genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94802456--94802574	44	2.8	42	79	13	125	60	2	3	33	1.27
94802769--94802800	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
94802830--94802965	3	45.3	3	66	16	59	59	2	7	30	1.37
94805882--94805912	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
94815294--94815331	15	2.5	15	95	0	67	31	28	0	39	1.57
94815802--94815875	23	3.2	23	63	30	57	37	16	6	39	1.75
94815794--94815887	47	2.0	47	100	0	188	36	17	6	40	1.75
94816875--94817073	101	2.0	101	90	0	317	29	25	15	29	1.95
94816878--94817039	33	4.8	33	70	7	103	29	25	14	30	1.95
94818733--94818950	110	2.0	111	90	0	348	34	24	10	30	1.89
94823007--94823059	27	2.0	27	88	3	81	28	0	3	67	1.07
94824953--94824991	20	2.0	20	84	0	51	58	7	2	30	1.39
94831198--94831242	23	2.0	23	100	0	90	44	0	33	22	1.53
94831801--94831826	6	4.3	6	100	0	52	65	0	15	19	1.27
94835921--94835956	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
94837077--94837155	34	2.3	34	85	10	99	35	1	16	46	1.55
94837308--94837701	126	3.1	126	86	2	497	39	15	15	29	1.89
94840770--94840807	18	2.1	18	90	0	58	42	10	23	23	1.85
94841656--94841726	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
94841666--94841736	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
94846266--94846307	21	2.0	21	90	0	66	21	23	26	28	1.99
94846844--94846902	24	2.4	23	86	8	73	1	25	0	72	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94847017--94847054	20	1.9	20	94	0	67	34	0	28	36	1.58
94855483--94855654	43	4.0	44	73	15	144	22	18	26	31	1.97
94858862--94859794	462	2.0	462	90	0	1474	33	14	21	29	1.93
94865278--94865450	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
94865275--94865445	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
94872850--94873022	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
94872847--94873017	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
94877234--94877565	164	2.0	164	93	1	567	37	13	20	28	1.91
94880696--94880853	41	3.8	41	82	3	165	29	17	24	28	1.97
94880735--94880844	41	2.7	41	88	1	166	28	19	25	27	1.98
94882841--94882878	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
94886395--94886437	4	10.2	4	83	14	52	46	0	2	51	1.13
94893511--94893576	30	2.2	30	86	0	87	42	10	3	43	1.54
94897782--94897877	25	3.8	25	76	5	104	38	23	12	25	1.90
94904560--94904605	21	2.0	24	84	12	62	39	8	4	47	1.54
94909666--94909806	57	2.5	57	79	8	135	29	24	18	28	1.98
94910502--94910540	20	2.0	20	94	0	69	35	10	0	53	1.35
94911302--94911343	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
94915981--94916007	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
94917754--94917805	19	2.8	19	85	2	61	71	1	0	26	0.97
94919966--94919991	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
94927426--94927511	21	3.9	23	80	10	90	37	25	22	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94927882--94927939	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
94929143--94929186	21	2.1	21	91	4	72	6	18	6	68	1.35
94929194--94929235	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
94930936--94930961	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
94931067--94931127	29	2.1	27	82	8	68	52	6	9	31	1.60
94931269--94931305	17	2.1	18	85	14	51	54	2	10	32	1.49
94931591--94931841	3	83.7	3	67	11	104	60	5	7	27	1.45
94931587--94931678	35	2.7	35	84	3	116	66	4	5	23	1.31
94933117--94933244	42	3.1	42	89	2	204	27	23	18	30	1.98
94933287--94933406	42	2.8	44	74	7	129	19	22	22	35	1.96
94933890--94933976	43	2.0	44	84	2	113	25	17	17	40	1.90
94946253--94946289	17	2.1	18	85	14	51	54	2	10	32	1.49
94946574--94946821	3	83.7	3	67	12	95	60	5	7	27	1.46
94948247--94948360	6	18.8	6	79	12	126	49	14	17	19	1.80
94948477--94948542	27	2.5	26	78	4	69	37	21	24	16	1.93
94948861--94948943	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
94949142--94949337	27	7.3	27	82	0	221	27	20	17	34	1.95
94949349--94949805	27	16.9	27	83	4	537	40	9	22	27	1.85
94949332--94949836	81	6.2	81	84	4	592	39	10	22	27	1.86
94955028--94955088	21	2.8	23	83	14	85	34	26	24	14	1.94
94955015--94955100	21	3.9	23	76	10	72	36	24	22	17	1.95
94955470--94955527	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94956767--94956793	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
94960823--94961420	47	12.5	47	91	2	926	32	8	29	28	1.87
94960823--94961420	96	6.3	96	91	1	956	32	8	29	28	1.87
94961539--94961617	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
94964359--94964409	15	3.2	16	78	8	50	64	0	13	21	1.28
94967586--94967620	17	2.1	17	94	0	61	37	31	11	20	1.88
94967733--94967773	17	2.4	17	88	8	57	36	0	17	46	1.48
94967867--94967946	39	2.1	39	100	0	160	26	7	22	43	1.79
94980924--94980970	24	2.0	24	91	0	76	21	19	4	55	1.60
94980980--94981139	33	4.8	32	72	11	117	28	23	18	30	1.97
94980972--94981305	101	3.3	101	88	1	510	28	22	16	31	1.96
94992789--94992900	54	2.1	54	89	0	170	13	17	40	28	1.88
95007994--95008141	43	3.4	43	82	6	192	32	25	14	27	1.95
95014335--95014509	46	3.7	47	81	6	176	24	30	16	28	1.96
95016261--95016377	33	3.6	33	83	3	139	28	27	14	29	1.95
95016294--95016468	33	5.3	33	81	1	127	32	22	11	34	1.90
95017155--95017197	20	2.0	22	86	8	63	27	23	0	48	1.51
95024769--95025176	46	8.7	47	71	12	202	25	28	18	28	1.98
95029113--95029209	43	2.3	43	82	7	117	35	25	14	24	1.94
95037271--95037416	40	3.7	40	86	3	197	23	23	28	25	2.00
95037939--95037966	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
95038818--95039057	119	2.0	119	97	0	453	25	20	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95039079--95039170	37	2.4	38	94	3	159	68	7	8	15	1.38
95039591--95039629	14	2.7	15	84	11	55	53	12	0	33	1.39
95040689--95040731	23	1.9	22	85	4	59	34	53	2	9	1.46
95040707--95040809	40	2.6	40	83	4	129	37	38	9	13	1.78
95052557--95052697	72	2.0	72	98	0	273	46	14	8	29	1.74
95072682--95072722	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
95074634--95074685	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
95074646--95074836	71	2.6	70	83	8	213	31	31	16	20	1.95
95075162--95075217	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
95085448--95085487	20	2.0	21	85	14	57	32	17	27	22	1.96
95094842--95094894	27	2.0	25	89	7	79	30	33	20	15	1.93
95094857--95095003	71	2.1	71	87	2	206	31	28	17	22	1.96
95097546--95097593	21	2.3	22	76	20	57	43	6	6	43	1.54
95099472--95099523	22	2.4	21	90	6	77	11	17	15	55	1.68
95100475--95100511	18	2.0	19	94	5	67	29	0	32	37	1.58
95101082--95101257	46	3.8	45	75	12	178	21	21	28	28	1.98
95101078--95101249	93	1.8	93	90	2	274	21	21	29	27	1.99
95103434--95103605	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	21	1.99
95103426--95103601	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
95104152--95104216	19	3.2	19	80	19	85	36	30	1	30	1.67
95105172--95105227	22	2.5	22	97	0	103	58	14	16	10	1.62
95107281--95107314	17	2.0	17	88	11	52	52	0	20	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95108574--95108599	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
95113015--95113045	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
95114616--95114780	55	3.0	55	88	3	233	25	9	14	50	1.72
95116674--95117034	47	7.7	47	71	13	167	22	28	20	28	1.98
95116671--95117034	94	3.9	94	75	10	305	22	28	20	28	1.98
95124339--95124367	12	2.4	12	100	0	58	17	44	0	37	1.49
95129384--95129408	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
95130739--95130836	49	2.0	49	81	0	115	23	15	32	28	1.95
95133196--95133231	18	2.0	18	89	10	56	30	25	0	44	1.54
95138802--95138870	35	2.1	32	83	8	84	20	14	20	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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