genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657608--22657714	50	2.2	48	85	6	135	25	2	8	63	1.36
22657677--22657714	18	2.2	17	86	13	51	10	2	10	76	1.12
22657608--22657717	49	2.2	50	82	10	138	26	2	8	62	1.37
22660112--22660153	21	2.0	20	86	4	57	69	0	0	30	0.89
22660174--22660232	29	2.0	29	96	0	109	52	8	13	25	1.68
22664596--22664635	18	2.2	18	90	0	62	20	30	7	42	1.79
22665143--22665173	9	3.6	9	91	8	55	35	0	0	64	0.94
22668198--22668454	126	2.0	126	89	0	388	29	15	17	36	1.92
22670087--22670151	2	32.5	2	90	0	94	6	0	43	50	1.27
22671645--22671787	63	2.3	60	85	3	178	41	12	18	27	1.86
22671645--22671877	30	7.7	30	76	6	200	39	12	21	26	1.88
22671739--22671979	60	4.0	60	73	5	209	37	13	25	23	1.91
22671715--22671906	90	2.1	89	91	0	303	36	12	25	25	1.91
22671644--22671968	30	10.8	30	76	7	158	39	13	22	24	1.90
22671858--22671934	29	2.6	30	91	4	129	42	12	25	18	1.86
22673397--22673427	16	1.9	16	93	0	53	22	3	16	58	1.52
22674741--22674802	21	3.0	21	68	13	58	22	30	16	30	1.96
22674711--22674896	40	4.6	40	82	0	210	20	29	15	34	1.93
22674744--22674802	19	3.0	20	66	14	50	22	30	16	30	1.96
22674711--22674899	80	2.3	81	84	2	238	20	29	15	35	1.93
22677286--22677379	48	2.0	48	93	0	161	29	21	14	34	1.93
22678188--22678224	19	1.9	19	88	0	56	45	21	5	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22679324--22679381	28	2.1	27	96	3	107	24	20	6	48	1.74
22682199--22682285	39	2.2	39	95	0	156	22	24	26	26	2.00
22690584--22690674	42	2.2	42	81	0	101	15	16	20	47	1.83
22693503--22693544	15	2.9	15	82	17	52	64	2	33	0	1.07
22693510--22693559	21	2.3	21	80	16	57	68	0	30	2	1.01
22696230--22696359	51	2.6	49	78	4	134	25	14	27	32	1.95
22699085--22699298	47	4.7	44	75	9	178	28	18	28	24	1.98
22700755--22700795	20	2.0	20	95	0	73	36	9	34	19	1.85
22702651--22702678	9	3.1	9	100	0	56	42	0	35	21	1.53
22710035--22710298	47	5.6	46	73	10	212	28	18	29	23	1.98
22710030--22710300	94	2.9	93	84	5	314	28	18	29	23	1.98
22720806--22720840	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
22720943--22720989	22	2.1	22	88	7	69	34	2	0	63	1.06
22720961--22721117	61	2.6	59	79	13	169	43	0	3	52	1.21
22721290--22721327	16	2.4	16	95	0	67	28	26	5	39	1.78
22728219--22728243	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
22729810--22729867	30	1.9	31	85	3	82	36	10	25	27	1.89
22730495--22730580	45	1.9	45	95	4	156	34	19	25	19	1.96
22730671--22730867	55	3.6	54	82	4	245	36	17	24	21	1.95
22730671--22730878	53	3.9	54	82	4	240	35	16	25	22	1.95
22736226--22736411	40	4.7	40	83	7	227	23	23	27	25	2.00
22736279--22736434	80	2.0	80	84	7	210	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22740646--22740844	55	3.7	54	78	4	188	35	17	23	23	1.95
22740646--22740844	108	1.8	109	85	1	283	35	17	23	23	1.95
22743069--22743123	21	2.6	21	85	0	74	16	32	30	20	1.94
22747368--22747474	42	2.5	42	81	3	117	29	25	15	28	1.96
22750699--22750735	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
22751319--22751346	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
22752370--22752409	13	2.9	14	85	7	55	62	0	10	27	1.27
22752762--22752935	21	8.0	23	78	10	145	20	22	21	35	1.96
22752809--22752934	42	3.0	41	91	1	198	17	25	23	33	1.96
22752762--22752921	63	2.5	64	81	4	169	20	25	21	33	1.97
22753262--22753320	26	2.3	25	80	8	66	50	0	22	27	1.49
22757500--22757533	16	2.1	16	88	0	50	20	17	8	52	1.71
22763298--22763346	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
22766892--22767000	27	4.0	26	82	9	119	18	22	21	37	1.94
22766892--22767000	55	2.0	54	87	5	157	18	22	21	37	1.94
22777750--22777788	8	4.9	8	81	12	53	48	25	20	5	1.70
22778205--22778315	27	4.1	26	78	9	105	18	22	19	38	1.93
22778205--22778315	55	2.0	54	86	5	152	18	22	19	38	1.93
22780483--22780577	40	2.4	40	82	8	113	24	29	16	29	1.97
22787333--22787380	25	1.9	25	82	0	60	39	14	6	39	1.71
22802339--22802373	18	1.9	18	88	11	54	74	0	0	25	0.82
22802339--22802367	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22802679--22802809	65	2.0	65	98	0	253	24	14	18	42	1.87
22806789--22806919	65	2.0	65	98	0	253	24	14	18	42	1.87
22811235--22811353	43	2.8	42	80	2	139	28	15	26	30	1.96
22818603--22818709	43	2.5	43	86	3	153	36	23	14	25	1.93
22827345--22827407	29	2.1	30	88	2	92	46	9	12	31	1.74
22835803--22835910	43	2.5	43	80	3	137	35	22	15	26	1.94
22841028--22841075	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
22841112--22841158	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
22841209--22841281	23	3.1	23	92	3	119	30	20	19	30	1.97
22841208--22841302	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
22848956--22849138	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
22848957--22849140	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
22849009--22849173	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
22858070--22858153	44	1.9	44	82	4	107	28	23	17	29	1.97
22858645--22858690	20	2.3	20	85	7	58	32	13	2	52	1.52
22866233--22866267	17	2.1	17	100	0	70	40	0	14	45	1.45
22870341--22870465	27	4.8	27	94	3	204	27	23	21	28	1.99
22870515--22870572	11	5.6	11	76	15	70	36	18	8	36	1.82
22870515--22870581	20	3.3	20	93	4	109	35	19	8	35	1.83
22870523--22870587	9	6.7	10	75	16	57	36	20	7	35	1.81
22879795--22879827	16	2.0	17	88	5	50	39	0	30	30	1.57
22900650--22900708	28	2.1	28	96	0	109	49	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22908819--22908899	41	2.0	41	97	0	153	34	4	19	40	1.73
22912421--22912629	40	5.3	40	85	4	228	29	27	19	23	1.98
22912484--22912628	77	1.9	78	86	4	213	28	26	20	24	1.99
22921704--22921849	40	3.7	40	91	2	215	23	19	26	29	1.99
22921702--22921922	79	2.8	80	80	6	234	23	19	27	28	1.99
22921701--22921893	40	4.8	40	90	3	203	24	20	27	27	1.99
22937660--22937698	20	1.9	21	84	5	53	41	12	0	46	1.42
22940702--22940766	34	1.9	34	90	3	105	29	24	21	24	1.99
22946439--22946470	17	1.9	16	93	6	55	21	37	28	12	1.90
22967480--22967519	20	2.0	20	90	0	62	37	17	5	40	1.72
22969601--22969728	42	2.9	43	82	9	134	28	17	26	28	1.97
22974036--22974220	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
22974036--22974218	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
22974037--22974253	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
22982057--22982241	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
22982057--22982239	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
22982058--22982274	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
22988657--22988874	40	5.5	40	87	3	273	25	28	21	24	1.99
22988671--22988878	80	2.6	79	89	3	301	25	28	21	24	1.99
22996141--22996258	42	2.8	42	75	8	114	23	18	27	29	1.98
23005463--23005637	46	3.8	46	78	10	203	29	28	20	21	1.98
23005470--23005641	93	1.8	93	93	0	299	29	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23005471--23005657	46	4.0	44	72	18	132	29	28	19	22	1.98
23006063--23006120	30	1.9	30	82	3	71	25	22	6	44	1.77
23014289--23014393	27	3.9	28	82	3	108	34	19	23	22	1.96
23022286--23022400	27	4.3	26	79	9	115	35	20	22	21	1.96
23048242--23048302	30	2.0	30	81	6	70	31	24	8	36	1.85
23056431--23056466	18	2.0	18	94	0	63	30	22	13	33	1.93
23056580--23056635	26	2.1	27	93	3	96	62	8	12	16	1.53
23058818--23058859	19	2.2	19	95	0	75	45	21	2	30	1.65
23059579--23059793	46	4.6	45	76	10	168	24	28	19	27	1.98
23062487--23062664	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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