genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89983348--89983418	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
89983350--89983427	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
89986442--89986609	46	3.6	46	79	10	216	28	29	20	22	1.98
89986387--89986613	93	2.4	93	97	0	418	28	30	19	22	1.98
89986394--89986563	47	3.6	47	76	10	204	27	30	19	22	1.98
89986442--89986628	46	4.0	44	70	21	125	28	28	19	22	1.98
89989687--89989717	16	1.9	16	93	0	53	51	16	19	12	1.76
89992642--89992896	55	4.8	54	79	8	240	37	17	23	21	1.94
89992649--89992849	108	1.8	109	88	4	307	35	17	23	22	1.95
90014705--90014780	29	2.6	28	87	8	109	26	14	28	30	1.95
90022833--90022909	29	2.6	28	86	10	102	25	14	28	31	1.95
90022862--90023189	174	1.9	174	94	0	584	30	14	24	31	1.95
90026002--90026104	37	2.8	37	93	0	170	26	32	18	23	1.97
90026245--90026584	48	7.0	48	93	1	545	32	25	6	36	1.81
90036031--90036188	43	3.7	43	78	7	169	22	17	25	34	1.95
90036048--90036171	42	2.9	44	80	10	132	25	16	22	35	1.95
90038237--90038327	45	2.0	45	95	0	164	37	25	12	25	1.90
90039289--90039313	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
90044790--90044833	23	1.9	23	90	0	70	47	25	0	27	1.52
90044608--90045033	218	2.0	218	99	0	843	34	23	9	32	1.87
90069457--90069677	48	4.7	48	73	11	190	27	19	24	28	1.98
90069459--90069681	91	2.4	91	79	11	231	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90073959--90074234	48	5.8	47	80	5	250	27	18	30	23	1.98
90074002--90074236	96	2.5	95	82	2	310	27	18	30	23	1.98
90075180--90075214	13	2.7	13	95	0	61	0	28	42	28	1.56
90077893--90078074	40	4.6	40	91	1	276	26	25	23	24	2.00
90085934--90086116	40	4.6	40	91	4	291	26	27	22	22	1.99
90085934--90086116	79	2.3	80	92	4	309	26	27	22	22	1.99
90090112--90090190	27	2.9	27	90	3	124	21	26	21	30	1.98
90090249--90090507	54	4.8	54	76	7	172	31	9	18	40	1.83
90090229--90090508	27	10.4	27	75	7	153	30	9	19	40	1.84
90090311--90090510	80	2.5	79	76	8	197	29	8	20	42	1.81
90090514--90090633	27	4.5	27	88	1	152	42	8	21	27	1.81
90099759--90099797	11	3.5	11	96	0	69	48	0	15	35	1.45
90099762--90099795	16	2.1	16	89	10	52	50	0	14	35	1.44
90111944--90112021	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
90120070--90120147	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
90120100--90120427	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
90128082--90128166	43	2.0	43	82	13	104	29	29	16	24	1.97
90129859--90129892	16	2.1	17	88	5	52	52	14	14	17	1.74
90133041--90133129	27	3.3	26	87	7	124	37	23	23	15	1.93
90135186--90135375	95	2.0	95	97	0	362	31	23	24	21	1.99
90141043--90141173	40	3.3	39	83	9	160	25	20	27	25	1.99
90140991--90141173	40	4.6	39	76	16	155	26	21	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90141043--90141206	79	2.1	78	81	11	183	27	20	27	25	1.99
90143842--90143949	27	4.0	28	89	2	150	34	19	25	21	1.96
90143836--90143950	55	2.1	54	87	6	162	35	19	24	20	1.95
90152586--90152806	40	5.6	40	86	2	295	27	22	26	23	2.00
90156933--90156957	13	1.9	13	100	0	50	24	8	12	56	1.62
90169470--90169686	71	3.1	70	64	21	166	38	7	6	47	1.57
90169224--90169782	138	4.1	138	93	1	953	41	7	5	44	1.56
90169541--90169753	67	3.1	67	64	21	170	42	5	6	45	1.52
90170386--90170426	18	2.3	18	100	0	82	41	12	12	34	1.80
90176667--90176695	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
90184048--90184468	27	15.7	26	83	4	371	40	20	9	30	1.83
90184048--90184495	54	8.3	54	83	3	460	40	20	8	30	1.83
90184048--90184521	81	5.9	81	82	3	485	40	20	9	29	1.83
90184994--90185019	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
90192874--90193015	60	2.3	60	81	8	155	28	26	16	28	1.97
90193005--90193059	20	2.8	20	80	2	58	34	30	16	18	1.93
90201714--90201794	28	2.9	28	79	1	90	25	17	34	22	1.95
90202098--90202544	27	16.6	28	81	6	344	39	21	8	30	1.83
90202098--90202544	54	8.3	54	82	1	448	39	21	8	30	1.83
90202098--90202544	81	5.5	81	81	3	497	39	21	8	30	1.83
90205388--90205507	28	4.3	28	88	0	168	22	17	34	25	1.96
90205879--90206331	81	5.6	81	81	4	497	38	18	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90205879--90206331	27	16.9	27	82	6	440	38	18	10	32	1.85
90206283--90206344	27	2.3	27	94	0	106	40	11	12	35	1.80
90206296--90206370	27	2.8	27	85	4	89	38	17	17	26	1.92
90217013--90217083	28	2.5	28	86	0	88	19	15	39	25	1.91
90217012--90217103	28	3.3	28	82	0	85	19	15	38	27	1.92
90217324--90217383	30	2.0	30	96	0	111	16	31	16	35	1.92
90217454--90217929	27	17.8	26	80	8	363	37	19	10	32	1.86
90217454--90217926	53	8.8	53	78	9	428	37	19	10	32	1.86
90217454--90217925	80	5.9	79	77	10	410	37	19	10	31	1.86
90217475--90217887	107	3.9	106	82	7	473	38	19	10	32	1.85
90217879--90217939	27	2.3	27	91	0	95	39	13	14	32	1.85
90220752--90220793	21	2.0	21	85	0	57	23	26	16	33	1.96
90220927--90221011	34	2.5	34	90	1	127	30	16	21	31	1.95
90221303--90221339	18	2.1	18	89	0	56	40	8	13	37	1.74
90226912--90227094	79	2.3	81	81	7	205	24	27	23	24	2.00
90226910--90227094	40	4.7	40	79	7	207	24	27	23	24	2.00
90228225--90228344	56	2.1	56	96	0	222	21	23	10	45	1.82
90233861--90233892	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
90240498--90240672	48	3.7	47	80	3	188	28	18	30	22	1.97
90240489--90240725	48	4.9	48	75	8	151	27	18	29	24	1.98
90245369--90245591	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
90245444--90245626	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90256517--90256739	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
90256515--90256739	40	5.7	40	84	6	278	25	28	22	24	1.99
90265760--90265894	50	2.7	50	90	0	207	17	20	31	29	1.96
90268929--90269043	45	2.7	43	83	6	135	26	19	32	22	1.97
90268929--90269029	45	2.3	45	86	6	136	24	21	31	21	1.98
90270721--90270897	40	4.4	40	80	4	207	24	21	27	26	1.99
90271124--90271165	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
90278702--90278878	40	4.4	40	84	2	232	24	22	26	26	2.00
90279106--90279147	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
90287434--90287517	26	3.4	25	86	6	100	29	22	20	27	1.98
90288925--90289156	40	5.8	40	91	2	365	23	28	21	26	1.99
90288925--90289164	82	3.0	81	92	1	383	23	27	21	26	1.99
90288905--90289156	122	2.1	120	91	2	407	24	28	21	25	1.99
90297369--90297600	40	5.8	40	92	2	374	22	28	21	26	1.99
90297369--90297600	122	1.9	120	93	1	401	22	28	21	26	1.99
90297369--90297608	82	3.0	81	93	1	392	23	28	21	26	1.99
90302797--90303003	45	4.6	45	89	2	267	24	21	27	27	1.99
90305426--90305502	26	3.0	26	74	0	73	22	18	18	41	1.90
90311213--90311502	48	6.0	48	96	0	526	33	6	28	31	1.82
90311643--90311745	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
90317314--90317368	27	2.0	28	82	10	69	32	14	14	38	1.87
90318305--90318383	29	2.7	29	90	0	122	41	12	25	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90318368--90318470	28	3.6	28	82	6	109	36	15	27	20	1.93
90325615--90325799	40	4.7	40	80	6	207	25	27	21	24	1.99
90325615--90325797	79	2.3	81	81	7	205	25	27	21	25	1.99
90334257--90334342	43	2.0	43	88	0	127	24	22	1	52	1.54
90335529--90335561	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
90338334--90338592	29	8.9	29	78	8	253	37	14	25	22	1.92
90338334--90338592	58	4.5	58	82	5	301	37	14	25	22	1.92
90338334--90338592	88	3.0	86	85	6	310	37	14	25	22	1.92
90343476--90343535	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
90346858--90347065	78	2.6	79	87	3	303	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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