genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86966280--86966368	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
86966280--86966362	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
86966291--86966368	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
86970134--86970308	46	3.8	45	76	10	183	28	29	20	21	1.98
86970142--86970313	93	1.8	93	90	2	274	27	30	21	20	1.98
86981783--86981807	11	2.3	11	100	0	50	80	8	0	12	0.92
86983422--86983522	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
86985288--86985312	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
86995014--86995107	40	2.4	40	78	3	102	36	37	12	13	1.84
86995456--86995491	18	2.1	18	89	5	56	13	41	30	13	1.84
87005078--87005144	27	2.5	27	87	4	91	38	13	26	20	1.90
87009433--87009816	149	2.6	151	86	4	507	44	3	10	40	1.58
87009792--87009841	25	2.0	25	100	0	100	44	8	12	36	1.71
87010397--87010443	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
87010467--87010525	22	2.7	22	82	12	68	22	5	1	71	1.15
87010469--87010530	27	2.4	26	80	17	67	20	4	1	72	1.12
87013202--87013281	41	2.0	41	82	5	99	28	21	31	18	1.97
87015572--87015602	13	2.4	13	94	0	53	74	6	3	16	1.16
87022877--87022920	22	2.0	22	100	0	88	27	13	36	22	1.92
87027217--87027401	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
87027218--87027401	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
87027270--87027424	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87029444--87029468	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
87038289--87038345	24	2.4	24	90	0	87	42	17	22	17	1.89
87041690--87041729	21	2.0	20	85	14	55	35	0	20	45	1.51
87046543--87046702	42	3.8	42	84	1	194	30	23	14	31	1.94
87052704--87052743	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
87052709--87052751	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
87055901--87056085	40	4.7	40	80	7	200	25	22	27	24	2.00
87055901--87056085	79	2.3	81	81	7	218	25	22	27	24	2.00
87055954--87056118	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
87059606--87059664	17	3.5	17	77	9	59	81	6	6	5	0.99
87060068--87060444	42	9.0	42	83	2	447	23	18	21	36	1.95
87060090--87060415	166	2.0	166	86	1	456	23	18	22	36	1.95
87061186--87061950	155	5.0	154	85	6	956	41	4	10	43	1.58
87062445--87062491	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
87062515--87062549	10	3.4	10	84	7	52	20	5	0	74	1.02
87068382--87068558	46	3.9	44	77	14	196	29	28	20	21	1.98
87068389--87068561	93	1.9	93	93	2	303	28	28	21	21	1.98
87071841--87071968	24	5.4	24	85	9	149	33	18	21	26	1.96
87071842--87071968	48	2.7	46	82	11	168	33	18	21	26	1.96
87079542--87079627	20	4.3	20	68	19	63	44	1	2	52	1.21
87079411--87080109	178	3.9	177	92	1	1096	45	5	3	45	1.43
87079415--87080109	237	2.9	234	90	3	1086	45	5	3	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87079411--87080109	59	11.8	59	92	0	1056	45	5	3	45	1.43
87087198--87087326	27	4.8	27	74	3	109	37	18	10	32	1.86
87087294--87087372	27	2.9	27	86	0	104	36	17	17	27	1.93
87090928--87090969	21	2.0	21	85	0	57	16	4	26	52	1.63
87106776--87107196	27	15.7	27	83	3	404	29	11	21	38	1.88
87107509--87107615	28	3.8	28	94	0	178	28	34	14	22	1.93
87110731--87110806	38	2.0	38	94	0	134	34	13	21	31	1.91
87111994--87112138	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
87115309--87115335	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
87116588--87116679	20	4.8	20	63	20	54	41	1	3	54	1.24
87116557--87116698	55	2.5	55	79	10	155	44	1	3	50	1.27
87116860--87116926	16	4.2	16	84	0	89	25	26	7	40	1.82
87117345--87117406	32	1.9	32	90	0	97	43	9	1	45	1.46
87119208--87119243	12	2.8	14	88	12	51	22	16	16	44	1.86
87120014--87120063	25	2.0	25	100	0	100	44	20	4	32	1.70
87121476--87121548	29	2.5	31	78	10	82	60	5	0	34	1.20
87122105--87122149	23	2.0	23	87	8	67	11	6	20	62	1.50
87122670--87122699	16	1.9	16	93	6	53	36	6	6	50	1.55
87126247--87126288	22	1.9	22	90	0	66	19	54	2	23	1.55
87126820--87126859	8	5.0	8	93	0	71	2	25	22	50	1.62
87130873--87131007	29	4.7	29	88	4	202	25	33	15	25	1.95
87131231--87131266	16	2.2	16	95	0	63	13	25	11	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87131237--87131289	24	2.3	23	86	3	70	13	24	13	49	1.77
87131231--87131274	16	2.8	16	89	0	52	13	25	13	47	1.79
87137328--87137407	39	2.1	39	97	0	151	33	20	11	35	1.88
87141182--87141218	18	2.1	18	100	0	74	21	21	29	27	1.99
87141645--87141763	29	4.2	30	83	10	135	28	31	11	28	1.92
87141647--87141759	58	2.0	57	87	5	165	27	31	12	28	1.93
87141831--87141867	19	2.0	19	89	5	58	18	40	16	24	1.90
87141974--87142009	16	2.2	16	95	0	63	13	25	11	50	1.75
87141980--87142032	24	2.3	23	86	3	70	13	24	13	49	1.77
87141974--87142017	16	2.8	16	89	0	52	13	25	13	47	1.79
87150097--87150316	109	2.0	110	97	0	415	36	14	19	29	1.91
87150507--87150559	22	2.3	23	84	9	65	52	1	0	45	1.11
87150508--87150561	23	2.4	21	79	14	56	53	1	0	44	1.11
87155987--87156095	20	5.9	18	69	21	66	51	4	2	41	1.37
87158466--87158503	19	2.1	19	85	5	51	36	15	7	39	1.77
87159248--87159301	21	2.5	22	90	3	83	59	25	7	7	1.51
87161700--87161827	40	3.2	40	81	7	154	28	27	20	23	1.99
87165889--87165921	17	2.0	17	88	5	50	33	18	0	48	1.48
87166200--87166412	101	2.1	101	89	1	320	26	25	15	31	1.96
87168096--87168120	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
87169501--87169875	27	13.9	27	83	4	479	27	22	9	40	1.85
87169888--87170083	27	7.3	27	85	1	205	36	16	18	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87170282--87170364	27	3.1	26	84	8	96	20	20	21	37	1.95
87170452--87170510	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
87170675--87170749	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
87170891--87170997	6	17.8	6	77	14	105	21	14	13	50	1.77
87170891--87170971	36	2.2	36	95	0	144	23	14	12	49	1.77
87170891--87170997	36	3.2	33	80	15	121	21	14	13	50	1.77
87170866--87171018	30	5.1	30	82	8	150	20	16	13	49	1.80
87172996--87173056	27	2.3	27	82	5	70	32	26	9	31	1.89
87173013--87173395	54	7.1	54	86	4	495	27	22	9	40	1.85
87173013--87173395	27	14.2	27	84	4	445	27	22	9	40	1.85
87173016--87173390	81	4.6	81	88	4	506	27	22	9	41	1.84
87173400--87173594	27	7.2	27	80	4	196	35	18	18	27	1.95
87173400--87173595	54	3.6	55	83	4	229	35	18	18	27	1.95
87173409--87173593	81	2.3	81	85	0	235	35	18	19	26	1.95
87173776--87173858	27	3.1	26	84	8	96	20	20	21	37	1.95
87173946--87174004	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
87174166--87174239	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
87174380--87174541	6	26.8	6	77	15	165	20	17	13	48	1.80
87174355--87174541	85	2.2	85	95	0	338	20	18	13	47	1.82
87174355--87174541	30	6.4	30	83	11	244	20	18	13	47	1.82
87179628--87179654	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
87185487--87185518	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87189595--87189645	22	2.3	22	83	9	68	56	3	3	35	1.36
87198645--87198719	9	8.3	9	89	0	105	25	9	21	44	1.82
87215555--87215613	30	2.0	30	100	0	118	38	0	13	47	1.43
87235198--87235222	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
87237526--87237563	19	2.0	19	90	10	60	21	5	0	73	1.02
87237526--87237587	14	4.2	15	78	15	67	20	6	0	72	1.06
87250747--87250783	17	2.1	19	90	10	60	45	13	13	27	1.81
87251828--87252002	49	3.5	49	82	6	226	26	18	25	29	1.98
87251823--87252005	100	1.8	100	92	0	312	26	19	25	28	1.98
87253922--87254014	45	2.1	45	83	4	116	39	13	20	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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