genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.127.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42015766--42015837	28	2.6	28	88	2	110	20	22	22	34	1.97
42018964--42019182	40	5.6	40	80	6	241	25	26	22	24	2.00
42018964--42019182	80	2.8	80	84	6	270	25	26	22	24	2.00
42018964--42019182	120	1.8	117	88	4	332	25	26	22	24	2.00
42028376--42028642	40	6.7	40	95	0	480	21	28	20	29	1.98
42034177--42034443	40	6.7	40	95	0	480	21	28	20	29	1.98
42039923--42040142	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
42045460--42045563	27	3.9	27	84	5	104	20	22	21	36	1.95
42046779--42046820	21	2.0	21	95	0	75	35	19	9	35	1.84
42046781--42046819	11	3.6	11	82	6	53	35	17	10	35	1.84
42046964--42046989	12	2.2	12	100	0	52	34	23	7	34	1.83
42053512--42053603	27	3.4	27	85	5	132	30	23	6	39	1.80
42053495--42053613	54	2.2	53	78	11	134	33	21	8	36	1.83
42053632--42053733	27	3.8	27	89	3	161	43	22	5	28	1.76
42053593--42053734	54	2.7	53	79	8	162	39	22	9	28	1.86
42053632--42053835	27	7.5	27	78	8	150	42	19	7	30	1.78
42053633--42053835	54	3.7	54	74	11	173	42	19	7	30	1.78
42053724--42053812	29	3.3	27	80	16	94	43	17	6	31	1.75
42054747--42054816	25	2.8	25	89	6	106	28	25	21	24	1.99
42054746--42054829	25	3.4	24	82	8	89	30	22	21	25	1.98
42055036--42055113	31	2.5	31	97	2	149	28	17	26	26	1.98
42060512--42060575	21	2.8	23	71	20	62	29	14	14	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42060652--42060681	11	2.6	11	94	5	51	60	20	0	20	1.37
42060780--42060857	32	2.4	32	84	4	93	46	17	6	29	1.73
42060814--42060930	34	3.5	34	84	4	141	40	19	8	31	1.82
42061294--42061354	27	2.3	27	79	0	68	3	18	4	73	1.14
42061305--42061373	16	4.1	16	73	14	59	4	17	2	75	1.09
42063475--42063549	33	2.2	34	83	2	98	45	13	6	34	1.70
42063475--42063618	34	4.3	34	78	3	125	43	15	9	32	1.78
42064848--42064927	27	3.0	27	84	0	115	31	16	22	30	1.96
42064912--42065235	27	12.0	27	80	5	260	39	18	10	31	1.84
42067309--42067432	61	2.0	61	96	0	230	41	16	12	29	1.85
42068457--42068499	18	2.5	17	85	11	52	9	23	2	65	1.34
42070566--42070600	11	3.1	11	91	4	52	57	25	0	17	1.40
42070694--42070845	34	4.5	34	82	3	150	42	16	8	32	1.78
42072980--42073099	34	3.7	34	85	13	189	25	23	15	36	1.93
42073005--42073267	28	9.6	28	79	14	289	26	22	13	37	1.92
42073005--42073267	52	4.8	55	83	11	269	26	22	13	37	1.92
42073019--42073231	80	2.6	79	88	6	300	26	21	13	38	1.90
42078896--42079022	63	2.0	63	100	0	254	40	15	9	33	1.80
42089924--42090043	24	5.0	24	80	0	123	25	16	25	32	1.96
42089924--42090033	48	2.3	49	87	3	152	25	14	26	33	1.94
42096185--42096362	52	3.5	51	88	4	245	28	29	14	28	1.95
42102935--42103021	39	2.2	39	93	0	147	21	24	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42103096--42103169	19	4.1	19	79	10	91	35	12	16	36	1.86
42114031--42114117	39	2.2	39	91	0	138	21	21	27	28	1.99
42114043--42114130	39	2.3	39	85	0	122	22	20	28	28	1.99
42114767--42114821	17	3.4	17	67	23	55	36	3	9	50	1.51
42114765--42114827	31	2.0	31	100	0	126	34	6	9	49	1.61
42121687--42121884	40	5.0	40	93	2	310	27	30	23	19	1.98
42121688--42121884	79	2.5	80	93	0	324	27	29	23	19	1.98
42131067--42131250	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
42131067--42131247	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
42131148--42131297	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
42138904--42139087	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
42138904--42139084	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
42138985--42139134	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
42151065--42151167	40	2.4	41	81	12	111	22	14	29	33	1.94
42151151--42151225	28	2.7	27	70	15	64	30	14	26	28	1.95
42152934--42153004	32	2.2	32	87	2	108	18	32	30	18	1.95
42153904--42154084	37	4.8	38	76	13	160	27	16	28	27	1.97
42153906--42154053	74	2.0	74	85	8	205	27	16	29	27	1.97
42154014--42154243	42	5.3	42	76	9	203	26	15	28	29	1.96
42154039--42154130	48	1.9	48	91	4	150	30	14	26	29	1.95
42157702--42157783	27	3.0	27	85	0	110	31	19	20	28	1.97
42157766--42157961	27	7.2	27	84	4	191	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42157747--42157861	54	2.1	54	87	3	160	40	21	9	27	1.84
42157869--42157934	28	2.4	27	92	2	105	42	19	9	28	1.82
42157766--42157963	82	2.4	80	82	5	227	41	20	7	30	1.80
42157940--42158348	27	15.2	27	86	3	502	30	19	6	43	1.77
42158858--42158984	6	20.7	6	70	16	82	18	18	14	48	1.81
42158876--42158963	37	2.4	37	92	0	140	19	20	13	46	1.83
42158858--42158963	31	3.2	31	77	14	113	18	18	14	48	1.81
42158860--42158975	37	3.3	36	78	12	134	18	18	12	49	1.80
42160414--42160452	21	1.9	20	84	5	51	41	0	20	38	1.53
42160661--42160757	40	2.3	43	84	7	128	23	14	26	35	1.93
42160745--42160819	28	2.7	28	83	8	98	28	10	30	30	1.90
42162184--42162254	32	2.2	32	87	2	99	19	33	29	16	1.94
42166338--42166598	40	6.6	40	90	1	402	29	25	22	22	1.99
42174780--42175360	40	14.6	40	90	2	902	29	25	21	22	1.99
42178613--42178740	43	3.0	44	86	5	181	35	25	10	28	1.90
42183380--42183536	43	3.7	43	86	3	235	26	19	26	27	1.99
42191533--42191640	43	2.5	43	85	4	139	31	25	20	22	1.98
42200051--42200111	30	2.0	30	83	0	77	39	6	22	31	1.80
42200530--42200705	46	3.8	46	77	14	200	21	20	28	29	1.98
42200527--42200698	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
42207796--42207895	19	5.3	19	90	7	159	37	10	17	36	1.83
42207786--42207904	36	3.2	35	76	19	107	36	10	15	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42213034--42213080	7	6.7	7	79	15	53	85	0	14	0	0.61
42213034--42213071	13	2.9	13	88	7	51	84	0	15	0	0.63
42213037--42213079	22	2.0	22	100	0	86	83	0	16	0	0.64
42214059--42215215	44	26.4	43	69	16	420	29	15	26	29	1.96
42214059--42214472	219	1.9	219	88	1	632	28	15	25	30	1.96
42214147--42214881	306	2.4	306	92	0	1200	29	15	25	29	1.96
42214672--42215054	87	4.4	87	90	1	590	26	15	26	31	1.95
42214672--42215160	174	2.8	177	81	8	467	28	14	26	30	1.95
42214059--42215235	87	13.4	88	74	10	362	29	14	26	29	1.95
42215016--42215475	44	10.3	44	75	8	223	31	15	25	27	1.96
42215181--42215552	134	2.8	134	87	2	487	31	17	23	27	1.97
42216044--42216141	19	5.2	19	91	7	155	37	9	17	35	1.82
42216034--42216119	36	2.4	35	83	14	106	38	9	16	36	1.81
42216063--42216119	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
42216051--42216141	36	2.4	37	92	7	148	38	9	15	36	1.81
42219262--42219317	28	2.0	28	100	0	112	35	17	21	25	1.95
42220019--42220051	15	2.3	15	89	5	50	57	9	12	21	1.62
42221610--42221701	27	3.4	27	87	3	105	28	16	17	38	1.91
42221653--42222073	27	15.7	27	83	3	449	31	11	19	38	1.86
42222390--42222453	28	2.3	28	89	5	94	26	35	17	20	1.94
42225240--42225585	27	12.9	27	77	7	244	33	9	18	39	1.82
42225295--42225609	80	3.9	81	80	2	321	33	9	18	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42225295--42225609	53	5.9	54	81	2	307	33	9	18	38	1.83
42225295--42225609	27	11.8	27	81	2	303	33	9	18	38	1.83
42225948--42226002	28	2.0	28	88	0	83	21	40	16	21	1.91
42225949--42226010	28	2.2	28	85	0	79	25	40	14	19	1.90
42235399--42235483	27	3.2	26	81	9	84	37	20	14	28	1.91
42235436--42235536	27	3.8	27	82	5	116	41	20	17	19	1.90
42235438--42235553	27	4.3	27	79	8	114	41	18	18	20	1.91
42235438--42235553	53	2.2	54	76	7	121	41	18	18	20	1.91
42237436--42237494	25	2.4	25	97	0	109	37	15	20	27	1.92
42238744--42238787	12	3.9	11	80	16	54	70	6	2	20	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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