9	36	85	11	151	55	10	3	30	1.52
3504357--3504446	30	3.0	29	82	4	117	36	6	16	40	1.75
3508059--3508095	17	2.1	17	90	10	56	75	2	5	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3508145--3508178	9	3.9	9	92	7	61	79	0	20	0	0.73
3508145--3508178	13	2.6	13	82	17	52	79	0	20	0	0.73
3508741--3508838	45	2.2	45	83	3	117	23	16	18	41	1.89
3508831--3508884	18	3.0	18	73	7	56	18	14	18	48	1.82
3510375--3510639	93	2.8	93	97	0	494	28	29	20	21	1.98
3510368--3510636	46	5.8	46	77	14	293	29	29	20	21	1.98
3512142--3512195	20	2.7	20	85	5	74	12	3	25	57	1.52
3517682--3517893	117	1.8	117	86	0	307	35	14	21	28	1.92
3520750--3520951	85	2.4	85	83	5	230	31	6	12	49	1.67
3521113--3521517	175	2.3	177	79	6	417	27	11	13	46	1.78
3521891--3522229	178	1.9	180	83	5	438	30	10	13	46	1.76
3520758--3522251	90	16.7	87	70	13	610	28	10	14	46	1.78
3522929--3523103	88	2.0	88	94	0	305	41	10	21	26	1.85
3524719--3524984	90	2.9	91	79	5	241	27	8	13	49	1.72
3526443--3526507	21	3.2	21	89	4	98	40	18	27	13	1.89
3528188--3528353	86	1.9	85	82	10	205	32	24	18	24	1.97
3528203--3528353	43	3.5	42	78	8	153	33	24	17	24	1.97
3528937--3529263	163	2.0	163	98	0	636	40	17	8	33	1.81
3531131--3531487	84	4.1	83	71	16	215	26	6	13	53	1.63
3531019--3531536	90	5.8	88	74	9	374	26	6	13	52	1.65
3538309--3538437	44	3.0	44	92	3	201	31	21	24	22	1.98
3551705--3551738	17	2.0	17	88	11	52	76	2	14	5	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3555218--3555438	113	2.0	113	98	0	424	28	28	14	27	1.96
3556085--3556109	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
3556079--3556127	23	2.1	23	84	0	62	73	4	2	20	1.10
3556724--3556749	12	2.2	12	100	0	52	0	15	0	84	0.62
3562302--3562347	23	1.9	25	86	8	69	36	2	4	56	1.31
3562332--3562363	12	2.7	12	90	0	55	40	0	9	50	1.35
3562289--3562573	145	2.0	145	84	6	371	32	5	5	56	1.47
3562450--3562510	26	2.3	27	83	16	83	31	0	8	60	1.26
3573861--3574035	46	3.9	45	86	4	221	50	13	21	14	1.77
3574783--3575179	77	5.2	76	81	4	435	28	16	19	35	1.94
3575357--3575406	19	2.6	19	93	0	82	30	12	28	30	1.92
3576913--3576981	23	2.8	25	80	10	72	36	2	5	55	1.39
3577261--3577312	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
3577293--3577387	45	2.1	44	84	5	120	35	5	25	33	1.78
3577525--3577579	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
3577710--3577858	47	3.3	46	69	17	132	47	3	3	45	1.35
3582148--3582187	21	2.0	20	90	5	62	40	10	0	50	1.36
3582849--3582879	15	2.1	15	93	0	53	19	16	6	58	1.59
3592564--3592592	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3594638--3594745	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
3596352--3596437	27	3.2	27	82	9	113	17	20	24	37	1.94
3598040--3598097	29	2.0	29	100	0	116	20	0	17	62	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3601567--3601598	13	2.4	13	94	5	55	28	6	0	65	1.16
3601593--3601639	20	2.3	20	96	0	85	19	10	4	65	1.39
3612036--3612131	48	2.0	48	97	0	183	14	28	10	46	1.77
3616452--3616478	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
3618768--3618799	13	2.5	13	94	0	55	34	0	15	50	1.45
3621632--3621673	16	2.6	16	85	11	59	26	0	4	69	1.08
3629589--3629759	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
3629581--3629756	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
3631345--3631564	46	4.7	46	74	10	155	22	29	20	28	1.98
3631345--3631569	94	2.4	92	78	8	226	22	29	20	28	1.98
3634197--3634380	67	2.7	67	83	1	226	35	14	23	26	1.93
3637515--3637573	23	2.6	23	83	5	66	42	23	18	15	1.88
3641313--3641352	15	2.6	16	84	7	57	80	0	2	17	0.83
3643037--3643071	18	1.9	18	88	0	52	74	0	0	25	0.82
3650473--3650567	35	2.7	36	82	8	115	22	14	15	47	1.82
3664702--3664750	11	4.5	11	82	12	66	28	0	2	69	1.00
3664702--3664740	20	2.1	19	85	9	53	28	0	2	69	1.02
3664707--3664786	40	1.9	42	82	12	103	33	1	3	61	1.22
3668605--3668873	105	2.6	105	94	0	466	30	29	20	19	1.97
3669201--3669264	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
3669208--3669264	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
3671287--3671312	12	2.2	12	100	0	52	30	7	23	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3671390--3671439	15	3.5	14	73	21	50	26	24	12	38	1.90
3679577--3680065	88	5.6	85	67	19	272	33	20	18	26	1.96
3679567--3680152	176	3.3	176	89	3	864	34	19	18	26	1.96
3679665--3680250	87	6.7	88	71	15	383	33	18	19	27	1.96
3681779--3681812	11	3.0	11	91	8	59	29	0	0	70	0.87
3682635--3682706	35	2.1	35	97	0	135	33	13	25	27	1.94
3686571--3686607	17	2.3	17	86	9	51	75	8	2	13	1.13
3687705--3687823	42	2.9	41	87	2	175	31	27	22	18	1.97
3687816--3687937	43	2.7	43	84	7	154	22	18	23	35	1.96
3687918--3688154	43	5.5	43	76	7	221	32	23	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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