genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27637671--27637712	20	2.0	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
27637870--27637929	18	3.3	19	70	27	58	63	0	3	33	1.11
27637873--27637939	16	3.9	16	76	18	64	62	0	2	34	1.10
27637873--27637990	36	3.3	35	74	18	111	60	0	4	35	1.16
27637961--27638124	7	23.9	7	66	23	64	59	1	3	36	1.21
27637910--27638114	58	3.5	58	73	18	185	58	0	3	36	1.23
27637873--27638121	24	10.5	24	67	17	130	59	0	4	35	1.22
27638070--27638121	12	4.4	12	79	18	56	63	0	0	36	0.95
27637873--27638121	11	22.2	11	66	25	98	59	0	4	35	1.22
27637873--27638121	46	5.5	45	69	19	155	59	0	4	35	1.22
27638064--27638185	48	2.6	50	70	21	113	62	0	2	34	1.14
27639718--27640670	205	4.6	205	91	0	1465	27	21	19	30	1.98
27648843--27649035	40	4.8	40	92	1	300	22	24	28	24	1.99
27652592--27652764	46	3.7	46	79	10	208	21	19	27	30	1.98
27652589--27652759	93	1.8	93	93	0	297	21	19	28	29	1.98
27652989--27653026	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
27658834--27658892	18	3.2	19	76	7	59	64	1	1	32	1.13
27658945--27659001	21	2.8	21	80	17	66	57	0	5	36	1.21
27659133--27659313	11	15.1	13	70	22	96	59	0	3	35	1.20
27659137--27659191	23	2.4	24	78	6	60	63	0	3	32	1.12
27659133--27659203	16	4.3	15	77	15	70	61	0	2	35	1.10
27659134--27659298	55	3.2	53	76	13	130	60	0	3	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27659137--27659396	35	7.3	35	70	20	123	60	0	4	34	1.22
27659136--27659393	24	11.1	24	66	21	99	60	0	4	34	1.22
27659158--27659397	19	11.7	19	66	26	68	60	0	4	34	1.22
27659221--27659409	99	1.9	99	80	6	222	61	1	4	33	1.22
27659415--27659459	22	2.0	22	86	0	63	57	0	2	40	1.11
27663792--27663993	50	3.9	51	84	4	246	33	6	31	28	1.82
27663782--27663993	51	4.1	50	82	7	248	35	6	30	27	1.82
27663813--27664023	51	4.1	47	77	15	165	36	6	29	28	1.81
27666178--27666265	44	2.0	44	97	0	167	31	21	5	40	1.77
27672188--27672263	39	1.9	39	94	0	134	44	11	13	30	1.79
27672265--27672290	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
27673882--27673945	31	2.0	32	87	3	94	4	17	3	75	1.11
27674739--27674768	16	1.9	15	93	6	51	66	13	13	6	1.43
27675434--27675505	37	1.9	37	91	0	117	22	33	20	23	1.97
27675639--27675744	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
27680218--27680294	39	2.0	39	97	0	145	44	12	11	31	1.79
27682921--27683098	40	4.5	40	85	8	231	24	23	28	24	2.00
27682921--27683098	80	2.2	80	89	4	263	24	23	28	24	2.00
27685657--27685683	14	1.9	14	100	0	54	18	29	14	37	1.91
27693894--27693979	28	3.0	28	86	3	118	27	29	15	27	1.96
27695274--27695305	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
27703130--27703188	30	2.0	30	83	6	75	40	10	16	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27707289--27707349	24	2.5	24	81	5	70	34	31	14	19	1.92
27709756--27709820	5	13.6	5	74	6	55	44	4	0	50	1.22
27709756--27709832	38	2.0	38	100	0	154	45	5	0	49	1.24
27710118--27710178	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
27723159--27723256	49	2.0	49	95	0	178	36	15	9	38	1.79
27726935--27727079	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
27734969--27735113	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
27739525--27739594	28	2.6	26	78	8	86	47	12	15	24	1.81
27741055--27741146	29	3.2	29	79	1	105	28	31	15	25	1.95
27741055--27741169	29	4.0	29	75	4	74	28	31	13	26	1.94
27746386--27746557	49	3.6	47	76	10	159	23	29	19	28	1.98
27748388--27748582	101	1.9	101	83	4	250	28	23	16	31	1.96
27748733--27748985	124	2.0	124	92	1	418	26	15	18	39	1.90
27752740--27752797	29	2.0	29	83	6	73	22	24	25	27	2.00
27753004--27753073	25	2.8	25	97	0	131	22	24	27	25	2.00
27753299--27753524	27	8.3	27	88	1	326	27	20	16	35	1.94
27753302--27753502	109	1.8	109	93	0	348	26	20	17	35	1.95
27753511--27753741	81	2.8	77	77	12	187	30	9	21	39	1.84
27753563--27753741	54	3.3	54	87	3	236	29	8	21	40	1.84
27753563--27753750	27	7.0	27	87	2	184	29	9	21	39	1.84
27760273--27760303	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27760270--27760309	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27760534--27760749	55	4.0	54	80	6	231	22	25	16	35	1.95
27760495--27760749	55	4.8	54	77	9	224	21	24	16	36	1.94
27767877--27767907	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
27767874--27767913	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
27768147--27768347	108	1.8	110	90	4	327	22	24	17	34	1.96
27768100--27768354	55	4.8	54	81	9	269	22	24	16	36	1.94
27782778--27782820	17	2.7	15	80	13	50	51	20	13	13	1.76
27789395--27789436	21	2.0	21	95	4	77	28	23	33	14	1.94
27791287--27791409	45	2.7	45	88	2	185	32	26	14	26	1.95
27802290--27802382	43	2.2	43	90	3	143	37	26	9	25	1.87
27804614--27804645	15	2.1	15	100	0	64	18	6	6	68	1.32
27810410--27810625	106	2.0	107	94	0	380	37	19	12	30	1.88
27815376--27815463	45	2.0	45	95	0	158	38	25	12	23	1.90
27815392--27815467	21	3.5	21	65	16	55	38	25	13	23	1.91
27818651--27818708	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
27818734--27818766	12	2.8	12	86	13	50	45	6	0	48	1.27
27822457--27822522	31	2.1	32	85	2	89	40	15	13	30	1.85
27823348--27823396	23	2.1	23	85	7	64	40	4	4	51	1.40
27823666--27823702	18	2.1	18	95	5	67	29	0	5	64	1.15
27823789--27823833	23	2.0	23	86	8	65	64	2	0	33	1.06
27828714--27828945	27	8.6	27	88	2	313	30	27	15	26	1.96
27843245--27843408	39	4.2	39	92	0	265	24	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27862944--27863024	42	1.9	42	87	2	117	32	25	13	28	1.94
27867955--27868059	27	3.9	27	85	6	115	18	23	20	38	1.93
27869437--27869495	25	2.4	24	77	5	64	37	16	18	27	1.93
27873494--27873538	20	2.1	21	84	8	56	33	4	4	57	1.38
27878819--27878858	21	1.9	21	89	0	62	37	22	0	40	1.54
27879718--27879795	39	2.0	39	100	0	156	38	17	10	33	1.84
27881216--27881274	25	2.4	25	88	0	91	23	23	23	28	1.99
27883253--27883296	22	2.0	22	90	0	70	61	0	2	36	1.09
27883243--27883292	10	4.8	10	80	9	55	64	2	2	32	1.16
27888391--27888421	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
27898712--27898745	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
27901809--27901842	10	3.6	9	88	11	50	26	0	17	55	1.42
27901802--27901850	19	2.5	19	76	3	53	32	2	12	53	1.50
27904230--27904352	58	2.1	58	81	11	146	27	21	4	45	1.72
27906218--27906258	20	2.0	20	90	0	64	39	17	26	17	1.91
27913565--27913596	15	2.1	15	94	0	55	28	18	9	43	1.81
27914288--27914327	21	1.9	21	85	10	55	55	17	7	20	1.66
27929065--27929206	67	2.1	67	86	5	194	30	21	28	19	1.97
27929136--27929187	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
27942066--27942151	45	1.9	45	80	0	100	36	16	23	24	1.94
27942388--27942448	27	2.2	28	83	13	83	31	13	29	26	1.93
27942404--27942465	27	2.3	27	80	5	72	37	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27945161--27945185	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
27945769--27945828	28	2.1	29	84	3	77	43	1	25	30	1.64
27945769--27945833	29	2.3	28	83	2	76	44	1	24	29	1.63
27950192--27950265	29	2.5	29	77	22	75	28	10	17	43	1.83
27954750--27954925	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
27954747--27954918	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
27962013--27962188	46	3.8	46	78	14	200	21	19	28	29	1.98
27962010--27962181	93	1.8	93	93	2	301	22	20	29	28	1.98
27973706--27973765	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
27973706--27973770	29	2.3	28	83	2	76	43	3	24	29	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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